More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bamb_6635 on replicon NC_008385
Organism: Burkholderia ambifaria AMMD



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008385  Bamb_6635  conjugal transfer ATPase TrbB  100 
 
 
320 aa  653  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  decreased coverage  1.277e-14  n/a   
 
 
-
 
NC_007337  Reut_D6502  conjugal transfer ATPase TrbB  100 
 
 
320 aa  653  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  decreased coverage  8.48029e-13  n/a   
 
 
-
 
NC_008766  Ajs_4274  conjugal transfer ATPase TrbB  75.08 
 
 
321 aa  493  1e-138  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  hitchhiker  1.39641e-17  normal  0.780952 
 
 
-
 
NC_009704  YpsIP31758_A0047  conjugal transfer ATPase TrbB  71.02 
 
 
366 aa  461  1e-129  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.435739  n/a   
 
 
-
 
NC_010579  XfasM23_2265  conjugal transfer ATPase TrbB  66.25 
 
 
320 aa  440  1e-122  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  decreased coverage  1.82151e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5376  conjugal transfer protein TrbB  49.34 
 
 
325 aa  293  4e-78  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.873553  normal  0.169831 
 
 
-
 
NC_011984  Avi_9269  conjugal transfer protein TrbB  49.18 
 
 
323 aa  286  2e-76  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007961  Nham_4569  conjugal transfer protein TrbB  49.02 
 
 
329 aa  282  6e-75  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2497  type II secretion system protein E  48.08 
 
 
321 aa  282  6e-75  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010000  Sbal195_4690  P-type conjugative transfer ATPase TrbB  48.81 
 
 
310 aa  281  9e-75  Shewanella baltica OS195  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5482  conjugal transfer protein TrbB  48.37 
 
 
321 aa  277  1e-73  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011991  Avi_9661  conjugal transfer protein TrbB  51.32 
 
 
320 aa  275  7e-73  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8334  conjugal transfer protein TrbB  47.54 
 
 
323 aa  271  8e-72  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.222514  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1622  P-type conjugative transfer ATPase TrbB  43.03 
 
 
346 aa  271  1e-71  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0244  P-type conjugative transfer ATPase TrbB  48.84 
 
 
322 aa  258  1e-67  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1334  P-type conjugative transfer ATPase TrbB  48.51 
 
 
322 aa  256  3e-67  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal  0.0908976 
 
 
-
 
NC_010333  Caul_5330  P-type conjugative transfer ATPase TrbB  44.55 
 
 
320 aa  255  9e-67  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.548363 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1835  P-type conjugative transfer ATPase TrbB  46.2 
 
 
325 aa  253  3e-66  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1634  P-type conjugative transfer protein TrbB  48.18 
 
 
322 aa  253  4e-66  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.0899884  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4000  P-type conjugative transfer ATPase TrbB  45.4 
 
 
328 aa  249  4e-65  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1484  type II secretion system protein E  47.8 
 
 
332 aa  249  5e-65  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.307277  normal 
 
 
-
 
NC_010335  Caul_5159  P-type conjugative transfer ATPase TrbB  44.87 
 
 
318 aa  249  5e-65  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3691  P-type conjugative transfer ATPase TrbB  45.57 
 
 
328 aa  248  8e-65  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0808  type II secretion system protein E  47.23 
 
 
326 aa  247  2e-64  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3212  P-type conjugative transfer ATPase TrbB  46.25 
 
 
332 aa  245  6e-64  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0166332  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2351  P-type conjugative transfer ATPase TrbB  49.68 
 
 
325 aa  245  7e-64  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3851  type II secretion system protein E  47.25 
 
 
327 aa  245  7e-64  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.296178  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0595  P-type conjugative transfer ATPase TrbB  46.41 
 
 
328 aa  245  8e-64  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3541  P-type conjugative transfer ATPase TrbB  47.15 
 
 
327 aa  244  1e-63  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3901  type II secretion system protein E  45.63 
 
 
322 aa  244  1e-63  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.23127  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1194  P-type conjugative transfer ATPase TrbB  47.15 
 
 
327 aa  244  1e-63  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.442732  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0699  P-type conjugative transfer ATPase TrbB  46.18 
 
 
326 aa  244  1e-63  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3004  P-type conjugative transfer ATPase TrbB  45.22 
 
 
342 aa  244  1e-63  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.803505  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3827  P-type conjugative transfer ATPase TrbB  47.04 
 
 
321 aa  244  2e-63  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1500  conjugal transfer protein trbB  44.51 
 
 
327 aa  244  2e-63  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0509  type II secretion system protein E  44.98 
 
 
329 aa  243  4e-63  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.77324  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3541  type II secretion system protein E  46.41 
 
 
322 aa  243  5e-63  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0478777  normal  0.532138 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3194  type II secretion system protein E  46.25 
 
 
334 aa  242  7e-63  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.653362  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3364  conjugal transfer protein trbB  45.78 
 
 
326 aa  241  1e-62  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.538744 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0966  P-type conjugative transfer ATPase TrbB  46.2 
 
 
334 aa  241  2e-62  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2878  P-type conjugative transfer ATPase TrbB  46.08 
 
 
327 aa  239  3e-62  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.0715794 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7440  conjugal transfer protein trbB  46.2 
 
 
305 aa  240  3e-62  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3086  P-type conjugative transfer ATPase TrbB  45.67 
 
 
343 aa  239  7e-62  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0749  P-type conjugative transfer ATPase TrbB  45.75 
 
 
327 aa  238  8e-62  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.641602  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7741  conjugal transfer protein trbB  46.2 
 
 
327 aa  238  1e-61  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.685768 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2645  P-type conjugative transfer ATPase TrbB  47.21 
 
 
345 aa  237  2e-61  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0156  type II secretion system protein E  45.48 
 
 
334 aa  237  2e-61  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1013  P-type conjugative transfer ATPase TrbB  45.08 
 
 
322 aa  237  2e-61  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2027  P-type conjugative transfer ATPase TrbB  45.74 
 
 
333 aa  236  4e-61  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2584  conjugal transfer protein TrbB  47.3 
 
 
355 aa  234  1e-60  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2324  type II secretion system protein E  45.75 
 
 
327 aa  235  1e-60  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3506  P-type conjugative transfer ATPase TrbB  46.23 
 
 
344 aa  233  3e-60  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.19636  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1341  type II secretion system protein E  46.56 
 
 
354 aa  233  4e-60  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.120888  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1550  type II secretion system protein E  46.56 
 
 
358 aa  232  5e-60  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.00260971  normal  0.700306 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2004  type II secretion system protein E  47.06 
 
 
348 aa  232  6e-60  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008757  Pnap_4195  type II secretion system protein E  46.33 
 
 
343 aa  231  8e-60  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0726  type II secretion system protein E  47.06 
 
 
349 aa  231  9e-60  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.687032  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2699  P-type conjugative transfer ATPase TrbB  46.23 
 
 
344 aa  231  9e-60  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.183128  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3706  P-type conjugative transfer ATPase TrbB  46.58 
 
 
350 aa  231  1e-59  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.557258  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0161  P-type conjugative transfer ATPase TrbB  44.87 
 
 
323 aa  231  1e-59  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.654674 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0438  P-type conjugative transfer ATPase TrbB  46.23 
 
 
353 aa  231  1e-59  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1895  P-type conjugative transfer ATPase TrbB  46.23 
 
 
356 aa  229  4e-59  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2268  P-type conjugative transfer ATPase TrbB  43.57 
 
 
325 aa  229  5e-59  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_35720  P-type conjugative transfer ATPase TrbB  46.33 
 
 
350 aa  229  5e-59  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.469898  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2911  type II secretion system protein E  47.16 
 
 
344 aa  229  6e-59  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1282  type II secretion system protein E  47.21 
 
 
356 aa  229  6e-59  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0318  type II secretion system protein E  45.86 
 
 
327 aa  228  2e-58  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0504933  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2824  P-type conjugative transfer ATPase TrbB  46.03 
 
 
329 aa  227  2e-58  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2350  P-type conjugative transfer ATPase TrbB  46.41 
 
 
351 aa  226  5e-58  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.526616 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_30940  putative conjugal transfer protein  45.57 
 
 
356 aa  225  8e-58  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  1.28533e-10  unclonable  3.72388e-22 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2614  type II secretion system protein E  46.43 
 
 
327 aa  217  2e-55  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2485  type II secretion system protein E  45.7 
 
 
327 aa  216  4e-55  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal  0.3274 
 
 
-
 
NC_013515  Smon_1183  type II secretion system protein E  40.07 
 
 
319 aa  204  1e-51  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0892  type II secretion system protein E  37.42 
 
 
319 aa  197  1e-49  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1720  P-type conjugative transfer ATPase TrbB  45.17 
 
 
329 aa  192  8e-48  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  hitchhiker  0.00147948  normal 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0688  P-type conjugative transfer ATPase TrbB  44.4 
 
 
309 aa  191  1e-47  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011061  Paes_2346  P-type conjugative transfer ATPase TrbB  44.1 
 
 
325 aa  187  2e-46  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1339  type II secretion system protein E  37.42 
 
 
412 aa  178  1e-43  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0072  type II secretion system protein E  38.72 
 
 
408 aa  177  1e-43  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.928138  normal  0.608061 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2555  type II secretion system protein E  36.62 
 
 
464 aa  176  4e-43  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.174933  normal  0.12963 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0545  type II secretion system protein E  35 
 
 
454 aa  176  6e-43  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.732692 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4191  type II secretion system protein E  39.03 
 
 
491 aa  174  1e-42  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0655  type II secretion system protein  37.13 
 
 
479 aa  174  2e-42  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal  0.181528 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7195  Flp pilus assembly protein ATPase CpaF  38.33 
 
 
455 aa  174  2e-42  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.141277  normal  0.285879 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3512  type II secretion system protein E  36.07 
 
 
449 aa  173  3e-42  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.657436  normal  0.0925086 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4479  type II secretion system protein E  39.03 
 
 
491 aa  173  3e-42  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0804  type II secretion system protein E  34.35 
 
 
473 aa  173  4e-42  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6366  type II secretion system protein E  38 
 
 
454 aa  173  4e-42  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.595615  normal 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6778  type II secretion system protein E  38 
 
 
454 aa  172  5e-42  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.367997  normal  0.399772 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5492  type II secretion system protein E  38 
 
 
454 aa  172  5e-42  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0157969  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7034  putative secretory protein kinase, cpaF-like gene  38.41 
 
 
433 aa  172  7e-42  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.473497 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3523  type II secretion system protein E  38.98 
 
 
482 aa  172  8e-42  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.779224  normal 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2274  type II secretion system protein  37.33 
 
 
455 aa  172  9e-42  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A3091  type II/IV secretion system protein  37.67 
 
 
455 aa  171  1e-41  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1316  type II secretion system protein  37.67 
 
 
455 aa  172  1e-41  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1781  type II secretion system protein E  38.98 
 
 
467 aa  171  1e-41  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.615567  normal  0.227871 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2966  type II/IV secretion system protein  37.67 
 
 
455 aa  172  1e-41  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.265625  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3716  type II secretion system protein E  39.32 
 
 
490 aa  171  1e-41  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.058843  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2018  type II secretion system protein E  36.21 
 
 
445 aa  171  2e-41  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2366  putative pilus assembly protein  37.86 
 
 
441 aa  171  2e-41  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.108206  normal  0.102588 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>