More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bcen2424_4003 on replicon NC_008543
Organism: Burkholderia cenocepacia HI2424



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008543  Bcen2424_4003  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 339 aa  669    Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4363  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 339 aa  669    Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3520  LysR family transcriptional regulator  98.12 
 
 		 319 aa  617  1e-176  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.677616 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2085  LysR family transcriptional regulator  87.38 
 
 		 325 aa  540  9.999999999999999e-153  Burkholderia sp. 383  Bacteria  decreased coverage  0.0073681  normal  0.210389 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3409  LysR family transcriptional regulator  82.45 
 
 		 325 aa  488  1e-137  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.155989  normal  0.11434 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3916  LysR family transcriptional regulator  82.51 
 
 		 323 aa  486  1e-136  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.993386  normal  0.61928 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0543  LysR family transcriptional regulator  57.99 
 
 		 309 aa  305  8.000000000000001e-82  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.791494  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2417  LysR family transcriptional regulator  49.67 
 
 		 306 aa  273  4.0000000000000004e-72  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  decreased coverage  0.0000194873  normal  0.0826267 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1887  transcriptional regulator, LysR family  45.12 
 
 		 321 aa  253  2.0000000000000002e-66  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.337699  normal  0.210949 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3528  LysR family transcriptional regulator  48.89 
 
 		 353 aa  247  3e-64  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6199  transcriptional regulator, LysR family  49.13 
 
 		 308 aa  244  1.9999999999999999e-63  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.2151  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1528  LysR family transcriptional regulator  48.51 
 
 		 298 aa  241  1e-62  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0399  LysR family transcriptional regulator  42.44 
 
 		 319 aa  236  3e-61  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.222083  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1811  transcriptional regulator, LysR family  48.18 
 
 		 297 aa  236  5.0000000000000005e-61  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.193528  hitchhiker  0.00243987 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2005  transcriptional regulator, LysR family  47.06 
 
 		 298 aa  233  4.0000000000000004e-60  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.140319 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0978  LysR family transcriptional regulator  48.49 
 
 		 298 aa  233  5e-60  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00024266 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1659  LysR family transcriptional regulator  47.42 
 
 		 314 aa  231  1e-59  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.337839  normal  0.66809 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3382  LysR family transcriptional regulator  46.49 
 
 		 295 aa  229  4e-59  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1317  transcriptional regulator, LysR family  45.87 
 
 		 304 aa  229  7e-59  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.631225  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3422  LysR family transcriptional regulator  43.97 
 
 		 304 aa  212  7e-54  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6632  LysR family transcriptional regulator  45.08 
 
 		 310 aa  204  2e-51  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.946509  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2321  putative transcriptional regulator  38.44 
 
 		 319 aa  202  6e-51  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.304743  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0141  LysR family transcriptional regulator  41.8 
 
 		 305 aa  200  3.9999999999999996e-50  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007641  Rru_B0017  LysR family transcriptional regulator  41.95 
 
 		 301 aa  196  6e-49  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6857  LysR family transcriptional regulator  40.47 
 
 		 307 aa  192  1e-47  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.561705  normal  0.826149 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2247  LysR family transcriptional regulator  40.8 
 
 		 307 aa  191  2e-47  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4578  LysR family transcriptional regulator  42.53 
 
 		 301 aa  188  1e-46  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.166046  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4455  LysR family transcriptional regulator  41.88 
 
 		 301 aa  187  2e-46  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.345446  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1270  LysR family transcriptional regulator  42.86 
 
 		 301 aa  186  4e-46  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_27440  putative transcriptional regulator  37.89 
 
 		 321 aa  186  6e-46  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.016223  normal  0.601013 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1717  transcriptional regulator, LysR family  40.21 
 
 		 323 aa  186  6e-46  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0871  LysR family transcriptional regulator  41.67 
 
 		 302 aa  185  9e-46  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3501  LysR family transcriptional regulator  40.94 
 
 		 301 aa  181  1e-44  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.356591  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4870  LysR family transcriptional regulator  42.07 
 
 		 313 aa  181  2e-44  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.42222  normal  0.01712 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2839  LysR family transcriptional regulator  38.49 
 
 		 300 aa  178  1e-43  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.587833 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3329  LysR family transcriptional regulator  40.27 
 
 		 323 aa  177  3e-43  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.195009 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4829  LysR family transcriptional regulator  36.58 
 
 		 301 aa  175  9.999999999999999e-43  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.732539 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5440  LysR family transcriptional regulator  36.58 
 
 		 301 aa  175  9.999999999999999e-43  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.792139 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3381  transcriptional regulator, LysR family  39.58 
 
 		 305 aa  175  9.999999999999999e-43  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.750017  normal  0.450038 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5422  LysR family transcriptional regulator  36.58 
 
 		 295 aa  175  9.999999999999999e-43  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.906945  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_46370  Transcriptional regulator, LysR-family  39.16 
 
 		 307 aa  168  2e-40  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.992428  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2499  LysR family transcriptional regulator  37.01 
 
 		 278 aa  165  8e-40  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.178908  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4909  transcriptional regulator, LysR family  38.46 
 
 		 313 aa  157  2e-37  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.622222  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5091  transcriptional regulator, LysR family  41.9 
 
 		 328 aa  153  5e-36  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.518904  normal  0.269776 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1706  transcriptional regulator, LysR family  35.6 
 
 		 317 aa  149  7e-35  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2136  transcriptional regulator, LysR family  37.91 
 
 		 303 aa  149  9e-35  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0459  transcriptional regulator, LysR family  33.44 
 
 		 308 aa  137  2e-31  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  hitchhiker  0.00764777  normal  0.120091 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4218  transcriptional regulator, LysR family  37.01 
 
 		 300 aa  133  5e-30  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0158  LysR family transcriptional regulator  31.55 
 
 		 342 aa  130  2.0000000000000002e-29  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.0000138303  normal  0.930835 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0076  LysR family transcriptional regulator  31.85 
 
 		 323 aa  130  5.0000000000000004e-29  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0095  transcriptional regulator, LysR family  31.85 
 
 		 323 aa  129  6e-29  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.329429  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2067  transcriptional regulator, LysR family  35.11 
 
 		 307 aa  129  8.000000000000001e-29  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0296  transcriptional regulator, LysR family protein  30.16 
 
 		 327 aa  126  5e-28  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.35272  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0136  LysR family transcriptional regulator  32.15 
 
 		 333 aa  125  8.000000000000001e-28  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0532671 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2045  transcriptional regulator, LysR family  35.89 
 
 		 297 aa  124  2e-27  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0163  LysR family transcriptional regulator  30.75 
 
 		 432 aa  124  2e-27  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000224126 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2333  LysR family transcriptional regulator  34.46 
 
 		 297 aa  123  4e-27  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3544  LysR family transcriptional regulator  32.04 
 
 		 304 aa  123  5e-27  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2490  LysR family transcriptional regulator  30.6 
 
 		 318 aa  121  9.999999999999999e-27  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.234951  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4718  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  29.93 
 
 		 300 aa  122  9.999999999999999e-27  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0979  LysR family transcriptional regulator  28.8 
 
 		 301 aa  120  1.9999999999999998e-26  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00025121 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0145  transcriptional regulator, LysR family  31.38 
 
 		 326 aa  120  3e-26  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.300421  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3766  LysR family transcriptional regulator  34.46 
 
 		 297 aa  120  3e-26  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.536746  normal  0.203175 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4597  LysR family transcriptional regulator  34.46 
 
 		 297 aa  120  3e-26  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3641  LysR family transcriptional regulator  35.02 
 
 		 297 aa  120  3.9999999999999996e-26  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.165522  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5495  LysR family transcriptional regulator  34.68 
 
 		 297 aa  119  7e-26  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.663771 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1092  transcriptional regulatory DNA-binding transcription regulator protein  32.35 
 
 		 300 aa  119  9e-26  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3757  LysR family transcriptional regulator  34.12 
 
 		 297 aa  118  9.999999999999999e-26  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.200349  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3449  regulatory protein, LysR  30.43 
 
 		 326 aa  118  9.999999999999999e-26  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2535  transcriptional regulator, LysR family  33.99 
 
 		 307 aa  118  9.999999999999999e-26  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.799798 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4964  LysR family transcriptional regulator  34.8 
 
 		 297 aa  117  1.9999999999999998e-25  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2111  LysR family transcriptional regulator  33.87 
 
 		 297 aa  117  1.9999999999999998e-25  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0112  LysR family transcriptional regulator  30.28 
 
 		 319 aa  118  1.9999999999999998e-25  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3796  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  31.79 
 
 		 299 aa  117  3e-25  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00027848 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4139  LysR family transcriptional regulator  30.35 
 
 		 323 aa  117  3e-25  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2459  LysR family transcriptional regulator  30.43 
 
 		 298 aa  116  6e-25  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.57263  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0324  LysR family transcriptional regulator  29.71 
 
 		 323 aa  115  7.999999999999999e-25  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3495  regulatory protein, LysR  28.16 
 
 		 322 aa  115  8.999999999999998e-25  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.268712  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3111  LysR family transcriptional regulator  30.74 
 
 		 319 aa  115  1.0000000000000001e-24  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3589  LysR family transcriptional regulator  29.23 
 
 		 330 aa  115  1.0000000000000001e-24  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4518  LysR substrate-binding  32.59 
 
 		 319 aa  114  2.0000000000000002e-24  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4272  LysR family transcriptional regulator  31.63 
 
 		 323 aa  114  2.0000000000000002e-24  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.0731118 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4978  transcriptional regulator, LysR family  32.59 
 
 		 319 aa  114  2.0000000000000002e-24  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  decreased coverage  0.00475669  normal  0.0695462 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3336  transcriptional regulator, LysR family  34.23 
 
 		 306 aa  114  2.0000000000000002e-24  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.347566 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_20790  transcriptional regulator, LysR family  32.78 
 
 		 298 aa  113  4.0000000000000004e-24  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.596943  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0195  LysR family transcriptional regulator  31.49 
 
 		 323 aa  113  4.0000000000000004e-24  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0674  LysR family transcriptional regulator  29.45 
 
 		 334 aa  113  4.0000000000000004e-24  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.0775947  normal  0.69232 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1626  LysR family transcriptional regulator  28.22 
 
 		 329 aa  113  6e-24  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  0.11884 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0195  transcriptional regulator, LysR family  31.31 
 
 		 323 aa  113  6e-24  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0253  LysR family transcriptional regulator  29.38 
 
 		 320 aa  113  6e-24  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1859  LysR family transcriptional regulator  27.91 
 
 		 329 aa  112  1.0000000000000001e-23  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  0.0738691 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0144  transcription regulator protein  31.56 
 
 		 321 aa  110  2.0000000000000002e-23  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3445  LysR family transcriptional regulator  29.41 
 
 		 322 aa  110  2.0000000000000002e-23  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.000626744  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2834  hypothetical protein  28.38 
 
 		 309 aa  111  2.0000000000000002e-23  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0253  LysR family transcriptional regulator  28.48 
 
 		 318 aa  110  3e-23  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.88055 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3446  LysR family transcriptional regulator  30.52 
 
 		 312 aa  110  4.0000000000000004e-23  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  decreased coverage  0.000000932924  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03220  Transcriptional regulator  26.99 
 
 		 347 aa  109  6e-23  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4556  LysR family transcriptional regulator  30.35 
 
 		 321 aa  109  7.000000000000001e-23  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1583  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  30.84 
 
 		 323 aa  109  8.000000000000001e-23  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1003  LysR family transcriptional regulator  31.49 
 
 		 315 aa  108  9.000000000000001e-23  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>