299 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bamb_R0076 on replicon NC_008390
Organism: Burkholderia ambifaria AMMD



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_012856  Rpic12D_R0013  tRNA-Lys  100 
 
 
76 bp  151  3e-35  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  hitchhiker  0.00193967  normal  0.0198521 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_AR0013  tRNA-Lys  100 
 
 
76 bp  151  3e-35  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0641793  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2266  tRNA-Lys  100 
 
 
76 bp  151  3e-35  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.279607  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_R0010  tRNA-Lys  100 
 
 
76 bp  151  3e-35  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  hitchhiker  0.00296143  hitchhiker  0.00854354 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0338  tRNA-Lys  100 
 
 
76 bp  151  3e-35  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.12303  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_R0002  tRNA-Lys  100 
 
 
76 bp  151  3e-35  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.099087  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_R0020  tRNA-Lys  100 
 
 
76 bp  151  3e-35  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_R0076  tRNA-Lys  100 
 
 
76 bp  151  3e-35  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.373863  normal  0.566101 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0140  tRNA-Lys  100 
 
 
76 bp  151  3e-35  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.159526  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_R0076  tRNA-Lys  100 
 
 
76 bp  151  3e-35  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.41661  normal  0.163514 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_R0071  tRNA-Lys  100 
 
 
76 bp  151  3e-35  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0421157  hitchhiker  0.003467 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0120  tRNA-Lys  100 
 
 
76 bp  151  3e-35  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_AR0017  tRNA-Lys  100 
 
 
76 bp  151  3e-35  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0143613  normal  0.44726 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0148  tRNA-Lys  100 
 
 
76 bp  151  3e-35  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.530718  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2342  tRNA-Lys  100 
 
 
76 bp  151  3e-35  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0108735  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_AR0012  tRNA-Lys  100 
 
 
76 bp  151  3e-35  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  hitchhiker  0.0061328  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA_tRNA-Lys-2  tRNA-Lys  100 
 
 
76 bp  151  3e-35  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2817  tRNA-Lys  100 
 
 
76 bp  151  3e-35  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.510108  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_R0050  tRNA-Lys  100 
 
 
76 bp  151  3e-35  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  decreased coverage  0.00633493  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_R0073  tRNA-Lys  100 
 
 
76 bp  151  3e-35  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.576385  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RS04002  tRNA-Lys  100 
 
 
76 bp  151  3e-35  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  hitchhiker  2.08325e-05  normal  0.100759 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_R0076  tRNA-Lys  100 
 
 
76 bp  151  3e-35  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  decreased coverage  8.22229e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_R0018  tRNA-Lys  100 
 
 
76 bp  151  3e-35  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  1.39962e-06  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_R0017  tRNA-Lys  100 
 
 
76 bp  151  3e-35  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  2.70775e-08  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_AR0083  tRNA-Lys  100 
 
 
73 bp  145  2e-33  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.456541  normal  0.8786 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_R0033  tRNA-Lys  97.14 
 
 
76 bp  123  6e-27  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.140057 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_R0028  tRNA-Lys  97.14 
 
 
76 bp  123  6e-27  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  hitchhiker  0.000473663  hitchhiker  0.000687264 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_AR0040  tRNA-Lys  97.14 
 
 
76 bp  123  6e-27  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_R0034  tRNA-Lys  97.14 
 
 
76 bp  123  6e-27  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.139081 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_R0010  tRNA-Lys  97.14 
 
 
76 bp  123  6e-27  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_R0043  tRNA-Lys  95.71 
 
 
76 bp  115  1e-24  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.0523959 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_R0014  tRNA-Lys  95.71 
 
 
76 bp  115  1e-24  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000717707 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_R0048  tRNA-Lys  95.71 
 
 
76 bp  115  1e-24  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_AR0004  tRNA-Lys  93.06 
 
 
76 bp  103  6e-21  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.912706  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_R0082  tRNA-Lys  92.86 
 
 
76 bp  99.6  9e-20  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_R0083  tRNA-Lys  92.86 
 
 
76 bp  99.6  9e-20  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_R0081  tRNA-Lys  92.86 
 
 
76 bp  99.6  9e-20  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_R0045  tRNA-Lys  91.67 
 
 
76 bp  95.6  1e-18  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  3.63633e-06  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_R0040  tRNA-Lys  98.08 
 
 
76 bp  95.6  1e-18  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RS04831  tRNA-Lys  91.67 
 
 
76 bp  95.6  1e-18  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_R0008  tRNA-Lys  90.79 
 
 
76 bp  95.6  1e-18  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.40155  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_AR0006  tRNA-Lys  91.67 
 
 
76 bp  95.6  1e-18  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.276121  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_AR0039  tRNA-Lys  90.14 
 
 
76 bp  85.7  1e-15  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_R0035  tRNA-Lys  97.73 
 
 
76 bp  79.8  8e-14  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.198298 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_R0035  tRNA-Lys  94.23 
 
 
76 bp  79.8  8e-14  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.292449  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_R0048  tRNA-Lys  97.67 
 
 
76 bp  77.8  3e-13  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.780393  normal 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_R0035  tRNA-Lys  92.59 
 
 
73 bp  75.8  1e-12  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.073157  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_R0062  tRNA-Lys  95.56 
 
 
76 bp  73.8  5e-12  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_26570  tRNA-Lys  87.5 
 
 
76 bp  71.9  2e-11  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  unclonable  4.38766e-07  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_R0023  tRNA-Lys  95.45 
 
 
76 bp  71.9  2e-11  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.0320395 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_R0043  tRNA-Lys  95.45 
 
 
76 bp  71.9  2e-11  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.465009  normal  0.488782 
 
 
-
 
NC_008309  HS_tLys01  tRNA-Lys  87.5 
 
 
79 bp  71.9  2e-11  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  hitchhiker  0.000157886  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_tLys02  tRNA-Lys  87.5 
 
 
79 bp  71.9  2e-11  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  hitchhiker  0.000433132  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_tLys03  tRNA-Lys  87.5 
 
 
79 bp  71.9  2e-11  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  hitchhiker  0.00045675  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_t0291  tRNA-Lys  92.31 
 
 
76 bp  71.9  2e-11  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_R0010  tRNA-Lys  95.45 
 
 
76 bp  71.9  2e-11  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_R0028  tRNA-Lys  95.45 
 
 
76 bp  71.9  2e-11  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.196186  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_R0036  tRNA-Lys  95.45 
 
 
76 bp  71.9  2e-11  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_AR0031  tRNA-Lys  95.45 
 
 
73 bp  71.9  2e-11  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.25441  normal 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_t0132  tRNA-Lys  92.31 
 
 
76 bp  71.9  2e-11  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_R0054  tRNA-Lys  92.16 
 
 
73 bp  69.9  8e-11  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_R0036  tRNA-Lys  97.44 
 
 
76 bp  69.9  8e-11  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.415695  normal 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_R0032  tRNA-Met  89.33 
 
 
75 bp  69.9  8e-11  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.169141  hitchhiker  0.00283491 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_R0020  tRNA-Lys  97.44 
 
 
76 bp  69.9  8e-11  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.768536  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_R0021  tRNA-Lys  95.35 
 
 
76 bp  69.9  8e-11  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.674818  normal  0.503505 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_R0043  tRNA-Met  87.84 
 
 
74 bp  67.9  3e-10  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_R0035  tRNA-Lys  97.37 
 
 
76 bp  67.9  3e-10  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0989882  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_R0055  tRNA-Lys  95.24 
 
 
73 bp  67.9  3e-10  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.429653  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_R0004  tRNA-Lys  90.57 
 
 
76 bp  65.9  1e-09  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA_tRNA-Lys-1  tRNA-Lys  97.3 
 
 
76 bp  65.9  1e-09  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_R0008  tRNA-Lys  93.33 
 
 
76 bp  65.9  1e-09  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.054171  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_R0005  tRNA-Lys  90.38 
 
 
73 bp  63.9  5e-09  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3244  tRNA-Lys  93.18 
 
 
76 bp  63.9  5e-09  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.489776  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1370  tRNA-Lys  93.18 
 
 
76 bp  63.9  5e-09  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.598749  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_R0038  tRNA-Lys  97.22 
 
 
76 bp  63.9  5e-09  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.162193  normal 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_R0053  tRNA-Lys  86.11 
 
 
76 bp  63.9  5e-09  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  hitchhiker  9.49911e-06  hitchhiker  0.00166028 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_R0051  tRNA-Lys  90.38 
 
 
76 bp  63.9  5e-09  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0146839  normal  0.022056 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_R0037  tRNA-Lys  97.22 
 
 
76 bp  63.9  5e-09  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.205438  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0824  tRNA-Lys  93.18 
 
 
76 bp  63.9  5e-09  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_R0052  tRNA-Lys  86.11 
 
 
76 bp  63.9  5e-09  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  0.0125474  normal  0.521924 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_14030  tRNA-Lys  97.22 
 
 
73 bp  63.9  5e-09  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  6.36075e-34  hitchhiker  0.0017768 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_R0006  tRNA-Lys  93.18 
 
 
76 bp  63.9  5e-09  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.736835  normal  0.711036 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_R0064  tRNA-Lys  93.18 
 
 
76 bp  63.9  5e-09  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0550345  normal 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_R0011  tRNA-Lys  97.22 
 
 
76 bp  63.9  5e-09  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_R0012  tRNA-Lys  97.22 
 
 
76 bp  63.9  5e-09  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3259  tRNA-Lys  93.18 
 
 
76 bp  63.9  5e-09  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0521  tRNA-Lys  93.18 
 
 
76 bp  63.9  5e-09  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_01380  tRNA-Lys  86.11 
 
 
76 bp  63.9  5e-09  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  0.0844385  normal 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1660  tRNA-Lys  93.18 
 
 
76 bp  63.9  5e-09  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.907797  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA_tRNA-Lys-3  tRNA-Lys  93.18 
 
 
76 bp  63.9  5e-09  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.569019  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_R0034  tRNA-Lys  97.22 
 
 
76 bp  63.9  5e-09  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal  0.603769 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3206  tRNA-Lys  93.18 
 
 
76 bp  63.9  5e-09  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_R0027  tRNA-Lys  97.22 
 
 
76 bp  63.9  5e-09  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1952  tRNA-Lys  93.18 
 
 
76 bp  63.9  5e-09  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_R0034  tRNA-Lys  97.22 
 
 
76 bp  63.9  5e-09  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.285979  normal  0.935784 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_AR0021  tRNA-Lys  93.18 
 
 
76 bp  63.9  5e-09  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.13563  hitchhiker  0.00625278 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2658  tRNA-Lys  93.18 
 
 
76 bp  63.9  5e-09  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0806589  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_R0049  tRNA-Met  90 
 
 
74 bp  63.9  5e-09  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_R0029  tRNA-Lys  97.14 
 
 
76 bp  61.9  2e-08  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.395178  hitchhiker  1.0783e-05 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_R0038  tRNA-Lys  94.87 
 
 
76 bp  61.9  2e-08  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0168892  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>