298 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bamb_R0040 on replicon NC_008390
Organism: Burkholderia ambifaria AMMD



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008542  Bcen2424_R0038  tRNA-Arg  100 
 
 
77 bp  153  7e-36  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.00706583  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_R0025  tRNA-Arg  100 
 
 
77 bp  153  7e-36  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0135178  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_R0040  tRNA-Arg  100 
 
 
77 bp  153  7e-36  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.435782  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_R0040  tRNA-Arg  100 
 
 
77 bp  153  7e-36  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.849707  normal  0.98393 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_R0040  tRNA-Arg  100 
 
 
77 bp  153  7e-36  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_AR0048  tRNA-Arg  100 
 
 
74 bp  147  4e-34  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.185518  normal  0.605964 
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0924  tRNA-Arg  98.7 
 
 
77 bp  145  2e-33  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.154841  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1714  tRNA-Arg  98.7 
 
 
77 bp  145  2e-33  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.22026  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2749  tRNA-Arg  98.7 
 
 
77 bp  145  2e-33  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA_tRNA-Arg-1  tRNA-Arg  98.7 
 
 
77 bp  145  2e-33  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1514  tRNA-Arg  98.7 
 
 
77 bp  145  2e-33  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0024  tRNA-Arg  98.7 
 
 
77 bp  145  2e-33  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1748  tRNA-Arg  98.7 
 
 
77 bp  145  2e-33  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.0337298  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1545  tRNA-Arg  98.7 
 
 
77 bp  145  2e-33  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_R0044  tRNA-Arg  97.18 
 
 
77 bp  125  2e-27  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_R0055  tRNA-Arg  97.18 
 
 
77 bp  125  2e-27  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_R0037  tRNA-Arg  95.77 
 
 
77 bp  117  4e-25  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_R0046  tRNA-Arg  93.51 
 
 
77 bp  113  6e-24  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1282  tRNA-Arg  94.37 
 
 
79 bp  109  9e-23  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  5.13688e-05  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0042  tRNA-Arg  94.37 
 
 
77 bp  109  9e-23  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.155325  normal  0.0810865 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_R0049  tRNA-Arg  95.52 
 
 
77 bp  109  9e-23  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_R0040  tRNA-Arg  94.37 
 
 
77 bp  109  9e-23  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4261  tRNA-Arg  94.37 
 
 
79 bp  109  9e-23  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.000175716  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_R0061  tRNA-Arg  94.37 
 
 
77 bp  109  9e-23  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.204064  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0664  tRNA-Arg  92.11 
 
 
77 bp  103  6e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.294078  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0602  tRNA-Arg  92.11 
 
 
77 bp  103  6e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.921994  normal  0.0915325 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0600  tRNA-Arg  92.11 
 
 
77 bp  103  6e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.775158  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0599  tRNA-Arg  92.11 
 
 
77 bp  103  6e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000676837 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0606  tRNA-Arg  92.11 
 
 
77 bp  103  6e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal  0.0764025 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0028  tRNA-Arg  95.08 
 
 
77 bp  97.6  4e-19  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000221183 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_R0027  tRNA-Arg  94.83 
 
 
77 bp  91.7  2e-17  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  7.75321e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_tArg04  tRNA-Arg  97.96 
 
 
80 bp  89.7  9e-17  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.0364203  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_R0041  tRNA-Arg  96.23 
 
 
77 bp  89.7  9e-17  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.000701691  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_R0050  tRNA-Arg  96.23 
 
 
77 bp  89.7  9e-17  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000128438 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_R0010  tRNA-Arg  91.18 
 
 
77 bp  87.7  3e-16  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  hitchhiker  0.00272468  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_R0036  tRNA-Arg  92.19 
 
 
74 bp  87.7  3e-16  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  unclonable  1.49468e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_R0030  tRNA-Arg  92.06 
 
 
77 bp  85.7  1e-15  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_1467  tRNA-Arg  94.55 
 
 
74 bp  85.7  1e-15  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1760  tRNA-Arg  94.55 
 
 
77 bp  85.7  1e-15  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE_tRNA-Arg-4  tRNA-Arg  94.55 
 
 
77 bp  85.7  1e-15  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.578717  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0770  tRNA-Arg  94.55 
 
 
77 bp  85.7  1e-15  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.595906  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_2039  tRNA-Arg  94.55 
 
 
77 bp  85.7  1e-15  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  decreased coverage  3.59807e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_R0024  tRNA-Arg  93.1 
 
 
77 bp  83.8  5e-15  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.242795  normal  0.395578 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_R0049  tRNA-Arg  91.8 
 
 
77 bp  81.8  2e-14  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  hitchhiker  2.47527e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_R0034  tRNA-Arg  91.8 
 
 
77 bp  81.8  2e-14  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  6.20516e-09  normal 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0067  tRNA-Arg  88.16 
 
 
77 bp  79.8  8e-14  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0638  tRNA-Arg  88.16 
 
 
79 bp  79.8  8e-14  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.737204  normal  0.415915 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4647  tRNA-Arg  88.16 
 
 
79 bp  79.8  8e-14  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.695666  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_t00007  tRNA-Arg  88.16 
 
 
77 bp  79.8  8e-14  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0241  tRNA-Arg  88.16 
 
 
79 bp  79.8  8e-14  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.628692  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0582  tRNA-Arg  88.16 
 
 
79 bp  79.8  8e-14  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_R0016  tRNA-Arg  92.86 
 
 
77 bp  79.8  8e-14  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.000516971  normal  0.0942255 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_5013  tRNA-Arg  88.16 
 
 
77 bp  79.8  8e-14  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_R0081  tRNA-Arg  88.16 
 
 
77 bp  79.8  8e-14  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_R0015  tRNA-Arg  94.23 
 
 
77 bp  79.8  8e-14  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  2.91538e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_R0031  tRNA-Arg  95.74 
 
 
77 bp  77.8  3e-13  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.000138998  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1682  tRNA-Arg  92.73 
 
 
77 bp  77.8  3e-13  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.788721  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_2213  tRNA-Arg  92.73 
 
 
79 bp  77.8  3e-13  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.140545  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_2138  tRNA-Arg  92.73 
 
 
79 bp  77.8  3e-13  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  0.0224464  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_R0042  tRNA-Arg  97.67 
 
 
77 bp  77.8  3e-13  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  7.05596e-10  n/a   
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0123  tRNA-Arg  91.94 
 
 
78 bp  75.8  1e-12  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  0.553606  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_R0033  tRNA-Arg  87.67 
 
 
74 bp  73.8  5e-12  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.296295 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_R0052  tRNA-Arg  90.16 
 
 
77 bp  73.8  5e-12  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.280732  normal  0.142339 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_R0015  tRNA-Arg  100 
 
 
77 bp  73.8  5e-12  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.0299622  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_R0035  tRNA-Arg  92.45 
 
 
77 bp  73.8  5e-12  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  5.81838e-12  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1532  tRNA-Arg  86.84 
 
 
77 bp  71.9  2e-11  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2308  tRNA-Arg  95.45 
 
 
77 bp  71.9  2e-11  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.00164711  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2235  tRNA-Arg  95.45 
 
 
77 bp  71.9  2e-11  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  decreased coverage  1.78277e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2227  tRNA-Arg  95.45 
 
 
77 bp  71.9  2e-11  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  1.34564e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2224  tRNA-Arg  95.45 
 
 
77 bp  71.9  2e-11  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  6.81563e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2622  tRNA-Arg  95.45 
 
 
77 bp  71.9  2e-11  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.130874  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2531  tRNA-Arg  95.45 
 
 
77 bp  71.9  2e-11  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  hitchhiker  1.38552e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2523  tRNA-Arg  95.45 
 
 
77 bp  71.9  2e-11  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  hitchhiker  1.87168e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2520  tRNA-Arg  95.45 
 
 
77 bp  71.9  2e-11  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  hitchhiker  0.00150959  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_tArg02  tRNA-Arg  91.07 
 
 
77 bp  71.9  2e-11  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal  0.114778 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_R0034  tRNA-Arg  90.91 
 
 
77 bp  69.9  8e-11  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  1.00399e-07  hitchhiker  0.00520953 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_R0004  tRNA-Arg  86.67 
 
 
77 bp  69.9  8e-11  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  tRNA-Arg-3  tRNA-Arg  90.91 
 
 
77 bp  69.9  8e-11  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0473563  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_R0064  tRNA-Arg  95.35 
 
 
77 bp  69.9  8e-11  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_R0029  tRNA-Arg  90.91 
 
 
77 bp  69.9  8e-11  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0713  tRNA-Arg  90.91 
 
 
77 bp  69.9  8e-11  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_R0020  tRNA-Arg  90.91 
 
 
77 bp  69.9  8e-11  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.0247478  normal  0.430055 
 
 
-
 
NC_004310  BR_t09  tRNA-Arg  90.91 
 
 
74 bp  69.9  8e-11  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.146869  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_R0116  tRNA-Arg  95.24 
 
 
77 bp  67.9  3e-10  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  unclonable  4.0989e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_14028  tRNA-Arg  89.66 
 
 
74 bp  67.9  3e-10  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  4.989e-27  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_R0062  tRNA-Arg  95.24 
 
 
77 bp  67.9  3e-10  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.0906817  normal 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_R0048  tRNA-Arg  95.24 
 
 
74 bp  67.9  3e-10  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_R0046  tRNA-Arg  95.24 
 
 
74 bp  67.9  3e-10  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.712276  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_R0048  tRNA-Arg  95.24 
 
 
74 bp  67.9  3e-10  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_R0059  tRNA-Arg  85.71 
 
 
77 bp  65.9  1e-09  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  unclonable  2.45079e-10  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE_tRNA-Arg-3  tRNA-Arg  87.69 
 
 
74 bp  65.9  1e-09  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  unclonable  4.27256e-10  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_R0026  tRNA-Arg  95.12 
 
 
77 bp  65.9  1e-09  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.863353  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3789  tRNA-Arg  88.52 
 
 
77 bp  65.9  1e-09  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.966452  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_R0030  tRNA-Arg  95.12 
 
 
77 bp  65.9  1e-09  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.220532  normal  0.0165224 
 
 
-
 
NC_003295  RS05228  tRNA-Arg  95.12 
 
 
77 bp  65.9  1e-09  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_R0016  tRNA-Arg  100 
 
 
77 bp  63.9  5e-09  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.625219  normal  0.104037 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_R0019  tRNA-Arg  85.53 
 
 
77 bp  63.9  5e-09  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0844  tRNA-Arg  100 
 
 
79 bp  63.9  5e-09  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.998646  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_R0056  tRNA-Arg  91.67 
 
 
77 bp  63.9  5e-09  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  6.71008e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_R0037  tRNA-Arg  91.07 
 
 
76 bp  63.9  5e-09  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.462586  normal  0.149567 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>