More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bamb_5942 on replicon NC_008392
Organism: Burkholderia ambifaria AMMD



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007348  Reut_B5309  AMP-dependent synthetase and ligase  74.27 
 
 		 517 aa  803    Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2485  AMP-dependent synthetase and ligase  71.18 
 
 		 534 aa  768    Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5134  acyl-CoA synthetase / AMP-dependent synthetase and ligase  72.73 
 
 		 517 aa  760    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.93936 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5942  AMP-dependent synthetase and ligase  100 
 
 		 516 aa  1060    Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.050377 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3890  AMP-dependent synthetase and ligase  70.79 
 
 		 517 aa  767    Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0529507  normal  0.227811 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3611  AMP-dependent synthetase and ligase  51.75 
 
 		 532 aa  502  1e-141  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0778531  normal  0.0346233 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1724  AMP-dependent synthetase and ligase  45.84 
 
 		 515 aa  452  1.0000000000000001e-126  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0701995  normal  0.167784 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3704  AMP-dependent synthetase and ligase  46.63 
 
 		 515 aa  453  1.0000000000000001e-126  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0990866  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3158  AMP-dependent synthetase and ligase  48.36 
 
 		 515 aa  455  1.0000000000000001e-126  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2038  long-chain-fatty-acid--CoA ligase, putative  46.97 
 
 		 565 aa  451  1e-125  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1095  AMP-dependent synthetase and ligase  43.35 
 
 		 518 aa  407  1.0000000000000001e-112  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.997125 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2438  AMP-dependent synthetase and ligase  38.01 
 
 		 512 aa  335  1e-90  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2207  AMP-dependent synthetase and ligase  37.23 
 
 		 512 aa  331  2e-89  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.77359  normal  0.4337 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4674  acyl-CoA synthetase  39.68 
 
 		 531 aa  330  3e-89  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4949  acyl-CoA synthetase  40.16 
 
 		 521 aa  319  6e-86  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.131807  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4353  AMP-dependent synthetase and ligase  36.28 
 
 		 517 aa  319  7.999999999999999e-86  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1605  AMP-dependent synthetase and ligase  36.17 
 
 		 526 aa  319  9e-86  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5034  AMP-dependent synthetase and ligase  35.93 
 
 		 517 aa  318  1e-85  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5826  AMP-dependent synthetase and ligase  35.93 
 
 		 517 aa  318  1e-85  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3600  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  36.45 
 
 		 525 aa  317  4e-85  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.887287  normal  0.975846 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2924  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  36.26 
 
 		 526 aa  314  2.9999999999999996e-84  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.42655 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0027  AMP-dependent synthetase and ligase  39.36 
 
 		 509 aa  311  1e-83  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.141316  normal  0.236103 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1868  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  36.98 
 
 		 525 aa  310  4e-83  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.205754 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1837  AMP-dependent synthetase and ligase  36.6 
 
 		 518 aa  310  5.9999999999999995e-83  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.963932  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3565  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  36.42 
 
 		 526 aa  308  2.0000000000000002e-82  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.011282  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1964  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  36.07 
 
 		 525 aa  308  2.0000000000000002e-82  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.132088  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0943  AMP-dependent synthetase and ligase  37.18 
 
 		 511 aa  307  3e-82  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.193061  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2745  AMP-dependent synthetase and ligase  35.86 
 
 		 519 aa  305  2.0000000000000002e-81  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.000193004  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1211  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  37.38 
 
 		 527 aa  304  3.0000000000000004e-81  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6878  AMP-dependent synthetase and ligase  34.83 
 
 		 509 aa  303  4.0000000000000003e-81  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.615245  normal  1 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6394  AMP-dependent synthetase and ligase  35.74 
 
 		 517 aa  302  8.000000000000001e-81  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.178832  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1595  AMP-dependent synthetase and ligase  37.62 
 
 		 519 aa  302  9e-81  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4080  AMP-dependent synthetase and ligase  37.4 
 
 		 518 aa  302  1e-80  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.656205  normal  0.161644 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1676  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  36.15 
 
 		 526 aa  302  1e-80  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.591328  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0814  AMP-dependent synthetase and ligase  36.19 
 
 		 508 aa  300  4e-80  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4072  AMP-dependent synthetase and ligase  36.8 
 
 		 508 aa  300  5e-80  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.979079 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3808  AMP-dependent synthetase and ligase  35.53 
 
 		 508 aa  300  6e-80  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.762435  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_6162  AMP-dependent synthetase and ligase  36.98 
 
 		 487 aa  299  6e-80  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1133  AMP-dependent synthetase and ligase  37.02 
 
 		 518 aa  299  1e-79  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.508244  normal  0.50206 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5827  AMP-dependent synthetase and ligase  37.06 
 
 		 518 aa  299  1e-79  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.671788  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0353  AMP-dependent synthetase and ligase  35.86 
 
 		 534 aa  298  1e-79  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.55948  normal  0.800046 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4178  acyl-CoA synthetase  37.15 
 
 		 520 aa  298  2e-79  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1367  AMP-dependent synthetase and ligase  38.21 
 
 		 502 aa  297  3e-79  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.439129  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5438  AMP-dependent synthetase and ligase  37.89 
 
 		 515 aa  294  2e-78  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.427259  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3816  AMP-dependent synthetase and ligase  36.74 
 
 		 518 aa  294  3e-78  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0163789  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1869  acyl-CoA synthetase  41.01 
 
 		 520 aa  293  4e-78  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.895381  normal  0.153581 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3788  acyl-CoA synthetase  35.93 
 
 		 523 aa  290  3e-77  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0154  AMP-dependent synthetase and ligase  37.81 
 
 		 520 aa  290  3e-77  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3975  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  36.04 
 
 		 530 aa  290  4e-77  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.251646  normal  0.301159 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5140  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  35.07 
 
 		 525 aa  290  4e-77  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.24744  normal  0.25513 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4902  AMP-dependent synthetase and ligase  38.95 
 
 		 501 aa  289  1e-76  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0285071  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1515  AMP-dependent synthetase and ligase  36.81 
 
 		 515 aa  286  7e-76  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  decreased coverage  0.00288915  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1025  AMP-dependent synthetase and ligase  33.2 
 
 		 528 aa  286  7e-76  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1538  AMP-dependent synthetase and ligase  36.81 
 
 		 515 aa  286  7e-76  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_26720  acyl-CoA synthetase (AMP-forming)/AMP-acid ligase II  38.01 
 
 		 503 aa  285  9e-76  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.371331  normal  0.219754 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4758  AMP-dependent synthetase and ligase  36.65 
 
 		 518 aa  285  1.0000000000000001e-75  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4826  AMP-dependent synthetase and ligase  36.05 
 
 		 520 aa  285  2.0000000000000002e-75  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0178748  normal  0.551416 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3987  AMP-dependent synthetase and ligase  32.16 
 
 		 662 aa  285  2.0000000000000002e-75  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2525  AMP-dependent synthetase and ligase  37.06 
 
 		 516 aa  285  2.0000000000000002e-75  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.695888 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3720  AMP-dependent synthetase and ligase  35.74 
 
 		 518 aa  284  3.0000000000000004e-75  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.189603  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2246  AMP-dependent synthetase and ligase  34.04 
 
 		 517 aa  284  3.0000000000000004e-75  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000000334479  hitchhiker  6.92492e-16 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0749  AMP-dependent synthetase and ligase  34.94 
 
 		 512 aa  283  5.000000000000001e-75  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1865  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  35.51 
 
 		 519 aa  283  7.000000000000001e-75  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.975513  normal  0.637576 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1730  AMP-dependent synthetase and ligase  35.18 
 
 		 516 aa  282  9e-75  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0972  acyl-CoA synthetase  41.94 
 
 		 502 aa  282  1e-74  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.534904 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1660  AMP-dependent synthetase and ligase  33.27 
 
 		 523 aa  281  2e-74  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.104845  normal  0.559317 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0353  AMP-dependent synthetase and ligase  36.64 
 
 		 520 aa  281  2e-74  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.504179  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0734  AMP-dependent synthetase and ligase  36.16 
 
 		 511 aa  281  2e-74  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1803  AMP-dependent synthetase and ligase  35.91 
 
 		 539 aa  281  2e-74  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2371  acyl-CoA synthetase  36.09 
 
 		 532 aa  281  2e-74  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4121  AMP-dependent synthetase and ligase  35.62 
 
 		 505 aa  281  3e-74  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.396047  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1909  acyl-CoA synthetase  35.31 
 
 		 521 aa  280  4e-74  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0414  AMP-dependent synthetase and ligase  34.42 
 
 		 511 aa  279  8e-74  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2662  acyl-CoA synthetase  36.08 
 
 		 521 aa  278  2e-73  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0929684  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1763  AMP-dependent synthetase and ligase  35.97 
 
 		 521 aa  278  2e-73  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.494407 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2963  AMP-dependent synthetase and ligase  32.84 
 
 		 551 aa  278  2e-73  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  decreased coverage  0.0000191926  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3514  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  34.9 
 
 		 525 aa  277  3e-73  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.270509  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2094  AMP-dependent synthetase and ligase  34.5 
 
 		 520 aa  277  3e-73  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2625  acyl-CoA synthetase  36.73 
 
 		 521 aa  277  3e-73  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.425719  normal  0.937702 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1438  acyl-CoA synthetase  34.48 
 
 		 549 aa  277  3e-73  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.603543  decreased coverage  0.00000173613 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0177  putative ligase  33.91 
 
 		 514 aa  277  4e-73  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.709782 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0953  acyl-CoA synthetase  35.66 
 
 		 532 aa  277  4e-73  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4612  AMP-dependent synthetase and ligase  34.42 
 
 		 511 aa  276  5e-73  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1597  AMP-dependent synthetase and ligase  34.77 
 
 		 549 aa  276  5e-73  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  hitchhiker  0.000318079  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0015  acyl-CoA synthetase  34.92 
 
 		 547 aa  276  7e-73  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.268165  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3798  AMP-dependent synthetase and ligase  34.92 
 
 		 499 aa  275  1.0000000000000001e-72  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1775  AMP-dependent synthetase and ligase  33.46 
 
 		 525 aa  275  2.0000000000000002e-72  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0142  AMP-dependent synthetase and ligase  35.98 
 
 		 508 aa  275  2.0000000000000002e-72  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4616  AMP-dependent synthetase and ligase  34.31 
 
 		 518 aa  274  2.0000000000000002e-72  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.892742  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0667  putative O-succinylbenzoate--CoA ligase  34.9 
 
 		 516 aa  274  3e-72  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.604577  normal  0.0579833 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2532  AMP-dependent synthetase and ligase  34.45 
 
 		 521 aa  274  3e-72  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0733  acyl-CoA synthetase  34.3 
 
 		 532 aa  274  4.0000000000000004e-72  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.747882  normal  0.385866 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2819  acyl-CoA synthetase  35.23 
 
 		 529 aa  274  4.0000000000000004e-72  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.427573  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3475  AMP-dependent synthetase and ligase  33.9 
 
 		 524 aa  273  7e-72  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.440115  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1864  AMP-dependent synthetase and ligase  37.16 
 
 		 506 aa  272  9e-72  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0739  acyl-CoA synthetase  34.1 
 
 		 532 aa  272  1e-71  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0753  acyl-CoA synthetase  34.1 
 
 		 532 aa  272  1e-71  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.627426  normal  0.23017 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2990  acyl-CoA synthetase  35.89 
 
 		 521 aa  271  2.9999999999999997e-71  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.475631  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4822  AMP-dependent synthetase and ligase  35.9 
 
 		 504 aa  271  2.9999999999999997e-71  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0789  AMP-dependent synthetase and ligase  32.7 
 
 		 519 aa  270  4e-71  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>