194 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bamb_6429 on replicon NC_008392
Organism: Burkholderia ambifaria AMMD



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008392  Bamb_6429  aspartate racemase  100 
 
 
234 aa  479  1e-134  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.390115 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6141  aspartate racemase  98.54 
 
 
205 aa  412  1e-114  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.422237  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0199  aspartate racemase  46.12 
 
 
239 aa  228  5e-59  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.134945  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2728  hypothetical protein  45.69 
 
 
230 aa  226  2e-58  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.881231  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3685  aspartate racemase  44.16 
 
 
233 aa  222  4e-57  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal  0.209881 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1908  aspartate racemase  42.86 
 
 
231 aa  217  1e-55  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.400117  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2793  aspartate racemase  45.05 
 
 
230 aa  216  2e-55  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4559  aspartate racemase  44.4 
 
 
231 aa  215  6e-55  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.110424  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1530  aspartate racemase  42.74 
 
 
232 aa  212  4e-54  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.204202 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2098  aspartate racemase  42.42 
 
 
229 aa  211  9e-54  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal  0.817779 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1262  aspartate racemase  45.89 
 
 
231 aa  211  1e-53  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.399281  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2599  aspartate racemase  43.16 
 
 
232 aa  211  1e-53  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.577714  normal  0.0780411 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3727  aspartate racemase  43.97 
 
 
243 aa  209  3e-53  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2223  aspartate racemase family protein  41.99 
 
 
235 aa  207  1e-52  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2251  aspartate racemase family protein  41.63 
 
 
232 aa  207  1e-52  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  8.85155e-27 
 
 
-
 
NC_005945  BAS2067  aspartate racemase family protein  41.99 
 
 
235 aa  207  1e-52  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2007  aspartate racemase  41.63 
 
 
232 aa  207  1e-52  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.273541  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1127  aspartate racemase  44.35 
 
 
230 aa  206  2e-52  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.10247  normal  0.372995 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2205  aspartate racemase family protein  41.56 
 
 
230 aa  206  3e-52  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2048  aspartate racemase  41.13 
 
 
232 aa  206  3e-52  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.00935047  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5449  aspartate racemase  43.48 
 
 
230 aa  205  5e-52  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2335  aspartate racemase family protein  40.95 
 
 
234 aa  204  1e-51  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.209175  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000098  aspartate racemase  41.13 
 
 
231 aa  204  1e-51  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.220289  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3120  aspartate racemase family protein  40.69 
 
 
231 aa  204  1e-51  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.755099  hitchhiker  1.48082e-05 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1062  aspartate racemase  44.4 
 
 
229 aa  204  1e-51  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.301738  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2161  aspartate racemase  43.48 
 
 
230 aa  203  2e-51  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.779512  normal  0.822901 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2253  aspartate racemase family protein  41.2 
 
 
232 aa  203  2e-51  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.159416  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5934  aspartate racemase  43.48 
 
 
230 aa  202  4e-51  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.137693  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2143  aspartate racemase  43.48 
 
 
230 aa  202  4e-51  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.578734  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3053  aspartate racemase  46.32 
 
 
239 aa  202  5e-51  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0941  aspartate racemase  39.22 
 
 
230 aa  201  9e-51  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1375  aspartate racemase  41.03 
 
 
233 aa  201  1e-50  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2006  aspartate racemase  40.69 
 
 
232 aa  200  2e-50  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.975999  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0550  aspartate racemase  42.42 
 
 
230 aa  199  4e-50  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.112794  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4593  aspartate racemase  40.69 
 
 
230 aa  199  4e-50  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.243748  normal  0.631 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2987  putative racemase  41.38 
 
 
230 aa  198  5e-50  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.0674464 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1412  aspartate racemase family protein  41.56 
 
 
230 aa  198  5e-50  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  1.93401e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1521  aspartate racemase  41.56 
 
 
231 aa  198  5e-50  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.00121722  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2053  aspartate racemase  43.48 
 
 
230 aa  198  5e-50  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.282147  normal 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0370  aspartate racemase family protein  41.56 
 
 
231 aa  198  6e-50  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  8.27408e-06  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3286  putative racemase  41.81 
 
 
230 aa  198  7e-50  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.989342  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03998  aspartate racemase  39.66 
 
 
232 aa  197  9e-50  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1897  aspartate racemase  40.95 
 
 
231 aa  197  1e-49  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2180  aspartate racemase  43.48 
 
 
230 aa  197  1e-49  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3023  putative racemase  41.38 
 
 
230 aa  196  2e-49  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1157  aspartate racemase  41.3 
 
 
230 aa  196  2e-49  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.169968  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3160  putative racemase  41.38 
 
 
230 aa  196  2e-49  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4108  putative racemase  41.38 
 
 
230 aa  196  2e-49  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  hitchhiker  3.97336e-05 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2987  putative racemase  41.38 
 
 
230 aa  196  2e-49  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02688  predicted racemase  41.38 
 
 
230 aa  196  2e-49  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0875  putative racemase  41.38 
 
 
230 aa  196  2e-49  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02649  hypothetical protein  41.38 
 
 
230 aa  196  2e-49  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4503  aspartate racemase  44.35 
 
 
238 aa  196  3e-49  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0141875  normal 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0021  aspartate racemase  39.48 
 
 
239 aa  195  6e-49  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.0279038  normal 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0850  aspartate racemase  41.38 
 
 
230 aa  194  8e-49  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1171  aspartate racemase  41.74 
 
 
235 aa  193  2e-48  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  unclonable  0.000110091  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0902  aspartate racemase  42.61 
 
 
233 aa  192  5e-48  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.311636 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4003  putative aspartate racemase  41.44 
 
 
242 aa  191  7e-48  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3160  aspartate racemase  40.87 
 
 
236 aa  190  1e-47  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  6.32506e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1082  aspartate racemase  40.09 
 
 
237 aa  189  3e-47  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0351  aspartate racemase  42.24 
 
 
230 aa  189  3e-47  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2886  hypothetical protein  40.71 
 
 
225 aa  188  5e-47  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_4003  aspartate racemase  37.23 
 
 
231 aa  188  5e-47  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  4.29712e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3231  putative racemase  40.34 
 
 
235 aa  187  1e-46  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  decreased coverage  1.34766e-05 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3246  putative racemase  40.34 
 
 
235 aa  186  2e-46  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  hitchhiker  4.45722e-05 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3165  putative racemase  40.34 
 
 
235 aa  186  2e-46  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3347  putative racemase  40.34 
 
 
235 aa  186  2e-46  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal  0.042763 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3183  putative racemase  40.34 
 
 
235 aa  186  2e-46  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3409  aspartate racemase  44.14 
 
 
230 aa  181  1e-44  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2977  aspartate racemase  36.21 
 
 
246 aa  181  1e-44  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.85375  normal  0.0977004 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1147  aspartate racemase  36.48 
 
 
241 aa  180  2e-44  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.718342  normal  0.712603 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0972  aspartate racemase  38.33 
 
 
230 aa  178  6e-44  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0005  aspartate racemase  39.32 
 
 
232 aa  176  2e-43  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_2031  aspartate racemase  38.4 
 
 
240 aa  176  4e-43  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  normal  0.0604958 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2760  aspartate racemase  37.61 
 
 
239 aa  174  1e-42  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.458115  normal  0.682156 
 
 
-
 
NC_003912  CJE0080  aspartate racemase, putative  35.5 
 
 
231 aa  174  1e-42  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.28039  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0120  aspartate racemase, putative  34.63 
 
 
231 aa  170  2e-41  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1877  aspartate racemase  36.96 
 
 
226 aa  169  3e-41  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.211864  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2422  aspartate racemase  36.52 
 
 
226 aa  169  4e-41  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.00910723  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_0092  putative aspartate racemase  34.2 
 
 
231 aa  168  5e-41  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS2459  aspartate racemase family protein  36.52 
 
 
226 aa  168  6e-41  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.0713108  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2639  aspartate racemase family protein  36.52 
 
 
226 aa  168  6e-41  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2706  aspartate racemase family protein  36.09 
 
 
226 aa  167  9e-41  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2665  aspartate racemase family protein  36.09 
 
 
226 aa  167  9e-41  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.00871532  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2656  aspartate racemase family protein  36.09 
 
 
226 aa  167  1e-40  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  2.54701e-07 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1249  aspartate racemase  35.06 
 
 
239 aa  167  1e-40  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2383  aspartate racemase  36.09 
 
 
226 aa  166  2e-40  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.135854  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1412  aspartate racemase  32.9 
 
 
229 aa  166  2e-40  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2661  aspartate racemase family protein  36.09 
 
 
226 aa  167  2e-40  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.561952  hitchhiker  2.01094e-05 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2506  aspartate racemase  38.03 
 
 
239 aa  166  3e-40  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2497  aspartate racemase  36.48 
 
 
230 aa  165  7e-40  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.131585  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2501  aspartate racemase  34.78 
 
 
227 aa  163  2e-39  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  decreased coverage  0.00208009  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0918  aspartate racemase  35.34 
 
 
230 aa  163  3e-39  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  0.468864  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4364  aspartate racemase  37.61 
 
 
305 aa  162  3e-39  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2663  aspartate racemase family protein  34.35 
 
 
226 aa  162  5e-39  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4055  aspartate racemase  35.78 
 
 
229 aa  160  1e-38  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1970  aspartate racemase  35.5 
 
 
239 aa  161  1e-38  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.298402  normal  0.629341 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2199  aspartate/glutamate racemase family protein  36.64 
 
 
229 aa  159  3e-38  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4072  aspartate racemase  41.03 
 
 
233 aa  158  7e-38  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.280676  normal  0.78132 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0053  aspartate racemase  33.05 
 
 
233 aa  157  1e-37  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>