More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bamb_6370 on replicon NC_008392
Organism: Burkholderia ambifaria AMMD



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010557  BamMC406_6073  TolC family type I secretion outer membrane protein  98.91 
 
 		 457 aa  885    Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.523429 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6370  TolC family type I secretion outer membrane protein  100 
 
 		 456 aa  916    Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.668018  normal  1 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C5970  Type I secretion outer membrane protein, TolC  60.14 
 
 		 442 aa  491  1e-137  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3061  type I secretion outer membrane protein, TolC family  40.65 
 
 		 450 aa  322  9.999999999999999e-87  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1214  type I secretion outer membrane protein, TolC family  40.98 
 
 		 450 aa  317  2e-85  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.227292  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1804  TolC family type I secretion outer membrane protein  43.52 
 
 		 451 aa  311  2e-83  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.894432  normal  0.601876 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0134  Type I secretion outer membrane protein, TolC  42.72 
 
 		 450 aa  293  6e-78  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.675891  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1462  Type I secretion outer membrane protein, TolC  39.5 
 
 		 452 aa  291  2e-77  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5061  TolC family type I secretion outer membrane protein  41.75 
 
 		 445 aa  288  1e-76  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.447957 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3809  TolC family type I secretion outer membrane protein  38.64 
 
 		 457 aa  279  6e-74  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0041623 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4320  agglutination protein  39.05 
 
 		 471 aa  279  7e-74  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4519  TolC family type I secretion outer membrane protein  39.04 
 
 		 452 aa  278  1e-73  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3594  TolC family type I secretion outer membrane protein  38.68 
 
 		 471 aa  278  1e-73  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1392  TolC family type I secretion outer membrane protein  39.04 
 
 		 452 aa  278  2e-73  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0379  TolC family type I secretion outer membrane protein  38.83 
 
 		 471 aa  276  4e-73  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4025  TolC family type I secretion outer membrane protein  38.55 
 
 		 452 aa  275  1.0000000000000001e-72  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0350176 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0381  TolC family type I secretion outer membrane protein  38.18 
 
 		 471 aa  274  3e-72  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3645  TolC family type I secretion outer membrane protein  38.18 
 
 		 471 aa  274  3e-72  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0433  type I secretion outer membrane protein, TolC family protein  38.2 
 
 		 469 aa  274  3e-72  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.462048  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3261  type I secretion outer membrane protein, TolC  37.23 
 
 		 469 aa  269  7e-71  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.537181 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4101  TolC family type I secretion outer membrane protein  37.37 
 
 		 472 aa  268  1e-70  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3908  type I secretion outer membrane protein, TolC family  37.15 
 
 		 473 aa  269  1e-70  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3985  TolC family type I secretion outer membrane protein  37.15 
 
 		 473 aa  269  1e-70  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0381  Type I secretion outer membrane protein, TolC  36.81 
 
 		 468 aa  268  1e-70  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.034849  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4007  TolC family type I secretion outer membrane protein  37.15 
 
 		 472 aa  267  2.9999999999999995e-70  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1293  Poly(R)-hydroxyalkanoic acid synthase, class I  39.31 
 
 		 430 aa  267  4e-70  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.987047 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02379  hypothetical protein  36.38 
 
 		 436 aa  265  1e-69  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0365  TolC family type I secretion outer membrane protein  36.22 
 
 		 475 aa  262  8.999999999999999e-69  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4142  TolC family type I secretion outer membrane protein  36.36 
 
 		 472 aa  261  2e-68  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00647616  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0310  TolC family type I secretion outer membrane protein  35.67 
 
 		 470 aa  259  6e-68  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.952787  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0474  TolC family type I secretion outer membrane protein  36.11 
 
 		 470 aa  259  8e-68  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0171025  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003403  agglutination protein  36.21 
 
 		 436 aa  257  3e-67  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.000998881  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0889  hypothetical protein  35.06 
 
 		 574 aa  256  4e-67  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0858  hypothetical protein  35.06 
 
 		 574 aa  256  4e-67  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1228  agglutination protein  36.59 
 
 		 445 aa  255  1.0000000000000001e-66  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000902456  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0204  Type I secretion outer membrane protein, TolC  34.58 
 
 		 441 aa  255  1.0000000000000001e-66  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001579  agglutination protein  35.56 
 
 		 437 aa  253  6e-66  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.582339  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02372  hypothetical protein  36.87 
 
 		 425 aa  251  2e-65  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003406  agglutination protein  36.36 
 
 		 423 aa  247  3e-64  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0310  Type I secretion outer membrane protein, TolC  36.99 
 
 		 607 aa  237  3e-61  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.120997  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3762  Type I secretion outer membrane protein, TolC  38.13 
 
 		 609 aa  236  6e-61  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.789361  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0720  Type I secretion outer membrane protein, TolC  36.73 
 
 		 658 aa  231  1e-59  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  unclonable  0.000000202106  normal  1 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0019  outer membrane efflux protein  31.32 
 
 		 440 aa  229  6e-59  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1494  type I secretion outer membrane protein, TolC family  34.55 
 
 		 450 aa  227  4e-58  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0562  type I secretion outer membrane protein, TolC family  33.89 
 
 		 450 aa  226  7e-58  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0546  TolC family type I secretion outer membrane protein  31.98 
 
 		 444 aa  224  3e-57  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4322  TolC family type I secretion outer membrane protein  34.6 
 
 		 501 aa  223  4e-57  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.811491  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1307  type I secretion outer membrane protein, TolC family  34.02 
 
 		 484 aa  221  1.9999999999999999e-56  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1664  type I secretion outer membrane protein, TolC family  33.1 
 
 		 466 aa  213  7.999999999999999e-54  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.623373  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0784  type I secretion outer membrane protein, TolC family  33.25 
 
 		 491 aa  212  1e-53  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.649029  normal  1 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0790  type I secretion outer membrane protein, TolC family  31.19 
 
 		 440 aa  211  2e-53  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  unclonable  0.000000109355  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0706  Type I secretion outer membrane protein, TolC  35.42 
 
 		 636 aa  209  8e-53  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.0676668 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1978  TolC family type I secretion outer membrane protein  33.25 
 
 		 456 aa  206  9e-52  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.143142  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2659  TolC family type I secretion outer membrane protein  33.5 
 
 		 451 aa  199  7.999999999999999e-50  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0633  type I secretion outer membrane protein, TolC family  33.1 
 
 		 484 aa  199  1.0000000000000001e-49  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  hitchhiker  0.00458641  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1845  TolC family type I secretion outer membrane protein  32.78 
 
 		 471 aa  196  5.000000000000001e-49  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  decreased coverage  0.0000390204  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4205  TolC family type I secretion outer membrane protein  31.76 
 
 		 431 aa  196  6e-49  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.668787  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1665  type I secretion outer membrane protein, TolC family  31.79 
 
 		 472 aa  196  7e-49  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  0.104935 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2097  TolC family type I secretion outer membrane protein  34.79 
 
 		 633 aa  196  8.000000000000001e-49  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1415  Type I secretion outer membrane protein, TolC  31.24 
 
 		 472 aa  193  5e-48  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.000000596226  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2241  Type I secretion outer membrane protein, TolC  31.71 
 
 		 524 aa  189  9e-47  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.417493  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1880  outer membrane protein  33.94 
 
 		 492 aa  189  1e-46  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.0375089 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0888  ComEC/Rec2 family protein  30.58 
 
 		 559 aa  180  4.999999999999999e-44  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  decreased coverage  0.00289662  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1633  Type I secretion outer membrane protein, TolC  32.05 
 
 		 519 aa  179  1e-43  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.181955  normal  0.716054 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0160  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  28.54 
 
 		 566 aa  176  8e-43  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  0.213741  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1875  type I secretion outer membrane protein, TolC family  28.01 
 
 		 476 aa  164  2.0000000000000002e-39  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0010  type I secretion outer membrane protein, TolC family  29.45 
 
 		 443 aa  160  4e-38  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.444301  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0634  type I secretion outer membrane protein, TolC family  29.53 
 
 		 467 aa  160  5e-38  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  hitchhiker  0.0000541353  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1878  type I secretion outer membrane protein, TolC family  28.27 
 
 		 475 aa  158  2e-37  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.660542  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3004  TolC family type I secretion outer membrane protein  29.34 
 
 		 464 aa  134  3.9999999999999996e-30  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.599739 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2577  Type I secretion outer membrane protein, TolC  26.73 
 
 		 522 aa  132  1.0000000000000001e-29  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00589159 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5878  TolC family type I secretion outer membrane protein  27.36 
 
 		 463 aa  130  4.0000000000000003e-29  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.539647  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3558  Type I secretion outer membrane protein, TolC  28.25 
 
 		 472 aa  126  8.000000000000001e-28  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.445028  normal  0.560368 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6495  type I secretion outer membrane protein, TolC family  27.23 
 
 		 518 aa  125  2e-27  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0580  putative outer membrane transport protein  26.88 
 
 		 451 aa  121  1.9999999999999998e-26  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2013  type I secretion outer membrane protein, TolC family  26.85 
 
 		 472 aa  119  9.999999999999999e-26  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.226354  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2262  Type I secretion outer membrane protein, TolC  28.31 
 
 		 497 aa  119  9.999999999999999e-26  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.0148702  normal  0.873765 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1569  TolC family type I secretion outer membrane protein  24.59 
 
 		 461 aa  117  3e-25  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.151598  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1907  Type I secretion outer membrane protein, TolC  27.33 
 
 		 472 aa  117  3.9999999999999997e-25  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1149  TolC family type I secretion outer membrane protein  24.83 
 
 		 456 aa  117  3.9999999999999997e-25  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.435165  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1434  type I secretion outer membrane protein, TolC  25 
 
 		 490 aa  116  6.9999999999999995e-25  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.44207  normal  0.675589 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2243  TolC family type I secretion outer membrane protein  23.33 
 
 		 455 aa  116  1.0000000000000001e-24  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2894  Type I secretion outer membrane protein, TolC  25.77 
 
 		 460 aa  115  2.0000000000000002e-24  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.386257  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1725  TolC family type I secretion outer membrane protein  26.51 
 
 		 489 aa  114  3e-24  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.736299  normal  0.0102072 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1096  TolC family type I secretion outer membrane protein  27.92 
 
 		 494 aa  114  4.0000000000000004e-24  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.739146 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3411  hypothetical protein  28.68 
 
 		 425 aa  114  4.0000000000000004e-24  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.527264  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3453  putative tolC outer membrane protein  26.06 
 
 		 438 aa  114  4.0000000000000004e-24  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.341393 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4235  TolC family type I secretion outer membrane protein  26.24 
 
 		 463 aa  113  6e-24  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.902691  normal  0.529157 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0938  outer membrane efflux family protein  24.01 
 
 		 452 aa  113  8.000000000000001e-24  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0945  outer membrane efflux family protein  24.29 
 
 		 456 aa  112  1.0000000000000001e-23  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.681331  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_40250  putative outer membrane protein precursor  28.19 
 
 		 425 aa  112  2.0000000000000002e-23  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.311034  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3945  putative outer membrane protein tolC precursor  24.58 
 
 		 461 aa  111  3e-23  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.8738  normal  0.222307 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3004  putative outer TolC membrane protein  26.09 
 
 		 469 aa  110  4.0000000000000004e-23  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.833992 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1798  Type I secretion outer membrane protein, TolC  26.7 
 
 		 538 aa  110  4.0000000000000004e-23  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.99988  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2686  Outer membrane secretion protein  24.28 
 
 		 472 aa  110  4.0000000000000004e-23  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.553025  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0186  Type I secretion outer membrane protein, TolC  27.03 
 
 		 485 aa  109  9.000000000000001e-23  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3318  type I secretion outer membrane protein, TolC family  25.29 
 
 		 470 aa  109  1e-22  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1826  Type I secretion outer membrane protein, TolC  24.29 
 
 		 487 aa  108  2e-22  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2568  Type I secretion outer membrane protein, TolC  23.73 
 
 		 464 aa  108  3e-22  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1000  outer membrane efflux protein  31.3 
 
 		 440 aa  105  1e-21  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.148776  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>