More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bamb_6324 on replicon NC_008392
Organism: Burkholderia ambifaria AMMD



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008543  Bcen2424_3285  extracellular solute-binding protein  97.25 
 
 
412 aa  801  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6024  extracellular solute-binding protein  99.03 
 
 
412 aa  836  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4880  extracellular solute-binding protein  97.25 
 
 
412 aa  801  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6324  extracellular solute-binding protein  100 
 
 
412 aa  842  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2351  extracellular solute-binding protein  64.78 
 
 
421 aa  545  1e-154  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.576024  normal  0.167209 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4586  extracellular solute-binding protein family 1  63.04 
 
 
417 aa  542  1e-153  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.947174 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5487  extracellular solute-binding protein  62.82 
 
 
419 aa  528  1e-149  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  decreased coverage  8.66815e-05 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3196  extracellular solute-binding protein  62.82 
 
 
419 aa  528  1e-149  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.461238  normal  0.154514 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4932  extracellular solute-binding protein  62.53 
 
 
419 aa  528  1e-149  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.0556288 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4577  extracellular solute-binding protein  62.66 
 
 
419 aa  526  1e-148  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00216886 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5201  extracellular solute-binding protein  61.63 
 
 
420 aa  527  1e-148  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5658  extracellular solute-binding protein  61.63 
 
 
420 aa  527  1e-148  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0866592  normal  0.356633 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2016  extracellular solute-binding protein  41.34 
 
 
408 aa  322  5e-87  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.00148299  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2008  ABC transporter extracellular solute-binding protein  38.44 
 
 
408 aa  314  1e-84  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.247518  normal 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5736  ABC transporter, substrate-binding protein  40.2 
 
 
410 aa  310  2e-83  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.214535  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1010  ABC-type sugar transport system, periplasmic component  37.17 
 
 
380 aa  291  1e-77  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.283496  normal 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1184  ABC transporter, substrate-binding protein  37.44 
 
 
413 aa  285  8e-76  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.186568  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2818  carbohydrate ABC transporter periplasmic binding protein  38.07 
 
 
399 aa  284  2e-75  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_20520  extracellular solute-binding protein family 1  37.87 
 
 
417 aa  278  8e-74  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.561553  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0626  extracellular solute-binding protein  38.5 
 
 
408 aa  274  3e-72  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  unclonable  8.92518e-10  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3483  extracellular solute-binding protein  36.54 
 
 
417 aa  273  4e-72  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2391  extracellular solute-binding protein family 1  39.32 
 
 
422 aa  272  6e-72  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.436445  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2572  extracellular solute-binding protein  34.95 
 
 
414 aa  271  2e-71  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1248  extracellular solute-binding protein family 1  37.17 
 
 
414 aa  268  1e-70  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.494424  normal  0.639356 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3838  extracellular solute-binding protein  34.57 
 
 
420 aa  245  1e-63  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.754768  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2652  extracellular solute-binding protein family 1  35.67 
 
 
424 aa  241  1e-62  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.142803  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2327  extracellular solute-binding protein family 1  35.96 
 
 
424 aa  239  9e-62  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.169538  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0616  extracellular solute-binding protein family 1  28.33 
 
 
432 aa  176  7e-43  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3469  extracellular solute-binding protein family 1  29.05 
 
 
446 aa  174  3e-42  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0940  extracellular solute-binding protein family 1  30.19 
 
 
441 aa  172  7e-42  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal  0.558741 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1001  extracellular solute-binding protein family 1  27.2 
 
 
427 aa  157  4e-37  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.628257  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7922  extracellular solute-binding protein family 1  29.59 
 
 
445 aa  147  3e-34  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2659  extracellular solute-binding protein family 1  31.65 
 
 
495 aa  143  5e-33  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  0.0361435  n/a   
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_4906  extracellular solute-binding protein family 1  25.61 
 
 
438 aa  139  8e-32  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.507884  normal 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3169  extracellular solute-binding protein family 1  28.12 
 
 
445 aa  136  6e-31  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.187022 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3985  extracellular solute-binding protein  26.25 
 
 
631 aa  134  3e-30  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0580929  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3379  extracellular solute-binding protein  29.14 
 
 
445 aa  133  4e-30  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3251  extracellular solute-binding protein family 1  30.86 
 
 
427 aa  116  6e-25  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.829082  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2999  extracellular solute-binding protein  27.73 
 
 
419 aa  110  4e-23  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.662901  hitchhiker  3.95876e-05 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1874  MalE-type ABC sugar transport system periplasmic component  27.96 
 
 
427 aa  110  6e-23  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.0756635  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3054  extracellular solute-binding protein family 1  28.94 
 
 
429 aa  110  6e-23  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal  0.0183103 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4017  extracellular solute-binding protein  29.51 
 
 
435 aa  108  2e-22  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0200  extracellular solute-binding protein family 1  25.94 
 
 
441 aa  104  3e-21  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0090  extracellular solute-binding protein  27.93 
 
 
441 aa  103  4e-21  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.214251  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2703  extracellular solute-binding protein family 1  29.04 
 
 
423 aa  102  1e-20  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.830349  normal  0.531916 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_2049  extracellular solute-binding protein  29.23 
 
 
435 aa  100  4e-20  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3041  extracellular solute-binding protein  29.94 
 
 
429 aa  100  7e-20  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.887996  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3409  extracellular solute-binding protein  27.24 
 
 
451 aa  99.4  1e-19  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  decreased coverage  5.53575e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_3155  extracellular solute-binding protein family 1  24.76 
 
 
434 aa  96.7  6e-19  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2325  extracellular solute-binding protein family 1  27.74 
 
 
444 aa  95.9  1e-18  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.0032194  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3304  extracellular solute-binding protein family 1  25.16 
 
 
431 aa  95.1  2e-18  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5137  extracellular solute-binding protein  26 
 
 
433 aa  95.1  2e-18  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.319423  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2936  extracellular solute-binding protein family 1  23.96 
 
 
447 aa  94  4e-18  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal  0.322365 
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2696  extracellular solute-binding protein  28.62 
 
 
420 aa  93.2  8e-18  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.240659  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3587  extracellular solute-binding protein family 1  27.16 
 
 
441 aa  92.8  9e-18  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.935518  normal  0.988969 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3052  extracellular solute-binding protein family 1  29.1 
 
 
427 aa  92.8  1e-17  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.854825  normal  0.208902 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2762  extracellular solute-binding protein  31.09 
 
 
431 aa  92.4  1e-17  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2404  extracellular solute-binding protein family 1  25.78 
 
 
424 aa  92.4  1e-17  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  hitchhiker  0.000132449  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2716  extracellular solute-binding protein family 1  23.92 
 
 
441 aa  91.7  2e-17  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2345  extracellular solute-binding protein family 1  27.46 
 
 
424 aa  92  2e-17  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.822896  normal  0.413258 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1619  putative sugar-binding lipoprotein  31.76 
 
 
434 aa  90.9  4e-17  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.195944  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3573  extracellular solute-binding protein family 1  27.84 
 
 
441 aa  90.9  4e-17  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.862573  normal  0.0197328 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1529  extracellular solute-binding protein  26.41 
 
 
439 aa  90.9  4e-17  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0944  extracellular solute-binding protein  28.46 
 
 
422 aa  89.7  9e-17  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.544942  normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0069  extracellular solute-binding protein family 1  25.09 
 
 
448 aa  89  1e-16  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_11540  ABC-type sugar transport system, periplasmic component  28.21 
 
 
428 aa  88.2  2e-16  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal  0.0159385 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0477  extracellular solute-binding protein family 1  29.06 
 
 
432 aa  88.2  2e-16  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.838392  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3985  putative ABC sugar transporter (substrate binding protein)  26.6 
 
 
419 aa  87.8  3e-16  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2265  extracellular solute-binding protein family 1  23.27 
 
 
418 aa  87.8  3e-16  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8236  ABC-type sugar transport system periplasmic component-like protein  23.95 
 
 
434 aa  87.8  3e-16  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.953199  normal  0.764848 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1924  extracellular solute-binding protein  24.41 
 
 
415 aa  87.4  4e-16  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.121968  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1808  extracellular solute-binding protein family 1  24.38 
 
 
414 aa  87.4  4e-16  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1301  MalE-type ABC sugar transport system periplasmic component  23.16 
 
 
441 aa  86.3  8e-16  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_2072  extracellular solute-binding protein family 1  26.56 
 
 
431 aa  86.3  8e-16  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  decreased coverage  2.38529e-08  normal 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_23430  ABC-type sugar transport system, periplasmic component  24.75 
 
 
435 aa  85.9  1e-15  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.969599  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2950  extracellular solute-binding protein  32.14 
 
 
435 aa  86.3  1e-15  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.110397  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1685  extracellular solute-binding protein family 1  26.51 
 
 
434 aa  85.1  2e-15  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2083  ABC sugar transporter, periplasmic ligand binding protein  26.44 
 
 
412 aa  85.1  2e-15  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.206037  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1866  extracellular solute-binding protein family 1  28.04 
 
 
434 aa  84.7  3e-15  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6933  ABC sugar transporter, periplasmic ligand binding protein  29.22 
 
 
412 aa  84.3  4e-15  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.0038808  normal 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0434  extracellular solute-binding protein  23.56 
 
 
452 aa  84  4e-15  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal  0.396307 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3657  sugar ABC transporter, substrate-binding protein  26.45 
 
 
423 aa  84  4e-15  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_01550  ABC-type sugar transport system, periplasmic component  26.3 
 
 
438 aa  83.6  7e-15  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1105  extracellular solute-binding protein family 1  26.92 
 
 
442 aa  82.4  1e-14  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.314126  normal  0.258829 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0972  extracellular solute-binding protein family 1  26.01 
 
 
442 aa  82.8  1e-14  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal  0.0353052 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_13140  extracellular solute-binding protein family 1  25.9 
 
 
424 aa  82.8  1e-14  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1126  extracellular solute-binding protein family 1  27.91 
 
 
433 aa  82  2e-14  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.162135  hitchhiker  0.000581091 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5673  extracellular solute-binding protein family 1  24.92 
 
 
435 aa  81.3  3e-14  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0285739  normal  0.0925972 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5887  extracellular solute-binding protein family 1  26 
 
 
412 aa  80.9  4e-14  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0621  extracellular solute-binding protein  27.47 
 
 
427 aa  80.1  7e-14  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.178997  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1174  extracellular solute-binding protein  25.63 
 
 
455 aa  79.7  9e-14  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.273661  normal  0.401546 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_09490  extracellular solute-binding protein family 1  29.46 
 
 
424 aa  79  1e-13  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  unclonable  2.48456e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_1999  extracellular solute-binding protein family 1  25.42 
 
 
468 aa  79.3  1e-13  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0818  extracellular solute-binding protein  23.25 
 
 
415 aa  78.6  2e-13  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5027  extracellular solute-binding protein family 1  27.57 
 
 
434 aa  78.2  3e-13  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0894368  normal  0.625584 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3600  extracellular solute-binding protein family 1  24.91 
 
 
425 aa  78.2  3e-13  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1094  extracellular solute-binding protein  28.61 
 
 
434 aa  77  5e-13  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.161365  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0614  extracellular solute-binding protein family 1  24.75 
 
 
435 aa  76.6  7e-13  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0168  extracellular solute-binding protein family 1  25.19 
 
 
412 aa  76.3  8e-13  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3860  extracellular solute-binding protein family 1  25.31 
 
 
463 aa  76.3  9e-13  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.952749  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>