94 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bamb_6366 on replicon NC_008392
Organism: Burkholderia ambifaria AMMD



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012791  Vapar_0704  Fibronectin type III domain protein  51.57 
 
 		 718 aa  645    Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6069  LamG domain-containing protein  97.29 
 
 		 739 aa  1442    Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS01652  putative transmembrane protein  63.25 
 
 		 767 aa  924    Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.993678  normal  0.0258768 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4814  putative transmembrane protein  58.09 
 
 		 757 aa  828    Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6366  putative transmembrane protein  100 
 
 		 739 aa  1501    Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6601  LamG domain-containing protein  36.66 
 
 		 741 aa  403  1e-111  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.595168 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6119  LamG domain-containing protein  36.57 
 
 		 741 aa  403  1e-111  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.153451 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5754  LamG-like jellyroll fold  36.57 
 
 		 741 aa  403  1e-111  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
BN001304  ANIA_07279  GPI anchored protein, putative (AFU_orthologue; AFUA_1G01300)  43.43 
 
 		 387 aa  286  9e-76  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4996  protein of unknown function DUF1680  51.76 
 
 		 846 aa  207  6e-52  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.0569195 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3959  hypothetical protein  33.5 
 
 		 1066 aa  182  2e-44  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.383952  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3946  hypothetical protein  36.48 
 
 		 555 aa  179  2e-43  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1017  protein of unknown function DUF1080  29.46 
 
 		 786 aa  135  3e-30  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.0838366  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2506  S-layer-like domain-containing protein  40 
 
 		 1013 aa  133  1.0000000000000001e-29  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0899  hypothetical protein  49.01 
 
 		 155 aa  133  1.0000000000000001e-29  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.606509  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2675  coagulation factor 5/8 type domain-containing protein  27.81 
 
 		 834 aa  126  1e-27  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.343316 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_01850  Ig-like domain-containing protein  39.27 
 
 		 1323 aa  122  3e-26  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.854355  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0704  16S rRNA dimethylase  25.71 
 
 		 675 aa  109  2e-22  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.0625805 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1859  protein of unknown function DUF1680  36.57 
 
 		 736 aa  100  7e-20  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1754  hypothetical protein  26.48 
 
 		 386 aa  95.9  2e-18  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3960  hypothetical protein  25.83 
 
 		 405 aa  94  9e-18  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0698754  normal  0.0204382 
 
 
-
 
BN001302  ANIA_03486  conserved hypothetical protein  27.98 
 
 		 361 aa  91.3  5e-17  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4617  protein of unknown function DUF1680  26.9 
 
 		 1025 aa  85.1  0.000000000000004  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0602011  normal  0.370298 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1856  hypothetical protein  33.48 
 
 		 739 aa  79.3  0.0000000000002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.0763554  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3263  VcfQ-like protein  34.88 
 
 		 1072 aa  76.6  0.000000000002  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3011  LamG domain-containing protein  32.64 
 
 		 4761 aa  76.6  0.000000000002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1543  cellulosome anchoring protein cohesin region  47.73 
 
 		 782 aa  70.1  0.0000000002  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.000430269  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2760  hypothetical protein  28.18 
 
 		 385 aa  65.9  0.000000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.120597 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1737  hypothetical protein  30.59 
 
 		 251 aa  65.1  0.000000005  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  unclonable  0.0000000000179479  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3385  hypothetical protein  29.25 
 
 		 1931 aa  64.7  0.000000006  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.807986 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2728  hypothetical protein  27.39 
 
 		 848 aa  63.9  0.000000009  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3317  Beta-xylosidase-like  30.69 
 
 		 1174 aa  63.2  0.00000002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  unclonable  0.00018095  hitchhiker  0.000000702951 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0641  hypothetical protein  27.54 
 
 		 258 aa  62  0.00000004  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000324507  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7437  hypothetical protein  31.6 
 
 		 1101 aa  61.2  0.00000007  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0666  hypothetical protein  25.88 
 
 		 258 aa  59.3  0.0000002  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0665  hypothetical protein  28.28 
 
 		 250 aa  58.5  0.0000004  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2469  fibronectin, type III  30.63 
 
 		 3507 aa  56.6  0.000001  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1623  glycoside hydrolase family 43  25.68 
 
 		 804 aa  57.4  0.000001  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.0299424  normal  0.680345 
 
 
-
 
NC_013744  Htur_3909  glycoside hydrolase family 2 sugar binding protein  27.27 
 
 		 1600 aa  57  0.000001  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2452  alpha amylase, catalytic region  42.24 
 
 		 1401 aa  55.5  0.000003  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.0187956  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2169  LamG domain-containing protein  26.49 
 
 		 4357 aa  55.5  0.000003  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1017  hypothetical protein  23.56 
 
 		 252 aa  55.8  0.000003  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1976  hypothetical protein  28.71 
 
 		 1367 aa  55.5  0.000004  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  unclonable  0.000800417  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1919  Chitinase-like protein  42.22 
 
 		 680 aa  55.1  0.000004  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0640  hypothetical protein  29.28 
 
 		 250 aa  55.1  0.000004  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000266751  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4267  LamG domain protein jellyroll fold domain protein  29.56 
 
 		 236 aa  55.1  0.000004  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.958159 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0083  LamG domain-containing protein  32.55 
 
 		 430 aa  55.1  0.000005  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1999  LamG domain-containing protein  26.63 
 
 		 3907 aa  55.1  0.000005  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1047  hypothetical protein  27.47 
 
 		 316 aa  54.3  0.000008  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1738  hypothetical protein  26.92 
 
 		 249 aa  54.3  0.000008  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.000000000306198  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0367  VCBS  30.28 
 
 		 6678 aa  53.1  0.00002  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  0.410615 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2193  carbohydrate-binding family 6 protein  44.94 
 
 		 948 aa  52  0.00004  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.43679  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2278  alpha amylase catalytic region  37.04 
 
 		 1307 aa  51.6  0.00005  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  0.792883  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2161  glycoside hydrolase family protein  26.74 
 
 		 1143 aa  51.6  0.00005  Shewanella baltica OS223  Bacteria  unclonable  0.000526501  hitchhiker  0.0000457644 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1773  LamG domain protein jellyroll fold domain protein  27.1 
 
 		 288 aa  51.2  0.00006  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.327647  normal  0.115704 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0642  LamG domain-containing protein  24.44 
 
 		 247 aa  51.2  0.00007  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000110792  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0381  Fibronectin type III domain protein  33.57 
 
 		 277 aa  51.2  0.00007  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8217  Alpha-L-fucosidase  34.84 
 
 		 991 aa  51.2  0.00007  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4731  hypothetical protein  27.6 
 
 		 2223 aa  50.8  0.0001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0574  fibronectin, type III domain-containing protein  27.06 
 
 		 4433 aa  50.8  0.0001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0667  LamG domain-containing protein  23.21 
 
 		 247 aa  49.7  0.0002  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2047  glycoside hydrolase family protein  26.83 
 
 		 1112 aa  49.7  0.0002  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  unclonable  0.000114958  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0997  PKD domain containing protein  34.78 
 
 		 1150 aa  49.7  0.0002  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.014339 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0638  hypothetical protein  28.44 
 
 		 250 aa  49.3  0.0002  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000613219  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2755  hypothetical protein  32.68 
 
 		 564 aa  49.3  0.0003  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4562  hypothetical protein  29.82 
 
 		 1576 aa  49.3  0.0003  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0663  hypothetical protein  27.98 
 
 		 250 aa  48.9  0.0003  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.351278  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5765  hypothetical protein  29.94 
 
 		 593 aa  48.5  0.0004  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013744  Htur_4088  Glycosyl hydrolase family 32 domain protein  26.52 
 
 		 754 aa  48.1  0.0005  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1932  outer membrane protein  25 
 
 		 424 aa  48.5  0.0005  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.259358 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2022  fibronectin, type III domain-containing protein  41.98 
 
 		 683 aa  48.1  0.0005  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00638663  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2327  alpha amylase catalytic region  36.84 
 
 		 1401 aa  48.5  0.0005  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.775797  normal  0.294215 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1781  alpha amylase, catalytic region  35.64 
 
 		 1847 aa  48.5  0.0005  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.238609  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1622  glycoside hydrolase family 43  23.21 
 
 		 703 aa  48.1  0.0006  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.372812  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1094  putative outer membrane adhesin like proteiin  29.59 
 
 		 11716 aa  48.1  0.0006  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.511917 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4870  LamG domain protein jellyroll fold domain protein  26.7 
 
 		 1147 aa  47.8  0.0007  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  decreased coverage  0.000290642  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1747  hypothetical protein  29.66 
 
 		 1139 aa  47.8  0.0009  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000564232 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_1625  hypothetical protein  27.52 
 
 		 354 aa  47.4  0.001  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_14310  beta-galactosidase/beta-glucuronidase  27.75 
 
 		 864 aa  47.4  0.001  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2086  beta-xylosidase-like protein  25.87 
 
 		 1121 aa  47  0.001  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00280414  decreased coverage  0.0000000469917 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2914  cell surface receptor IPT/TIG domain protein  28.64 
 
 		 1035 aa  47  0.001  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1999  glycoside hydrolase family protein  26.37 
 
 		 1121 aa  47  0.001  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  0.000101187  decreased coverage  0.0000000170847 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4515  APHP domain-containing protein  32.82 
 
 		 5743 aa  46.6  0.002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2966  PKD domain containing protein  23.42 
 
 		 531 aa  46.2  0.002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.506413 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04176  exoglucanase A  39.56 
 
 		 548 aa  46.2  0.002  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1976  glycoside hydrolase family protein  25.87 
 
 		 1121 aa  46.6  0.002  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.00565193  hitchhiker  0.00420486 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0396  VcfQ-like protein  25.29 
 
 		 1306 aa  45.4  0.004  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_02880  PDK repeat-containing protein  33.73 
 
 		 1916 aa  45.4  0.004  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1461  hypothetical protein  28.4 
 
 		 786 aa  45.1  0.005  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.132626 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1614  glycosy hydrolase family protein  24.05 
 
 		 1471 aa  44.7  0.006  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0363  Fibronectin type III domain protein  33.33 
 
 		 278 aa  44.7  0.006  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00588673 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1692  LamG domain protein jellyroll fold domain protein  29.55 
 
 		 523 aa  44.7  0.007  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.363459  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2915  cell wall/surface repeat protein  24.18 
 
 		 1310 aa  44.3  0.007  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2120  Ig domain protein group 2 domain protein  35.71 
 
 		 1831 aa  44.3  0.008  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.348208  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>