More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bcen2424_5073 on replicon NC_008543
Organism: Burkholderia cenocepacia HI2424



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008543  Bcen2424_5073  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 301 aa  603  1.0000000000000001e-171  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3295  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 308 aa  602  1.0000000000000001e-171  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.923456  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5212  LysR family transcriptional regulator  98.67 
 
 		 301 aa  598  1e-170  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0586  LysR family transcriptional regulator  96.01 
 
 		 308 aa  583  1.0000000000000001e-165  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3569  LysR family transcriptional regulator  94.59 
 
 		 310 aa  563  1e-160  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.898807  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5010  LysR family transcriptional regulator  92.98 
 
 		 306 aa  561  1.0000000000000001e-159  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4485  LysR family transcriptional regulator  92.69 
 
 		 308 aa  561  1.0000000000000001e-159  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2120  LysR family regulatory protein  71.24 
 
 		 339 aa  427  1e-119  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.246446  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1856  LysR family transcriptional regulator  72.24 
 
 		 299 aa  429  1e-119  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.144419  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0698  LysR family transcriptional regulator  71.24 
 
 		 343 aa  427  1e-119  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.18558  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0994  LysR family transcriptional regulator  71.24 
 
 		 299 aa  426  1e-118  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.367666  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0483  LysR family transcriptional regulator  71.24 
 
 		 299 aa  426  1e-118  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0840  LysR family transcriptional regulator  71.24 
 
 		 301 aa  426  1e-118  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1967  LysR family transcriptional regulator  71.24 
 
 		 299 aa  426  1e-118  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.166127  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0752  LysR family transcriptional regulator  72.26 
 
 		 292 aa  420  1e-116  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3291  LysR family transcriptional regulator  68.01 
 
 		 308 aa  390  1e-107  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5074  transcriptional regulator, LysR family  62.13 
 
 		 304 aa  365  1e-100  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00820352 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1574  LysR family transcriptional regulator  64.45 
 
 		 304 aa  340  2e-92  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_00400  LysR family transcriptional regulator  43.4 
 
 		 304 aa  226  2e-58  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.119408 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0094  LysR family transcriptional regulator  44.6 
 
 		 299 aa  226  3e-58  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.686241  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0079  LysR family transcriptional regulator  44.25 
 
 		 299 aa  224  1e-57  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000353876 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0027  LysR family transcriptional regulator  41.16 
 
 		 316 aa  224  1e-57  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.302128  normal  0.674901 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0097  LysR family transcriptional regulator  44.29 
 
 		 299 aa  223  3e-57  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.603539  hitchhiker  0.0000731437 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0094  LysR family transcriptional regulator  43.9 
 
 		 299 aa  222  8e-57  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000160709 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0065  LysR family transcriptional regulator  42.81 
 
 		 317 aa  217  2e-55  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0030  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  40.77 
 
 		 316 aa  215  8e-55  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1006  LysR family transcriptional regulator  44.33 
 
 		 317 aa  213  2.9999999999999995e-54  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0164  transcriptional regulator, LysR family  40.07 
 
 		 316 aa  211  1e-53  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3325  LysR family transcriptional regulator  42.55 
 
 		 298 aa  209  3e-53  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.642488  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0033  putative transcriptional regulator  41.81 
 
 		 299 aa  206  4e-52  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.195958  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4612  transcriptional regulator, LysR family  37.64 
 
 		 298 aa  194  1e-48  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.524159 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7696  LysR family transcriptional regulator  36 
 
 		 341 aa  191  1e-47  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.349394 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6858  LysR family transcriptional regulator  41.03 
 
 		 307 aa  183  3e-45  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.1149  normal  1 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5789  transcriptional regulator, LysR family  38.18 
 
 		 301 aa  179  4e-44  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.04167 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2922  DNA-binding transcriptional activator GcvA  39.58 
 
 		 294 aa  177  2e-43  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.554203 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3544  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.33 
 
 		 310 aa  177  3e-43  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  hitchhiker  0.00470366  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2764  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.46 
 
 		 303 aa  176  3e-43  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.872031  normal  0.426445 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1268  LysR family transcriptional regulator  37.59 
 
 		 317 aa  176  4e-43  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3057  DNA-binding transcriptional activator GcvA  40.44 
 
 		 294 aa  176  4e-43  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_3007  DNA-binding transcriptional activator GcvA  41.18 
 
 		 294 aa  176  5e-43  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2443  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.11 
 
 		 300 aa  175  6e-43  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.586469  normal  0.671238 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2429  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.73 
 
 		 303 aa  175  9e-43  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0671136  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2795  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.39 
 
 		 303 aa  175  9e-43  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.119571  normal  0.0711239 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1699  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 311 aa  174  9.999999999999999e-43  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  decreased coverage  0.00239277  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6358  DNA-binding transcriptional activator GcvA  40.44 
 
 		 294 aa  174  9.999999999999999e-43  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.478035  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2565  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.39 
 
 		 303 aa  174  9.999999999999999e-43  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3322  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.43 
 
 		 303 aa  174  9.999999999999999e-43  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  decreased coverage  0.00000222387  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2724  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.39 
 
 		 303 aa  175  9.999999999999999e-43  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000916948  normal  0.0913399 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2894  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.39 
 
 		 303 aa  175  9.999999999999999e-43  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00417784  hitchhiker  0.00000518904 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3471  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.43 
 
 		 303 aa  174  1.9999999999999998e-42  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.0000267837  hitchhiker  0.000102426 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2783  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.73 
 
 		 303 aa  174  1.9999999999999998e-42  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.029199  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_3031  DNA-binding transcriptional activator GcvA  40.07 
 
 		 294 aa  173  2.9999999999999996e-42  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1389  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.39 
 
 		 303 aa  173  2.9999999999999996e-42  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.13608 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2996  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.39 
 
 		 303 aa  173  2.9999999999999996e-42  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.174451  hitchhiker  0.00000205749 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1350  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.39 
 
 		 303 aa  173  2.9999999999999996e-42  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.960187  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1364  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.39 
 
 		 303 aa  173  2.9999999999999996e-42  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0933505  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2398  DNA-binding transcriptional activator GcvA  40.07 
 
 		 294 aa  173  2.9999999999999996e-42  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.273893  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_3012  DNA-binding transcriptional activator GcvA  40.07 
 
 		 294 aa  173  2.9999999999999996e-42  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2984  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.11 
 
 		 303 aa  172  3.9999999999999995e-42  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0851103  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0983  LysR family transcriptional regulator  40.14 
 
 		 300 aa  172  3.9999999999999995e-42  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.288934  normal  0.0876373 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001290  transcriptional regulator LysR family protein  33.22 
 
 		 308 aa  172  5.999999999999999e-42  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.913137  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2203  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.9 
 
 		 303 aa  172  5.999999999999999e-42  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0223993  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1533  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.05 
 
 		 303 aa  172  6.999999999999999e-42  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1282  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.39 
 
 		 303 aa  172  6.999999999999999e-42  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.433323  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3805  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.55 
 
 		 305 aa  171  9e-42  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00000401969  unclonable  0.0000000245083 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0418  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.17 
 
 		 306 aa  171  1e-41  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000171121  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5146  LysR family transcriptional regulator  41.47 
 
 		 297 aa  171  2e-41  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.981039 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02659  DNA-binding transcriptional dual regulator  35.55 
 
 		 305 aa  170  3e-41  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0880  transcriptional regulator, LysR family  35.55 
 
 		 305 aa  170  3e-41  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.630361  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2952  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.55 
 
 		 305 aa  170  3e-41  Escherichia coli HS  Bacteria  unclonable  2.32585e-20  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2949  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.55 
 
 		 305 aa  170  3e-41  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  unclonable  0.000000000549414  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3114  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.55 
 
 		 305 aa  170  3e-41  Escherichia coli E24377A  Bacteria  unclonable  0.000000000000698481  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3062  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.55 
 
 		 305 aa  170  3e-41  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  unclonable  0.00000000000000830878  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0904  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.55 
 
 		 305 aa  170  3e-41  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02620  hypothetical protein  35.55 
 
 		 305 aa  170  3e-41  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4072  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.55 
 
 		 305 aa  170  3e-41  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  unclonable  0.0000000156513  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5716  transcriptional regulator LysR family  38.64 
 
 		 299 aa  169  4e-41  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0340323  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0927  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.88 
 
 		 307 aa  169  5e-41  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  decreased coverage  0.00141405  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2548  LysR family transcriptional regulator  35.99 
 
 		 328 aa  169  5e-41  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0999  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.22 
 
 		 305 aa  168  9e-41  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.0000000272283  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3221  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.22 
 
 		 305 aa  168  9e-41  Yersinia pestis Angola  Bacteria  decreased coverage  0.0000086091  normal  0.146962 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1052  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.22 
 
 		 305 aa  168  9e-41  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3192  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35 
 
 		 305 aa  168  1e-40  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  decreased coverage  0.00535836  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3307  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35 
 
 		 305 aa  168  1e-40  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  hitchhiker  0.00899018  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3144  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35 
 
 		 305 aa  168  1e-40  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  hitchhiker  0.0000119726  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3377  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.55 
 
 		 307 aa  168  1e-40  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.649245  n/a   
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6692  transcriptional regulator, LysR family  33.78 
 
 		 300 aa  167  1e-40  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.363849  normal  0.247449 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3207  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35 
 
 		 305 aa  168  1e-40  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  decreased coverage  0.00274599  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3030  LysR family transcriptional regulator  36.7 
 
 		 305 aa  167  1e-40  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0262827 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3254  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.14 
 
 		 304 aa  168  1e-40  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.655611  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3127  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35 
 
 		 305 aa  168  1e-40  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  decreased coverage  0.000000208594  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_5375  LysR family transcriptional regulator  34.46 
 
 		 302 aa  167  2e-40  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.323066 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0431  LysR family transcriptional regulator  36.39 
 
 		 327 aa  167  2e-40  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.919761 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2331  LysR family transcriptional regulator  38.8 
 
 		 305 aa  167  2.9999999999999998e-40  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0724376  normal  0.145615 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0248  LysR family transcriptional regulator  37.07 
 
 		 302 aa  166  2.9999999999999998e-40  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.319703  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2352  LysR family transcriptional regulator  36.39 
 
 		 303 aa  167  2.9999999999999998e-40  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2385  transcriptional regulator, LysR family  38.46 
 
 		 323 aa  166  4e-40  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.297689  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4417  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.85 
 
 		 307 aa  166  4e-40  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.838235  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0891  LysR family transcriptional regulator  35.88 
 
 		 299 aa  166  5e-40  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.867323  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2568  LysR family transcriptional regulator  36.27 
 
 		 294 aa  165  6.9999999999999995e-40  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>