101 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bamb_6133 on replicon NC_008392
Organism: Burkholderia ambifaria AMMD



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008392  Bamb_6133  taurine catabolism dioxygenase TauD/TfdA  100 
 
 
357 aa  727  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.165198  decreased coverage  0.00922022 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7428  hypothetical protein  93.84 
 
 
357 aa  662  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0587207  normal 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6019  taurine catabolism dioxygenase TauD/TfdA  94.4 
 
 
357 aa  692  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.232018  normal 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6510  taurine catabolism dioxygenase TauD/TfdA  94.68 
 
 
357 aa  694  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.348896  normal 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5654  taurine catabolism dioxygenase TauD/TfdA  94.4 
 
 
357 aa  692  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.197039  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2893  putative syringomycin synthesis regulator SyrP  54.13 
 
 
355 aa  332  4e-90  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1465  putative syringomycin synthesis regulator SyrP  54.13 
 
 
355 aa  332  4e-90  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0702  SyrP-like protein  54.13 
 
 
355 aa  332  4e-90  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.225858  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0123  putative syringomycin synthesis regulator SyrP  54.13 
 
 
355 aa  332  4e-90  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.177421  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0536  putative syringomycin biosynthesis enzyme  54.13 
 
 
355 aa  332  8e-90  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.876864  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0518  putative syringomycin biosynthesis enzyme  53.85 
 
 
355 aa  331  1e-89  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.923384  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA3153  syringomycin synthesis regulator SyrP, putative  53.85 
 
 
355 aa  329  5e-89  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011738  PCC7424_5755  Taurine catabolism dioxygenase TauD/TfdA  32.04 
 
 
337 aa  211  2e-53  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.799717 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3093  Taurine catabolism dioxygenase TauD/TfdA  31.1 
 
 
345 aa  207  3e-52  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal  0.922109 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3028  Taurine catabolism dioxygenase TauD/TfdA  31.36 
 
 
345 aa  206  5e-52  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1086  hypothetical protein  38.85 
 
 
320 aa  205  8e-52  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.658028  normal 
 
 
-
 
NC_011738  PCC7424_5757  amino acid adenylation domain protein  32.94 
 
 
2997 aa  198  1e-49  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1632  putative syringomycin biosynthesis enzyme  38.06 
 
 
338 aa  198  1e-49  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.224284  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2078  SyrP-like protein  38.06 
 
 
338 aa  198  1e-49  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.09225  n/a   
 
 
-
 
NC_007412  Ava_C0007  condensation domain-containing protein  32.14 
 
 
798 aa  198  1e-49  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.441594  normal  0.0181415 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1919  putative syringomycin biosynthesis enzyme  37.78 
 
 
338 aa  198  1e-49  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.960383  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1189  syringomycin biosynthesis enzyme, putative  38.06 
 
 
338 aa  198  1e-49  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.889509  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4100  SyrP protein, putative  33.74 
 
 
340 aa  197  3e-49  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0866  putative syringomycin biosynthesis enzyme  38.1 
 
 
333 aa  196  7e-49  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  decreased coverage  0.00835773  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0295  putative syringomycin biosynthesis enzyme  38.1 
 
 
333 aa  196  7e-49  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.313093  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1212  syringomycin biosynthesis enzyme, putative  36.09 
 
 
331 aa  195  1e-48  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0138176  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1933  putative syringomycin biosynthesis enzyme  37.8 
 
 
333 aa  193  4e-48  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  hitchhiker  0.00299028  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0519  hypothetical protein  36.9 
 
 
340 aa  193  4e-48  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.514257  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4045  taurine catabolism dioxygenase TauD/TfdA  36.72 
 
 
343 aa  192  5e-48  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1604  taurine catabolism dioxygenase TauD/TfdA  37.31 
 
 
336 aa  192  9e-48  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.235316  hitchhiker  0.000432295 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1154  taurine catabolism dioxygenase TauD/TfdA  36.72 
 
 
335 aa  191  1e-47  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0263219  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1531  taurine catabolism dioxygenase TauD/TfdA  37.01 
 
 
339 aa  191  1e-47  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0837838  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1634  taurine catabolism dioxygenase TauD/TfdA  36.72 
 
 
335 aa  191  1e-47  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.112871  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1676  condensation domain-containing protein  35.47 
 
 
353 aa  191  2e-47  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.273988  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1594  syringomycin biosynthesis enzyme  35.47 
 
 
353 aa  191  2e-47  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  decreased coverage  0.00454586  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1552  taurine catabolism dioxygenase TauD/TfdA  37.01 
 
 
339 aa  191  2e-47  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.460202  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2425  syringomycin biosynthesis enzyme, putative  36.67 
 
 
363 aa  190  3e-47  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.70135  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3407  Taurine catabolism dioxygenase TauD/TfdA  30.43 
 
 
341 aa  190  3e-47  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.874797  normal  0.341142 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0188  SyrP-like protein  35.47 
 
 
374 aa  189  6e-47  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.801679  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1609  taurine catabolism dioxygenase TauD/TfdA  36.12 
 
 
335 aa  188  1e-46  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.573686  normal  0.0746816 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4065  Taurine catabolism dioxygenase TauD/TfdA  36.2 
 
 
344 aa  188  1e-46  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.669565 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4780  hypothetical protein  35.82 
 
 
335 aa  188  1e-46  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.107558  normal  0.342828 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1876  taurine catabolism dioxygenase TauD/TfdA  33.23 
 
 
349 aa  187  3e-46  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3673  Taurine catabolism dioxygenase TauD/TfdA  37.76 
 
 
335 aa  186  6e-46  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2105  taurine catabolism dioxygenase TauD/TfdA  34.13 
 
 
352 aa  186  7e-46  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2863  taurine catabolism dioxygenase TauD/TfdA  36.18 
 
 
328 aa  185  1e-45  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.160357  normal  0.0373471 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3402  Taurine catabolism dioxygenase TauD/TfdA  32.42 
 
 
325 aa  184  1e-45  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.645048 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4222  syrP protein, putative  36.7 
 
 
327 aa  183  4e-45  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.824381 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3091  amino acid adenylation domain protein  31.93 
 
 
1870 aa  183  5e-45  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3030  amino acid adenylation domain protein  31.93 
 
 
1870 aa  183  5e-45  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6479  taurine catabolism dioxygenase TauD/TfdA  34.83 
 
 
332 aa  182  9e-45  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0622  putative syringomycin biosynthesis enzyme  34.25 
 
 
317 aa  181  2e-44  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2293  TPR repeat-containing protein  34.25 
 
 
317 aa  181  2e-44  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0692  SyrP-like protein  34.25 
 
 
317 aa  181  2e-44  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1942  putative syringomycin biosynthesis enzyme  34.25 
 
 
317 aa  181  2e-44  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1642  putative syringomycin biosynthesis enzyme  34.25 
 
 
317 aa  181  2e-44  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2210  syringomycin biosynthesis enzyme  34.25 
 
 
317 aa  181  2e-44  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.716341  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2612  syrP protein, putative  33.64 
 
 
353 aa  179  5e-44  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0209846  normal  0.336549 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0341  taurine catabolism dioxygenase TauD/TfdA  34.56 
 
 
329 aa  178  1e-43  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.813705 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_25610  pyoverdine biosynthesis regulatory protein-TauD/TfdA family protein  34.46 
 
 
327 aa  177  2e-43  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3734  taurine catabolism dioxygenase TauD/TfdA  36.01 
 
 
330 aa  177  3e-43  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.128329  normal  0.214027 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2146  pyoverdine biosynthesis regulatory gene, putative  35.27 
 
 
325 aa  174  3e-42  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1956  pyoverdine biosynthesis regulatory gene, putative  34.93 
 
 
325 aa  173  4e-42  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0908494  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4757  taurine catabolism dioxygenase TauD/TfdA  34.94 
 
 
329 aa  173  5e-42  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.591035  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4087  taurine catabolism dioxygenase TauD/TfdA  34.46 
 
 
327 aa  170  3e-41  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.744536  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1676  amino acid adenylation domain-containing protein  31.98 
 
 
3432 aa  170  3e-41  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.602072 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_34830  putative regulatory protein  35.02 
 
 
339 aa  169  5e-41  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.000120125  normal  0.210571 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_34820  putative regulatory protein  32.66 
 
 
362 aa  166  6e-40  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  1.67255e-06  normal  0.0664831 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3866  Taurine catabolism dioxygenase TauD/TfdA  33.62 
 
 
337 aa  165  9e-40  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.148075  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3546  amino acid adenylation domain-containing protein  31.69 
 
 
3404 aa  165  1e-39  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3747  Taurine catabolism dioxygenase TauD/TfdA  33.43 
 
 
330 aa  164  2e-39  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.378977  n/a   
 
 
-
 
NC_011991  Avi_9638  SyrP-like protein  33.68 
 
 
326 aa  164  3e-39  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3408  amino acid adenylation domain protein  30.1 
 
 
3207 aa  162  1e-38  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0364  taurine catabolism dioxygenase TauD/TfdA  33.74 
 
 
326 aa  160  3e-38  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  normal  0.0496601 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5584  hypothetical protein  32.8 
 
 
362 aa  155  7e-37  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.111003  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1846  peptide synthase  30.33 
 
 
4502 aa  152  6e-36  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2419  SyrP protein, putative  33.88 
 
 
324 aa  146  4e-34  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1918  hypothetical protein  26.43 
 
 
347 aa  142  1e-32  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1907  hypothetical protein  26.43 
 
 
347 aa  141  1e-32  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2090  syringomycin synthesis regulator SyrP, putative  32.01 
 
 
464 aa  133  5e-30  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011676  PHATRDRAFT_45755  predicted protein  26.04 
 
 
486 aa  132  8e-30  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6018  Taurine catabolism dioxygenase TauD/TfdA  30.82 
 
 
335 aa  132  1e-29  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0146  hypothetical protein  27.42 
 
 
329 aa  131  2e-29  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  hitchhiker  4.17929e-05 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3074  Taurine catabolism dioxygenase TauD/TfdA  31.63 
 
 
326 aa  129  7e-29  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0533  putative peptide synthase regulatory protein  31.35 
 
 
359 aa  128  1e-28  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1859  putative peptide synthase regulatory protein  31.35 
 
 
341 aa  127  2e-28  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  hitchhiker  1.28866e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_2164  putative syringomycin synthesis regulator SyrP  31.35 
 
 
341 aa  127  2e-28  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  decreased coverage  1.19681e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1449  putative syringomycin synthesis regulator SyrP  31.35 
 
 
341 aa  127  2e-28  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.477833  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0437  putative peptide synthase regulatory protein  31.35 
 
 
359 aa  127  3e-28  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.187003  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2876  SyrP protein, putative  27.42 
 
 
329 aa  119  1e-25  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.0052637  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_3398  hypothetical protein  23.12 
 
 
365 aa  115  8e-25  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.15413  normal  0.22081 
 
 
-
 
NC_006369  lpl2110  hypothetical protein  24.85 
 
 
344 aa  114  3e-24  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2135  hypothetical protein  24.55 
 
 
344 aa  114  3e-24  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_3399  hypothetical protein  22.85 
 
 
363 aa  105  2e-21  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.634125  normal  0.211927 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2972  hypothetical protein  23.03 
 
 
366 aa  97.8  2e-19  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.884584  normal  0.157266 
 
 
-
 
BN001306  ANIA_02698  conserved hypothetical protein  25.15 
 
 
401 aa  80.9  4e-14  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.0409748  normal  0.900915 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4518  taurine catabolism dioxygenase TauD/TfdA  25.08 
 
 
310 aa  64.7  2e-09  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011691  PHATRDRAFT_49639  predicted protein  25.31 
 
 
435 aa  62  1e-08  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011680  PHATRDRAFT_37038  predicted protein  22.6 
 
 
368 aa  53.5  5e-06  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.313227  n/a   
 
 
-
 
NC_011673  PHATRDRAFT_44770  predicted protein  26.81 
 
 
466 aa  52.4  1e-05  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.294873  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>