107 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bcen2424_1343 on replicon NC_008542
Organism: Burkholderia cenocepacia HI2424



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008060  Bcen_0862  PadR-like family transcriptional regulator  100 
 
 
202 aa  405  1.0000000000000001e-112  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1343  PadR-like family transcriptional regulator  100 
 
 
202 aa  405  1.0000000000000001e-112  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1322  PadR-like family transcriptional regulator  96.81 
 
 
183 aa  357  6e-98  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.704884 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4476  PadR family transcriptional regulator  89.6 
 
 
192 aa  350  5.9999999999999994e-96  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.949846  normal 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0095  PadR-like family regulatory protein  65.64 
 
 
196 aa  248  3e-65  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1517  PadR family transcriptional regulator  65.98 
 
 
196 aa  248  4e-65  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.178756  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1272  transcriptional regulator  66.49 
 
 
185 aa  247  1e-64  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.546135  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1600  PadR family transcriptional regulator  66.84 
 
 
185 aa  246  2e-64  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.797294  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4271  PadR-like family transcriptional regulator  65.59 
 
 
179 aa  242  3e-63  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0469605  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2496  transcriptional regulator, PadR-like family  53.8 
 
 
177 aa  179  2e-44  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0617263  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1892  PadR-like family transcriptional regulator  56.89 
 
 
176 aa  179  2.9999999999999997e-44  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.481903  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS05461  hypothetical protein  50.82 
 
 
178 aa  174  9e-43  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.797488  normal  0.144264 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4818  transcriptional regulator, PadR-like family  48.09 
 
 
179 aa  168  4e-41  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.683048  normal 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3741  transcriptional regulator, PadR-like family  48.09 
 
 
179 aa  168  4e-41  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5591  PadR family transcriptional regulator  46.5 
 
 
196 aa  162  2.0000000000000002e-39  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3673  PadR family transcriptional regulator  45.55 
 
 
189 aa  159  3e-38  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4824  transcriptional regulator, PadR-like family  48.37 
 
 
184 aa  150  2e-35  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4576  PadR family transcriptional regulator  42.31 
 
 
181 aa  131  6e-30  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2248  PadR family transcriptional regulator  39.89 
 
 
183 aa  123  2e-27  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.0137325  normal 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11201  hypothetical protein  39.49 
 
 
189 aa  115  3.9999999999999997e-25  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  0.705014  normal 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1345  transcriptional regulator, PadR-like family  37.5 
 
 
190 aa  111  8.000000000000001e-24  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2017  Transcriptional regulator PadR-like protein  38.92 
 
 
181 aa  110  2.0000000000000002e-23  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  decreased coverage  0.00625751  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0813  PadR family transcriptional regulator  33.7 
 
 
195 aa  102  3e-21  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.403384 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00046  transcriptional regulator  31.02 
 
 
201 aa  98.6  6e-20  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2223  hypothetical protein  31.77 
 
 
179 aa  95.5  4e-19  Vibrio cholerae O395  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000000756416  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002309  predicted transcriptional regulator  32.62 
 
 
179 aa  90.9  1e-17  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4870  PadR family transcriptional regulator  46.46 
 
 
173 aa  80.5  0.00000000000001  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4959  PadR family transcriptional regulator  46.46 
 
 
173 aa  80.5  0.00000000000001  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5238  PadR family transcriptional regulator  46.46 
 
 
173 aa  80.5  0.00000000000002  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5734  transcriptional regulator, PadR-like family  46.51 
 
 
172 aa  77.4  0.0000000000001  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal  0.667437 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2598  transcriptional regulator PadR family protein  35.88 
 
 
203 aa  77  0.0000000000002  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.10372  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1076  PadR-like family transcriptional regulator  51.72 
 
 
182 aa  75.1  0.0000000000006  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.973287 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5461  PadR-like family transcriptional regulator  45.45 
 
 
175 aa  75.1  0.0000000000007  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.399504 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_26090  predicted transcriptional regulator  32.09 
 
 
194 aa  72.8  0.000000000003  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0010  PadR family transcriptional regulator  26.74 
 
 
216 aa  72.4  0.000000000004  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.341135  normal  0.976075 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1923  transcriptional regulator, PadR-like family  34 
 
 
184 aa  72.4  0.000000000004  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal  0.870316 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0079  PadR-like family transcriptional regulator  40.68 
 
 
184 aa  71.6  0.000000000007  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6303  transcriptional regulator, PadR-like family  34.07 
 
 
188 aa  71.6  0.000000000007  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.113883  normal  0.109812 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2505  Transcriptional regulator PadR-like protein  41.18 
 
 
195 aa  71.2  0.000000000009  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.774349  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2796  PadR-like family transcriptional regulator  36.64 
 
 
187 aa  68.6  0.00000000006  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000783217 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1331  PadR-like family transcriptional regulator  40.4 
 
 
187 aa  68.2  0.00000000009  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.673499  normal  0.512456 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0225  transcriptional regulator, PadR-like family  38.89 
 
 
187 aa  68.2  0.00000000009  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_1267  transcriptional regulator, PadR-like family  36.08 
 
 
185 aa  67  0.0000000002  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2628  transcriptional regulator, PadR-like family  39.53 
 
 
183 aa  67  0.0000000002  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0838  transcriptional regulator, PadR-like family  29.32 
 
 
305 aa  64.3  0.000000001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0613  transcriptional regulator, PadR-like family  33.82 
 
 
185 aa  63.5  0.000000002  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.121754  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4651  PadR family transcriptional regulator  36.7 
 
 
191 aa  62.8  0.000000003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0244523  normal  0.199079 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3692  transcriptional regulator, PadR-like family  32.35 
 
 
176 aa  61.2  0.000000009  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal  0.466556 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1942  transcriptional regulator, PadR-like family  32.56 
 
 
190 aa  60.5  0.00000002  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.649518  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3145  PadR-like family transcriptional regulator  29.66 
 
 
184 aa  60.5  0.00000002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0144  transcriptional regulator, PadR-like family  27.94 
 
 
179 aa  60.1  0.00000002  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  0.0154267  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1493  PadR family transcriptional regulator  33.73 
 
 
204 aa  59.3  0.00000003  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.170448  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_2204  PadR family transcriptional regulator  26.09 
 
 
179 aa  57.4  0.0000001  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.0586729  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0871  PadR-like family transcriptional regulator  34.23 
 
 
168 aa  57  0.0000002  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.138524  normal  0.0913911 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1257  transcriptional regulator  43.68 
 
 
174 aa  56.2  0.0000003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.287326 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_07680  predicted transcriptional regulator  31.18 
 
 
166 aa  55.8  0.0000004  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4863  transcriptional regulator, PadR-like family  30 
 
 
186 aa  55.8  0.0000005  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.149571  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1864  hypothetical protein  30 
 
 
148 aa  55.8  0.0000005  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  hitchhiker  0.00461724  normal  0.158626 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3551  transcriptional regulator, PadR-like family  38.82 
 
 
210 aa  55.1  0.0000007  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0865  hypothetical protein  34.58 
 
 
179 aa  54.3  0.000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4729  transcriptional regulator, PadR-like family  33.94 
 
 
197 aa  54.3  0.000001  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1343  transcriptional regulator PadR family protein  38.89 
 
 
186 aa  53.5  0.000002  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5624  transcriptional regulator, PadR-like family  30.63 
 
 
191 aa  53.5  0.000002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal  0.218719 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_02430  transcriptional regulator, PadR family  34.07 
 
 
174 aa  53.1  0.000003  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.467679  normal 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0779  transcriptional regulator, PadR-like family  32.14 
 
 
184 aa  52.8  0.000003  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.125594  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6781  transcriptional regulator, PadR-like family  31.03 
 
 
174 aa  52.4  0.000004  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_5568  transcriptional regulator, PadR-like family  36.9 
 
 
176 aa  52  0.000005  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.630063  normal  0.41654 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4568  PadR-like family transcriptional regulator  34.74 
 
 
227 aa  52  0.000006  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal  0.167049 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1999  transcriptional regulator, PadR-like family  33 
 
 
198 aa  52  0.000006  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.893773  normal  0.663907 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3472  transcriptional regulator, PadR-like family  33.96 
 
 
174 aa  52  0.000007  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.287641  normal 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_06690  predicted transcriptional regulator  35.23 
 
 
191 aa  51.6  0.000007  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  unclonable  0.00000111873  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4160  transcriptional regulator, PadR-like family  37.65 
 
 
222 aa  51.6  0.000009  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.354182  normal  0.0431624 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2234  PadR-like family transcriptional regulator  36.67 
 
 
174 aa  50.8  0.00001  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.156481  decreased coverage  0.00573263 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3110  transcriptional regulator, PadR-like family  23.13 
 
 
325 aa  51.2  0.00001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000271029  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3845  transcriptional regulator, PadR-like family  30.19 
 
 
174 aa  50.8  0.00001  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1562  transcriptional regulator, PadR-like family  29.52 
 
 
186 aa  49.7  0.00003  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.553173  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1415  transcriptional regulator, PadR-like family  35.29 
 
 
194 aa  49.7  0.00003  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.0975835  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0943  transcriptional regulator, PadR-like family  30.36 
 
 
166 aa  48.9  0.00006  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0527  PadR family transcriptional regulator  29.91 
 
 
175 aa  48.5  0.00007  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4806  transcriptional regulator, PadR-like family  37.65 
 
 
200 aa  48.1  0.00008  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0379  transcriptional regulator, PadR-like family  36.47 
 
 
177 aa  48.1  0.00008  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1627  transcriptional regulator protein-like protein  30.09 
 
 
168 aa  48.1  0.00009  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.155416 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0979  transcriptional regulator PadR family protein  31.91 
 
 
191 aa  46.6  0.0002  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.334428  normal 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0828  transcriptional regulator, PadR-like family  33 
 
 
202 aa  46.6  0.0002  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.845057 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1362  transcriptional regulator, PadR-like family  31.71 
 
 
223 aa  47.4  0.0002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.323106  normal  0.883441 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8052  transcriptional regulator protein-like protein  31.76 
 
 
175 aa  46.6  0.0002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.440354  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0301  transcriptional regulator, PadR-like family  32.08 
 
 
176 aa  47.4  0.0002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4387  transcriptional regulator  33.94 
 
 
175 aa  46.2  0.0003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0173311  normal  0.0793988 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3827  transcriptional regulator, PadR-like family  34.44 
 
 
179 aa  45.8  0.0004  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.207978  normal  0.108117 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0811  PadR family transcriptional regulator  35.58 
 
 
170 aa  45.8  0.0005  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0680  PadR family transcriptional regulator  31.68 
 
 
179 aa  45.8  0.0005  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_13740  predicted transcriptional regulator  30.23 
 
 
196 aa  45.4  0.0006  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1695  transcriptional regulator, PadR-like family  36.47 
 
 
195 aa  45.1  0.0007  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000619842 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0916  PadR-like family transcriptional regulator  29.79 
 
 
171 aa  44.7  0.0009  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1924  PadR-like family transcriptional regulator  34.52 
 
 
182 aa  44.7  0.0009  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000157099 
 
 
-
 
NC_009341  Mflv_5605  PadR-like family transcriptional regulator  31.76 
 
 
207 aa  44.3  0.001  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.0554701  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0701  transcriptional regulator, PadR-like family  28.83 
 
 
242 aa  44.3  0.001  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0288  PadR family transcriptional regulator  29.25 
 
 
248 aa  43.1  0.003  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.716542  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1561  transcriptional regulator, PadR-like family  32.14 
 
 
187 aa  43.1  0.003  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0279  PadR family transcriptional regulator  29.25 
 
 
221 aa  43.1  0.003  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>