More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bcen2424_3146 on replicon NC_008542
Organism: Burkholderia cenocepacia HI2424



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008542  Bcen2424_3146  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 311 aa  622  1e-177  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2533  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 311 aa  622  1e-177  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_3166  LysR family transcriptional regulator  97.43 
 
 		 311 aa  586  1e-166  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0010131 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6501  LysR family transcriptional regulator  91.96 
 
 		 305 aa  567  1e-161  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.711222  normal  0.162689 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_3084  LysR family transcriptional regulator  90.68 
 
 		 305 aa  553  1e-156  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.115544  normal  0.0198492 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3199  LysR family transcriptional regulator  96.47 
 
 		 305 aa  548  1e-155  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5518  LysR family transcriptional regulator  50.52 
 
 		 292 aa  282  4.0000000000000003e-75  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.593502  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4477  transcriptional regulator, LysR family  49.82 
 
 		 288 aa  275  1.0000000000000001e-72  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.861356  normal  0.041098 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4611  transcriptional regulator, LysR family  49.82 
 
 		 288 aa  275  1.0000000000000001e-72  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.144049  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4288  LysR family transcriptional regulator  49.29 
 
 		 295 aa  272  6e-72  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.423442  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4470  transcriptional regulator, LysR family  48.94 
 
 		 311 aa  270  2.9999999999999997e-71  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0844089  normal  0.102172 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4604  transcriptional regulator, LysR family  48.94 
 
 		 311 aa  270  2.9999999999999997e-71  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0660  LysR family transcriptional regulator  50.36 
 
 		 299 aa  267  2e-70  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.558378 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4191  LysR family transcriptional regulator  46.85 
 
 		 304 aa  261  1e-68  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.936352  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7527  LysR family transcriptional regulator  48.39 
 
 		 295 aa  258  6e-68  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.267473  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5370  LysR family transcriptional regulator  48.91 
 
 		 287 aa  253  2.0000000000000002e-66  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.626785  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5138  LysR family transcriptional regulator  46.57 
 
 		 289 aa  249  3e-65  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5191  LysR family transcriptional regulator  47.65 
 
 		 289 aa  248  7e-65  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5011  LysR family transcriptional regulator  46.57 
 
 		 289 aa  248  7e-65  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.967403  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0327  LysR family transcriptional regulator  47.46 
 
 		 289 aa  246  3e-64  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.621945 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1279  LysR family transcriptional regulator  44.95 
 
 		 293 aa  234  1.0000000000000001e-60  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2407  MarR family transcriptional regulator  41.22 
 
 		 283 aa  197  2.0000000000000003e-49  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.565631  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3254  LysR family transcriptional regulator  37.82 
 
 		 288 aa  185  1.0000000000000001e-45  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.819694  normal  0.147179 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2552  LysR family transcriptional regulator  38.35 
 
 		 291 aa  178  1e-43  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.438292 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2677  LysR family transcriptional regulator  37 
 
 		 286 aa  163  4.0000000000000004e-39  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.519308  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1421  transcriptional regulator, LysR family  35.38 
 
 		 295 aa  156  4e-37  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.993172  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2710  transcriptional regulator, LysR family  32.63 
 
 		 309 aa  148  1.0000000000000001e-34  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.79073 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3406  transcriptional regulator, LysR family  32.63 
 
 		 309 aa  148  1.0000000000000001e-34  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2996  LysR family transcriptional regulator  35.63 
 
 		 274 aa  148  1.0000000000000001e-34  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.563844 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_44180  LysR family transcriptional regulator  35.23 
 
 		 293 aa  147  2.0000000000000003e-34  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.680935  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3758  putative transcriptional regulator  34.88 
 
 		 293 aa  147  3e-34  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2143  transcriptional regulator, LysR family  31.21 
 
 		 302 aa  145  1e-33  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4466  LysR family transcriptional regulator  34.89 
 
 		 316 aa  144  2e-33  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3168  LysR family transcriptional regulator  34.04 
 
 		 298 aa  143  3e-33  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.655223  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3369  LysR family transcriptional regulator  34.16 
 
 		 298 aa  142  5e-33  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.384644 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2547  LysR family transcriptional regulator  34.15 
 
 		 289 aa  142  6e-33  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.291089  decreased coverage  0.00703073 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0485  transcriptional regulator, LysR family  33.94 
 
 		 294 aa  142  6e-33  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.916327  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4872  LysR family transcriptional regulator  30.94 
 
 		 295 aa  142  9e-33  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.511733  normal  0.704501 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2115  LysR family transcriptional regulator  30.85 
 
 		 294 aa  141  9.999999999999999e-33  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3681  LysR family transcriptional regulator  33.81 
 
 		 299 aa  140  1.9999999999999998e-32  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1859  LysR family transcriptional regulator  35.32 
 
 		 314 aa  141  1.9999999999999998e-32  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.430795  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2218  LysR family transcriptional regulator  33.81 
 
 		 289 aa  141  1.9999999999999998e-32  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.573789 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_47310  LysR family transcriptional regulator  33.57 
 
 		 286 aa  139  8.999999999999999e-32  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2144  LysR family transcriptional regulator  32.73 
 
 		 294 aa  138  1e-31  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.527134  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4082  putative transcriptional regulator  33.94 
 
 		 286 aa  138  1e-31  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3855  transcriptional regulator, LysR family  34.04 
 
 		 316 aa  137  2e-31  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3260  LysR family transcriptional regulator  32.84 
 
 		 288 aa  136  5e-31  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.670628  normal  0.111197 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1310  ndhF3 operon transcriptional regulator  30.88 
 
 		 323 aa  136  5e-31  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1817  transcriptional regulator, LysR family  32.27 
 
 		 303 aa  135  7.000000000000001e-31  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1091  transcriptional regulator, LysR family  31.62 
 
 		 300 aa  135  8e-31  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2158  transcriptional regulator, LysR family  32.27 
 
 		 301 aa  135  8e-31  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1695  LysR family transcriptional regulator  32.49 
 
 		 294 aa  135  9e-31  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.909005  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2282  LysR family transcriptional regulator  29.01 
 
 		 316 aa  130  4.0000000000000003e-29  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3312  transcriptional regulator, LysR family  31.6 
 
 		 301 aa  127  2.0000000000000002e-28  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.782402 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2640  RuBisCO operon transcriptional regulator  31.21 
 
 		 305 aa  127  2.0000000000000002e-28  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3682  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 286 aa  127  3e-28  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.903074  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2401  LysR family transcriptional regulator  31.02 
 
 		 315 aa  127  3e-28  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.38508  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1877  LysR family transcriptional regulator  32.32 
 
 		 297 aa  126  4.0000000000000003e-28  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.000269934  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2625  transcriptional regulator  30.39 
 
 		 313 aa  126  5e-28  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.172216  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1835  LysR family transcriptional regulator  31.41 
 
 		 287 aa  125  7e-28  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3313  LysR family transcriptional regulator  32.28 
 
 		 302 aa  123  3e-27  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.600178  normal  0.236469 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3528  LysR family transcriptional regulator  30.58 
 
 		 287 aa  123  4e-27  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.235162  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2210  LysR family transcriptional regulator  30.58 
 
 		 287 aa  122  5e-27  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.441288  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2639  transcriptional regulator  31.83 
 
 		 302 aa  123  5e-27  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1245  LysR family transcriptional regulator  28.77 
 
 		 313 aa  123  5e-27  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000547224  normal  1 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_29540  transcriptional regulator  33.09 
 
 		 286 aa  123  5e-27  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1047  LysR family transcriptional regulator  29.31 
 
 		 318 aa  122  6e-27  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  hitchhiker  0.00687136  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0269  LysR substrate-binding  28.36 
 
 		 298 aa  122  9e-27  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.670723  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0411  LysR family transcriptional regulator  28.03 
 
 		 308 aa  120  1.9999999999999998e-26  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2651  transcriptional regulator  27.53 
 
 		 316 aa  121  1.9999999999999998e-26  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1390  transcriptional regulator, LysR family  28.57 
 
 		 308 aa  121  1.9999999999999998e-26  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1508  LysR family transcriptional regulator  30 
 
 		 307 aa  120  1.9999999999999998e-26  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.000000734154  hitchhiker  0.000350474 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1692  rubisco operon transcriptional regulator  28.57 
 
 		 332 aa  120  3e-26  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.250885  n/a   
 
 
-
 
NC_007959  Nham_4044  LysR family transcriptional regulator  30.53 
 
 		 326 aa  120  3e-26  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007959  Nham_4331  LysR family transcriptional regulator  30.53 
 
 		 310 aa  120  3e-26  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2254  LysR family transcriptional regulator  30.6 
 
 		 299 aa  120  3.9999999999999996e-26  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0160178  normal  0.585542 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1620  transcriptional regulator, LysR family  30.6 
 
 		 299 aa  119  3.9999999999999996e-26  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2835  LysR family transcriptional regulator  28.28 
 
 		 309 aa  119  6e-26  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3204  transcriptional regulator, LysR family  29.62 
 
 		 326 aa  119  6e-26  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.0357264  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0687  LysR family transcriptional regulator  29.12 
 
 		 311 aa  119  7e-26  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.591422  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4836  LysR family transcriptional regulator  30.48 
 
 		 328 aa  119  9e-26  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3460  LysR family transcriptional regulator  30.94 
 
 		 287 aa  119  9e-26  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.143807  normal  0.568663 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0334  LysR family transcriptional regulator  31.36 
 
 		 301 aa  118  9.999999999999999e-26  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.00000502074  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_5348  LysR family transcriptional regulator  30.1 
 
 		 320 aa  117  1.9999999999999998e-25  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0041705 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_4465  transcriptional regulator, LysR family  33.79 
 
 		 319 aa  117  1.9999999999999998e-25  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  hitchhiker  0.00192923  normal  0.232029 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3968  LysR family transcriptional regulator  32.03 
 
 		 322 aa  117  1.9999999999999998e-25  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.456128  normal  0.373765 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1326  LysR family transcriptional regulator  32.47 
 
 		 322 aa  118  1.9999999999999998e-25  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.138103  normal  0.40975 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3723  LysR family transcriptional regulator  32.47 
 
 		 322 aa  117  1.9999999999999998e-25  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.162461  hitchhiker  0.00150053 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_4402  transcriptional regulator, LysR family  33.33 
 
 		 319 aa  117  3e-25  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5397  LysR family transcriptional regulator  30.1 
 
 		 320 aa  117  3e-25  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.547943  normal  0.012277 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0873  transcriptional regulator, LysR family  31.51 
 
 		 325 aa  116  3.9999999999999997e-25  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.164971  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1550  LysR, substrate-binding  27.49 
 
 		 319 aa  116  3.9999999999999997e-25  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5257  LysR family transcriptional regulator  29.76 
 
 		 320 aa  116  5e-25  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.85963 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_5024  LysR family transcriptional regulator  29.92 
 
 		 311 aa  116  5e-25  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.0432035  normal  0.889367 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2047  transcriptional regulator, substrate-binding of LysR family protein  29.79 
 
 		 314 aa  115  6.9999999999999995e-25  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.595043  normal  0.109117 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0634  transcriptional regulator, LysR family  31.23 
 
 		 310 aa  115  7.999999999999999e-25  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2781  LysR family transcriptional regulator  27.34 
 
 		 329 aa  115  8.999999999999998e-25  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5931  LysR family transcriptional regulator  30.1 
 
 		 307 aa  115  1.0000000000000001e-24  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.145733  normal  0.0470213 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_71750  LysR family transcriptional regulator  28.47 
 
 		 311 aa  115  1.0000000000000001e-24  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3033  transcriptional regulator, LysR family  29.03 
 
 		 325 aa  115  1.0000000000000001e-24  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  hitchhiker  0.0089298  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>