94 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bamb_R0073 on replicon NC_008390
Organism: Burkholderia ambifaria AMMD



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008542  Bcen2424_R0070  tRNA-Met  100 
 
 
77 bp  153  7e-36  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0318842  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_R0073  tRNA-Met  100 
 
 
77 bp  153  7e-36  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  decreased coverage  8.40179e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_R0046  tRNA-Met  100 
 
 
77 bp  153  7e-36  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  hitchhiker  0.00181877  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_R0073  tRNA-Met  100 
 
 
77 bp  153  7e-36  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0317228  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_R0073  tRNA-Met  100 
 
 
77 bp  153  7e-36  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.297512  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_AR0080  tRNA-Met  100 
 
 
74 bp  147  4e-34  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0808922  normal  0.107815 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_AR0004  tRNA-Met  98.7 
 
 
77 bp  145  2e-33  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  decreased coverage  1.88757e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_R0015  tRNA-Met  98.7 
 
 
77 bp  145  2e-33  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0103939  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RS04914  tRNA-Met  98.7 
 
 
77 bp  145  2e-33  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.42096  normal  0.919777 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0022  tRNA-Met  98.7 
 
 
77 bp  145  2e-33  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.321846  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0809  tRNA-Met  98.7 
 
 
77 bp  145  2e-33  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0805  tRNA-Met  98.7 
 
 
77 bp  145  2e-33  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2409  tRNA-Met  98.7 
 
 
77 bp  145  2e-33  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2668  tRNA-Met  98.7 
 
 
77 bp  145  2e-33  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.347183  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_R0003  tRNA-Met  98.7 
 
 
77 bp  145  2e-33  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.240347  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_R0025  tRNA-Met  98.7 
 
 
77 bp  145  2e-33  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0688964  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_R0002  tRNA-Met  98.7 
 
 
77 bp  145  2e-33  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.584734  normal  0.701084 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0968  tRNA-Met  98.7 
 
 
77 bp  145  2e-33  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.228229  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA_tRNA-Met-2  tRNA-Met  98.7 
 
 
77 bp  145  2e-33  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.269889  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0639  tRNA-Met  98.7 
 
 
77 bp  145  2e-33  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_R0048  tRNA-Met  97.4 
 
 
77 bp  137  4e-31  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.758644  normal  0.700534 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_AR0067  tRNA-Met  97.4 
 
 
77 bp  137  4e-31  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.021091  normal  0.280221 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_R0005  tRNA-Met  97.4 
 
 
77 bp  137  4e-31  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.108014  normal 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_R0041  tRNA-Met  96.1 
 
 
77 bp  129  1e-28  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  hitchhiker  1.38858e-09  normal 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_R0041  tRNA-Met  96.1 
 
 
77 bp  129  1e-28  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.750372  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_AR0032  tRNA-Met  97.18 
 
 
77 bp  125  2e-27  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.216306 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_R0007  tRNA-Met  95.77 
 
 
77 bp  117  4e-25  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0981147 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_R0016  tRNA-Met  91.55 
 
 
77 bp  93.7  6e-18  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  decreased coverage  0.00324355  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_R0004  tRNA-Met  91.55 
 
 
77 bp  93.7  6e-18  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.425707  normal  0.204781 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_R0021  tRNA-Met  91.55 
 
 
77 bp  93.7  6e-18  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.152482 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_R0044  tRNA-Met  94.34 
 
 
77 bp  81.8  2e-14  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_3233  tRNA-Met  87.32 
 
 
77 bp  69.9  8e-11  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_R0053  tRNA-Met  87.32 
 
 
77 bp  69.9  8e-11  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_R0045  tRNA-Met  89.66 
 
 
77 bp  67.9  3e-10  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  hitchhiker  0.00121636  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_19940  tRNA-Lys  87.3 
 
 
77 bp  61.9  2e-08  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.53121  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0038  tRNA-Met  87.93 
 
 
77 bp  60  8e-08  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.27748  n/a   
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0252  tRNA-Met  87.72 
 
 
74 bp  58  3e-07  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_R0028  tRNA-Met  87.5 
 
 
77 bp  56  1e-06  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_R0041  tRNA-Met  88.46 
 
 
77 bp  56  1e-06  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_R0045  tRNA-Asn  90.91 
 
 
77 bp  56  1e-06  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  unclonable  1.33581e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_R0034  tRNA-Met  88.46 
 
 
74 bp  56  1e-06  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_R0063  tRNA-Asn  90.91 
 
 
77 bp  56  1e-06  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  4.18863e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_R0062  tRNA-Asn  90.91 
 
 
77 bp  56  1e-06  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  6.47678e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_AR0046  tRNA-Met  93.02 
 
 
76 bp  54  5e-06  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_1376  tRNA-Met  88.24 
 
 
77 bp  54  5e-06  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_R0025  tRNA-Met  86.21 
 
 
77 bp  52  2e-05  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0720614  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_R0010  tRNA-Met  88 
 
 
77 bp  52  2e-05  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.528642 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_R0003  tRNA-Met  86.21 
 
 
77 bp  52  2e-05  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.124761  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_R0062  tRNA-Arg  86.21 
 
 
77 bp  52  2e-05  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.0906817  normal 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_R0004  tRNA-Arg  86.21 
 
 
77 bp  52  2e-05  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  3.56411e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0077  tRNA-Met  85.25 
 
 
77 bp  50.1  8e-05  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0008  tRNA-Met  85.25 
 
 
77 bp  50.1  8e-05  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_24910  tRNA-Lys  85.25 
 
 
74 bp  50.1  8e-05  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal  0.948003 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0008  tRNA-Met  85.25 
 
 
77 bp  50.1  8e-05  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_R0041  tRNA-Met  91.89 
 
 
74 bp  50.1  8e-05  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0102912  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_24920  tRNA-Lys  85.25 
 
 
77 bp  50.1  8e-05  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal  0.952959 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_R0054  tRNA-Lys  88.46 
 
 
73 bp  48.1  0.0003  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_R0046  tRNA-Asn  88.46 
 
 
76 bp  48.1  0.0003  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    decreased coverage  6.52879e-06 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_R0031  tRNA-Asn  88.46 
 
 
76 bp  48.1  0.0003  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_R0004  tRNA-Met  86.54 
 
 
77 bp  48.1  0.0003  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.0465145  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_R0031  tRNA-Asn  88.46 
 
 
76 bp  48.1  0.0003  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_R0051  tRNA-Met  91.67 
 
 
77 bp  48.1  0.0003  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.584124  normal  0.75185 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_AR0031  tRNA-Asn  88.46 
 
 
76 bp  48.1  0.0003  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  hitchhiker  6.43005e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_R0028  tRNA-Asn  88.46 
 
 
76 bp  48.1  0.0003  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.546995  normal  0.0230083 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_R0015  tRNA-Lys  84.13 
 
 
77 bp  46.1  0.001  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.42027  normal 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2872  tRNA-Asn  90.7 
 
 
76 bp  46.1  0.001  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  2.29793e-13  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_R0033  tRNA-Lys  88.37 
 
 
75 bp  46.1  0.001  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_R0027  tRNA-Met  84.75 
 
 
77 bp  46.1  0.001  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2868  tRNA-Asn  90.7 
 
 
76 bp  46.1  0.001  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  7.7985e-10  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2866  tRNA-Asn  90.7 
 
 
76 bp  46.1  0.001  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  3.26187e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_R0061  tRNA-Lys  84.75 
 
 
77 bp  46.1  0.001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_R0062  tRNA-Lys  84.75 
 
 
77 bp  46.1  0.001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_R0063  tRNA-Lys  84.75 
 
 
74 bp  46.1  0.001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.538601  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_R0014  tRNA-Lys  84.13 
 
 
74 bp  46.1  0.001  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.554112  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA_tRNA-Met-3  tRNA-Met  91.43 
 
 
77 bp  46.1  0.001  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.617808  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_60320  tRNA-Met  84.75 
 
 
74 bp  46.1  0.001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1546  tRNA-Met  84.48 
 
 
79 bp  44.1  0.005  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE_tRNA-Met-3  tRNA-Met  88.1 
 
 
74 bp  44.1  0.005  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.121443  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_R0022  tRNA-Met  88.1 
 
 
74 bp  44.1  0.005  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal  0.09062 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_R0021  tRNA-Ala  100 
 
 
76 bp  44.1  0.005  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.0171602  hitchhiker  0.000301734 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_R0051  tRNA-Ile  100 
 
 
74 bp  44.1  0.005  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1025  tRNA-Met  84.48 
 
 
77 bp  44.1  0.005  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.0262205  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_R0027  tRNA-Met  84.48 
 
 
77 bp  44.1  0.005  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_R0043  tRNA-Met  84.48 
 
 
77 bp  44.1  0.005  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_14007  tRNA-Met  91.18 
 
 
77 bp  44.1  0.005  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal  0.0236309 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_R0045  tRNA-Arg  84.48 
 
 
77 bp  44.1  0.005  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_R0084  tRNA-Arg  84.48 
 
 
77 bp  44.1  0.005  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  2.00461e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_R0021  tRNA-Ala  100 
 
 
76 bp  44.1  0.005  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  hitchhiker  0.000166714  normal  0.0117064 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_R0088  tRNA-Arg  84.48 
 
 
77 bp  44.1  0.005  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.706466  normal  0.421027 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_R0022  tRNA-Met  86 
 
 
77 bp  44.1  0.005  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.243282  normal 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_R0014  tRNA-Lys  86.21 
 
 
73 bp  44.1  0.005  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.289173  normal  0.197708 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_R0023  tRNA-Arg  84.48 
 
 
77 bp  44.1  0.005  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.45343  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR_t28  tRNA-Met  84.48 
 
 
74 bp  44.1  0.005  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_R0044  tRNA-Met  86 
 
 
77 bp  44.1  0.005  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.503694  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>