More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bamb_6079 on replicon NC_008392
Organism: Burkholderia ambifaria AMMD



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008392  Bamb_6079  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 294 aa  590  1e-168  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.929985  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5843  LysR family transcriptional regulator  99.66 
 
 		 294 aa  590  1e-167  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6129  LysR family transcriptional regulator  94.85 
 
 		 305 aa  562  1.0000000000000001e-159  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.414294 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6611  LysR family transcriptional regulator  94.85 
 
 		 305 aa  561  1.0000000000000001e-159  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.541537 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7632  LysR family transcriptional regulator  95.17 
 
 		 305 aa  561  1.0000000000000001e-159  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.228485 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5764  LysR family transcriptional regulator  94.85 
 
 		 305 aa  562  1.0000000000000001e-159  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6055  LysR family transcriptional regulator  95.22 
 
 		 294 aa  560  1e-158  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.031905  normal  1 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0583  LysR family transcriptional regulator  69.28 
 
 		 299 aa  412  1e-114  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.824085  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1975  LysR family transcriptional regulator  69.28 
 
 		 299 aa  412  1e-114  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0760524  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1970  LysR family transcriptional regulator  70 
 
 		 399 aa  411  1e-114  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0677  LysR family transcriptional regulator  69.28 
 
 		 299 aa  413  1e-114  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3902  LysR family transcriptional regulator  62.41 
 
 		 296 aa  367  1e-100  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5398  transcriptional regulator, LysR family  59.73 
 
 		 295 aa  360  1e-98  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.187721  normal  0.0384441 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1211  LysR family transcriptional regulator  59.73 
 
 		 296 aa  356  2.9999999999999997e-97  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.159802  normal  0.291896 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2095  LysR family transcriptional regulator  53.66 
 
 		 298 aa  306  4.0000000000000004e-82  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.764255  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1787  transcriptional regulator, LysR family  53.12 
 
 		 301 aa  305  6e-82  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1970  LysR family transcriptional regulator  53.63 
 
 		 299 aa  303  2.0000000000000002e-81  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.330952  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3607  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  52.43 
 
 		 302 aa  303  3.0000000000000004e-81  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.335248 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1959  LysR family transcriptional regulator  52.96 
 
 		 313 aa  301  6.000000000000001e-81  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.070179  normal  0.335843 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3811  LysR family transcriptional regulator  52.96 
 
 		 294 aa  301  7.000000000000001e-81  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.349623  normal  0.409757 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_47830  transcription regulator pirR  53.29 
 
 		 293 aa  300  2e-80  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.850432  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2081  LysR family transcriptional regulator  52.61 
 
 		 294 aa  295  4e-79  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0287  Carbonate dehydratase  46.21 
 
 		 305 aa  262  4e-69  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000784  transcriptional regulator  42.16 
 
 		 307 aa  236  4e-61  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.340828  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2133  transcriptional regulator, LysR family  45.21 
 
 		 335 aa  234  9e-61  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.212126  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1123  LysR family transcriptional regulator  41.87 
 
 		 303 aa  234  2.0000000000000002e-60  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2632  LysR family transcriptional regulator  43.36 
 
 		 291 aa  230  3e-59  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3613  LysR family transcriptional regulator  40.34 
 
 		 297 aa  228  9e-59  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  hitchhiker  0.000514722  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1116  LysR family transcriptional regulator  48.29 
 
 		 316 aa  228  1e-58  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1296  LysR family transcriptional regulator  38.83 
 
 		 301 aa  227  2e-58  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06683  transcriptional regulator  41.96 
 
 		 302 aa  227  2e-58  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7201  transcriptional regulator  43.15 
 
 		 297 aa  226  3e-58  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc3332  transcription regulator protein  43 
 
 		 298 aa  224  1e-57  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1434  LysR family transcriptional regulator  44.41 
 
 		 301 aa  224  1e-57  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.325668  normal  0.787301 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2452  LysR family transcriptional regulator  39.18 
 
 		 300 aa  224  2e-57  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1199  HTH-type transcriptional regulator, LysR-family  38.49 
 
 		 300 aa  223  3e-57  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2257  LysR family transcriptional regulator  41.84 
 
 		 304 aa  223  4e-57  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.368371  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1541  LysR family transcriptional regulator  40.41 
 
 		 301 aa  223  4e-57  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.827921  normal  0.805114 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_2002  LysR family transcriptional regulator  41.24 
 
 		 301 aa  222  6e-57  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.00230596  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1886  transcriptional regulator, LysR family  43.75 
 
 		 299 aa  221  9.999999999999999e-57  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2278  LysR family transcriptional regulator  40.69 
 
 		 304 aa  219  5e-56  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.255279  normal  1 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3240  LysR family transcriptional regulator  41.03 
 
 		 305 aa  219  6e-56  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0137  LysR family transcriptional regulator  45.36 
 
 		 302 aa  218  7e-56  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3100  LysR family transcriptional regulator  42.71 
 
 		 300 aa  218  7e-56  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2544  LysR family transcriptional regulator  42.47 
 
 		 302 aa  218  7e-56  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0449  transcriptional regulator, LysR family  44.18 
 
 		 298 aa  218  1e-55  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.908719  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_2297  LysR family transcriptional regulator  37.67 
 
 		 304 aa  218  1e-55  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000212474  hitchhiker  0.000857441 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0493  transcriptional regulator, LysR family  43.79 
 
 		 298 aa  217  2e-55  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.145809 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3206  LysR family transcriptional regulator  39.86 
 
 		 309 aa  216  4e-55  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.160052 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4992  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  44.71 
 
 		 304 aa  216  4e-55  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.170896  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2327  transcription regulator protein  39.72 
 
 		 299 aa  214  9.999999999999999e-55  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.170216 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1493  LysR family transcriptional regulator  43.54 
 
 		 313 aa  214  9.999999999999999e-55  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.994959  normal  0.0324489 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4882  LysR family transcriptional regulator  41.1 
 
 		 297 aa  214  9.999999999999999e-55  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1649  LysR family transcriptional regulator  40.55 
 
 		 300 aa  214  9.999999999999999e-55  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0254834 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1272  LysR family transcriptional regulator  40.69 
 
 		 303 aa  214  9.999999999999999e-55  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.066444  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1688  LysR family transcriptional regulator  41.52 
 
 		 312 aa  214  1.9999999999999998e-54  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0669222  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5388  LysR family transcriptional regulator  41.1 
 
 		 297 aa  214  1.9999999999999998e-54  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.14883 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5474  LysR family transcriptional regulator  41.1 
 
 		 297 aa  214  1.9999999999999998e-54  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06921  transcriptional regulator  38.87 
 
 		 289 aa  213  2.9999999999999995e-54  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1682  putative transcriptional regulator  43 
 
 		 308 aa  213  2.9999999999999995e-54  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.177927  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0393  LysR family transcriptional regulator  41.24 
 
 		 298 aa  213  3.9999999999999995e-54  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  decreased coverage  0.00156411  normal  0.514567 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2082  LysR family transcriptional regulator  40.91 
 
 		 301 aa  212  4.9999999999999996e-54  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0361  LysR family transcriptional regulator  40.14 
 
 		 298 aa  212  5.999999999999999e-54  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2223  LysR family transcriptional regulator  41.64 
 
 		 310 aa  212  7e-54  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.499839  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2050  LysR family transcriptional regulator  40.91 
 
 		 301 aa  212  7e-54  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.777492  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6027  LysR family transcriptional regulator  40.91 
 
 		 301 aa  212  7e-54  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0363  LysR family transcriptional regulator  40.14 
 
 		 298 aa  211  7.999999999999999e-54  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5076  LysR family transcriptional regulator  42.86 
 
 		 313 aa  211  7.999999999999999e-54  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2069  LysR family transcriptional regulator  40.91 
 
 		 301 aa  211  9e-54  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.783577 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1370  LysR family transcriptional regulator  39.86 
 
 		 300 aa  211  9e-54  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2951  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  37.63 
 
 		 299 aa  211  1e-53  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.67844  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1245  LysR family transcriptional regulator  41.67 
 
 		 288 aa  211  1e-53  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2695  LysR family transcriptional regulator  40.75 
 
 		 313 aa  211  1e-53  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0129  LysR family transcriptional regulator  40.75 
 
 		 294 aa  211  1e-53  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.868323  normal  0.261598 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1448  LysR family transcriptional regulator  43.51 
 
 		 302 aa  210  2e-53  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0364851  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4627  transcriptional regulator, LysR family  41.7 
 
 		 301 aa  210  2e-53  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0397296  normal  0.257134 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2533  LysR family transcriptional regulator  41.46 
 
 		 299 aa  211  2e-53  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1470  LysR family transcriptional regulator  43.51 
 
 		 302 aa  210  2e-53  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0988  LysR family transcriptional regulator  43.51 
 
 		 302 aa  210  2e-53  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.29091  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1227  LysR family transcriptional regulator  40.56 
 
 		 301 aa  211  2e-53  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.181175 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0178  LysR family transcriptional regulator  42.07 
 
 		 306 aa  209  3e-53  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0527028  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1388  LysR family transcriptional regulator  40.75 
 
 		 362 aa  210  3e-53  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0522975  normal  0.825805 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0157  LysR family transcriptional regulator  42.07 
 
 		 305 aa  209  4e-53  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  hitchhiker  0.000785598  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1952  LysR family transcriptional regulator  40.56 
 
 		 301 aa  209  4e-53  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.514142 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0783  LysR, substrate-binding  38.64 
 
 		 303 aa  209  4e-53  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0743  LysR family transcriptional regulator  41.78 
 
 		 310 aa  209  4e-53  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1717  LysR family transcriptional regulator  42.18 
 
 		 313 aa  209  4e-53  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_39900  LysR family transcriptional regulator  39.59 
 
 		 303 aa  209  5e-53  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1996  LysR family transcriptional regulator  40.56 
 
 		 327 aa  209  6e-53  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0901826  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3800  LysR family transcriptional regulator  38.81 
 
 		 298 aa  208  7e-53  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.000185965  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4276  transcriptional regulator, LysR family  40.48 
 
 		 307 aa  208  8e-53  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1132  LysR family transcriptional regulator  37.7 
 
 		 303 aa  208  9e-53  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0177356 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3529  transcriptional regulator, substrate-binding of LysR family protein  38.28 
 
 		 298 aa  208  9e-53  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00382378 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2711  LysR family transcriptional regulator  38.01 
 
 		 292 aa  207  1e-52  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2575  transcriptional regulator, LysR family  40.62 
 
 		 301 aa  208  1e-52  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0931431  normal  0.61434 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2488  transcriptional regulator, LysR family  38.83 
 
 		 300 aa  207  1e-52  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0585408  hitchhiker  0.000785028 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0121  LysR family transcriptional regulator  40.96 
 
 		 296 aa  208  1e-52  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.92229  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1436  LysR family transcriptional regulator  36.43 
 
 		 295 aa  208  1e-52  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1390  LysR family transcriptional regulator  40.07 
 
 		 322 aa  207  1e-52  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1355  LysR family transcriptional regulator  44.33 
 
 		 301 aa  207  1e-52  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>