298 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bamb_R0035 on replicon NC_008390
Organism: Burkholderia ambifaria AMMD



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007651  BTH_I1741  tRNA-Gly  100 
 
 
76 bp  151  3e-35  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0350949  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_R0035  tRNA-Gly  100 
 
 
76 bp  151  3e-35  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0590805  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_R0036  tRNA-Gly  100 
 
 
76 bp  151  3e-35  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.19079  normal 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_R0033  tRNA-Gly  100 
 
 
76 bp  151  3e-35  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.100821  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_R0036  tRNA-Gly  100 
 
 
76 bp  151  3e-35  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_R0036  tRNA-Gly  100 
 
 
76 bp  151  3e-35  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  hitchhiker  0.000574217  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_R0035  tRNA-Gly  100 
 
 
76 bp  151  3e-35  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  decreased coverage  0.000173498  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_R0021  tRNA-Gly  100 
 
 
76 bp  151  3e-35  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.168076  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_R0020  tRNA-Gly  100 
 
 
76 bp  151  3e-35  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.112784  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_R0019  tRNA-Gly  100 
 
 
76 bp  151  3e-35  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0732423  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_AR0037  tRNA-Gly  100 
 
 
76 bp  151  3e-35  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_AR0038  tRNA-Gly  100 
 
 
76 bp  151  3e-35  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_BR0068  tRNA-Gly  100 
 
 
76 bp  151  3e-35  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  decreased coverage  0.00512241  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_R0040  tRNA-Gly  100 
 
 
76 bp  151  3e-35  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00614875  decreased coverage  2.63085e-06 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2881  tRNA-Gly  100 
 
 
76 bp  151  3e-35  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2882  tRNA-Gly  100 
 
 
76 bp  151  3e-35  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_R0039  tRNA-Gly  100 
 
 
76 bp  151  3e-35  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00658177  decreased coverage  2.86482e-06 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1742  tRNA-Gly  100 
 
 
76 bp  151  3e-35  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0559851  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA_tRNA-Gly-3  tRNA-Gly  100 
 
 
76 bp  151  3e-35  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0495451  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA_tRNA-Gly-2  tRNA-Gly  100 
 
 
76 bp  151  3e-35  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.051021  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_R0034  tRNA-Gly  100 
 
 
76 bp  151  3e-35  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.205379  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2826  tRNA-Gly  100 
 
 
76 bp  151  3e-35  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0217259  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2827  tRNA-Gly  100 
 
 
76 bp  151  3e-35  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0128974  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_R0035  tRNA-Gly  100 
 
 
76 bp  151  3e-35  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_R0049  tRNA-Gly  100 
 
 
76 bp  151  3e-35  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  hitchhiker  0.00162631  normal  0.347035 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_R0050  tRNA-Gly  100 
 
 
76 bp  151  3e-35  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  hitchhiker  0.00077941  normal  0.344918 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2766  tRNA-Gly  100 
 
 
76 bp  151  3e-35  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0786611  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_R0051  tRNA-Gly  100 
 
 
76 bp  151  3e-35  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  hitchhiker  0.000327476  normal  0.339785 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_R0037  tRNA-Gly  100 
 
 
76 bp  151  3e-35  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  hitchhiker  0.000566615  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_R0037  tRNA-Gly  100 
 
 
76 bp  151  3e-35  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2454  tRNA-Gly  100 
 
 
76 bp  151  3e-35  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.880044  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_R0035  tRNA-Gly  100 
 
 
76 bp  151  3e-35  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.29884  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_R0037  tRNA-Gly  100 
 
 
76 bp  151  3e-35  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.211481  normal 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1777  tRNA-Gly  100 
 
 
76 bp  151  3e-35  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  decreased coverage  0.00314954  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2827  tRNA-Gly  100 
 
 
76 bp  151  3e-35  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_R0036  tRNA-Gly  100 
 
 
76 bp  151  3e-35  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.279853  normal 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2767  tRNA-Gly  100 
 
 
76 bp  151  3e-35  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0513521  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_R0035  tRNA-Gly  100 
 
 
76 bp  151  3e-35  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.207428  normal 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2826  tRNA-Gly  100 
 
 
76 bp  151  3e-35  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_AR0045  tRNA-Gly  100 
 
 
73 bp  145  2e-33  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0960605  normal  0.982559 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_AR0044  tRNA-Gly  100 
 
 
73 bp  145  2e-33  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.013329  normal  0.99192 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_AR0043  tRNA-Gly  100 
 
 
73 bp  145  2e-33  Burkholderia sp. 383  Bacteria  decreased coverage  0.00341468  normal  0.996518 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_R0039  tRNA-Gly  98.68 
 
 
76 bp  143  7e-33  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.169853  normal  0.361721 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_AR0057  tRNA-Gly  98.68 
 
 
76 bp  143  7e-33  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.000972569  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_AR0056  tRNA-Gly  98.68 
 
 
76 bp  143  7e-33  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00797069  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_R0038  tRNA-Gly  98.68 
 
 
76 bp  143  7e-33  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.236319  normal  0.351853 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_R0045  tRNA-Gly  97.37 
 
 
76 bp  135  2e-30  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_R0032  tRNA-Gly  97.37 
 
 
76 bp  135  2e-30  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.165397  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_R0034  tRNA-Gly  97.37 
 
 
76 bp  135  2e-30  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.252828  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_R0023  tRNA-Gly  97.37 
 
 
76 bp  135  2e-30  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.881928  decreased coverage  0.000601016 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_R0047  tRNA-Gly  97.37 
 
 
76 bp  135  2e-30  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.686497  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RS04004  tRNA-Gly  96.05 
 
 
76 bp  127  4e-28  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  hitchhiker  2.02158e-07  normal  0.305986 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_R0036  tRNA-Gly  96.05 
 
 
76 bp  127  4e-28  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_R0039  tRNA-Gly  96.05 
 
 
76 bp  127  4e-28  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_rna21  tRNA-Gly  96.05 
 
 
76 bp  127  4e-28  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0044  tRNA-Gly  96.05 
 
 
76 bp  127  4e-28  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0345012  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0043  tRNA-Gly  96.05 
 
 
76 bp  127  4e-28  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0822724  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0041  tRNA-Gly  96.05 
 
 
76 bp  127  4e-28  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.142382  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0042  tRNA-Gly  96.05 
 
 
76 bp  127  4e-28  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.177024  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_R0008  tRNA-Gly  96.05 
 
 
76 bp  127  4e-28  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.521069  normal  0.137143 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_R0035  tRNA-Gly  96.05 
 
 
76 bp  127  4e-28  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_R0007  tRNA-Gly  96.05 
 
 
76 bp  127  4e-28  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.38046  normal  0.136228 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_R0011  tRNA-Gly  96.05 
 
 
76 bp  127  4e-28  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0189019  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RS04003  tRNA-Gly  96.05 
 
 
76 bp  127  4e-28  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  hitchhiker  1.36534e-05  normal  0.315468 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_rna23  tRNA-Gly  96.05 
 
 
76 bp  127  4e-28  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_R0037  tRNA-Gly  96.05 
 
 
76 bp  127  4e-28  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.694382  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_R0010  tRNA-Gly  96.05 
 
 
76 bp  127  4e-28  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0183648  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_R0056  tRNA-Gly  96.05 
 
 
76 bp  127  4e-28  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.666652  normal  0.4347 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_AR0037  tRNA-Gly  96.05 
 
 
76 bp  127  4e-28  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.0670203 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_R0011  tRNA-Gly  94.74 
 
 
76 bp  119  1e-25  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.15715  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_R0013  tRNA-Gly  94.74 
 
 
76 bp  119  1e-25  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.155997  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_R0048  tRNA-Gly  94.74 
 
 
76 bp  119  1e-25  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.395068  normal  0.100997 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_R0046  tRNA-Gly  94.74 
 
 
76 bp  119  1e-25  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.100607 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_R0037  tRNA-Gly  94.74 
 
 
76 bp  119  1e-25  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_R0001  tRNA-Gly  94.74 
 
 
76 bp  119  1e-25  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.598481  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_R0045  tRNA-Gly  94.74 
 
 
76 bp  119  1e-25  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.970525  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_R0061  tRNA-Gly  94.74 
 
 
76 bp  119  1e-25  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.0898081  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_R0059  tRNA-Gly  94.74 
 
 
76 bp  119  1e-25  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.0507601  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_R0038  tRNA-Gly  94.74 
 
 
76 bp  119  1e-25  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_R0023  tRNA-Gly  94.74 
 
 
76 bp  119  1e-25  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_R0012  tRNA-Gly  93.42 
 
 
76 bp  111  2e-23  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.46554  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_R0043  tRNA-Gly  93.42 
 
 
76 bp  111  2e-23  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.0285317  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_R0024  tRNA-Gly  93.42 
 
 
76 bp  111  2e-23  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_R0013  tRNA-Gly  93.42 
 
 
76 bp  111  2e-23  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0037  tRNA-Gly  93.42 
 
 
76 bp  111  2e-23  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.133837  normal 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_R0008  tRNA-Gly  93.42 
 
 
76 bp  111  2e-23  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.142347  normal 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_t34  tRNA-Gly  93.42 
 
 
76 bp  111  2e-23  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.417453  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_R0022  tRNA-Gly  93.42 
 
 
76 bp  111  2e-23  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_R0021  tRNA-Gly  93.42 
 
 
76 bp  111  2e-23  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.0839387  normal  0.279946 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_R0029  tRNA-Gly  93.42 
 
 
76 bp  111  2e-23  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.11864  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_tGly02  tRNA-Gly  93.42 
 
 
79 bp  111  2e-23  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_R0054  tRNA-Gly  93.42 
 
 
76 bp  111  2e-23  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.0271354  normal  0.903317 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_R0039  tRNA-Gly  98.33 
 
 
73 bp  111  2e-23  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA_tRNA-Gly-3  tRNA-Gly  93.42 
 
 
76 bp  111  2e-23  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.611211  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_R0043  tRNA-Gly  93.33 
 
 
76 bp  109  9e-23  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  hitchhiker  1.32411e-06  normal  0.194852 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_R0041  tRNA-Gly  93.15 
 
 
73 bp  105  1e-21  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_R0025  tRNA-Gly  93.15 
 
 
73 bp  105  1e-21  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal  0.620375 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_R0038  tRNA-Gly  93.15 
 
 
73 bp  105  1e-21  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.148988  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_R0028  tRNA-Gly  92.11 
 
 
76 bp  103  6e-21  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_R0030  tRNA-Gly  92.11 
 
 
76 bp  103  6e-21  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  decreased coverage  0.000189578  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>