More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bamb_6318 on replicon NC_008392
Organism: Burkholderia ambifaria AMMD



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010557  BamMC406_6018  LysR family transcriptional regulator  99.38 
 
 		 320 aa  642    Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6318  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 320 aa  645    Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.988548  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5141  LysR family transcriptional regulator  89.59 
 
 		 317 aa  583  1.0000000000000001e-165  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.730925 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2599  LysR family transcriptional regulator  90.31 
 
 		 319 aa  579  1e-164  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.888741  normal  0.833483 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_26270  putative transcriptional regulator  65.3 
 
 		 329 aa  403  1e-111  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.338283  normal  0.903696 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3205  LysR family transcriptional regulator  55.84 
 
 		 317 aa  356  3.9999999999999996e-97  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.0988994 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1826  LysR family transcriptional regulator  46.69 
 
 		 316 aa  280  3e-74  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0150451  hitchhiker  0.00784297 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1518  transcriptional regulator, LysR family  43.85 
 
 		 316 aa  266  2.9999999999999995e-70  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2956  LysR family transcriptional regulator  44.16 
 
 		 316 aa  266  5e-70  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.2285  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3819  LysR family transcriptional regulator  41.22 
 
 		 316 aa  230  2e-59  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.166193  normal  0.37605 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5134  LysR family transcriptional regulator  39.62 
 
 		 342 aa  222  6e-57  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.178908  normal  0.868057 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6961  transcriptional regulator, LysR family  40.38 
 
 		 316 aa  221  9.999999999999999e-57  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0795  LysR family transcriptional regulator  39.18 
 
 		 316 aa  213  2.9999999999999995e-54  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.556779 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0068  transcriptional regulator, LysR family  37.16 
 
 		 318 aa  191  2e-47  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2168  transcriptional regulator, LysR family  34.58 
 
 		 310 aa  190  2.9999999999999997e-47  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2711  LysR family transcriptional regulator  34.56 
 
 		 306 aa  186  4e-46  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2585  LysR family transcriptional regulator  34.56 
 
 		 306 aa  186  6e-46  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6670  LysR family transcriptional regulator  38.85 
 
 		 311 aa  182  5.0000000000000004e-45  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.128722  normal  0.169753 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3555  LysR family transcriptional regulator  35.71 
 
 		 302 aa  173  2.9999999999999996e-42  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1940  LysR family transcriptional regulator  35.23 
 
 		 300 aa  168  1e-40  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1244  LysR family transcriptional regulator  35.23 
 
 		 300 aa  168  1e-40  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0296  LysR family transcriptional regulator  35.23 
 
 		 300 aa  168  1e-40  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A2219  LysR family transcriptional regulator  35.23 
 
 		 300 aa  168  1e-40  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0206  LysR family transcriptional regulator  35.23 
 
 		 300 aa  168  1e-40  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0957  LysR family transcriptional regulator  35.23 
 
 		 300 aa  168  1e-40  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1663  LysR family transcriptional regulator  35.23 
 
 		 338 aa  167  2e-40  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1301  transcriptional regulator, LysR family  36.9 
 
 		 301 aa  167  2.9999999999999998e-40  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.828365  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4432  LysR family transcriptional regulator  34.34 
 
 		 300 aa  166  5e-40  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3970  LysR family transcriptional regulator  34.34 
 
 		 300 aa  166  5e-40  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.0489002 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4103  LysR family transcriptional regulator  34.34 
 
 		 300 aa  165  6.9999999999999995e-40  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0218  LysR family transcriptional regulator  35.57 
 
 		 300 aa  166  6.9999999999999995e-40  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4546  LysR family transcriptional regulator  34.01 
 
 		 300 aa  164  3e-39  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.471439  normal  0.18075 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5758  LysR family transcriptional regulator  34.01 
 
 		 300 aa  164  3e-39  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0665563  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3822  LysR family transcriptional regulator  34.01 
 
 		 300 aa  164  3e-39  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.563678  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1299  LysR family transcriptional regulator  33.67 
 
 		 300 aa  162  9e-39  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.713495  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5811  LysR family transcriptional regulator  35.69 
 
 		 303 aa  157  2e-37  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.638559  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0222  LysR family transcriptional regulator  32.08 
 
 		 307 aa  156  4e-37  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2910  LysR family transcriptional regulator  33.79 
 
 		 309 aa  152  8.999999999999999e-36  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3344  LysR family transcriptional regulator  33.22 
 
 		 329 aa  149  6e-35  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0604334  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4822  LysR family transcriptional regulator  33.22 
 
 		 329 aa  149  6e-35  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4171  LysR family transcriptional regulator  33.11 
 
 		 305 aa  147  2.0000000000000003e-34  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.632041  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0515  putative DNA-binding transcriptional regulator  35.71 
 
 		 298 aa  146  4.0000000000000006e-34  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.523289  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5236  LysR family transcriptional regulator  33.11 
 
 		 311 aa  145  6e-34  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.61001  normal  1 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0377  LysR family transcriptional regulator  33.56 
 
 		 299 aa  143  3e-33  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1495  LysR family transcriptional regulator  33.56 
 
 		 299 aa  143  3e-33  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0603097  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0793  LysR family transcriptional regulator  33.56 
 
 		 299 aa  143  3e-33  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1807  LysR family transcriptional regulator  33.56 
 
 		 299 aa  143  3e-33  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_2110  LysR family transcriptional regulator  33.56 
 
 		 299 aa  143  3e-33  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.136267  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0475  LysR family transcriptional regulator  33.56 
 
 		 299 aa  143  3e-33  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4199  putative DNA-binding transcriptional regulator  29.33 
 
 		 298 aa  143  4e-33  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0396  putative DNA-binding transcriptional regulator  30.39 
 
 		 298 aa  142  9.999999999999999e-33  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0229  LysR family transcriptional regulator  31 
 
 		 306 aa  140  1.9999999999999998e-32  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.983112 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5423  LysR family transcriptional regulator  31 
 
 		 306 aa  140  3.9999999999999997e-32  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0829573  normal  0.0352079 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4846  LysR family transcriptional regulator  31 
 
 		 306 aa  140  3.9999999999999997e-32  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5439  LysR family transcriptional regulator  31 
 
 		 306 aa  140  3.9999999999999997e-32  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5936  transcriptional regulator, LysR family  32.78 
 
 		 302 aa  140  3.9999999999999997e-32  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5307  LysR family transcriptional regulator  30.87 
 
 		 306 aa  137  2e-31  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  decreased coverage  0.0037216  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4764  LysR family transcriptional regulator  31.15 
 
 		 306 aa  137  3.0000000000000003e-31  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.6122  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01316  predicted DNA-binding transcriptional regulator  27.34 
 
 		 302 aa  134  3e-30  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.789583  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2305  transcriptional regulator, LysR family  27.34 
 
 		 302 aa  133  3e-30  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.661434  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1582  putative DNA-binding transcriptional regulator  27.34 
 
 		 302 aa  134  3e-30  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2286  putative DNA-binding transcriptional regulator  27.34 
 
 		 302 aa  134  3e-30  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3348  LysR family transcriptional regulator  31.15 
 
 		 306 aa  134  3e-30  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0103811 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01326  hypothetical protein  27.34 
 
 		 302 aa  134  3e-30  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.688177  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1783  putative DNA-binding transcriptional regulator  27.34 
 
 		 302 aa  134  3e-30  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1553  putative DNA-binding transcriptional regulator  27.34 
 
 		 302 aa  134  3e-30  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.381755  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1986  putative DNA-binding transcriptional regulator  27.34 
 
 		 302 aa  134  3e-30  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.388332 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6604  LysR family transcriptional regulator  32.33 
 
 		 315 aa  132  6e-30  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0610737  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1455  putative DNA-binding transcriptional regulator  26.98 
 
 		 302 aa  131  1.0000000000000001e-29  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1408  transcriptional regulator, LysR family  33.2 
 
 		 312 aa  131  1.0000000000000001e-29  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0263821  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1450  transcriptional regulator, LysR family  33.06 
 
 		 305 aa  130  4.0000000000000003e-29  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.756367  normal  0.270362 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4197  LysR family transcriptional regulator  29.21 
 
 		 310 aa  126  5e-28  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7090  transcriptional regulator, LysR family  31.94 
 
 		 306 aa  126  6e-28  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0146  transcriptional regulator, LysR family  30.88 
 
 		 296 aa  124  3e-27  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5895  LysR family transcriptional regulator  33.91 
 
 		 304 aa  124  3e-27  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.0445545 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0207  LysR family transcriptional regulator  32.41 
 
 		 306 aa  122  7e-27  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3287  LysR family transcriptional regulator  32.93 
 
 		 316 aa  122  9e-27  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0947  LysR family transcriptional regulator  34.33 
 
 		 305 aa  121  9.999999999999999e-27  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.401348 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1447  LysR family transcriptional regulator  70.24 
 
 		 86 aa  121  9.999999999999999e-27  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3436  DNA-binding transcriptional activator TdcA  26.01 
 
 		 312 aa  118  9.999999999999999e-26  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.716587  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5417  LysR family transcriptional regulator  30.2 
 
 		 302 aa  118  1.9999999999999998e-25  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.826157  normal  0.396347 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3540  DNA-binding transcriptional activator TdcA  26.01 
 
 		 312 aa  117  3e-25  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0279339  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3603  DNA-binding transcriptional activator TdcA  26.01 
 
 		 312 aa  117  3e-25  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.835154 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5515  LysR family transcriptional regulator  34.76 
 
 		 304 aa  117  3e-25  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.664098  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3433  DNA-binding transcriptional activator TdcA  26.01 
 
 		 312 aa  117  3e-25  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3599  LysR family transcriptional regulator  34.76 
 
 		 304 aa  117  3e-25  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.601039  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3507  DNA-binding transcriptional activator TdcA  26.01 
 
 		 312 aa  117  3e-25  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4768  LysR family transcriptional regulator  34.76 
 
 		 304 aa  117  3e-25  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.533402 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4505  LysR family transcriptional regulator  33.06 
 
 		 308 aa  116  6e-25  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.061822 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5159  LysR family transcriptional regulator  27.67 
 
 		 318 aa  113  3e-24  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.169813 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1765  LysR family transcriptional regulator  28.71 
 
 		 315 aa  113  4.0000000000000004e-24  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.111845 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3700  LysR family transcriptional regulator  31.82 
 
 		 332 aa  111  1.0000000000000001e-23  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0546971  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3239  DNA-binding transcriptional activator TdcA  25.34 
 
 		 312 aa  111  1.0000000000000001e-23  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02985  DNA-binding transcriptional activator  25.34 
 
 		 312 aa  111  2.0000000000000002e-23  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0585  transcriptional regulator, LysR family  25.34 
 
 		 312 aa  111  2.0000000000000002e-23  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0580  DNA-binding transcriptional activator TdcA  25.34 
 
 		 312 aa  111  2.0000000000000002e-23  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.74712  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3414  DNA-binding transcriptional activator TdcA  25.34 
 
 		 312 aa  111  2.0000000000000002e-23  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3592  DNA-binding transcriptional activator TdcA  25.34 
 
 		 312 aa  111  2.0000000000000002e-23  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3306  DNA-binding transcriptional activator TdcA  25.34 
 
 		 312 aa  111  2.0000000000000002e-23  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.180291  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1018  LysR family transcriptional regulator  28 
 
 		 317 aa  111  2.0000000000000002e-23  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.379655  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>