More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bcen2424_2520 on replicon NC_008542
Organism: Burkholderia cenocepacia HI2424



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008060  Bcen_1909  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  100 
 
 
67 aa  136  9e-32  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  hitchhiker  8.3542e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5852  cold-shock DNA-binding protein family protein  100 
 
 
67 aa  136  9e-32  Burkholderia sp. 383  Bacteria  decreased coverage  5.87256e-11  normal  0.480668 
 
 
 
NC_010508  Bcenmc03_2545  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  100 
 
 
67 aa  136  9e-32  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  hitchhiker  2.42015e-07  decreased coverage  7.15587e-10 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2520  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  100 
 
 
67 aa  136  9e-32  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  unclonable  1.51269e-13  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1112  cold shock transcription regulator protein  95.52 
 
 
81 aa  131  3e-30  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  hitchhiker  1.70415e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0761  cold-shock domain-contain protein  95.52 
 
 
81 aa  131  3e-30  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  unclonable  2.5188e-13  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2279  cold-shock domain-contain protein  95.52 
 
 
67 aa  130  4e-30  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  decreased coverage  7.50079e-10  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0574  cold-shock domain-contain protein  95.52 
 
 
67 aa  130  4e-30  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  hitchhiker  3.58394e-13  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0958  cold shock protein  95.52 
 
 
67 aa  130  4e-30  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  unclonable  1.17939e-13  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2156  cold-shock domain-contain protein  95.52 
 
 
67 aa  130  4e-30  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  hitchhiker  3.51487e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2568  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  95.52 
 
 
67 aa  130  4e-30  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  hitchhiker  6.3088e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0775  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  95.52 
 
 
67 aa  130  4e-30  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  decreased coverage  1.50831e-11  hitchhiker  1.49768e-10 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0962  cold shock protein  95.52 
 
 
67 aa  130  4e-30  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  decreased coverage  0.000153995  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1051  cold-shock domain-contain protein  95.52 
 
 
67 aa  130  4e-30  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  hitchhiker  1.17316e-10  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2438  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  95.52 
 
 
67 aa  130  4e-30  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  unclonable  1.80609e-12  unclonable  1.76576e-11 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0567  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  94.03 
 
 
68 aa  130  8e-30  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  unclonable  1.01913e-11  hitchhiker  0.000143899 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0798  cold-shock DNA-binding protein family protein  93.94 
 
 
68 aa  128  3e-29  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  decreased coverage  1.06482e-14  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3167  cold-shock DNA-binding domain protein  93.94 
 
 
68 aa  128  3e-29  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  4.93488e-08  hitchhiker  0.00220171 
 
 
-
 
NC_003296  RSp1053  cold shock-like transcription regulator protein  89.55 
 
 
67 aa  126  1e-28  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.470883  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3093  cold-shock DNA-binding protein family protein  89.55 
 
 
72 aa  125  1e-28  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.475725  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2466  cold shock-like transcription regulator protein  86.57 
 
 
67 aa  123  7e-28  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.4868  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1251  cold-shock DNA-binding domain protein  86.57 
 
 
67 aa  123  1e-27  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.791861  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2246  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  85.07 
 
 
67 aa  121  3e-27  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  decreased coverage  1.57436e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1750  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  85.07 
 
 
67 aa  119  1e-26  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.0957427  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1465  cold-shock DNA-binding domain protein  85.07 
 
 
67 aa  119  1e-26  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  decreased coverage  0.000499386  normal  0.887495 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2754  cold-shock DNA-binding protein family protein  85.07 
 
 
69 aa  119  2e-26  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2735  cold-shock DNA-binding domain protein  83.58 
 
 
67 aa  118  2e-26  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.723886  normal  0.792546 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2345  cold-shock DNA-binding domain protein  83.58 
 
 
67 aa  118  2e-26  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.574294  normal  0.405321 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1291  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  83.58 
 
 
67 aa  118  3e-26  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.515471  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0855  cold-shock DNA-binding protein family protein  87.69 
 
 
68 aa  118  3e-26  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.563444  normal  0.445485 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4276  cold-shock DNA-binding domain protein  87.5 
 
 
67 aa  116  1e-25  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2140  cold-shock DNA-binding protein family protein  80.6 
 
 
67 aa  116  1e-25  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  decreased coverage  6.48799e-10  normal 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4386  cold-shock DNA-binding domain protein  87.5 
 
 
67 aa  116  1e-25  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.490734 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2894  cold-shock DNA-binding protein family protein  80.6 
 
 
69 aa  115  2e-25  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.620309 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1388  cold-shock DNA-binding protein family protein  84.62 
 
 
67 aa  114  5e-25  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  decreased coverage  2.02704e-14  normal  0.239262 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0679  cold-shock DNA-binding protein family protein  81.54 
 
 
68 aa  113  9e-25  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.233328  normal  0.774201 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0965  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  82.09 
 
 
67 aa  113  1e-24  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  unclonable  1.19944e-12  normal  0.392298 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1005  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  82.09 
 
 
67 aa  113  1e-24  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  decreased coverage  1.38361e-10  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0527  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  82.09 
 
 
67 aa  113  1e-24  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  unclonable  9.67156e-11  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2393  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  83.33 
 
 
67 aa  113  1e-24  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4113  cold-shock DNA-binding protein family protein  82.09 
 
 
67 aa  112  1e-24  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  1.03179e-11  normal  0.421912 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0865  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  80.6 
 
 
67 aa  111  3e-24  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  hitchhiker  2.17633e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1594  cold-shock domain-contain protein  81.82 
 
 
67 aa  111  3e-24  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  unclonable  2.25603e-13  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3007  cold-shock domain-contain protein  81.82 
 
 
67 aa  111  3e-24  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  unclonable  1.26299e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2941  cold-shock domain-contain protein  81.82 
 
 
67 aa  111  3e-24  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  unclonable  5.29081e-13  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3041  cold shock transcription regulator protein  81.82 
 
 
67 aa  111  3e-24  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  unclonable  2.33724e-10  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0877  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  80.6 
 
 
67 aa  111  3e-24  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.351907  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3392  cold-shock DNA-binding protein family protein  79.1 
 
 
68 aa  111  4e-24  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0586  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  81.54 
 
 
67 aa  111  4e-24  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2951  cold-shock DNA-binding protein family protein  77.61 
 
 
77 aa  110  6e-24  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.15288  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6907  cold-shock DNA-binding domain protein  77.61 
 
 
67 aa  110  7e-24  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.240211  normal  0.394944 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5169  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  77.61 
 
 
67 aa  109  2e-23  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7382  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  80 
 
 
67 aa  108  2e-23  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.0708981 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5269  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  75.38 
 
 
67 aa  108  3e-23  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.0859722 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0913  cold-shock DNA-binding protein family protein  80 
 
 
67 aa  108  3e-23  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.587921  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2727  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  76.12 
 
 
67 aa  108  3e-23  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.312449  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1374  cold-shock DNA-binding domain protein  76.12 
 
 
67 aa  107  6e-23  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.287556  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1135  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  74.65 
 
 
71 aa  107  6e-23  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0676  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  76.92 
 
 
67 aa  107  7e-23  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.197262  normal  0.753603 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1188  cold-shock DNA-binding protein family protein  78.79 
 
 
68 aa  106  8e-23  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  decreased coverage  0.00084266  normal 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6028  cold-shock DNA-binding protein family protein  76.92 
 
 
67 aa  107  8e-23  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3078  cold-shock DNA-binding domain protein  78.46 
 
 
67 aa  106  1e-22  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2202  cold-shock DNA-binding domain protein  75.38 
 
 
67 aa  105  2e-22  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2061  cold-shock DNA-binding protein family protein  75.38 
 
 
67 aa  105  2e-22  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.131927 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0252  cold-shock DNA-binding protein family protein  73.85 
 
 
67 aa  105  2e-22  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.994476  n/a   
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6014  cold-shock DNA-binding protein family protein  75.38 
 
 
67 aa  105  2e-22  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0273  cold-shock DNA-binding domain protein  73.85 
 
 
67 aa  105  2e-22  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0262  cold-shock DNA-binding domain protein  73.85 
 
 
67 aa  105  2e-22  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1668  cold-shock DNA-binding protein family protein  74.63 
 
 
67 aa  105  3e-22  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  decreased coverage  2.81076e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0430  cold-shock DNA-binding protein family protein  76.92 
 
 
67 aa  104  4e-22  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  1.80464e-05  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3528  cold-shock DNA-binding domain protein  76.92 
 
 
67 aa  104  4e-22  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  decreased coverage  0.00720053  normal  0.332876 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1662  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  72.73 
 
 
79 aa  104  5e-22  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.801094 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4995  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  75.38 
 
 
67 aa  103  7e-22  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.833631  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0273  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  73.85 
 
 
67 aa  103  8e-22  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.355642 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_5888  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  75.38 
 
 
67 aa  103  9e-22  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.232235  normal  0.225892 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5524  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  75.38 
 
 
67 aa  103  9e-22  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.337597  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6397  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  75.38 
 
 
67 aa  103  9e-22  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.257839 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1151  cold-shock DNA-binding protein family protein  75.38 
 
 
67 aa  103  1e-21  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0114699  normal  0.306384 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4064  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  75.38 
 
 
67 aa  103  1e-21  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.325578  normal  0.535982 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5764  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  75 
 
 
170 aa  102  1e-21  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  hitchhiker  0.008002 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4522  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  75.38 
 
 
67 aa  103  1e-21  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.044588  normal  0.193224 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5818  cold-shock DNA-binding protein family  73.13 
 
 
67 aa  102  2e-21  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006348  BMA2791  cold-shock domain-contain protein  75.38 
 
 
67 aa  102  2e-21  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.827238  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3622  cold-shock domain-contain protein  75.38 
 
 
67 aa  102  2e-21  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3184  cold-shock domain-contain protein  75.38 
 
 
67 aa  102  2e-21  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1407  cold-shock DNA-binding protein family protein  70.15 
 
 
67 aa  102  2e-21  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.00627672  normal  0.763521 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0751  cold-shock DNA-binding protein family protein  72.73 
 
 
67 aa  102  2e-21  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3598  CspE-related protein  75.38 
 
 
67 aa  102  2e-21  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.164204  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2503  cold-shock DNA-binding protein family protein  70.15 
 
 
68 aa  102  2e-21  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  hitchhiker  7.9429e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5342  cold-shock DNA-binding protein family protein  73.13 
 
 
67 aa  102  2e-21  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0172  cold-shock DNA-binding domain protein  72.73 
 
 
67 aa  102  2e-21  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  hitchhiker  1.63048e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3609  cold shock transcription regulator protein  75.38 
 
 
67 aa  102  2e-21  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1750  cold-shock domain-contain protein  75.38 
 
 
67 aa  102  2e-21  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2936  cold-shock domain-contain protein  75.38 
 
 
67 aa  102  2e-21  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01731  hypothetical protein  70.31 
 
 
68 aa  101  3e-21  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2965  cold-shock DNA-binding domain protein  67.16 
 
 
68 aa  101  3e-21  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  hitchhiker  1.38264e-05 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3895  cold-shock DNA-binding domain protein  76.92 
 
 
67 aa  101  3e-21  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_3782  cold-shock DNA-binding domain protein  76.92 
 
 
67 aa  101  3e-21  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0399631  normal  0.208523 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0840  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  76.19 
 
 
69 aa  101  3e-21  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.0431891  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RSp0002  cold shock-like transcription regulator protein  76.92 
 
 
67 aa  101  4e-21  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  unclonable  1.06276e-08  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>