79 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bcav_R0027 on replicon NC_012669
Organism: Beutenbergia cavernae DSM 12333



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012669  Bcav_R0027  tRNA-Val  100 
 
 		 77 bp  153  7e-36  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.20425  decreased coverage  0.00178196 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_R0046  tRNA-Val  90.91 
 
 		 77 bp  97.6  4e-19  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.56925  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_R0033  tRNA-Val  93.22 
 
 		 77 bp  85.7  0.000000000000001  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_14170  tRNA-Val  91.04 
 
 		 74 bp  85.7  0.000000000000001  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.688335  normal  1 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_R0036  tRNA-Val  92.45 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_R0024  tRNA-Val  91.53 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0723361  normal  1 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_R0049  tRNA-Val  91.53 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_4337  tRNA-Val  91.53 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_t0001  tRNA-Val  88.14 
 
 		 74 bp  61.9  0.00000002  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1639  tRNA-Val  89.83 
 
 		 78 bp  61.9  0.00000002  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  2.42917e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_R0005  tRNA-Val  89.83 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.000127143  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0506  tRNA-Val  89.83 
 
 		 73 bp  61.9  0.00000002  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  hitchhiker  0.000210489  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_R0053  tRNA-Val  87.5 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_R0038  tRNA-Val  88.33 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0835674  normal  0.174282 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_R0012  tRNA-Val  89.29 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_R0013  tRNA-Val  89.09 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_R0012  tRNA-Val  89.09 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4591  tRNA-Val  89.09 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_R0014  tRNA-Val  88.14 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.20827  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_09370  tRNA-Val  86.44 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.12642  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_R0064  tRNA-Val  86.44 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.192566  normal  1 
 
 
-
 
NC_011728  BbuZS7_0709  tRNA-Val  83.78 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Borrelia burgdorferi ZS7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lppt37  tRNA-Met  100 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_R0040  tRNA-Val  85.71 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.184579  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lplt37  tRNA-Met  100 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_R0037  tRNA-Asp  85.96 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.0700091  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_R0010  tRNA-Val  93.94 
 
 		 76 bp  50.1  0.00008  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.564067  normal  1 
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_1374  tRNA-Val  93.94 
 
 		 74 bp  50.1  0.00008  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  0.110948 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_AR0043  tRNA-Val  88.46 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  unclonable  0.0000000280883  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_R0028  tRNA-Met  96.43 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_R0015  tRNA-Val  88.46 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.0394069 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_R0011  tRNA-Val  88.46 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_R0035  tRNA-Met  96.43 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.481386  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_R0035  tRNA-Met  96.43 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.170326  normal  0.471041 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1429  tRNA-Met  96.43 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_R0033  tRNA-Val  88.46 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.166955 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_R0012    96.43 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.735583  normal  1 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0964  tRNA-Met  96.43 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.0491752  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_R0033  tRNA-Met  96.43 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.404585  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_R0049  tRNA-Met  96.43 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.488702  normal  0.899504 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0037  tRNA-Met  96.43 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0565757  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_R0055  tRNA-Met  96.43 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_R0036  tRNA-Val  88.46 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  unclonable  0.0000000000106131  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_R0027  tRNA-Val  88.46 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.00584836  normal  1 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_16710  tRNA-Val  84.75 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.879903  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0915  tRNA-Val  86.44 
 
 		 78 bp  46.1  0.001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.118093  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_R0076  tRNA-Met  96.3 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.285949  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_R0020  tRNA-Val  86.44 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  hitchhiker  0.00000915512  hitchhiker  0.000000256884 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_R0032  tRNA-Val  84.75 
 
 		 74 bp  46.1  0.001  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.149498  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_R0034  tRNA-Asp  85.45 
 
 		 74 bp  46.1  0.001  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.848663  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_R0004  tRNA-Arg  93.55 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.0000356411  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0390  tRNA-Met  96.3 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_6035  tRNA-Val  87.27 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  hitchhiker  0.0015496  normal  0.392625 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_R0005  tRNA-Asp  85.45 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1788  tRNA-Met  96.3 
 
 		 79 bp  46.1  0.001  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_R0064  tRNA-Arg  93.55 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.00190165  normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_R0033  tRNA-Ile  96.3 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_R0032  tRNA-Val  86.44 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0382858 
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_1239  tRNA-Met  96.15 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_R0039  tRNA-Met  96.15 
 
 		 74 bp  44.1  0.005  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  hitchhiker  0.000000000067349  normal  0.10104 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_t01  tRNA-Val  82.86 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.0313004  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_R0033  tRNA-Met  96.15 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  hitchhiker  0.000000189228  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA75  tRNA-Met  96.15 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_t02  tRNA-Met  96.15 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_t30  tRNA-Met  96.15 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  hitchhiker  0.00107522  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_R0032  tRNA-Met  96.15 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.136069  normal  1 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_R0001  tRNA-Ile  100 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  0.541635  normal  1 
 
 
-
 
NC_002967  TDE_tRNA-Met-3  tRNA-Met  96.15 
 
 		 74 bp  44.1  0.005  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.121443  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0051  tRNA-Val  89.47 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0408927  normal  1 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_R0016  tRNA-Met  96.15 
 
 		 74 bp  44.1  0.005  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  hitchhiker  0.00509711  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_R0032  tRNA-Trp  100 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_R0041  tRNA-Met  96.15 
 
 		 74 bp  44.1  0.005  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000154494  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_R0051  tRNA-Met  96.15 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00732505  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5695  tRNA-Arg  96.15 
 
 		 81 bp  44.1  0.005  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011728  BbuZS7_0217  tRNA-Met  96.15 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Borrelia burgdorferi ZS7  Bacteria  hitchhiker  0.00000283281  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_R0040  tRNA-Met  96.15 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.138957  normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_R0022  tRNA-Met  96.15 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_R0040  tRNA-Arg  100 
 
 		 74 bp  44.1  0.005  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.000000753452  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_R0028  tRNA-Met  96.15 
 
 		 74 bp  44.1  0.005  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000152188  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>