More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bcen2424_3583 on replicon NC_008543
Organism: Burkholderia cenocepacia HI2424



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007511  Bcep18194_B2535  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  97.98 
 
 
397 aa  784    Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3937  extracellular ligand-binding receptor  100 
 
 
397 aa  796    Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.108497  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5317  extracellular ligand-binding receptor  97.73 
 
 
397 aa  782    Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.862776  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5102  extracellular ligand-binding receptor  96.73 
 
 
397 aa  765    Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.294794 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3583  extracellular ligand-binding receptor  100 
 
 
397 aa  796    Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.160701  normal 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0095  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  76.6 
 
 
399 aa  571  1e-161  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.237273 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0090  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  63.64 
 
 
395 aa  458  9.999999999999999e-129  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0960253  normal  0.350813 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2873  extracellular ligand-binding receptor  38.03 
 
 
394 aa  207  3e-52  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.716938  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2323  extracellular ligand-binding receptor  29.13 
 
 
383 aa  186  9e-46  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2020  extracellular ligand-binding receptor  31.32 
 
 
384 aa  182  9.000000000000001e-45  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal  0.168799 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1392  Extracellular ligand-binding receptor  35.84 
 
 
382 aa  182  1e-44  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.54413  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_4261  ABC branched chain amino acid transporter, periplasmic ligand binding protein  30.96 
 
 
404 aa  179  8e-44  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2019  extracellular ligand-binding receptor  30.06 
 
 
374 aa  174  2.9999999999999996e-42  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal  0.288201 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4416  Extracellular ligand-binding receptor  30.34 
 
 
404 aa  174  2.9999999999999996e-42  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE2361  high-affinity branched chain amino acid ABC transporter, amino acid-binding protein  32.29 
 
 
385 aa  173  5e-42  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4395  Extracellular ligand-binding receptor  30.03 
 
 
404 aa  173  5e-42  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.817669  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0067  Extracellular ligand-binding receptor  33.44 
 
 
376 aa  171  3e-41  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.188079 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3401  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein, putative  30.07 
 
 
396 aa  169  7e-41  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.232513  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1934  Extracellular ligand-binding receptor  32.21 
 
 
397 aa  165  1.0000000000000001e-39  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  unclonable  0.0000000937878  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2271  extracellular ligand-binding receptor  31.02 
 
 
378 aa  165  1.0000000000000001e-39  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.731283  normal  0.0249434 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0331  Extracellular ligand-binding receptor  31.48 
 
 
377 aa  164  2.0000000000000002e-39  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.179963  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2283  Extracellular ligand-binding receptor  31.39 
 
 
395 aa  163  5.0000000000000005e-39  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000119381 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4416  extracellular ligand-binding receptor  29.43 
 
 
402 aa  158  2e-37  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.859568  normal 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1257  extracellular ligand-binding receptor  28.1 
 
 
386 aa  157  4e-37  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.000744493  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS01985  amino acid-binding periplasmic (PBP) ABC transporter protein  32.99 
 
 
386 aa  156  6e-37  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.222636  normal 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2502  extracellular ligand-binding receptor  29.04 
 
 
399 aa  155  1e-36  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.101059  normal  0.128771 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3295  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  29.21 
 
 
379 aa  155  2e-36  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0114756  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3886  Extracellular ligand-binding receptor  28.92 
 
 
382 aa  154  2e-36  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_3017  extracellular ligand-binding receptor  30 
 
 
382 aa  154  2e-36  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0050  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  28.92 
 
 
382 aa  154  2e-36  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.143388  normal 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_4031  putative periplasmic substrate-binding protein  28.73 
 
 
379 aa  154  2.9999999999999998e-36  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3957  putative periplasmic substrate-binding protein  28.73 
 
 
379 aa  154  2.9999999999999998e-36  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.877185  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0165  outative extracellular ligand binding protein  28.73 
 
 
379 aa  154  2.9999999999999998e-36  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0932  Extracellular ligand-binding receptor  28.41 
 
 
376 aa  154  2.9999999999999998e-36  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  unclonable  0.000000000568006  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2966  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein, putative  28.45 
 
 
375 aa  152  1e-35  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1575  putative amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  28.45 
 
 
379 aa  152  1e-35  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0129  extracellular ligand-binding receptor  29.21 
 
 
379 aa  152  1e-35  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.212558  normal 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3344  putative periplasmic substrate-binding protein  28.45 
 
 
379 aa  152  1e-35  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2941  extracellular ligand-binding receptor  29.21 
 
 
379 aa  152  1e-35  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.70065  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3027  putative periplasmic substrate-binding protein  28.45 
 
 
379 aa  152  1e-35  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3906  Extracellular ligand-binding receptor  32.09 
 
 
386 aa  152  1e-35  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_3793  Extracellular ligand-binding receptor  32.09 
 
 
386 aa  152  1e-35  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.15379 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0114  extracellular ligand-binding receptor  29.21 
 
 
379 aa  152  1e-35  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2306  Extracellular ligand-binding receptor  29.08 
 
 
419 aa  151  2e-35  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.110917  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0104  extracellular ligand-binding receptor  28.37 
 
 
379 aa  151  2e-35  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3300  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein, putative  28.37 
 
 
379 aa  150  3e-35  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1392  extracellular ligand-binding receptor  30.42 
 
 
386 aa  150  3e-35  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0588  extracellular ligand-binding receptor  31.73 
 
 
399 aa  150  4e-35  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.833048  normal 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0219  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  30.63 
 
 
376 aa  150  4e-35  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00187981  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0113  extracellular ligand-binding receptor  28.37 
 
 
379 aa  150  4e-35  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0115  extracellular ligand-binding receptor  28.37 
 
 
379 aa  149  1.0000000000000001e-34  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0821  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  31.44 
 
 
399 aa  149  1.0000000000000001e-34  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1651  Extracellular ligand-binding receptor  29.34 
 
 
392 aa  148  2.0000000000000003e-34  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.689603  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5309  extracellular ligand-binding receptor  30.39 
 
 
392 aa  148  2.0000000000000003e-34  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.186665 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3058  extracellular ligand-binding receptor  30.39 
 
 
392 aa  148  2.0000000000000003e-34  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4960  extracellular ligand-binding receptor  30.11 
 
 
392 aa  147  3e-34  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00971777 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0339  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  32.61 
 
 
428 aa  147  3e-34  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.824912 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3654  extracellular ligand-binding receptor  32.95 
 
 
399 aa  147  3e-34  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.131877  normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3057  Extracellular ligand-binding receptor  28.85 
 
 
398 aa  147  3e-34  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0486  extracellular ligand-binding receptor  30.4 
 
 
374 aa  147  3e-34  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.853674  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2867  extracellular ligand-binding receptor  29.19 
 
 
401 aa  147  4.0000000000000006e-34  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.867317  normal  0.705839 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4669  extracellular ligand-binding receptor  32.61 
 
 
378 aa  147  4.0000000000000006e-34  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.969731 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5197  extracellular ligand-binding receptor  32.61 
 
 
378 aa  147  4.0000000000000006e-34  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.308157  normal  0.258081 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2729  extracellular ligand-binding receptor  29.24 
 
 
400 aa  146  7.0000000000000006e-34  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4758  extracellular ligand-binding receptor  32.01 
 
 
382 aa  146  7.0000000000000006e-34  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.467075  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2240  extracellular ligand-binding receptor  26.94 
 
 
394 aa  146  8.000000000000001e-34  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2022  Extracellular ligand-binding receptor  26.44 
 
 
373 aa  145  1e-33  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.882154  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2086  Extracellular ligand-binding receptor  30.77 
 
 
372 aa  145  1e-33  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2945  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  32.39 
 
 
377 aa  145  1e-33  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.994918 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6456  extracellular ligand-binding receptor  29.83 
 
 
383 aa  144  2e-33  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.411469  normal  0.286463 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3414  extracellular ligand-binding receptor  29.56 
 
 
378 aa  145  2e-33  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0938732  normal  0.686919 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5105  extracellular ligand-binding receptor  32.39 
 
 
381 aa  144  2e-33  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.140418  decreased coverage  0.00222912 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2113  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein, putative  25.19 
 
 
399 aa  144  3e-33  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3510  ABC transporter substrate binding protein (amino acid)  29.18 
 
 
371 aa  143  4e-33  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.533317  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3145  Extracellular ligand-binding receptor  30.31 
 
 
399 aa  143  7e-33  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.00633656  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2709  Extracellular ligand-binding receptor  29.53 
 
 
401 aa  141  1.9999999999999998e-32  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2319  Extracellular ligand-binding receptor  29.53 
 
 
401 aa  140  3e-32  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.405352  hitchhiker  0.00559033 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6393  extracellular ligand-binding receptor  29.81 
 
 
383 aa  140  4.999999999999999e-32  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5327  high-affinity branched-chain amino acid ABC transporter (substrate-binding protein)  29.48 
 
 
372 aa  140  6e-32  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.25236 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0112  extracellular ligand-binding receptor  30.03 
 
 
381 aa  140  6e-32  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2556  branched chain amino acid ABC transporter (substrate-binding protein)  27.48 
 
 
392 aa  139  6e-32  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.00169682  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1866  extracellular ligand-binding receptor  30.34 
 
 
373 aa  139  7.999999999999999e-32  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_7952  Extracellular ligand-binding receptor  29.15 
 
 
384 aa  139  8.999999999999999e-32  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.351177  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1618  extracellular ligand-binding receptor  28.82 
 
 
371 aa  139  1e-31  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.64009  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6118  branched chain amino-acid ABC transporter substrate-binding protein  29.06 
 
 
379 aa  139  1e-31  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.147292 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5337  Extracellular ligand-binding receptor  29.68 
 
 
383 aa  138  2e-31  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.958288  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3685  extracellular ligand-binding receptor  29 
 
 
371 aa  137  3.0000000000000003e-31  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.28436  normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1842  extracellular ligand-binding receptor  28.49 
 
 
394 aa  137  4e-31  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.843132  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6618  extracellular ligand-binding receptor  28.96 
 
 
382 aa  137  5e-31  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.868668 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0393  Extracellular ligand-binding receptor  29.2 
 
 
381 aa  136  6.0000000000000005e-31  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1720  extracellular ligand-binding receptor  26.09 
 
 
396 aa  136  7.000000000000001e-31  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.565956  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2428  Extracellular ligand-binding receptor  28.88 
 
 
381 aa  135  9e-31  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.632762  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0701  Extracellular ligand-binding receptor  29.72 
 
 
377 aa  135  9.999999999999999e-31  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.0183935  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0192  extracellular ligand-binding receptor  30.31 
 
 
380 aa  135  9.999999999999999e-31  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1730  extracellular ligand-binding receptor  29.6 
 
 
393 aa  135  1.9999999999999998e-30  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.145058  n/a   
 
 
-
 
NC_009669  Oant_4487  extracellular ligand-binding receptor  32.36 
 
 
384 aa  134  1.9999999999999998e-30  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  decreased coverage  0.00567759  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4327  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  29.2 
 
 
402 aa  135  1.9999999999999998e-30  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3989  extracellular ligand-binding receptor  31.22 
 
 
388 aa  134  1.9999999999999998e-30  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.143637 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0205  extracellular ligand-binding receptor  30.31 
 
 
380 aa  134  1.9999999999999998e-30  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3495  Extracellular ligand-binding receptor  27.91 
 
 
381 aa  134  3e-30  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>