More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bcav_0480 on replicon NC_012669
Organism: Beutenbergia cavernae DSM 12333



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_012669  Bcav_0480  ATP-dependent DNA ligase  100 
 
 
371 aa  743    Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1674  ATP dependent DNA ligase  67.65 
 
 
390 aa  484  1e-135  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0826  ATP-dependent DNA ligase  63.36 
 
 
354 aa  442  1e-123  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4939  ATP-dependent DNA ligase  61.05 
 
 
353 aa  429  1e-119  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_5027  ATP-dependent DNA ligase  61.05 
 
 
353 aa  429  1e-119  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.792567  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5320  ATP-dependent DNA ligase  61.6 
 
 
353 aa  429  1e-119  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5549  ATP-dependent DNA ligase  61.71 
 
 
360 aa  427  1e-118  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.480302  normal 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3859  ATP-dependent DNA ligase  62.46 
 
 
357 aa  422  1e-117  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1254  ATP-dependent DNA ligase  60.61 
 
 
366 aa  419  1e-116  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.351593  hitchhiker  0.000397091 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1947  ATP dependent DNA ligase  58.86 
 
 
359 aa  412  1e-114  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.314114  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1252  ATP dependent DNA ligase  64.61 
 
 
348 aa  411  1e-113  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.804327  normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_4083  ATP-dependent DNA ligase  60.22 
 
 
363 aa  408  1.0000000000000001e-112  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0907  ATP-dependent DNA ligase  62.13 
 
 
366 aa  407  1.0000000000000001e-112  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13763  ATP-dependent DNA ligase  57.1 
 
 
358 aa  400  9.999999999999999e-111  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal  0.872341 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1489  ATP-dependent DNA ligase  56.87 
 
 
369 aa  396  1e-109  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000199621 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1546  ATP-dependent DNA ligase  56.79 
 
 
369 aa  397  1e-109  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal  0.290467 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6710  ATP-dependent DNA ligase  56.94 
 
 
346 aa  383  1e-105  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  decreased coverage  0.00369161  normal  0.292979 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4038  ATP-dependent DNA ligase  53.57 
 
 
365 aa  379  1e-104  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5866  ATP-dependent DNA ligase  55.56 
 
 
369 aa  373  1e-102  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.884257  normal  0.301201 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2256  ATP dependent DNA ligase  57.26 
 
 
352 aa  364  1e-99  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal  0.209492 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5169  ATP-dependent DNA ligase  49.51 
 
 
408 aa  354  1e-96  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  decreased coverage  0.00454515  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0653  ATP-dependent DNA ligase  53.85 
 
 
353 aa  350  3e-95  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal  0.192766 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5820  ATP-dependent DNA ligase  54.44 
 
 
358 aa  346  3e-94  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.846497  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5292  ATP-dependent DNA ligase  58.13 
 
 
374 aa  345  1e-93  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1376  ATP-dependent DNA ligase  51.4 
 
 
360 aa  342  5.999999999999999e-93  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.165882  normal  0.400562 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6355  ATP dependent DNA ligase  53.46 
 
 
361 aa  339  5e-92  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.915888  normal  0.696639 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1579  ATP-dependent DNA ligase  52.33 
 
 
358 aa  332  6e-90  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1273  ATP-dependent DNA ligase  49.18 
 
 
351 aa  323  2e-87  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal  0.22692 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4916  ATP-dependent DNA ligase  50.27 
 
 
353 aa  324  2e-87  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.0422666  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_5005  ATP-dependent DNA ligase  50.27 
 
 
353 aa  324  2e-87  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.142668  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5543  ATP-dependent DNA ligase  48.64 
 
 
359 aa  323  4e-87  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0415  ATP dependent DNA ligase  46.99 
 
 
346 aa  294  1e-78  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_15600  ATP-dependent DNA ligase  49.04 
 
 
366 aa  285  5.999999999999999e-76  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.138561  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5284  ATP-dependent DNA ligase  50 
 
 
311 aa  281  1e-74  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_4039  ATP dependent DNA ligase  44.82 
 
 
342 aa  281  2e-74  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1585  ATP-dependent DNA ligase  47.41 
 
 
350 aa  272  8.000000000000001e-72  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.143721  normal  0.0720309 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4139  ATP-dependent DNA ligase  43.99 
 
 
345 aa  263  4e-69  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.141782  normal  0.306207 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5554  ATP dependent DNA ligase  45.24 
 
 
314 aa  258  2e-67  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.71197  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3429  ATP-dependent DNA ligase  42.7 
 
 
374 aa  255  1.0000000000000001e-66  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2700  ATP-dependent DNA ligase  41.88 
 
 
365 aa  247  2e-64  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.219093  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4122  ATP-dependent DNA ligase  41.31 
 
 
355 aa  246  3e-64  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.582664  normal 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5212  ATP-dependent DNA ligase  40.91 
 
 
339 aa  237  3e-61  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.240793 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0092  ATP-dependent DNA ligase  39.88 
 
 
337 aa  228  2e-58  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.70122  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3719  ATP-dependent DNA ligase  38.03 
 
 
341 aa  223  3e-57  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0581582 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3905  ATP-dependent DNA ligase  36.73 
 
 
341 aa  206  5e-52  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.603635  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0816  ATP-dependent DNA ligase  40.55 
 
 
341 aa  180  2.9999999999999997e-44  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0864  ATP-dependent DNA ligase  40.24 
 
 
341 aa  180  4e-44  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.237895  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0868  ATP-dependent DNA ligase  39.94 
 
 
341 aa  179  7e-44  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0119  ATP dependent DNA ligase  40 
 
 
337 aa  166  5e-40  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.262895  n/a   
 
 
-
 
NC_011881  Achl_4500  ATP dependent DNA ligase  33.62 
 
 
344 aa  166  6.9999999999999995e-40  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011879  Achl_4283  ATP dependent DNA ligase  35.15 
 
 
337 aa  157  3e-37  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.46921 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2271  ATP dependent DNA ligase  35.33 
 
 
318 aa  152  7e-36  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5248  DNA polymerase LigD, ligase domain protein  33.95 
 
 
495 aa  125  1e-27  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.19885  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0779  ATP dependent DNA ligase  31.21 
 
 
608 aa  116  6e-25  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.991922  normal  0.120219 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2120  DNA polymerase LigD, ligase domain protein  36.58 
 
 
436 aa  116  6.9999999999999995e-25  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.0836628  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4309  DNA polymerase LigD ligase subunit  35.58 
 
 
603 aa  113  6e-24  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0998  DNA ligase D  34.1 
 
 
861 aa  107  3e-22  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1903  DNA polymerase LigD, ligase domain protein  36.22 
 
 
311 aa  107  3e-22  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_07110  ATP-dependent DNA ligase  35.71 
 
 
847 aa  107  4e-22  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2338  DNA polymerase LigD ligase domain-containing subunit  34.33 
 
 
321 aa  106  8e-22  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.738121  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4716  DNA ligase D  33.95 
 
 
815 aa  105  9e-22  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.795355  normal 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4532  DNA polymerase LigD, polymerase domain protein  33.82 
 
 
797 aa  105  1e-21  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.684574  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1208  DNA polymerase LigD, ligase domain protein  34.27 
 
 
316 aa  105  1e-21  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.433755  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_03420  ATP dependent DNA ligase  29.63 
 
 
285 aa  105  2e-21  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2233  DNA polymerase LigD, polymerase domain protein  32.49 
 
 
858 aa  104  2e-21  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0780  DNA ligase I, ATP-dependent Dnl1  30.62 
 
 
582 aa  103  4e-21  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0365  DNA ligase D  29.94 
 
 
902 aa  103  6e-21  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.215692 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3968  ATP dependent DNA ligase  36.73 
 
 
312 aa  102  1e-20  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.697199  normal 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_34920  DNA ligase D/DNA polymerase LigD  34.01 
 
 
477 aa  102  1e-20  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.140848  normal  0.164362 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0026  DNA ligase D  32.84 
 
 
825 aa  101  2e-20  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.282762  hitchhiker  0.00000000359668 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4352  DNA polymerase LigD ligase region  37.1 
 
 
313 aa  101  2e-20  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0520  ATP-dependent DNA ligase  31.65 
 
 
828 aa  102  2e-20  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0294  ATP-dependent DNA ligase  37.64 
 
 
845 aa  100  3e-20  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2002  ATP dependent DNA ligase  26.55 
 
 
316 aa  100  4e-20  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010070  Bmul_6253  DNA polymerase LigD ligase subunit  31.58 
 
 
343 aa  100  5e-20  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0234052  normal  0.998306 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_20210  DNA polymerase LigD-like ligase domain-containing protein  29.74 
 
 
376 aa  100  5e-20  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.0459497  normal  0.30843 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_13060  DNA ligase D/DNA polymerase LigD  31.96 
 
 
852 aa  99.8  7e-20  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0128  DNA ligase D  31.97 
 
 
871 aa  99.4  9e-20  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1488  ATP dependent DNA ligase, central  30.64 
 
 
320 aa  98.2  2e-19  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0653  ATP-dependent DNA ligase  31.79 
 
 
816 aa  97.8  3e-19  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0832  DNA ligase D  31.85 
 
 
656 aa  96.7  7e-19  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1702  DNA ligase D  30.91 
 
 
877 aa  95.5  1e-18  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.170827  hitchhiker  0.00786599 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0952  ATP dependent DNA ligase  28.63 
 
 
307 aa  94.7  2e-18  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1649  ATP dependent DNA ligase  31.78 
 
 
314 aa  94.4  3e-18  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008147  Mmcs_5528  DNA ligase (ATP)  34.4 
 
 
329 aa  94.4  3e-18  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.418116  normal  0.413759 
 
 
-
 
NC_008704  Mkms_5930  DNA ligase (ATP)  34.4 
 
 
329 aa  94.4  3e-18  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.030161  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6404  DNA ligase D  31.12 
 
 
646 aa  94  4e-18  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0822092  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3242  DNA ligase D  28.9 
 
 
657 aa  93.2  6e-18  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.99209  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2814  ATP dependent DNA ligase  29.01 
 
 
358 aa  92.8  8e-18  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0939  DNA ligase D  34.36 
 
 
847 aa  92  1e-17  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4915  ATP-dependent DNA ligase  31.06 
 
 
763 aa  92.4  1e-17  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.735483  normal  0.531274 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1951  DNA ligase D  29.59 
 
 
822 aa  92  2e-17  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  hitchhiker  0.00524792  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3452  ATP dependent DNA ligase  31.95 
 
 
534 aa  92  2e-17  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0109  DNA ligase D  31.68 
 
 
872 aa  89.7  7e-17  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.0363186 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0832  DNA ligase D  35.51 
 
 
684 aa  89.7  7e-17  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2837  ATP-dependent DNA ligase  29.44 
 
 
896 aa  89  1e-16  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0568  DNA ligase D  25.83 
 
 
818 aa  89.4  1e-16  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000109107  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1729  DNA ligase D  29.75 
 
 
813 aa  88.2  2e-16  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.0256122  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0128  ATP-dependent DNA ligase  32.83 
 
 
831 aa  87  4e-16  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1235  ATP dependent DNA ligase  31.88 
 
 
311 aa  87  5e-16  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.898519  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>