More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bamb_R0058 on replicon NC_008390
Organism: Burkholderia ambifaria AMMD



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007404  Tbd_R0044  tRNA-Ala  100 
 
 
76 bp  151  3e-35  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2102  tRNA-Ala  100 
 
 
76 bp  151  3e-35  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  unclonable  1.04727e-14  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2101  hypothetical protein  100 
 
 
228 bp  151  3e-35  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  unclonable  2.10975e-14  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2625  tRNA-Ala  100 
 
 
76 bp  151  3e-35  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  hitchhiker  2.51255e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2626  hypothetical protein  100 
 
 
1470 bp  151  3e-35  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  unclonable  1.64664e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_R0040  tRNA-Ala  100 
 
 
76 bp  151  3e-35  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.570162  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_R0044  tRNA-Ala  100 
 
 
76 bp  151  3e-35  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_R0041  tRNA-Ala  100 
 
 
76 bp  151  3e-35  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA_tRNA-Ala-3  tRNA-Ala  100 
 
 
76 bp  151  3e-35  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  decreased coverage  3.54338e-10  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_R0018  tRNA-Ala  100 
 
 
76 bp  151  3e-35  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.867463  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_R0050  tRNA-Ala  100 
 
 
76 bp  151  3e-35  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  hitchhiker  1.69071e-10  normal 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_R0092  tRNA-Ala  100 
 
 
76 bp  151  3e-35  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  unclonable  4.31101e-12  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_R0058  tRNA-Ala  100 
 
 
76 bp  151  3e-35  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  unclonable  6.13252e-13  normal  0.244453 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_R0048  tRNA-Ala  100 
 
 
76 bp  151  3e-35  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.358274  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_R0056  tRNA-Ala  100 
 
 
76 bp  151  3e-35  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  3.05477e-10  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_R0028  tRNA-Ala  100 
 
 
76 bp  151  3e-35  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  unclonable  5.4137e-15  normal  0.608945 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_AR0053  tRNA-Ala  100 
 
 
76 bp  151  3e-35  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.905694 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3211  tRNA-Ala  100 
 
 
76 bp  151  3e-35  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  hitchhiker  5.14426e-14  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_R0016  tRNA-Ala  100 
 
 
76 bp  151  3e-35  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.320664  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1985  tRNA-Ala  100 
 
 
76 bp  151  3e-35  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  decreased coverage  5.6627e-12  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_AR0029  tRNA-Ala  100 
 
 
76 bp  151  3e-35  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.0993455  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_AR0045  tRNA-Ala  100 
 
 
76 bp  151  3e-35  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  decreased coverage  2.05649e-14  normal  0.101585 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_R0051  tRNA-Ala  100 
 
 
76 bp  151  3e-35  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.697724  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1375  tRNA-Ala  100 
 
 
76 bp  151  3e-35  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  hitchhiker  1.9852e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_R0058  tRNA-Ala  100 
 
 
76 bp  151  3e-35  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  decreased coverage  3.48439e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_R0022  tRNA-Ala  100 
 
 
76 bp  151  3e-35  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.60497 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_R0028  tRNA-Ala  100 
 
 
76 bp  151  3e-35  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  unclonable  1.02756e-10  hitchhiker  0.00235863 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_R0058  tRNA-Ala  100 
 
 
76 bp  151  3e-35  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  unclonable  3.57472e-13  normal  0.478437 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2486  tRNA-Ala  100 
 
 
76 bp  151  3e-35  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  hitchhiker  3.14441e-12  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2540  tRNA-Ala  100 
 
 
76 bp  151  3e-35  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  decreased coverage  8.14865e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_AR0066  tRNA-Ala  100 
 
 
73 bp  145  2e-33  Burkholderia sp. 383  Bacteria  unclonable  2.1471e-13  normal 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_R0027  tRNA-Ala  98.68 
 
 
76 bp  143  7e-33  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.260032  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_R0035  tRNA-Ala  98.68 
 
 
76 bp  143  7e-33  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.222164  normal 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_R0027  tRNA-Ala  98.68 
 
 
76 bp  143  7e-33  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2968  tRNA-Ala  97.37 
 
 
76 bp  135  2e-30  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.00156309  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2969  tRNA-Ala  97.37 
 
 
78 bp  135  2e-30  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.0013859  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_R0032  tRNA-Ala  97.37 
 
 
76 bp  135  2e-30  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  4.39194e-10  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_R0029  tRNA-Ala  97.37 
 
 
76 bp  135  2e-30  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  6.36082e-10  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_R0014  tRNA-Ala  97.37 
 
 
76 bp  135  2e-30  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  unclonable  1.83317e-10  normal  0.441681 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_R0032  tRNA-Ala  97.37 
 
 
76 bp  135  2e-30  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2547  tRNA-Ala  97.37 
 
 
76 bp  135  2e-30  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.03374  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_R0066  tRNA-Ala  97.37 
 
 
76 bp  135  2e-30  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.361397 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_R0063  tRNA-Ala  97.37 
 
 
76 bp  135  2e-30  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.949581  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0060  tRNA-Ala  97.37 
 
 
76 bp  135  2e-30  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.00115408  normal  0.0927099 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_5048  tRNA-Ala  97.37 
 
 
76 bp  135  2e-30  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  4.23557e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_5047  tRNA-Ala  97.37 
 
 
76 bp  135  2e-30  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  1.62268e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4680  tRNA-Ala  97.37 
 
 
76 bp  135  2e-30  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  2.67016e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4679  tRNA-Ala  97.37 
 
 
78 bp  135  2e-30  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  8.70415e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_R0064  tRNA-Ala  97.37 
 
 
76 bp  135  2e-30  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal  0.478576 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_R0071  tRNA-Ala  97.37 
 
 
76 bp  135  2e-30  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.101344 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1301  tRNA-Ala  97.37 
 
 
76 bp  135  2e-30  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  hitchhiker  0.00804048  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2546  tRNA-Ala  97.37 
 
 
78 bp  135  2e-30  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0594848  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_R0041  tRNA-Ala  97.37 
 
 
76 bp  135  2e-30  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.00270764  hitchhiker  0.00379847 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_R0040  tRNA-Ala  97.37 
 
 
76 bp  135  2e-30  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.00260551  hitchhiker  0.00377232 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0059  tRNA-Ala  97.37 
 
 
76 bp  135  2e-30  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.00107174  normal  0.0900334 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_R0022  tRNA-Ala  97.37 
 
 
76 bp  135  2e-30  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0140514  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_R0025  tRNA-Ala  97.37 
 
 
76 bp  135  2e-30  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0134622  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_R0017  tRNA-Ala  97.37 
 
 
76 bp  135  2e-30  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.238623  normal  0.104825 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1300  hypothetical protein  97.37 
 
 
147 bp  135  2e-30  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  hitchhiker  0.00987773  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_R0062  tRNA-Ala  97.37 
 
 
76 bp  135  2e-30  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4597  tRNA-Ala  97.37 
 
 
76 bp  135  2e-30  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_R0056  tRNA-Ala  97.37 
 
 
76 bp  135  2e-30  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0181776  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2776  tRNA-Ala  97.37 
 
 
78 bp  135  2e-30  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.453071  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_R0050  tRNA-Ala  97.37 
 
 
76 bp  135  2e-30  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  decreased coverage  1.42107e-12  normal  0.0152639 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_R0047  tRNA-Ala  97.37 
 
 
76 bp  135  2e-30  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  1.25219e-11  normal  0.0337252 
 
 
-
 
NC_003295  RS04529  tRNA-Ala  97.37 
 
 
76 bp  135  2e-30  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  unclonable  9.42406e-09  normal  0.305986 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3627  tRNA-Ala  97.37 
 
 
76 bp  135  2e-30  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00311856  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RS04531  tRNA-Ala  97.37 
 
 
76 bp  135  2e-30  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  hitchhiker  1.51858e-06  normal  0.305986 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_R0062  tRNA-Ala  97.37 
 
 
76 bp  135  2e-30  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_R0042  tRNA-Ala  97.37 
 
 
76 bp  135  2e-30  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.153613  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3626  tRNA-Ala  97.37 
 
 
78 bp  135  2e-30  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00292958  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_R0041  tRNA-Ala  97.37 
 
 
76 bp  135  2e-30  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.148903  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_R0051  tRNA-Ala  97.37 
 
 
76 bp  135  2e-30  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.138749  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_R0050  tRNA-Ala  97.37 
 
 
76 bp  135  2e-30  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.21974  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_R0017  tRNA-Ala  97.37 
 
 
76 bp  135  2e-30  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  hitchhiker  7.42006e-05  normal  0.411264 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_R0060  tRNA-Ala  97.37 
 
 
76 bp  135  2e-30  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.0168409 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_R0035  tRNA-Ala  97.37 
 
 
76 bp  135  2e-30  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  hitchhiker  0.00302352  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_R0057  tRNA-Ala  97.37 
 
 
76 bp  135  2e-30  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  hitchhiker  0.00550972  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0036  tRNA-Ala  97.37 
 
 
76 bp  135  2e-30  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  1.63432e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_AR0027  tRNA-Ala  97.37 
 
 
76 bp  135  2e-30  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  unclonable  1.68426e-12  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_t00039  tRNA-Ala  97.37 
 
 
76 bp  135  2e-30  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  2.21447e-05  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_t00040  tRNA-Ala  97.37 
 
 
76 bp  135  2e-30  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  2.2346e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_R0039  tRNA-Ala  97.37 
 
 
76 bp  135  2e-30  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.000491618  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2603  tRNA-Ala  97.37 
 
 
78 bp  135  2e-30  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0323459  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2604  tRNA-Ala  97.37 
 
 
78 bp  135  2e-30  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0335338  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2669  tRNA-Ala  97.37 
 
 
78 bp  135  2e-30  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2670  tRNA-Ala  97.37 
 
 
78 bp  135  2e-30  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_R0038  tRNA-Ala  97.37 
 
 
76 bp  135  2e-30  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.000499676  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0035  tRNA-Ala  97.37 
 
 
76 bp  135  2e-30  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  5.7464e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2645  tRNA-Ala  97.37 
 
 
78 bp  135  2e-30  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0670079  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2646  tRNA-Ala  97.37 
 
 
78 bp  135  2e-30  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0177514  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2554  tRNA-Ala  97.37 
 
 
78 bp  135  2e-30  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.000251345  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2555  tRNA-Ala  97.37 
 
 
78 bp  135  2e-30  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.000235232  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2775  tRNA-Ala  97.37 
 
 
78 bp  135  2e-30  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.466623  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_AR0030  tRNA-Ala  97.37 
 
 
76 bp  135  2e-30  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  hitchhiker  6.20846e-11  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0187  tRNA-Ala  97.26 
 
 
76 bp  129  1e-28  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_2008  tRNA-Ala  97.26 
 
 
73 bp  129  1e-28  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_R0019  tRNA-Ala  96.05 
 
 
76 bp  127  4e-28  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  6.97155e-12  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_R0046  tRNA-Ala  96.05 
 
 
76 bp  127  4e-28  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0265781  normal  0.152428 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0073  tRNA-Ala  94.74 
 
 
76 bp  119  1e-25  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.555179 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>