63 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bamb_6049 on replicon NC_008392
Organism: Burkholderia ambifaria AMMD



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008392  Bamb_6049  chlorinating enzyme  100 
 
 
308 aa  644  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  decreased coverage  0.00398666  normal 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5819  chlorinating enzyme  100 
 
 
308 aa  644  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1661  cmaB protein  83.55 
 
 
352 aa  551  1e-156  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.057676  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0147  CmaB  83.55 
 
 
354 aa  551  1e-156  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0830798  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1581  cmaB protein  83.55 
 
 
307 aa  548  1e-155  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1224  CmaB  81.7 
 
 
307 aa  543  1e-153  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2589  chlorinating enzyme  60.91 
 
 
332 aa  412  1e-114  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.205565  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4710  coronamic acid synthetase CmaB  61.79 
 
 
309 aa  396  1e-109  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.25566  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2124  non-haem iron halogenase  58.17 
 
 
319 aa  383  1e-105  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.345331  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2610  chlorinating enzyme  58.03 
 
 
310 aa  376  1e-103  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0249054  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4032  chlorinating enzyme  57.05 
 
 
319 aa  377  1e-103  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.372792  normal 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3490  chlorinating enzyme  56.72 
 
 
331 aa  376  1e-103  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.815296 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3783  hypothetical protein  49.67 
 
 
311 aa  315  4e-85  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.0122615 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2596  phytanoyl-CoA dioxygenase (PhyH) family protein  47.95 
 
 
301 aa  286  4e-76  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2460  phytanoyl-CoA dioxygenase (PhyH) family protein  47.95 
 
 
301 aa  286  4e-76  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0897  BarB2  47.95 
 
 
301 aa  286  4e-76  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0564  BarB2  47.6 
 
 
301 aa  283  2e-75  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3440  chlorinating enzyme  41.16 
 
 
296 aa  231  1e-59  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.197593 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1060  hypothetical protein  26.57 
 
 
276 aa  81.6  1e-14  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.247283  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4554  phytanoyl-CoA dioxygenase  26.06 
 
 
276 aa  80.1  4e-14  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.762546  normal 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0673  Phytanoyl-CoA dioxygenase  25.87 
 
 
280 aa  79.3  8e-14  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2051  phytanoyl-CoA dioxygenase  24.74 
 
 
278 aa  74.3  2e-12  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.110515  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2862  phytanoyl-CoA dioxygenase  29.3 
 
 
268 aa  72  1e-11  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3014  phytanoyl-CoA dioxygenase  26.27 
 
 
275 aa  68.6  1e-10  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.347351  normal  0.0815501 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1704  Phytanoyl-CoA dioxygenase  25.48 
 
 
259 aa  67.8  2e-10  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.235452  hitchhiker  0.00714566 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_3102  phytanoyl-CoA dioxygenase  25.34 
 
 
281 aa  61.2  2e-08  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1638  Phytanoyl-CoA dioxygenase  27.89 
 
 
273 aa  61.2  2e-08  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1945  Phytanoyl-CoA dioxygenase  26.74 
 
 
299 aa  60.8  3e-08  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.597579 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2355  Phytanoyl-CoA dioxygenase  23.46 
 
 
260 aa  59.3  7e-08  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011677  PHATRDRAFT_46163  predicted protein  29.63 
 
 
326 aa  58.2  2e-07  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.911457  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3392  Phytanoyl-CoA dioxygenase  24.14 
 
 
260 aa  58.2  2e-07  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal  0.325628 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_1946  Phytanoyl-CoA dioxygenase  23.93 
 
 
372 aa  58.5  2e-07  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2128  Phytanoyl-CoA dioxygenase  27.59 
 
 
296 aa  56.6  5e-07  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5543  Phytanoyl-CoA dioxygenase  22.03 
 
 
282 aa  55.1  1e-06  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.401437  normal  0.0790883 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0790  mitomycin antibiotics/polyketide fumonisin biosynthesis protein  28.33 
 
 
300 aa  52.4  9e-06  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6323  phytanoyl-CoA dioxygenase  25.81 
 
 
239 aa  52  1e-05  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_29130  protein involved in biosynthesis of mitomycin antibiotics/polyketide fumonisin  25 
 
 
289 aa  51.6  1e-05  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3060  hypothetical protein  28.02 
 
 
268 aa  50.8  2e-05  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  7.84438e-06  hitchhiker  0.000216713 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2295  Phytanoyl-CoA dioxygenase  23.6 
 
 
270 aa  51.6  2e-05  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.858979  normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0067  Phytanoyl-CoA dioxygenase  23.83 
 
 
271 aa  48.9  0.0001  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006694  CNI03700  conserved hypothetical protein  24.86 
 
 
299 aa  48.1  0.0002  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  0.183271  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_0567  Phytanoyl-CoA dioxygenase  28.98 
 
 
261 aa  48.1  0.0002  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  normal  0.584768 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4437  Phytanoyl-CoA dioxygenase  24.82 
 
 
285 aa  47.4  0.0003  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1714  phytanoyl-CoA dioxygenase  23.63 
 
 
293 aa  46.6  0.0006  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.635994  normal  0.315835 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5139  phytanoyl-CoA dioxygenase  26.29 
 
 
320 aa  46.2  0.0007  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0463387  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3118  Phytanoyl-CoA dioxygenase  23.9 
 
 
257 aa  46.2  0.0008  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  hitchhiker  0.00211764  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5568  phytanoyl-CoA dioxygenase  27.27 
 
 
270 aa  45.8  0.0008  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.172876  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1576  Phytanoyl-CoA dioxygenase  24.02 
 
 
273 aa  45.1  0.001  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.158036  normal  0.083991 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1961  phytanoyl-CoA dioxygenase  21.49 
 
 
260 aa  44.7  0.002  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  decreased coverage  0.00281638  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3627  putative deoxygenase  24.64 
 
 
281 aa  44.3  0.003  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6979  biosynthesis of mitomycin antibiotics/polyketide fumonisin protein  24.25 
 
 
263 aa  43.5  0.004  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.222506 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0578  hypothetical protein  23.26 
 
 
310 aa  43.5  0.004  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009043  PICST_43511  predicted protein  28.32 
 
 
301 aa  43.5  0.005  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  normal  0.288196 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6368  putative dioxygenase  24.14 
 
 
296 aa  43.5  0.005  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.365984  normal  0.570767 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0353  Phytanoyl-CoA dioxygenase  25.38 
 
 
253 aa  43.5  0.005  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.693124 
 
 
-
 
NC_006369  lpl0554  hypothetical protein  23.26 
 
 
310 aa  43.5  0.005  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6285  phytanoyl-CoA dioxygenase  24.86 
 
 
303 aa  43.1  0.006  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.142673  normal  0.594182 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1544  phytanoyl-CoA dioxygenase  24.86 
 
 
303 aa  43.1  0.006  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.149771  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1391  phytanoyl-CoA dioxygenase  23.03 
 
 
251 aa  43.1  0.006  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.633515  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0950  phytanoyl-CoA dioxygenase  30.97 
 
 
230 aa  42.7  0.007  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.977141  normal  0.257278 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_4113  Phytanoyl-CoA dioxygenase  20.88 
 
 
300 aa  42.7  0.007  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6945  phytanoyl-CoA dioxygenase  24.1 
 
 
303 aa  42.4  0.009  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.979271  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0542  ectoine hydroxylase  26.22 
 
 
314 aa  42.7  0.009  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.0384417  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>