More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bcav_3776 on replicon NC_012669
Organism: Beutenbergia cavernae DSM 12333



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012669  Bcav_3776  regulatory protein GntR HTH  100 
 
 		 269 aa  526  1e-148  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.0209412  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3768  regulatory protein GntR HTH  57.31 
 
 		 254 aa  276  2e-73  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.833334  normal  1 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3223  GntR domain protein  56.9 
 
 		 239 aa  236  4e-61  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000159971 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_08380  transcriptional regulator  50.89 
 
 		 237 aa  221  9.999999999999999e-57  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2470  transcriptional regulator, GntR family  50.68 
 
 		 229 aa  205  5e-52  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.656489  normal  0.0874374 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1434  GntR domain protein  41.82 
 
 		 241 aa  135  7.000000000000001e-31  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.809265  normal  1 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0410  GntR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 242 aa  130  3e-29  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0353  GntR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 249 aa  128  1.0000000000000001e-28  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4797  GntR domain protein  35.65 
 
 		 247 aa  123  3e-27  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.19028  normal  1 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4681  GntR domain protein  34.72 
 
 		 247 aa  122  9e-27  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3406  GntR domain protein  34.04 
 
 		 243 aa  118  9.999999999999999e-26  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_6102  GntR domain-containing protein  36.91 
 
 		 235 aa  117  1.9999999999999998e-25  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0666  GntR family transcriptional regulator  33.91 
 
 		 242 aa  116  3.9999999999999997e-25  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.355679  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0179  GntR family transcriptional regulator  31.93 
 
 		 241 aa  108  9.000000000000001e-23  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2304  GntR family transcriptional regulator  32.48 
 
 		 233 aa  90.9  2e-17  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1078  transcriptional regulatory DNA-binding transcription regulator protein  30.34 
 
 		 255 aa  87.4  2e-16  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0306  FCD domain-containing protein  27.08 
 
 		 228 aa  87.4  2e-16  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.438434  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0301  hypothetical protein  29.51 
 
 		 228 aa  87.4  2e-16  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0563  GntR domain protein  34.43 
 
 		 241 aa  87  3e-16  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_4037  GntR domain protein  35.32 
 
 		 226 aa  84.7  0.000000000000001  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2716  GntR domain-containing protein  32.7 
 
 		 379 aa  84.7  0.000000000000001  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.474503  normal  0.393546 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3006  GntR domain protein  34.18 
 
 		 243 aa  84.3  0.000000000000002  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.137902  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0661  GntR domain-containing protein  30.77 
 
 		 232 aa  84  0.000000000000003  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.2652  normal  0.118681 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4519  GntR domain protein  33.89 
 
 		 240 aa  83.6  0.000000000000003  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2187  GntR domain-containing protein  26.61 
 
 		 239 aa  83.2  0.000000000000004  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.00327996  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3405  GntR domain protein  30.83 
 
 		 239 aa  82.4  0.000000000000006  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  unclonable  8.69353e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6525  GntR domain-containing protein  31.62 
 
 		 253 aa  82.4  0.000000000000007  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.223773  normal  0.0260964 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0156  GntR domain protein  32.57 
 
 		 230 aa  81.6  0.00000000000001  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  0.108623 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1010  GntR domain protein  28.69 
 
 		 251 aa  80.5  0.00000000000002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_21660  transcriptional regulator, GntR family  32.84 
 
 		 235 aa  80.9  0.00000000000002  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.716798 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2589  GntR family transcriptional regulator  28.25 
 
 		 233 aa  80.5  0.00000000000003  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0339999  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2365  GntR family transcriptional regulator  26.58 
 
 		 251 aa  79.7  0.00000000000005  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0740393  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2188  GntR domain-containing protein  29.46 
 
 		 240 aa  78.2  0.0000000000001  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.030411  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3193  GntR family transcriptional regulator  27.23 
 
 		 248 aa  78.2  0.0000000000001  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1342  GntR domain protein  32.76 
 
 		 229 aa  78.2  0.0000000000001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  decreased coverage  0.00721185  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0399  GntR domain protein  31.6 
 
 		 224 aa  77.4  0.0000000000002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2067  GntR domain protein  25.42 
 
 		 252 aa  77.8  0.0000000000002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  decreased coverage  0.000000610321  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1446  GntR domain-containing protein  34.84 
 
 		 227 aa  77.8  0.0000000000002  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4353  GntR domain protein  32.29 
 
 		 225 aa  77.4  0.0000000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.217237 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4768  GntR domain-containing protein  29.46 
 
 		 233 aa  77.4  0.0000000000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.907496  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8203  transcriptional regulator, GntR family  30.67 
 
 		 224 aa  77  0.0000000000003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0749  GntR family transcriptional regulator  29.74 
 
 		 236 aa  77  0.0000000000003  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0833  GntR family transcriptional regulator  31.25 
 
 		 272 aa  77  0.0000000000003  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.0464324 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1263  GntR domain protein  28.18 
 
 		 229 aa  77  0.0000000000003  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4633  GntR domain-containing protein  29.91 
 
 		 233 aa  77  0.0000000000003  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.320715  hitchhiker  0.000883916 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0945  GntR domain protein  28.88 
 
 		 251 aa  76.6  0.0000000000004  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.280817  normal  0.0677412 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3534  GntR family transcriptional regulator  26.2 
 
 		 248 aa  75.9  0.0000000000006  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0913049  normal  0.268016 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2418  GntR domain-containing protein  31.61 
 
 		 238 aa  75.5  0.0000000000008  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.211481 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4621  GntR domain protein  31.8 
 
 		 225 aa  75.5  0.0000000000009  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.471492  normal  0.10805 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1804  GntR family transcriptional regulator  30.24 
 
 		 247 aa  75.5  0.0000000000009  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00283289  hitchhiker  0.0098314 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_00680  transcriptional regulator, GntR family  30.81 
 
 		 230 aa  75.1  0.000000000001  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0763  GntR domain protein  31.33 
 
 		 239 aa  74.7  0.000000000001  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0041  GntR domain-containing protein  27.42 
 
 		 252 aa  75.1  0.000000000001  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.340559 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4862  GntR domain protein  32.07 
 
 		 247 aa  75.1  0.000000000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.105448 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3714  GntR family transcriptional regulator  29.03 
 
 		 247 aa  74.3  0.000000000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.421261  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5347  transcriptional regulator GntR family  32.14 
 
 		 242 aa  73.9  0.000000000002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1453  GntR domain protein  32.26 
 
 		 231 aa  73.9  0.000000000002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4759  GntR family transcriptional regulator  30.94 
 
 		 259 aa  73.6  0.000000000003  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  decreased coverage  0.0000856086  hitchhiker  0.00798136 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_1996  GntR domain protein  31.42 
 
 		 250 aa  73.9  0.000000000003  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  0.482445  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4324  GntR domain-containing protein  31.76 
 
 		 260 aa  73.6  0.000000000003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.133049 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3404  GntR domain protein  30.73 
 
 		 245 aa  73.6  0.000000000003  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  unclonable  0.00000000000000285286  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2942  regulatory protein GntR, HTH  33.78 
 
 		 240 aa  73.9  0.000000000003  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.0684718  normal  0.415025 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0356  GntR domain-containing protein  30.54 
 
 		 238 aa  73.2  0.000000000004  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2815  GntR domain-containing protein  31.6 
 
 		 264 aa  73.2  0.000000000004  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.336695  normal  0.311573 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2727  GntR family transcriptional regulator  33.62 
 
 		 239 aa  73.2  0.000000000005  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.45563  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2771  GntR family transcriptional regulator  33.62 
 
 		 239 aa  73.2  0.000000000005  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.908882  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR0560  GntR family transcriptional regulator  34.31 
 
 		 337 aa  72.8  0.000000000006  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.925079  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1313  regulatory protein GntR HTH  27.6 
 
 		 232 aa  72.8  0.000000000006  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2592  GntR domain protein  45.63 
 
 		 240 aa  72.8  0.000000000006  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.13093  normal  0.0457135 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3977  GntR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 245 aa  72.8  0.000000000006  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.355862  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4276  GntR family transcriptional regulator  30.45 
 
 		 253 aa  72.4  0.000000000008  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0786169  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0216  GntR domain-containing protein  32.77 
 
 		 235 aa  72.4  0.000000000008  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.613582 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_3004  GntR family transcriptional regulator  30.84 
 
 		 230 aa  72  0.000000000009  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0317071  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4550  transcriptional regulator, GntR family  29.83 
 
 		 249 aa  71.6  0.00000000001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1140  GntR domain-containing protein  30.45 
 
 		 249 aa  72  0.00000000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0685  GntR-like  30.45 
 
 		 249 aa  72  0.00000000001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1164  GntR domain-containing protein  30.45 
 
 		 249 aa  72  0.00000000001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1205  GntR domain protein  31.03 
 
 		 238 aa  70.9  0.00000000002  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0725034 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1522  GntR domain-containing protein  28.25 
 
 		 245 aa  70.9  0.00000000002  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.0133617  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4745  GntR domain-containing protein  28.38 
 
 		 249 aa  70.9  0.00000000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00100625 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4413  GntR domain protein  26.11 
 
 		 241 aa  70.9  0.00000000002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1877  GntR domain protein  30.84 
 
 		 236 aa  70.1  0.00000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.380896  normal  0.264595 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0527  GntR domain-containing protein  30.56 
 
 		 258 aa  70.5  0.00000000003  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.914747  normal  0.270736 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1727  GntR domain protein  29.33 
 
 		 273 aa  70.1  0.00000000004  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  unclonable  0.000000957079  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4733  GntR family transcriptional regulator  30.38 
 
 		 214 aa  70.1  0.00000000004  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4496  GntR family transcriptional regulator  29.75 
 
 		 214 aa  69.7  0.00000000004  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4343  GntR family transcriptional regulator  29.75 
 
 		 214 aa  69.7  0.00000000004  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3719  GntR family transcriptional regulator  26.61 
 
 		 237 aa  70.1  0.00000000004  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.589527 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4847  GntR family transcriptional regulator  29.75 
 
 		 214 aa  69.7  0.00000000004  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4717  transcriptional regulator, GntR family  29.75 
 
 		 214 aa  69.7  0.00000000004  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0253  GntR domain-containing protein  30.31 
 
 		 262 aa  69.7  0.00000000004  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.6565  normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4728  transcriptional regulator, GntR family  29.75 
 
 		 214 aa  69.7  0.00000000004  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0022  GntR domain protein  26.34 
 
 		 232 aa  69.7  0.00000000005  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1691  GntR domain protein  30 
 
 		 236 aa  69.7  0.00000000005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.148925  normal  1 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0561  GntR family transcriptional regulator  33.64 
 
 		 225 aa  69.7  0.00000000005  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1426  GntR domain-containing protein  31.98 
 
 		 253 aa  69.3  0.00000000006  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_13020  transcriptional regulator, GntR family  28.99 
 
 		 230 aa  69.3  0.00000000007  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  hitchhiker  0.00181332  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3177  GntR family transcriptional regulator  31.05 
 
 		 251 aa  68.9  0.00000000008  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2132  GntR family transcriptional regulator  30.77 
 
 		 246 aa  68.9  0.00000000008  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0525  transcriptional regulator, GntR family  29.75 
 
 		 214 aa  68.9  0.00000000008  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>