More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bamb_6162 on replicon NC_008392
Organism: Burkholderia ambifaria AMMD



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010625  Bphy_7192  methanol/ethanol family PQQ-dependent dehydrogenase  83.1 
 
 
575 aa  993    Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.426546  normal  0.582027 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0306  putative alcohol dehydrogenase  84.35 
 
 
575 aa  1019    Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.100044  normal 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5895  methanol/ethanol family PQQ-dependent dehydrogenase  99.48 
 
 
575 aa  1167    Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.136104  normal  0.867214 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3242  Pyrrolo-quinoline quinone  85.17 
 
 
573 aa  1007    Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  hitchhiker  0.00434002  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5155  methanol/ethanol family PQQ-dependent dehydrogenase  85.34 
 
 
573 aa  1009    Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.843195 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6162  Pyrrolo-quinoline quinone  100 
 
 
575 aa  1172    Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.114811  normal 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5972  methanol/ethanol family PQQ-dependent dehydrogenase  95.47 
 
 
575 aa  1104    Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.0151209 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5126  Pyrrolo-quinoline quinone  85.17 
 
 
573 aa  1007    Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.281211  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1741  Pyrrolo-quinoline quinone  55 
 
 
570 aa  620  1e-176  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3639  methanol/ethanol family PQQ-dependent dehydrogenase  54.76 
 
 
566 aa  602  1.0000000000000001e-171  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.347084  normal  0.430241 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2679  quinoprotein ethanol dehydrogenase, putative  39.83 
 
 
595 aa  413  1e-114  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3124  methanol/ethanol family PQQ-dependent dehydrogenase  39.83 
 
 
595 aa  413  1e-114  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0497789  normal  0.831174 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3084  Pyrrolo-quinoline quinone  39.83 
 
 
595 aa  413  1e-114  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1963  Pyrrolo-quinoline quinone  40.63 
 
 
591 aa  407  1.0000000000000001e-112  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0160229  normal  0.256272 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2409  methanol/ethanol family PQQ-dependent dehydrogenase  40.71 
 
 
589 aa  402  1e-111  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.13814  normal  0.848808 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4873  PQQ-dependent dehydrogenase, methanol/ethanol family  39.73 
 
 
587 aa  395  1e-109  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.518263  normal  0.0810929 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0693  Pyrrolo-quinoline quinone  41.35 
 
 
579 aa  396  1e-109  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.804984  normal  0.410128 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3937  putative alcohol dehydrogenase (acceptor)  38.44 
 
 
580 aa  397  1e-109  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.79845 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1339  methanol/ethanol family PQQ-dependent dehydrogenase  39.86 
 
 
587 aa  394  1e-108  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.38566  normal  0.435914 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1540  PQQ-dependent dehydrogenase, methanol/ethanol family  39.86 
 
 
587 aa  394  1e-108  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1855  Pyrrolo-quinoline quinone  37.97 
 
 
587 aa  391  1e-107  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.668201  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3624  methanol/ethanol family PQQ-dependent dehydrogenase  39.41 
 
 
579 aa  389  1e-107  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.214303  hitchhiker  0.00920421 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0473  quinoprotein ethanol dehydrogenase, putative  40.74 
 
 
580 aa  391  1e-107  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.0101481 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2255  methanol/ethanol family PQQ-dependent dehydrogenase  37.77 
 
 
588 aa  388  1e-106  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.217629  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5964  putative quinoprotein ethanol dehydrogenase  39.75 
 
 
554 aa  382  1e-105  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.206262  normal  0.383589 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1887  quinoprotein alcohol dehydrogenase  37.37 
 
 
587 aa  383  1e-105  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.186722  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1784  Pyrrolo-quinoline quinone  40.34 
 
 
580 aa  384  1e-105  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2494  PQQ-dependent dehydrogenase, methanol/ethanol family  42.14 
 
 
584 aa  380  1e-104  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.295659  normal  0.19306 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2100  PQQ-dependent dehydrogenase, methanol/ethanol family  41.61 
 
 
584 aa  380  1e-104  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0363  putative alcohol dehydrogenase precursor  40.04 
 
 
572 aa  380  1e-104  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1811  methanol/ethanol family PQQ-dependent dehydrogenase  40.03 
 
 
582 aa  375  1e-102  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000177841 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2729  Pyrrolo-quinoline quinone  37.82 
 
 
602 aa  373  1e-102  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0556411  normal  0.602163 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6242  PQQ-dependent dehydrogenase, methanol/ethanol family  40.26 
 
 
597 aa  369  1e-100  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1023  Pyrrolo-quinoline quinone  40.5 
 
 
593 aa  365  1e-99  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2673  quinoprotein ethanol dehydrogenase precursor  37.79 
 
 
588 aa  363  3e-99  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0513715  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4951  Pyrrolo-quinoline quinone  38.74 
 
 
577 aa  358  1.9999999999999998e-97  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.97328 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3312  quinoprotein alcohol dehydrogenase  37.5 
 
 
623 aa  356  7.999999999999999e-97  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2817  PQQ-dependent dehydrogenase, methanol/ethanol family  38.45 
 
 
602 aa  355  1e-96  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_38860  quinoprotein alcohol dehydrogenase  37.52 
 
 
623 aa  351  2e-95  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1957  Pyrrolo-quinoline quinone  36.38 
 
 
620 aa  348  2e-94  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0809644  normal  0.548455 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0726  Pyrrolo-quinoline quinone  39.85 
 
 
549 aa  348  2e-94  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.0623502 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3129  methanol/ethanol family PQQ-dependent dehydrogenase  37.52 
 
 
631 aa  347  3e-94  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.957958  normal  0.28425 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3089  Pyrrolo-quinoline quinone  37.35 
 
 
631 aa  346  6e-94  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.326291  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2674  quinoprotein ethanol dehydrogenase  37.35 
 
 
631 aa  346  7e-94  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2605  Pyrrolo-quinoline quinone  38.19 
 
 
563 aa  344  2.9999999999999997e-93  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.308464  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0427  Pyrrolo-quinoline quinone  37.1 
 
 
706 aa  336  7e-91  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.196079 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3352  methanol/ethanol family PQQ-dependent dehydrogenase  37.77 
 
 
707 aa  334  3e-90  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.32899  normal  0.291074 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2451  PQQ-dependent dehydrogenase, methanol/ethanol family  37 
 
 
576 aa  333  4e-90  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2017  putative quinoprotein ethanol dehydrogenase  37.94 
 
 
592 aa  332  9e-90  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.115973  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0476  quinoprotein alcohol dehydrogenase  36.75 
 
 
618 aa  332  1e-89  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.0260666 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1591  putative quinoprotein ethanol dehydrogenase precursor  37.45 
 
 
583 aa  330  3e-89  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.890828  normal 
 
 
-
 
NC_009507  Swit_5136  Pyrrolo-quinoline quinone  36.22 
 
 
709 aa  328  1.0000000000000001e-88  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.388908  normal  0.506379 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3387  PQQ-dependent dehydrogenase, methanol/ethanol family  35.92 
 
 
601 aa  328  2.0000000000000001e-88  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009622  Smed_6351  Pyrrolo-quinoline quinone  35.98 
 
 
604 aa  327  3e-88  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.346402  normal  0.871662 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2355  Pyrrolo-quinoline quinone  36.87 
 
 
730 aa  327  3e-88  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0680369  normal  0.367457 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1306  Pyrrolo-quinoline quinone  36.67 
 
 
738 aa  327  4.0000000000000003e-88  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.0575142 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5018  PQQ-dependent dehydrogenase, methanol/ethanol family  37.08 
 
 
697 aa  326  9e-88  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.729726  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3601  PQQ-dependent dehydrogenase, methanol/ethanol family  36.55 
 
 
724 aa  324  2e-87  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5502  putative alcohol dehydrogenase  36.93 
 
 
712 aa  324  3e-87  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.210225  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1461  Pyrrolo-quinoline quinone  36.61 
 
 
718 aa  323  7e-87  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.153207  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4160  Pyrrolo-quinoline quinone:cytochrome c, class I  37.14 
 
 
718 aa  321  1.9999999999999998e-86  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.110436  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3110  Pyrrolo-quinoline quinone  36.62 
 
 
726 aa  321  1.9999999999999998e-86  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.125237 
 
 
-
 
NC_007950  Bpro_5302  Pyrrolo-quinoline quinone  37.04 
 
 
721 aa  320  6e-86  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.178096  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0700  PQQ-dependent dehydrogenase, methanol/ethanol family  35.4 
 
 
613 aa  316  6e-85  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2790  Pyrrolo-quinoline quinone  37.09 
 
 
615 aa  316  8e-85  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1451  Pyrrolo-quinoline quinone  35.03 
 
 
616 aa  311  1e-83  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.924401  normal  0.0179554 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2870  Pyrrolo-quinoline quinone  35.41 
 
 
705 aa  311  2.9999999999999997e-83  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.489222  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2344  PQQ-dependent dehydrogenase, methanol/ethanol family  35.4 
 
 
611 aa  308  2.0000000000000002e-82  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0903405  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2994  methanol/ethanol family PQQ-dependent dehydrogenase  35.42 
 
 
613 aa  307  3e-82  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.0170734 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2415  putative quinoprotein alcohol dehydrogenase  35.35 
 
 
577 aa  307  4.0000000000000004e-82  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.168343  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1829  Pyrrolo-quinoline quinone  34.51 
 
 
620 aa  307  4.0000000000000004e-82  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.732346 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2696  methanol/ethanol family PQQ-dependent dehydrogenase  35.71 
 
 
726 aa  304  2.0000000000000002e-81  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0099  methanol/ethanol family PQQ-dependent dehydrogenase  35.51 
 
 
605 aa  303  5.000000000000001e-81  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.850532  normal 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6478  methanol/ethanol family PQQ-dependent dehydrogenase  34.68 
 
 
606 aa  300  5e-80  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.975384  normal  0.155074 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5419  Pyrrolo-quinoline quinone  34.49 
 
 
576 aa  299  8e-80  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0721  Pyrrolo-quinoline quinone  35.16 
 
 
702 aa  299  1e-79  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00760072 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3007  Pyrrolo-quinoline quinone  34.28 
 
 
573 aa  298  2e-79  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_2993  Pyrrolo-quinoline quinone  31.9 
 
 
632 aa  296  9e-79  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.391865  normal  0.445791 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1001  Pyrrolo-quinoline quinone  36.1 
 
 
698 aa  296  1e-78  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.132908 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0341  putative quinoprotein ethanol dehydrogenase precursor  34.81 
 
 
562 aa  294  3e-78  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.409253  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3040  PQQ-dependent dehydrogenase, methanol/ethanol family  36 
 
 
608 aa  293  5e-78  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.520136  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0877  alcohol dehydrogenase large subunit  34.53 
 
 
720 aa  291  2e-77  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0476  quinoprotein glucose dehydrogenase  33.84 
 
 
600 aa  287  2.9999999999999996e-76  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1587  PQQ-dependent dehydrogenase, methanol/ethanol family  33.44 
 
 
601 aa  288  2.9999999999999996e-76  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.174692 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0379  Pyrrolo-quinoline quinone  34.97 
 
 
727 aa  286  5e-76  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3943  Pyrrolo-quinoline quinone  35.45 
 
 
601 aa  286  5.999999999999999e-76  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.237421  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1781  Pyrrolo-quinoline quinone  34.57 
 
 
601 aa  286  5.999999999999999e-76  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.981644  normal  0.212664 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0299  methanol dehydrogenase protein, large subunit, putative  34.66 
 
 
619 aa  286  1.0000000000000001e-75  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  decreased coverage  0.0065801  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4632  PQQ-dependent dehydrogenase, methanol/ethanol family  34.08 
 
 
626 aa  285  2.0000000000000002e-75  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.271906 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2427  methanol dehydrogenase-like protein (xoxF)  31.22 
 
 
605 aa  285  2.0000000000000002e-75  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0410852  normal 
 
 
-
 
NC_011758  Mchl_5444  PQQ-dependent dehydrogenase, methanol/ethanol family  35.32 
 
 
599 aa  284  3.0000000000000004e-75  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2578  putative PQQ dehydrogenase protein  34.3 
 
 
600 aa  283  5.000000000000001e-75  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1236  Pyrrolo-quinoline quinone  34.3 
 
 
600 aa  283  5.000000000000001e-75  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.278366 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5968  methanol dehydrogenase large subunit  34.63 
 
 
601 aa  283  6.000000000000001e-75  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.366255  normal 
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_8040  PQQ-dependent dehydrogenase, methanol/ethanol family  33.91 
 
 
629 aa  281  2e-74  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.771392  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4972  Pyrrolo-quinoline quinone  34.04 
 
 
608 aa  280  3e-74  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.779778  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0020  Pyrrolo-quinoline quinone  33.58 
 
 
600 aa  280  5e-74  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4150  methanol/ethanol family PQQ-dependent dehydrogenase  33.56 
 
 
626 aa  280  6e-74  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.383489  normal  0.812853 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4518  PQQ-dependent dehydrogenase, methanol/ethanol family  33.56 
 
 
626 aa  280  6e-74  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.966685  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3106  methanol/ethanol family PQQ-dependent dehydrogenase  35.21 
 
 
606 aa  279  1e-73  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>