More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bamb_6132 on replicon NC_008392
Organism: Burkholderia ambifaria AMMD



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008392  Bamb_6132  ABC transporter related  100 
 
 
337 aa  664  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.756648  decreased coverage  0.00989011 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7429  ABC efflux pump, ATPase subunit  87.24 
 
 
337 aa  585  1e-166  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0346135  normal 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6511  ABC transporter related  86.05 
 
 
340 aa  578  1e-164  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.192543  normal 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6020  ABC transporter related  85.46 
 
 
337 aa  573  1e-162  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.628016  normal 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5655  ABC transporter related  85.46 
 
 
337 aa  573  1e-162  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.305234  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0517  ABC transporter, ATP-binding protein  54.83 
 
 
347 aa  300  2e-80  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0535  ABC transporter, ATP-binding protein  54.83 
 
 
347 aa  300  3e-80  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA3152  ABC transporter, ATP-binding protein  54.95 
 
 
318 aa  298  7e-80  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2894  ABC transporter, ATP-binding protein  54.48 
 
 
356 aa  298  7e-80  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0700  ABC transporter, ATP-binding protein  54.95 
 
 
318 aa  298  7e-80  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.430015  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0122  ABC transporter, ATP-binding protein  54.48 
 
 
356 aa  298  7e-80  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1466  ABC transporter, ATP-binding protein  54.48 
 
 
356 aa  298  7e-80  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0925  ABC transporter related  35.75 
 
 
256 aa  97.1  4e-19  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.560586  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0427  ABC transporter related  36.84 
 
 
285 aa  95.9  9e-19  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.713042  normal  0.299152 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3043  ABC transporter related  36.92 
 
 
314 aa  95.5  1e-18  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.0610173 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2220  ABC transporter related protein  39.17 
 
 
308 aa  95.5  1e-18  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  5.4865e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1989  ABC-type multidrug transport system ATPase componen  39.78 
 
 
309 aa  95.1  1e-18  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3544  ABC transporter related  39.46 
 
 
302 aa  94.4  2e-18  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.0818201  normal  0.548154 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5991  ABC transporter, ATP-binding protein  36.25 
 
 
302 aa  94  4e-18  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.171427  normal  0.144114 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_16100  ABC-type multidrug transport system, ATPase component  35.5 
 
 
308 aa  93.6  4e-18  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.252835  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2080  ABC transporter related  36.11 
 
 
388 aa  93.6  5e-18  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.669128 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0191  ABC transporter related  33.06 
 
 
305 aa  92.8  7e-18  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.668087  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2398  ABC transporter related protein  33.73 
 
 
300 aa  92.8  8e-18  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  unclonable  1.33291e-11  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1638  ABC transporter related protein  37.18 
 
 
299 aa  92  1e-17  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.374187  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_06461  putative multidrug efflux ABC transporter  33.91 
 
 
337 aa  92  1e-17  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.645354 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0652  ABC transporter related  31.06 
 
 
307 aa  91.7  1e-17  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.673494  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0451  ABC transporter related  29 
 
 
234 aa  92  1e-17  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  5.89964e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_05031  putative multidrug efflux ABC transporter  31.84 
 
 
337 aa  91.7  2e-17  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  normal  0.123969 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2148  ATPase  36.82 
 
 
340 aa  91.7  2e-17  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.96125  normal  0.315511 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5600  ABC transporter ATP-binding protein  30.65 
 
 
300 aa  91.3  2e-17  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1780  multidrug ABC transporter  32.11 
 
 
337 aa  91.3  2e-17  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_2039  ABC transporter-like protein protein  31.53 
 
 
339 aa  91.7  2e-17  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_3299  ABC transporter related protein  32.13 
 
 
342 aa  90.9  3e-17  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1687  ABC transporter, ATP-binding protein  34.17 
 
 
280 aa  90.5  3e-17  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5534  ABC transporter, ATP-binding protein  30.89 
 
 
300 aa  90.9  3e-17  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0195  ABC transporter related  35.11 
 
 
263 aa  90.9  3e-17  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.61853  normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2342  ABC transporter related  40.22 
 
 
319 aa  90.5  4e-17  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal  0.2832 
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_1932  ABC transporter related  35.16 
 
 
209 aa  90.5  4e-17  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0910  ABC transporter-like protein  37.62 
 
 
284 aa  90.1  5e-17  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0274  ABC transporter related protein  35.98 
 
 
303 aa  89.7  6e-17  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0824  ABC transporter related protein  35.53 
 
 
306 aa  89.7  6e-17  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_4919  ABC transporter related protein  37.99 
 
 
302 aa  89.7  7e-17  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.0999062  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0349  ABC transporter related protein  39.9 
 
 
301 aa  89.4  8e-17  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.172507  normal  0.855348 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3622  ABC transporter related  36.65 
 
 
290 aa  89.4  9e-17  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2609  ABC transporter related protein  33.33 
 
 
303 aa  89.4  9e-17  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  unclonable  4.16385e-11  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5485  ABC transporter, ATP-binding protein  30.36 
 
 
300 aa  88.6  1e-16  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5478  ABC transporter, ATP-binding protein  31.38 
 
 
300 aa  89  1e-16  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0612  ABC transporter related protein  37.57 
 
 
314 aa  89  1e-16  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.787595  normal 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3756  ABC transporter related protein  35.05 
 
 
274 aa  89  1e-16  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.681155  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4044  ABC transporter related  36.09 
 
 
281 aa  88.6  1e-16  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_5153  ABC transporter related  29.67 
 
 
300 aa  88.6  1e-16  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1208  ABC transporter related  30.47 
 
 
339 aa  87.8  2e-16  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.697219  normal 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1138  ABC transporter related  36.6 
 
 
311 aa  87.8  2e-16  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.129025  normal 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0733  ABC transporter related  27.51 
 
 
258 aa  88.2  2e-16  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  unclonable  1.20086e-10  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4559  ABC transporter related protein  36.15 
 
 
285 aa  87.8  2e-16  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.995467  normal 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0584  iron compound ABC transporter, ATP-binding protein  30.56 
 
 
256 aa  87.4  3e-16  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_0326  ABC transporter related  31.86 
 
 
359 aa  87.4  3e-16  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.516533  decreased coverage  0.00902644 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5474  ABC transporter, ATP-binding protein  30.58 
 
 
300 aa  87.8  3e-16  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.960642  hitchhiker  4.06318e-09 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1843  ABC transporter related  35.2 
 
 
322 aa  87.4  3e-16  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000163971 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4781  ABC cobalamin/Fe3+- siderophore transporter, ATPase subunit  34.93 
 
 
282 aa  87.4  3e-16  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.124562  normal  0.330442 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5162  ABC transporter related  34.75 
 
 
312 aa  87.4  3e-16  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.91236  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4004  ABC transporter related  36.32 
 
 
282 aa  87.4  3e-16  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.0853449  hitchhiker  0.000219352 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_5037  ABC transporter, ATP-binding protein  30.99 
 
 
300 aa  87  4e-16  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3874  ABC transporter-related protein  29.13 
 
 
300 aa  87.4  4e-16  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.987197  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_29910  ABC-type multidrug transport system, ATPase component  38.61 
 
 
313 aa  87  4e-16  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.880888  normal  0.697642 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_1751  ATPase  33.1 
 
 
337 aa  87  4e-16  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.253958  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS5203  ABC transporter ATP-binding protein  30.65 
 
 
299 aa  87  4e-16  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_4016  ABC transporter related  34.33 
 
 
265 aa  87  4e-16  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.304399  normal  0.276484 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4747  ABC transporter related protein  39.39 
 
 
237 aa  86.7  5e-16  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.667529 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1610  ABC transporter related  35.37 
 
 
282 aa  86.7  6e-16  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.116676 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5053  ABC transporter related  34.17 
 
 
271 aa  86.7  6e-16  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_5447  ABC transporter, ATP-binding protein  30.99 
 
 
300 aa  86.3  6e-16  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1655  ABC transporter related  37.85 
 
 
374 aa  86.7  6e-16  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.334849  normal 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2174  ABC transporter related protein  33.95 
 
 
279 aa  86.3  7e-16  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.0314438  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2965  ABC transporter related protein  36.45 
 
 
313 aa  86.3  7e-16  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0609  ABC transporter related protein  40.72 
 
 
301 aa  86.3  7e-16  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0141  iron-siderophore ABC transporter, ATP-binding protein  31.12 
 
 
268 aa  86.3  7e-16  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0482  ABC transporter related  36.36 
 
 
322 aa  86.3  7e-16  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2680  ABC transporter related protein  39.77 
 
 
297 aa  85.9  8e-16  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3084  ABC transporter related  30 
 
 
269 aa  86.3  8e-16  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.41824  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0672  ABC transporter related  38.18 
 
 
289 aa  85.9  9e-16  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0422494  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1532  ABC transporter related  35.5 
 
 
283 aa  85.9  9e-16  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.439514  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_33070  ABC-type multidrug transport system, ATPase component  38.86 
 
 
286 aa  85.9  9e-16  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.468184  normal  0.320706 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0757  ABC transporter related  27.45 
 
 
258 aa  85.9  1e-15  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  hitchhiker  0.00138491  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0810  ABC transporter related  29.96 
 
 
932 aa  85.9  1e-15  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0863  ABC transporter-related protein  33.33 
 
 
342 aa  85.9  1e-15  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3334  hypothetical protein  35.62 
 
 
267 aa  85.5  1e-15  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.435313  normal  0.165854 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0191  ABC transporter-like  31.62 
 
 
339 aa  85.5  1e-15  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal  0.0494849 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1553  ABC transporter related  35.5 
 
 
283 aa  85.1  1e-15  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.620794  normal  0.876561 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3037  ABC transporter related  30.84 
 
 
269 aa  85.9  1e-15  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0857  ABC transporter, ATP-binding protein  34.88 
 
 
223 aa  85.1  1e-15  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0554  ABC transporter related  30.59 
 
 
305 aa  85.5  1e-15  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.31573  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1635  ABC transporter related  34.93 
 
 
282 aa  85.9  1e-15  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0148634  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1155  ABC transporter related  34.93 
 
 
282 aa  85.9  1e-15  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0255553  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0095  ABC transporter related  30.45 
 
 
310 aa  84.7  2e-15  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  decreased coverage  6.02484e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4653  iron compound ABC transporter, ATP-binding protein  30.56 
 
 
256 aa  85.1  2e-15  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4372  ABC transporter related  30.05 
 
 
256 aa  84.7  2e-15  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE1178  iron compound ABC transporter, ATP-binding protein  29.67 
 
 
262 aa  85.1  2e-15  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.240461  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0896  ABC transporter, ATPase subunit  30.66 
 
 
229 aa  85.1  2e-15  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  decreased coverage  0.00595939  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1355  ABC transporter related protein  39.2 
 
 
299 aa  85.1  2e-15  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.79712  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>