More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bcav_3518 on replicon NC_012669
Organism: Beutenbergia cavernae DSM 12333



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_012669  Bcav_3518  transcriptional regulator, AraC family  100 
 
 
275 aa  537  9.999999999999999e-153  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal  0.630647 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_00160  DNA-binding domain-containing protein, AraC-type  50.18 
 
 
311 aa  230  2e-59  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7100  transcriptional regulator, AraC family  40.44 
 
 
292 aa  150  2e-35  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.723966  normal  0.268951 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2677  transcriptional regulator, AraC family  37.11 
 
 
274 aa  130  3e-29  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2354  transcriptional regulator, AraC family  36.05 
 
 
274 aa  126  5e-28  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.227413 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2291  transcriptional regulator, AraC family  25 
 
 
292 aa  92  9e-18  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2431  AraC protein arabinose-binding/dimerisation  23.72 
 
 
294 aa  92  1e-17  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.690566  normal 
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6086  transcriptional regulator, AraC family  28.34 
 
 
288 aa  91.7  1e-17  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.993456 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3095  AraC family transcriptional regulator  25.94 
 
 
313 aa  89  7e-17  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal  0.570459 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_54610  putative transcriptional regulator  31.91 
 
 
303 aa  80.9  0.00000000000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.53981  normal  0.0153543 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1996  DNA-binding transcriptional regulator AraC  29.03 
 
 
310 aa  80.1  0.00000000000003  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1882  DNA-binding transcriptional regulator AraC  29.03 
 
 
310 aa  80.1  0.00000000000003  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1165  AraC family transcriptional regulator  26.69 
 
 
278 aa  79.3  0.00000000000006  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4772  AraC family transcriptional regulator  32.34 
 
 
293 aa  79.3  0.00000000000006  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2264  DNA-binding transcriptional regulator AraC  28.23 
 
 
310 aa  78.2  0.0000000000001  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2134  AraC protein, arabinose-binding/dimerisation  29.18 
 
 
306 aa  78.6  0.0000000000001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0991  transcriptional regulator, AraC family  21.43 
 
 
276 aa  76.6  0.0000000000004  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0374  transcriptional regulator, AraC family  45.37 
 
 
336 aa  75.9  0.0000000000006  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3197  DNA-binding transcriptional regulator AraC  28.14 
 
 
325 aa  75.5  0.000000000001  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0504834 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3869  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  21.24 
 
 
298 aa  74.7  0.000000000001  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.604271  normal 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5122  transcriptional regulator AraC family  32.52 
 
 
314 aa  75.1  0.000000000001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.962416  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0611  DNA-binding transcriptional regulator AraC  29.63 
 
 
280 aa  75.1  0.000000000001  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.88985  normal  0.0110602 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1573  transcriptional regulator MmsR  30.17 
 
 
297 aa  74.7  0.000000000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00066  DNA-binding transcriptional dual regulator  27.68 
 
 
292 aa  74.3  0.000000000002  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3535  transcriptional regulator, AraC family  27.68 
 
 
292 aa  74.3  0.000000000002  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0066  DNA-binding transcriptional regulator AraC  27.68 
 
 
281 aa  74.7  0.000000000002  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.269311  normal  0.445846 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0115  DNA-binding transcriptional regulator AraC  27.04 
 
 
281 aa  74.3  0.000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.839696  normal  0.0929131 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0111  DNA-binding transcriptional regulator AraC  27.04 
 
 
281 aa  74.3  0.000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal  0.311813 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0069  DNA-binding transcriptional regulator AraC  28.24 
 
 
309 aa  74.3  0.000000000002  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0110  DNA-binding transcriptional regulator AraC  27.04 
 
 
281 aa  74.3  0.000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.234129 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0115  DNA-binding transcriptional regulator AraC  27.04 
 
 
281 aa  74.7  0.000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00065  hypothetical protein  27.68 
 
 
292 aa  74.3  0.000000000002  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0108  DNA-binding transcriptional regulator AraC  27.04 
 
 
281 aa  74.3  0.000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0056  DNA-binding transcriptional regulator AraC  27.68 
 
 
292 aa  74.3  0.000000000002  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0068  DNA-binding transcriptional regulator AraC  27.68 
 
 
292 aa  74.3  0.000000000002  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3593  DNA-binding transcriptional regulator AraC  27.68 
 
 
292 aa  74.3  0.000000000002  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.50445  hitchhiker  0.000000316606 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0066  DNA-binding transcriptional regulator AraC  27.68 
 
 
292 aa  74.3  0.000000000002  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1627  transcriptional regulator, AraC family  23.56 
 
 
273 aa  73.2  0.000000000004  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  decreased coverage  0.00000116038  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1378  AraC family transcriptional regulator  31.91 
 
 
293 aa  72.8  0.000000000006  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.230612  normal  0.324624 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_18110  transcriptional regulator MmsR  29.31 
 
 
307 aa  71.6  0.00000000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2248  DNA-binding transcriptional regulator AraC  26.21 
 
 
305 aa  71.6  0.00000000001  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000211757 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_37180  DNA-binding domain-containing protein, AraC-type  31.74 
 
 
297 aa  71.6  0.00000000001  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0876  transcriptional regulator, AraC family  34.92 
 
 
405 aa  71.2  0.00000000002  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5590  AraC family transcriptional regulator  34.51 
 
 
310 aa  70.9  0.00000000002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.651891 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5215  helix-turn-helix domain-containing protein  29.18 
 
 
331 aa  70.9  0.00000000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2714  transcriptional regulator, AraC family  33.73 
 
 
290 aa  70.1  0.00000000003  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.50523  normal  0.456872 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1163  AraC-type transcriptional regulator domain protein  28.12 
 
 
300 aa  70.5  0.00000000003  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  hitchhiker  0.0000040891  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1909  DNA-binding transcriptional regulator AraC  28.74 
 
 
314 aa  70.5  0.00000000003  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3596  transcriptional regulator, AraC family  23.87 
 
 
301 aa  70.5  0.00000000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.000000994716  hitchhiker  0.0000611237 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2634  DNA-binding transcriptional regulator AraC  26.19 
 
 
294 aa  70.5  0.00000000003  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0937  transcriptional regulator, AraC family  22.46 
 
 
291 aa  70.1  0.00000000003  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.440102  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3305  two component transcriptional regulator, AraC family  36.36 
 
 
513 aa  70.1  0.00000000004  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2032  DNA-binding transcriptional regulator AraC  27.98 
 
 
310 aa  70.1  0.00000000004  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.527693  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0692  transcriptional regulator, AraC family  24.71 
 
 
287 aa  70.1  0.00000000004  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0937  transcriptional regulator, AraC family  39.02 
 
 
291 aa  70.1  0.00000000004  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.127184  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2332  DNA-binding transcriptional regulator AraC  27.98 
 
 
310 aa  69.7  0.00000000005  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0890796  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4897  transcriptional regulator, AraC family  24.78 
 
 
289 aa  69.7  0.00000000005  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4762  transcriptional regulator, AraC family  34.48 
 
 
311 aa  69.3  0.00000000006  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0640871  normal  0.0124247 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6221  AraC family transcriptional regulator  52.05 
 
 
295 aa  69.3  0.00000000006  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7106  transcriptional regulator, AraC family  29.18 
 
 
304 aa  68.9  0.00000000007  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.509238  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1003  AraC family transcriptional regulator  26.7 
 
 
332 aa  68.9  0.00000000007  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.194559  hitchhiker  0.0000278765 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2146  DNA-binding transcriptional regulator AraC  27.35 
 
 
316 aa  68.9  0.00000000008  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001029  transcriptional regulator  30.71 
 
 
307 aa  68.6  0.00000000009  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1745  AraC family transcriptional regulator  38.4 
 
 
331 aa  68.2  0.0000000001  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.334108  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4214  transcriptional regulator, AraC family  42.39 
 
 
305 aa  68.2  0.0000000001  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0474  AraC family transcriptional regulator  18.14 
 
 
284 aa  68.6  0.0000000001  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4324  transcriptional regulator, AraC family  42.39 
 
 
305 aa  68.2  0.0000000001  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.0282215 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0600  two component transcriptional regulator, AraC family  35.29 
 
 
546 aa  68.6  0.0000000001  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7085  transcriptional regulator, AraC family  47.37 
 
 
295 aa  67.8  0.0000000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.425365  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5975  transcriptional regulator, AraC family  22.22 
 
 
299 aa  67.8  0.0000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2104  transcriptional regulator, AraC family  32.71 
 
 
298 aa  67  0.0000000003  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.244646 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3711  AraC family transcriptional regulator  24.51 
 
 
305 aa  66.2  0.0000000005  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.483764  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2728  transcriptional regulator, AraC family  30 
 
 
315 aa  66.2  0.0000000006  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.197653  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1153  AraC family transcriptional regulator  36.8 
 
 
325 aa  65.9  0.0000000006  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.922844  n/a   
 
 
-
 
NC_007412  Ava_C0027  AraC family transcriptional regulator  31.72 
 
 
299 aa  66.2  0.0000000006  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.618912  normal  0.0626425 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0088  AraC family transcriptional regulator  36.8 
 
 
327 aa  65.9  0.0000000006  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.90451  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1008  AraC family transcriptional regulator  36.8 
 
 
325 aa  65.9  0.0000000006  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.351707  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0923  AraC family transcriptional regulator  36.8 
 
 
327 aa  65.9  0.0000000006  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.139126  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1528  AraC family transcriptional regulator  36.8 
 
 
325 aa  65.9  0.0000000006  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.836546  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0774  AraC family transcriptional regulator  39.13 
 
 
278 aa  66.2  0.0000000006  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  decreased coverage  0.000960474 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4445  AraC family transcriptional regulator  33.33 
 
 
278 aa  65.9  0.0000000007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00788504 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2251  AraC family transcription regulator  36.8 
 
 
390 aa  65.9  0.0000000007  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6795  transcriptional regulator, AraC family  24 
 
 
306 aa  65.9  0.0000000007  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.312804  hitchhiker  0.00000309577 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4327  transcriptional regulator, AraC family protein  33.33 
 
 
278 aa  65.9  0.0000000007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4358  transcriptional regulator, AraC family protein  33.33 
 
 
278 aa  65.9  0.0000000007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4522  AraC family transcriptional regulator  33.58 
 
 
283 aa  65.5  0.0000000008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000425632 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4448  AraC family transcriptional regulator  33.58 
 
 
283 aa  65.5  0.0000000008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal  0.172214 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1509  transcriptional regulator, AraC family  29.55 
 
 
272 aa  65.9  0.0000000008  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_29260  putative transcriptional regulator  37.93 
 
 
297 aa  65.9  0.0000000008  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0758  AraC family transcriptional regulator  33.33 
 
 
299 aa  65.5  0.0000000009  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4307  AraC family transcriptional regulator  42.68 
 
 
302 aa  65.1  0.000000001  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0133  AraC family transcriptional regulator  33.1 
 
 
315 aa  65.1  0.000000001  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.13686 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0029  DNA-binding transcriptional regulator AraC  23.49 
 
 
242 aa  65.1  0.000000001  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.773429  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2413  transcriptional regulator, AraC family  40.21 
 
 
322 aa  65.1  0.000000001  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.333457  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_4065  AraC family transcriptional regulator  29.8 
 
 
282 aa  64.7  0.000000001  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.209723  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3971  putative transcriptional regulator  36.78 
 
 
272 aa  64.7  0.000000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.347316  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3074  transcriptional regulator, AraC family  32.48 
 
 
313 aa  64.7  0.000000002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.618991  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0536  transcriptional regulator  33.94 
 
 
318 aa  64.3  0.000000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1501  transcriptional regulator  38.54 
 
 
347 aa  64.7  0.000000002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0360  AraC family transcriptional regulator  40.74 
 
 
313 aa  64.3  0.000000002  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.000460662  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>