More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bamb_6042 on replicon NC_008392
Organism: Burkholderia ambifaria AMMD



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008392  Bamb_6042  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 302 aa  610  9.999999999999999e-175  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.957083 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5812  LysR family transcriptional regulator  97.86 
 
 		 280 aa  551  1e-156  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3636  transcriptional regulator, LysR family  52.48 
 
 		 295 aa  293  2e-78  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3312  transcriptional regulator, LysR family  52.48 
 
 		 294 aa  286  2.9999999999999996e-76  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1269  LysR family transcriptional regulator  53.19 
 
 		 291 aa  280  1e-74  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0299945  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4068  LysR family transcriptional regulator  52.48 
 
 		 292 aa  278  6e-74  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5730  LysR family transcriptional regulator  51.77 
 
 		 288 aa  269  5e-71  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.859731  normal  0.701128 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3793  LysR family transcriptional regulator  51.77 
 
 		 291 aa  269  5e-71  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4575  LysR family transcriptional regulator  51.77 
 
 		 291 aa  269  5e-71  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2777  putative transcriptional regulator  35.46 
 
 		 284 aa  172  6.999999999999999e-42  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.214783  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1911  LysR family transcriptional regulator  35.36 
 
 		 305 aa  170  2e-41  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0185  LysR family transcriptional regulator  37.26 
 
 		 299 aa  168  1e-40  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0538  LysR family transcriptional regulator  36.69 
 
 		 311 aa  168  1e-40  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1890  LysR family transcriptional regulator  36.69 
 
 		 322 aa  167  2.9999999999999998e-40  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2309  putative transcriptional regulator  32.97 
 
 		 284 aa  163  4.0000000000000004e-39  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_27280  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 284 aa  162  4.0000000000000004e-39  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0673  LysR family transcriptional regulator  37.02 
 
 		 310 aa  160  2e-38  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.123933  decreased coverage  0.00380612 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1230  LysR family transcriptional regulator  31.56 
 
 		 284 aa  155  8e-37  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.69463  normal  0.27329 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5091  LysR family transcriptional regulator  34.43 
 
 		 295 aa  155  1e-36  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.0219442 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3624  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  34.16 
 
 		 296 aa  154  2e-36  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  hitchhiker  0.00214713  normal  0.293437 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1273  transcriptional regulator, LysR family  29.97 
 
 		 309 aa  153  4e-36  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.0230632  normal  0.266535 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2141  transcriptional regulator, LysR family  34.52 
 
 		 299 aa  152  5e-36  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.882286  normal  0.197682 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2385  transcriptional regulator, LysR family  34.52 
 
 		 313 aa  152  7e-36  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0284947  hitchhiker  0.00966213 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1863  LysR family transcriptional regulator  32.03 
 
 		 283 aa  151  1e-35  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0321846  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1770  transcriptional regulator, LysR family  34.05 
 
 		 284 aa  151  1e-35  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3851  LysR family transcriptional regulator  32.03 
 
 		 283 aa  151  1e-35  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.522354  normal  0.130982 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1647  LysR family transcriptional regulator  37.69 
 
 		 289 aa  150  2e-35  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1838  LysR family transcriptional regulator  34.43 
 
 		 296 aa  150  3e-35  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.8381  normal  0.487096 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4825  transcriptional regulator, LysR family  34.07 
 
 		 293 aa  149  4e-35  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0864247  normal  0.0253512 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3993  LysR family transcriptional regulator  31.43 
 
 		 296 aa  149  6e-35  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00243747  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_21400  Transcriptional regulator, LysR family  31.44 
 
 		 317 aa  149  7e-35  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1438  LysR family transcriptional regulator  31.67 
 
 		 283 aa  146  4.0000000000000006e-34  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.371072  normal  0.234333 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2477  LysR family transcriptional regulator  37.02 
 
 		 290 aa  146  4.0000000000000006e-34  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1300  LysR family transcriptional regulator  32.95 
 
 		 299 aa  145  6e-34  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.841181  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2133  LysR family transcriptional regulator  34.64 
 
 		 284 aa  143  4e-33  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  decreased coverage  0.00732746  normal  0.30911 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1473  LysR family transcriptional regulator  30.96 
 
 		 283 aa  142  5e-33  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.551192  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4450  LysR family transcriptional regulator  30.71 
 
 		 283 aa  142  8e-33  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1479  LysR family transcriptional regulator  33.72 
 
 		 294 aa  140  3e-32  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0277632  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0512  transcriptional regulator LysR family  31.93 
 
 		 287 aa  137  2e-31  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.440355  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2045  transcriptional regulator, LysR family  31.18 
 
 		 285 aa  137  2e-31  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000182672 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1788  LysR family transcriptional regulator  33.57 
 
 		 298 aa  137  3.0000000000000003e-31  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00324618 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4222  transcriptional regulator, LysR family  32.61 
 
 		 293 aa  136  4e-31  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1683  LysR substrate-binding  31.25 
 
 		 292 aa  136  5e-31  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4190  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 282 aa  136  5e-31  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0252504  normal  0.417297 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2879  LysR family transcriptional regulator  32.62 
 
 		 284 aa  134  9.999999999999999e-31  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.624518 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0405  LysR family transcriptional regulator  33.22 
 
 		 298 aa  135  9.999999999999999e-31  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2002  transcriptional regulator, LysR family  30.9 
 
 		 292 aa  134  9.999999999999999e-31  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2586  transcriptional regulator LysR family  32.37 
 
 		 324 aa  134  1.9999999999999998e-30  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0717  transcriptional regulator, LysR family  31.47 
 
 		 292 aa  134  1.9999999999999998e-30  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.313627  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0301  LysR family transcriptional regulator  34.16 
 
 		 294 aa  134  1.9999999999999998e-30  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2674  LysR family transcriptional regulator  31.16 
 
 		 294 aa  133  3e-30  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4012  transcriptional regulator, LysR family  31.56 
 
 		 285 aa  133  3e-30  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.0664049 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3167  LysR family transcriptional regulator  32.49 
 
 		 283 aa  132  6e-30  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1220  transcriptional regulator, LysR family  29.41 
 
 		 289 aa  132  6e-30  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.286254  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1867  LysR family transcriptional regulator  30.96 
 
 		 306 aa  132  6.999999999999999e-30  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2980  LysR family transcriptional regulator  34.04 
 
 		 311 aa  132  6.999999999999999e-30  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0695506  normal  0.804372 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5203  LysR family transcriptional regulator  32.82 
 
 		 291 aa  132  7.999999999999999e-30  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.715781  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1608  LysR family transcriptional regulator  31.41 
 
 		 287 aa  132  9e-30  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4271  LysR family transcriptional regulator  32.05 
 
 		 303 aa  132  9e-30  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3829  LysR family transcriptional regulator  31.06 
 
 		 289 aa  131  1.0000000000000001e-29  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.19019  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1461  transcriptional regulator, LysR family  32.38 
 
 		 301 aa  132  1.0000000000000001e-29  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0438  transcriptional regulator, LysR family  29.5 
 
 		 322 aa  130  3e-29  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0482  transcriptional regulator, LysR family  29.5 
 
 		 322 aa  130  3e-29  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2821  LysR family transcriptional regulator  32.43 
 
 		 291 aa  130  3e-29  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0095  LysR family transcriptional regulator  31.79 
 
 		 291 aa  130  3e-29  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1467  LysR family transcriptional regulator  30.85 
 
 		 285 aa  129  4.0000000000000003e-29  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.398942 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1806  LysR family transcriptional regulator  29.86 
 
 		 284 aa  130  4.0000000000000003e-29  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.712022 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3892  transcriptional regulator, LysR family protein  28.52 
 
 		 288 aa  129  5.0000000000000004e-29  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4417  LysR family transcriptional regulator  30.69 
 
 		 294 aa  129  5.0000000000000004e-29  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.0255776 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3317  LysR family transcriptional regulator  32.43 
 
 		 291 aa  129  6e-29  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.176434 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1319  transcriptional regulator, LysR family  34.75 
 
 		 299 aa  129  6e-29  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.232258  normal  0.131151 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5162  LysR family transcriptional regulator  32.43 
 
 		 291 aa  129  6e-29  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1129  transcriptional regulator, LysR family  30.04 
 
 		 289 aa  129  8.000000000000001e-29  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.412971  normal  0.826624 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3101  LysR family transcriptional regulator  33.73 
 
 		 306 aa  129  8.000000000000001e-29  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.04033 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4134  LysR family transcriptional regulator  32.05 
 
 		 291 aa  128  9.000000000000001e-29  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.949354 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4785  LysR family transcriptional regulator  32.05 
 
 		 291 aa  128  9.000000000000001e-29  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.285424  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3382  LysR family transcriptional regulator  32.05 
 
 		 291 aa  128  9.000000000000001e-29  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1492  transcriptional regulator, LysR family  32.66 
 
 		 271 aa  128  1.0000000000000001e-28  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.403981  hitchhiker  0.0000917621 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7267  transcriptional regulator, LysR family  32.01 
 
 		 290 aa  127  2.0000000000000002e-28  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0525  LysR family transcriptional regulator  31.72 
 
 		 316 aa  127  2.0000000000000002e-28  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2125  HTH-type transcriptional regulator  33.72 
 
 		 298 aa  127  2.0000000000000002e-28  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0384  LysR family transcriptional regulator  29.56 
 
 		 316 aa  127  3e-28  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0243  LysR family transcriptional regulator  32.82 
 
 		 289 aa  127  3e-28  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3081  LysR family transcriptional regulator  33.21 
 
 		 323 aa  126  4.0000000000000003e-28  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2626  transcriptional regulator, LysR family  30.58 
 
 		 290 aa  126  5e-28  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.117522  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5304  transcriptional regulator, LysR family  32.92 
 
 		 289 aa  126  5e-28  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2204  LysR family transcriptional regulator  31.3 
 
 		 306 aa  125  8.000000000000001e-28  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.150057 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5283  LysR family transcriptional regulator  30.6 
 
 		 285 aa  125  8.000000000000001e-28  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.287276  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2995  LysR family transcriptional regulator  29.14 
 
 		 321 aa  125  9e-28  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0765  LysR family transcriptional regulator  29.93 
 
 		 322 aa  124  1e-27  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.144728  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4760  LysR family transcriptional regulator  34.13 
 
 		 296 aa  125  1e-27  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3363  LysR family transcriptional regulator  30.58 
 
 		 294 aa  124  1e-27  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.443471  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5004  LysR family transcriptional regulator  30.58 
 
 		 294 aa  124  1e-27  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.492991  normal  1 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0795  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  29.64 
 
 		 291 aa  124  2e-27  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4935  LysR family transcriptional regulator  30.11 
 
 		 285 aa  124  2e-27  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.929926  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0278  LysR family transcriptional regulator  27.4 
 
 		 291 aa  124  2e-27  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.676555  unclonable  0.0000000195953 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5090  LysR family transcriptional regulator  30.04 
 
 		 285 aa  124  3e-27  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6020  LysR family transcriptional regulator  32.71 
 
 		 279 aa  124  3e-27  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0301148 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0106  LysR family transcriptional regulator  33.1 
 
 		 283 aa  124  3e-27  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0818  transcriptional regulator, LysR family  30.34 
 
 		 280 aa  123  4e-27  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0971009  normal  0.428032 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>