More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bamb_6272 on replicon NC_008392
Organism: Burkholderia ambifaria AMMD



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008392  Bamb_6272  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 316 aa  626  1e-178  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5976  LysR family transcriptional regulator  98.42 
 
 		 316 aa  619  1e-176  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0658  LysR family transcriptional regulator  65.58 
 
 		 328 aa  417  9.999999999999999e-116  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4950  LysR family transcriptional regulator  61.81 
 
 		 335 aa  402  1e-111  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3833  LysR family transcriptional regulator  49.03 
 
 		 312 aa  274  1.0000000000000001e-72  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1195  transcriptional regulator, LysR family  38.65 
 
 		 339 aa  221  9.999999999999999e-57  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.279757  normal  0.378839 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3816  LysR family transcriptional regulator  41.46 
 
 		 310 aa  216  4e-55  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.898253 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4118  LysR family transcriptional regulator  39.87 
 
 		 324 aa  213  3.9999999999999995e-54  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  decreased coverage  0.00686854  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4822  putative transcriptional regulatory protein (nitrogen assimilation control protein)  38.11 
 
 		 331 aa  213  4.9999999999999996e-54  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.672498  normal  0.337818 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1351  LysR family transcriptional regulator  41.31 
 
 		 325 aa  210  3e-53  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2999  LysR family transcriptional regulator  38.69 
 
 		 305 aa  210  3e-53  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0222348  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3085  LysR family transcriptional regulator  36.57 
 
 		 341 aa  208  1e-52  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6361  nitrogen assimilation transcriptional regulator  41.64 
 
 		 323 aa  207  2e-52  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.594028  n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6135  LysR family transcriptional regulator  38.41 
 
 		 317 aa  205  9e-52  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.120476  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2923  nitrogen assimilation regulatory protein Nac, putative  40.27 
 
 		 302 aa  203  3e-51  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  decreased coverage  0.00510012  n/a   
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8569  transcriptional regulator, LysR family  39.1 
 
 		 316 aa  202  7e-51  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4550  transcriptional regulator, LysR family  37.7 
 
 		 306 aa  201  9.999999999999999e-51  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.597489  normal  0.103743 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3416  LysR family transcriptional regulator  35.92 
 
 		 320 aa  200  1.9999999999999998e-50  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6300  LysR family transcriptional regulator  38.51 
 
 		 313 aa  200  3e-50  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6369  transcriptional regulator, LysR family  38 
 
 		 301 aa  200  3e-50  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.120934  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0897  LysR family transcriptional regulator  39.6 
 
 		 306 aa  199  3.9999999999999996e-50  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.536186  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2501  LysR family transcriptional regulator  37.86 
 
 		 308 aa  199  7e-50  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.507839 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0456  LysR family transcriptional regulator  39.27 
 
 		 306 aa  199  7e-50  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0935  LysR family transcriptional regulator  39.27 
 
 		 306 aa  199  7e-50  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4037  LysR family transcriptional regulator  39.27 
 
 		 309 aa  198  1.0000000000000001e-49  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2084  LysR family transcriptional regulator  38.89 
 
 		 323 aa  196  4.0000000000000005e-49  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.911939  normal  0.0802538 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5149  LysR family transcriptional regulator  38.73 
 
 		 308 aa  194  2e-48  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.785397  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6018  LysR family transcriptional regulator  38.46 
 
 		 306 aa  193  3e-48  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.550846  normal  0.605819 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4206  LysR family transcriptional regulator  36.83 
 
 		 316 aa  193  4e-48  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.46291  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5627  transcriptional regulator, LysR family  38.05 
 
 		 317 aa  192  6e-48  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5877  LysR family transcriptional regulator  37.54 
 
 		 313 aa  191  2e-47  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.673502  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3859  LysR family transcriptional regulator  37.58 
 
 		 308 aa  189  4e-47  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000207692 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2564  nitrogen assimilation transcriptional regulator  37.58 
 
 		 305 aa  189  5e-47  Enterobacter sp. 638  Bacteria  decreased coverage  0.000767636  normal  0.0977076 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2590  nitrogen assimilation transcriptional regulator  34.77 
 
 		 307 aa  189  5e-47  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_4069  LysR family transcriptional regulator  37.93 
 
 		 324 aa  188  9e-47  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6344  transcriptional regulator, LysR family  37.58 
 
 		 310 aa  187  2e-46  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RSp0942  nitrogen assimilation transcriptional regulator  39.4 
 
 		 313 aa  187  3e-46  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.787087 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0637  LysR family transcriptional regulator  38.19 
 
 		 310 aa  186  3e-46  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3414  transcriptional regulator, LysR family  37.62 
 
 		 324 aa  186  5e-46  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1431  transcriptional regulator  36.69 
 
 		 318 aa  185  7e-46  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0795  LysR family transcriptional regulator  36.16 
 
 		 320 aa  185  9e-46  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0464  transcriptional regulator, LysR family  36 
 
 		 316 aa  178  9e-44  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3129  nitrogen assimilation transcriptional regulator  36.39 
 
 		 307 aa  177  3e-43  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6254  LysR family transcriptional regulator  39.43 
 
 		 320 aa  175  9.999999999999999e-43  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01898  DNA-binding transcriptional dual regulator of nitrogen assimilation  37.45 
 
 		 305 aa  174  1.9999999999999998e-42  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  decreased coverage  0.0024282  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1667  transcriptional regulator, LysR family  37.45 
 
 		 305 aa  174  1.9999999999999998e-42  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000420428  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2270  nitrogen assimilation transcriptional regulator  37.45 
 
 		 305 aa  174  1.9999999999999998e-42  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00000000041726  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0970  nitrogen assimilation transcriptional regulator  37.45 
 
 		 307 aa  174  1.9999999999999998e-42  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.000000000243153  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1657  nitrogen assimilation transcriptional regulator  37.45 
 
 		 305 aa  174  1.9999999999999998e-42  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.000208245  hitchhiker  0.00930832 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1136  nitrogen assimilation transcriptional regulator  37.45 
 
 		 305 aa  174  1.9999999999999998e-42  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.0000000190292  hitchhiker  0.000106963 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2111  nitrogen assimilation transcriptional regulator  37.45 
 
 		 305 aa  174  1.9999999999999998e-42  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  2.1125e-19  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5279  LysR family transcriptional regulator  35.28 
 
 		 308 aa  174  1.9999999999999998e-42  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.328918  normal  0.21823 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01887  hypothetical protein  37.45 
 
 		 305 aa  174  1.9999999999999998e-42  Escherichia coli BL21  Bacteria  decreased coverage  0.0017445  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2832  nitrogen assimilation transcriptional regulator  37.08 
 
 		 305 aa  173  2.9999999999999996e-42  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  unclonable  0.00000000572709  normal  0.465707 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7661  transcriptional regulator LysR family  33.67 
 
 		 301 aa  172  5e-42  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0751  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 308 aa  172  7.999999999999999e-42  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  hitchhiker  0.000639538  normal  0.380791 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0739  LysR-family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 308 aa  172  7.999999999999999e-42  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.0000050568  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0812  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 308 aa  172  7.999999999999999e-42  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0254349  normal  0.598657 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0476  LysR family transcriptional regulator  34.81 
 
 		 319 aa  171  2e-41  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0799  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 308 aa  171  2e-41  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  hitchhiker  0.00821953  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0848  LysR-family transcriptional regulator  33.01 
 
 		 308 aa  170  2e-41  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  hitchhiker  0.00362304  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4318  LysR family transcriptional regulator  35.97 
 
 		 302 aa  168  1e-40  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.772143  normal  1 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5919  LysR family transcriptional regulator  33.64 
 
 		 332 aa  163  3e-39  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0217311  normal  0.163471 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2034  LysR family transcriptional regulator  36.81 
 
 		 303 aa  163  4.0000000000000004e-39  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.376919  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3766  transcriptional regulator, LysR family  34.75 
 
 		 320 aa  162  5.0000000000000005e-39  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.763855  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4227  LysR family transcriptional regulator  32.3 
 
 		 345 aa  160  3e-38  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4059  LysR family transcriptional regulator  34.32 
 
 		 315 aa  160  3e-38  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.870241  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3365  LysR substrate-binding  34.1 
 
 		 320 aa  160  3e-38  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.415783  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3132  transcriptional regulator, LysR family  35.6 
 
 		 308 aa  159  6e-38  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.168013  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5219  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  34.33 
 
 		 295 aa  157  2e-37  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0748  LysR family transcriptional regulator  31.8 
 
 		 310 aa  155  6e-37  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2041  LysR family transcriptional regulator  34.74 
 
 		 314 aa  154  2e-36  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.881958  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6114  transcriptional regulator, LysR family  33.44 
 
 		 311 aa  154  2e-36  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5763  LysR family transcriptional regulator  32.79 
 
 		 316 aa  153  2.9999999999999998e-36  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2148  LysR family transcriptional regulator  37.5 
 
 		 329 aa  153  4e-36  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3701  LysR family transcriptional regulator  34.42 
 
 		 327 aa  153  4e-36  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.037732  normal  1 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7653  Transcriptional regulator  35.45 
 
 		 299 aa  151  1e-35  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6793  transcriptional regulator, LysR family  31.8 
 
 		 319 aa  152  1e-35  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0330  LysR family transcriptional regulator  32.78 
 
 		 336 aa  149  8e-35  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3612  LysR family transcriptional regulator  30.51 
 
 		 332 aa  148  1.0000000000000001e-34  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.11328  normal  0.0439826 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0341  LysR family transcriptional regulator  34.88 
 
 		 313 aa  147  3e-34  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.398089  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0165  LysR family transcriptional regulator  35.57 
 
 		 306 aa  146  4.0000000000000006e-34  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.945791  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3155  LysR family transcriptional regulator  33.54 
 
 		 320 aa  146  4.0000000000000006e-34  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0989  LysR, substrate-binding  31.77 
 
 		 300 aa  145  6e-34  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.745768  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2004  LysR family transcriptional regulator  33.22 
 
 		 304 aa  145  8.000000000000001e-34  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1721  LysR family transcriptional regulator  33.11 
 
 		 322 aa  144  2e-33  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0891841  normal  0.236435 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0139  LysR family transcriptional regulator  35.66 
 
 		 308 aa  143  3e-33  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C5891  LysR family transcriptional regulator  30.56 
 
 		 302 aa  144  3e-33  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.504448  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6151  transcriptional regulator, LysR family  32.25 
 
 		 323 aa  144  3e-33  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0157  transcriptional regulator, LysR family  35.66 
 
 		 308 aa  143  4e-33  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0879  LysR family transcriptional regulator  31.56 
 
 		 300 aa  143  5e-33  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.388933 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1459  LysR family transcriptional regulator  32.51 
 
 		 311 aa  142  6e-33  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.828972  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4789  transcriptional regulator, LysR family  34.38 
 
 		 308 aa  142  8e-33  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.537076  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0798  LysR family transcriptional regulator  36.43 
 
 		 305 aa  142  9.999999999999999e-33  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2695  LysR family transcriptional regulator  33.22 
 
 		 299 aa  141  1.9999999999999998e-32  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.311344 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2180  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  30.52 
 
 		 307 aa  140  1.9999999999999998e-32  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.15464  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1909  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  33.11 
 
 		 334 aa  139  8.999999999999999e-32  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2051  transcriptional regulator, LysR family  29.19 
 
 		 300 aa  138  1e-31  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.183116  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1743  transcriptional regulator, LysR family  29.19 
 
 		 300 aa  138  1e-31  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.854551 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1719  LysR family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 332 aa  135  9.999999999999999e-31  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>