More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bamb_5916 on replicon NC_008392
Organism: Burkholderia ambifaria AMMD



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008392  Bamb_5916  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  100 
 
 
413 aa  838  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.628752  decreased coverage  0.00179215 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4504  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  64.76 
 
 
412 aa  547  1e-154  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.965976 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1554  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  63.55 
 
 
413 aa  538  1e-152  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6404  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  60.64 
 
 
407 aa  489  1e-137  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.450101 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_5895  Formyl-CoA transferase  60.3 
 
 
406 aa  485  1e-136  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.191567  normal 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5531  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  60.3 
 
 
406 aa  485  1e-136  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5511  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  60.59 
 
 
406 aa  481  1e-135  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.91473  normal  0.324907 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6128  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  60.3 
 
 
406 aa  484  1e-135  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6531  Formyl-CoA transferase  59.51 
 
 
407 aa  478  1e-134  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.276106  normal  0.830415 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6246  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  59.8 
 
 
407 aa  477  1e-133  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2692  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  58.42 
 
 
410 aa  477  1e-133  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.514064  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3001  CAIB/BAIF family protein  58.66 
 
 
410 aa  476  1e-133  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0834933  normal  0.0227508 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6023  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  59.31 
 
 
403 aa  459  1e-128  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.46838  normal  0.424375 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0409  Formyl-CoA transferase  38.73 
 
 
396 aa  292  6e-78  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0683  Formyl-CoA transferase  38.19 
 
 
416 aa  276  4e-73  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.521571  normal 
 
 
-
 
NC_009468  Acry_3421  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  39.7 
 
 
416 aa  276  4e-73  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3330  formyl-CoA transferase  37.04 
 
 
411 aa  276  5e-73  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2914  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  40.55 
 
 
406 aa  273  3e-72  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.508097  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0558  Formyl-CoA transferase  40.61 
 
 
396 aa  273  6e-72  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3860  Formyl-CoA transferase  40.61 
 
 
396 aa  273  6e-72  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal  0.0478269 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2142  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  38.97 
 
 
446 aa  271  1e-71  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1038  Alpha-methylacyl-CoA racemase  36.98 
 
 
413 aa  271  1e-71  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  decreased coverage  3.37447e-05  normal  0.997405 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4672  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  40.87 
 
 
393 aa  271  2e-71  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  hitchhiker  0.00203708  normal  0.032071 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1069  CaiB/BaiF family protein  41.24 
 
 
411 aa  270  4e-71  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6256  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  39.24 
 
 
406 aa  269  6e-71  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.326861  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0244  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  37.95 
 
 
395 aa  266  5e-70  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0905  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  41.36 
 
 
410 aa  265  1e-69  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.36953  normal  0.0364065 
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_0206  Formyl-CoA transferase  36.55 
 
 
393 aa  265  1e-69  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  0.640391 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5625  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  37.62 
 
 
415 aa  263  4e-69  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.344287  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2771  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  38.99 
 
 
405 aa  263  6e-69  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3426  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  38.73 
 
 
403 aa  259  7e-68  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.0253848 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1851  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  37.53 
 
 
404 aa  258  2e-67  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.990249  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6417  Formyl-CoA transferase  34.74 
 
 
418 aa  258  2e-67  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.478883  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0143  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  38.11 
 
 
413 aa  257  3e-67  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.235606 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0047  Formyl-CoA transferase  37.32 
 
 
412 aa  256  4e-67  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.386629  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1045  CAIB/BAIF family protein  37.92 
 
 
381 aa  255  1e-66  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.372992  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5111  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  37.47 
 
 
406 aa  254  1e-66  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.658987  normal  0.523719 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1673  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  38.5 
 
 
406 aa  255  1e-66  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.147245  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1084  CAIB/BAIF family protein  37.92 
 
 
381 aa  255  1e-66  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.254633  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5189  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  37.87 
 
 
406 aa  255  1e-66  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0395978  normal 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5909  L-carnitine dehydratase  38.48 
 
 
383 aa  254  3e-66  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_5106  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  37.16 
 
 
407 aa  254  3e-66  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.912284  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0899  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  37.35 
 
 
407 aa  253  4e-66  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6435  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  36.1 
 
 
415 aa  253  4e-66  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00145178 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0204  Alpha-methylacyl-CoA racemase  35.84 
 
 
435 aa  253  6e-66  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0491396  normal  0.983612 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2624  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  37.53 
 
 
399 aa  252  9e-66  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6904  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  37.38 
 
 
413 aa  252  1e-65  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.733868  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2484  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  36.21 
 
 
407 aa  251  1e-65  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0601081  normal  0.0181338 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2169  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  37.31 
 
 
381 aa  251  2e-65  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4648  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  36.48 
 
 
406 aa  250  3e-65  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.166918 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0039  Formyl-CoA transferase  37.91 
 
 
406 aa  250  4e-65  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0057  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  36.78 
 
 
415 aa  249  5e-65  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4904  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  38.5 
 
 
397 aa  249  6e-65  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0968635  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6129  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  34 
 
 
418 aa  249  7e-65  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0458  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  36.59 
 
 
429 aa  249  7e-65  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0937  Formyl-CoA transferase  36.86 
 
 
407 aa  249  8e-65  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3087  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  36.73 
 
 
411 aa  249  9e-65  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4249  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  37.12 
 
 
397 aa  248  1e-64  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3871  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  38.06 
 
 
397 aa  248  2e-64  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.39623  normal  0.242924 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0713  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  43.6 
 
 
382 aa  248  2e-64  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2971  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  34.67 
 
 
419 aa  248  2e-64  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.315436  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5148  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  36.19 
 
 
407 aa  247  3e-64  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.392977  normal  0.592286 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0178  Formyl-CoA transferase  34.81 
 
 
406 aa  246  4e-64  Pseudomonas putida F1  Bacteria  unclonable  7.10796e-11  normal  0.705206 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1234  Formyl-CoA transferase  36.96 
 
 
402 aa  246  4e-64  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.704005  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0321  CaiB/BaiF family protein  38.48 
 
 
421 aa  246  5e-64  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.15659  normal  0.0117662 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4039  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  37.35 
 
 
407 aa  246  7e-64  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.194141  normal 
 
 
-
 
BN001302  ANIA_04230  CAIB/BAIF family enzyme (AFU_orthologue; AFUA_1G06250)  36.88 
 
 
446 aa  245  8e-64  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.0128507  normal  0.310252 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1614  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  35.8 
 
 
406 aa  245  8e-64  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.553519 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1698  succinyl-CoA:(R)-citramalate CoA-transferase  36.09 
 
 
404 aa  245  9e-64  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  hitchhiker  8.62475e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2006  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  37.53 
 
 
407 aa  244  1e-63  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1463  putative acyl-CoA transferase/carnitine dehydratase  38.16 
 
 
381 aa  245  1e-63  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0176  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  34.32 
 
 
406 aa  245  1e-63  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  hitchhiker  2.47826e-10  normal  0.235552 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3495  Formyl-CoA transferase  35.71 
 
 
402 aa  244  2e-63  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.36601  normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0114  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  37.96 
 
 
381 aa  244  2e-63  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.112349 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0849  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  34.87 
 
 
433 aa  243  3e-63  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6977  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  35.86 
 
 
397 aa  244  3e-63  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.862151  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2206  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  38.73 
 
 
415 aa  244  3e-63  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.0738352 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0289  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  37.07 
 
 
409 aa  243  4e-63  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.158157  normal  0.780487 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1814  CAIB/BAIF family protein  36.97 
 
 
544 aa  243  5e-63  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  decreased coverage  0.00543882  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0159  CAIB/BAIF family protein  34.32 
 
 
406 aa  243  6e-63  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  unclonable  8.39359e-05  hitchhiker  9.73372e-05 
 
 
-
 
NC_009376  Pars_0642  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  34.68 
 
 
395 aa  243  6e-63  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  0.440176  normal 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0704  CAIB/BAIF family protein  37.53 
 
 
406 aa  242  7e-63  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.504433  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1422  CAIB/BAIF family protein  36.97 
 
 
568 aa  242  7e-63  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.498676  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0456  CAIB/BAIF family protein  37.53 
 
 
406 aa  242  7e-63  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.367298  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1310  Alpha-methylacyl-CoA racemase  35.56 
 
 
406 aa  242  7e-63  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1658  CAIB/BAIF family protein  37.53 
 
 
406 aa  242  7e-63  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0837995  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0894  CAIB/BAIF family protein  36.97 
 
 
577 aa  242  7e-63  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.846716  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3093  Formyl-CoA transferase  36.25 
 
 
402 aa  242  8e-63  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.0159656  normal  0.100643 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3791  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  36.76 
 
 
407 aa  242  8e-63  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1635  CAIB/BAIF family protein  37.53 
 
 
406 aa  242  8e-63  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0382163  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0846  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  36.08 
 
 
415 aa  242  1e-62  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_5013  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  36.27 
 
 
406 aa  242  1e-62  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0417063  normal  0.0551154 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3269  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  37.97 
 
 
368 aa  242  1e-62  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1386  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  36.78 
 
 
406 aa  241  2e-62  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.331191  normal  0.197084 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2662  CAIB/BAIF family protein  37.53 
 
 
406 aa  241  2e-62  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  decreased coverage  1.46578e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3621  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  35.56 
 
 
388 aa  241  2e-62  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
BN001302  ANIA_10503  conserved hypothetical protein  34.77 
 
 
442 aa  241  2e-62  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.0354311  normal  0.124736 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0830  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  34.81 
 
 
406 aa  241  2e-62  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0441069  normal  0.0516739 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0899  Formyl-CoA transferase  35.47 
 
 
427 aa  240  3e-62  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3300  acyl-CoA transferase/carnitine dehydratase  36.95 
 
 
389 aa  239  5e-62  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.217224 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>