More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bcav_0653 on replicon NC_012669
Organism: Beutenbergia cavernae DSM 12333



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013441  Gbro_4532  DNA polymerase LigD, polymerase domain protein  47.26 
 
 		 797 aa  694    Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.684574  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0201  DNA polymerase LigD, polymerase domain protein  49.14 
 
 		 778 aa  663    Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.173659  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0653  ATP-dependent DNA ligase  100 
 
 		 816 aa  1620    Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4352  ATP-dependent DNA ligase  49.58 
 
 		 758 aa  686    Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1828  ATP-dependent DNA ligase  49.08 
 
 		 766 aa  696    Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10956  ATP-dependent DNA ligase  48.09 
 
 		 759 aa  672    Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0294  ATP-dependent DNA ligase  47.3 
 
 		 845 aa  650    Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0128  ATP-dependent DNA ligase  51.53 
 
 		 831 aa  751    Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2233  DNA polymerase LigD, polymerase domain protein  48.21 
 
 		 858 aa  675    Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0520  ATP-dependent DNA ligase  47.2 
 
 		 828 aa  656    Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4438  ATP-dependent DNA ligase  49.58 
 
 		 758 aa  686    Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.0862477 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4915  ATP-dependent DNA ligase  49.15 
 
 		 763 aa  702    Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.735483  normal  0.531274 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4732  ATP-dependent DNA ligase  49.58 
 
 		 758 aa  681    Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.333349  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_13060  DNA ligase D/DNA polymerase LigD  47.26 
 
 		 852 aa  650    Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_07110  ATP-dependent DNA ligase  46.73 
 
 		 847 aa  641    Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_19790  ATP-dependent DNA ligase  48.52 
 
 		 878 aa  609  1e-173  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.874876  normal  0.0111766 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5248  DNA polymerase LigD, ligase domain protein  43.84 
 
 		 495 aa  374  1e-102  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.19885  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_34920  DNA ligase D/DNA polymerase LigD  45.35 
 
 		 477 aa  360  4e-98  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.140848  normal  0.164362 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4716  DNA ligase D  41.65 
 
 		 815 aa  338  1.9999999999999998e-91  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.795355  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0501  DNA ligase D  39.11 
 
 		 863 aa  293  8e-78  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.535245  normal  0.0602088 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3464  DNA ligase, ATP-dependent, putative  35.81 
 
 		 851 aa  291  3e-77  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0488  DNA ligase D  38.42 
 
 		 867 aa  288  2.9999999999999996e-76  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.160576  normal  0.373477 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2977  DNA ligase D  37.71 
 
 		 845 aa  287  4e-76  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.246159 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0981  DNA ligase D  35.79 
 
 		 954 aa  285  2.0000000000000002e-75  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1177  ATP-dependent DNA ligase  36 
 
 		 853 aa  285  3.0000000000000004e-75  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.601183  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3217  ATP-dependent DNA ligase  37.43 
 
 		 837 aa  283  7.000000000000001e-75  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.311781 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4339  ATP-dependent DNA ligase  38.68 
 
 		 871 aa  283  1e-74  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0275716 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2247  ATP-dependent DNA ligase  38.27 
 
 		 846 aa  280  6e-74  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2837  ATP-dependent DNA ligase  32.8 
 
 		 896 aa  278  3e-73  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5610  ATP dependent DNA ligase  38.14 
 
 		 932 aa  278  3e-73  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.706105 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2097  ATP-dependent DNA ligase  36.12 
 
 		 848 aa  276  1.0000000000000001e-72  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.64367  normal  0.288543 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1858  DNA ligase D  35.57 
 
 		 940 aa  276  1.0000000000000001e-72  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.170046  normal  0.216644 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1346  ATP dependent DNA ligase  37.25 
 
 		 936 aa  275  2.0000000000000002e-72  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.893044  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6340  DNA ligase D  39.09 
 
 		 949 aa  275  3e-72  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.15116 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1951  DNA ligase D  36.47 
 
 		 822 aa  274  6e-72  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  hitchhiker  0.00524792  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6073  DNA ligase D  37.77 
 
 		 927 aa  273  9e-72  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0510863 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1702  DNA ligase D  35.03 
 
 		 877 aa  273  1e-71  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.170827  hitchhiker  0.00786599 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5476  DNA ligase D  37.69 
 
 		 927 aa  273  1e-71  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00388357 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5079  ATP-dependent DNA ligase  37.3 
 
 		 901 aa  272  2e-71  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.795218  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2523  ATP-dependent DNA ligase  37.11 
 
 		 837 aa  272  2e-71  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00000543878 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2239  DNA ligase D  37.08 
 
 		 856 aa  270  5.9999999999999995e-71  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.839838 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_36910  ATP-dependent DNA ligase  36.73 
 
 		 840 aa  270  7e-71  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0564843  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3173  ATP-dependent DNA ligase  36.12 
 
 		 847 aa  269  1e-70  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2120  DNA polymerase LigD, ligase domain protein  40.04 
 
 		 436 aa  269  2e-70  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.0836628  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0568  DNA ligase D  34.91 
 
 		 818 aa  266  1e-69  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000109107  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0998  DNA ligase D  34 
 
 		 861 aa  266  1e-69  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A2135  DNA ligase D  33.91 
 
 		 815 aa  265  2e-69  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0939  DNA ligase D  38.73 
 
 		 847 aa  266  2e-69  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0128  DNA ligase D  35.81 
 
 		 871 aa  265  3e-69  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3303  ATP dependent DNA ligase  32.24 
 
 		 855 aa  265  3e-69  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.300283  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2635  ATP-dependent DNA ligase  35.94 
 
 		 833 aa  261  4e-68  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.232561  normal  0.576376 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0365  DNA ligase D  32.04 
 
 		 902 aa  261  4e-68  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.215692 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3245  ATP-dependent DNA ligase  34.17 
 
 		 866 aa  261  5.0000000000000005e-68  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.833216  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1729  DNA ligase D  33.02 
 
 		 813 aa  260  7e-68  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.0256122  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2631  DNA ligase D  35.87 
 
 		 865 aa  259  1e-67  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1695  ATP dependent DNA ligase  35.04 
 
 		 843 aa  258  3e-67  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.616199  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1237  ATP dependent DNA ligase  49.83 
 
 		 304 aa  257  5e-67  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1660  ATP-dependent DNA ligase  35.11 
 
 		 847 aa  257  5e-67  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.600549  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0109  DNA ligase D  34.55 
 
 		 872 aa  257  6e-67  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.0363186 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3260  ATP-dependent DNA ligase  34.51 
 
 		 833 aa  256  1.0000000000000001e-66  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3003  ATP-dependent DNA ligase  34.76 
 
 		 882 aa  256  1.0000000000000001e-66  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0636525  normal  0.554248 
 
 
-
 
NC_008826  Mpe_B0011  ATP-dependent DNA ligase  34.59 
 
 		 864 aa  256  2.0000000000000002e-66  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.0339968 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4351  DNA polymerase LigD polymerase subunit  46.84 
 
 		 303 aa  254  3e-66  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5705  ATP-dependent DNA ligase  35.45 
 
 		 883 aa  254  5.000000000000001e-66  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3967  DNA primase, small subunit  47.18 
 
 		 302 aa  252  2e-65  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.641256  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6329  ATP-dependent DNA ligase  33.27 
 
 		 895 aa  251  3e-65  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.0632091 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4315  DNA ligase D  35.45 
 
 		 834 aa  251  5e-65  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5341  ATP-dependent DNA ligase  33.74 
 
 		 881 aa  250  8e-65  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.0581605 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1736  ATP-dependent DNA ligase  35.08 
 
 		 888 aa  250  9e-65  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.946456 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3907  ATP-dependent DNA ligase  33.16 
 
 		 900 aa  249  2e-64  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.989644  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_34930  DNA polymerase LigD, polymerase domain protein  46.8 
 
 		 303 aa  248  2e-64  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.564701  normal  0.292075 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3982  DNA ligase D  36.83 
 
 		 837 aa  248  3e-64  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.242041 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2501  ATP-dependent DNA ligase  33.77 
 
 		 833 aa  248  3e-64  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4365  ATP-dependent DNA ligase  35.1 
 
 		 886 aa  248  3e-64  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3330  DNA ligase D  38.31 
 
 		 896 aa  247  6e-64  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.580871  normal  0.138663 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2651  ATP-dependent DNA ligase  34.64 
 
 		 832 aa  247  6.999999999999999e-64  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.819142  normal  0.570676 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0026  DNA ligase D  38.21 
 
 		 825 aa  247  8e-64  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.282762  hitchhiker  0.00000000359668 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3452  ATP dependent DNA ligase  35.39 
 
 		 534 aa  246  9e-64  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1207  DNA polymerase LigD, polymerase domain protein  46.13 
 
 		 302 aa  244  6e-63  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.560779  n/a   
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5638  ATP-dependent DNA ligase  33.98 
 
 		 882 aa  242  2.9999999999999997e-62  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1150  ATP dependent DNA ligase  35.17 
 
 		 845 aa  241  5.999999999999999e-62  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4303  DNA ligase D  34.9 
 
 		 817 aa  234  6e-60  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.400493 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2863  DNA primase-like  41.72 
 
 		 352 aa  231  3e-59  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.355668  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4424  ATP-dependent DNA ligase  34.81 
 
 		 825 aa  231  5e-59  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0379748  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1218  ATP dependent DNA ligase  36.6 
 
 		 846 aa  227  6e-58  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.257773 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2679  ATP-dependent DNA ligase  35.12 
 
 		 868 aa  226  2e-57  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4171  ATP-dependent DNA ligase  33.62 
 
 		 914 aa  225  2e-57  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.497319  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2802  DNA polymerase LigD, polymerase domain-containing protein  42.67 
 
 		 302 aa  224  4e-57  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.0918963  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1337  ATP dependent DNA ligase  34.94 
 
 		 868 aa  223  8e-57  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.402102 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5249  DNA polymerase LigD, polymerase domain protein  44.52 
 
 		 292 aa  223  9.999999999999999e-57  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.398866  normal  1 
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8017  ATP-dependent DNA ligase  30.68 
 
 		 893 aa  217  7e-55  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2991  DNA polymerase LigD polymerase domain-containing subunit  43.19 
 
 		 293 aa  214  4.9999999999999996e-54  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2815  DNA polymerase LigD, polymerase domain-containing protein  43.43 
 
 		 305 aa  214  5.999999999999999e-54  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2338  DNA polymerase LigD ligase domain-containing subunit  44.01 
 
 		 321 aa  211  4e-53  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.738121  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0962  hypothetical protein  42.62 
 
 		 313 aa  207  5e-52  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.612546  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_20210  DNA polymerase LigD-like ligase domain-containing protein  40.34 
 
 		 376 aa  207  5e-52  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.0459497  normal  0.30843 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1020  DNA polymerase LigD, polymerase domain protein  41.97 
 
 		 313 aa  206  2e-51  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  decreased coverage  0.00719502  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1023  DNA polymerase LigD, polymerase domain protein  42.3 
 
 		 313 aa  202  1.9999999999999998e-50  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1208  DNA polymerase LigD, ligase domain protein  42.68 
 
 		 316 aa  201  6e-50  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.433755  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4308  DNA polymerase LigD polymerase subunit  40 
 
 		 306 aa  200  7e-50  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>