More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bamb_5913 on replicon NC_008392
Organism: Burkholderia ambifaria AMMD



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008392  Bamb_5913  shikimate 5-dehydrogenase  100 
 
 
304 aa  592  1e-168  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.705052  decreased coverage  0.00175054 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_38080  shikimate 5-dehydrogenase  58.52 
 
 
284 aa  264  1e-69  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.797056  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_03020  shikimate 5-dehydrogenase  59.63 
 
 
284 aa  263  3e-69  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000201937 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0329  shikimate 5-dehydrogenase  58.52 
 
 
278 aa  261  7e-69  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.24235  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4903  shikimate 5-dehydrogenase  53.65 
 
 
284 aa  258  1e-67  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2348  shikimate 5-dehydrogenase, putative  53.14 
 
 
284 aa  255  8e-67  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.43472  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2132  shikimate 5-dehydrogenase  53.14 
 
 
284 aa  253  2e-66  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.123171  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2040  shikimate 5-dehydrogenase  54.07 
 
 
282 aa  246  3e-64  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.842464 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2406  shikimate 5-dehydrogenase  53.33 
 
 
282 aa  244  1e-63  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3289  shikimate 5-dehydrogenase  53.33 
 
 
282 aa  243  3e-63  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.618073 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4664  shikimate 5-dehydrogenase  52.38 
 
 
284 aa  243  4e-63  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.589898  normal  0.583924 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1912  shikimate 5-dehydrogenase  52.96 
 
 
282 aa  241  7e-63  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.820542  normal  0.253219 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1897  shikimate 5-dehydrogenase  55.13 
 
 
284 aa  235  8e-61  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0580  shikimate 5-dehydrogenase  55.13 
 
 
284 aa  234  1e-60  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0483  shikimate 5-dehydrogenase  55.13 
 
 
284 aa  234  1e-60  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0850  shikimate 5-dehydrogenase  55.13 
 
 
284 aa  234  1e-60  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1754  shikimate 5-dehydrogenase  55.13 
 
 
284 aa  234  2e-60  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.198827  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0893  shikimate 5-dehydrogenase  55.13 
 
 
284 aa  234  2e-60  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.171328  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_2208  shikimate 5-dehydrogenase  55.13 
 
 
284 aa  234  2e-60  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4569  shikimate 5-dehydrogenase  50.55 
 
 
304 aa  233  2e-60  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.988976  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0118  shikimate 5-dehydrogenase  53.24 
 
 
291 aa  231  2e-59  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.758312  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2057  shikimate 5-dehydrogenase  53.85 
 
 
284 aa  230  2e-59  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3420  shikimate 5-dehydrogenase  52.99 
 
 
289 aa  230  2e-59  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0516943  normal  0.167185 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5192  shikimate 5-dehydrogenase  50.95 
 
 
284 aa  228  7e-59  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.746305 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5303  shikimate 5-dehydrogenase  50.95 
 
 
284 aa  226  2e-58  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.0352079 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4965  shikimate 5-dehydrogenase  50.95 
 
 
284 aa  226  2e-58  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.0261415 
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2374  shikimate 5-dehydrogenase  53.68 
 
 
289 aa  227  2e-58  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3064  shikimate 5-dehydrogenase  50.95 
 
 
284 aa  226  2e-58  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0345  shikimate 5-dehydrogenase  51.71 
 
 
284 aa  221  2e-56  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.916967  normal  0.720007 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0884  shikimate 5-dehydrogenase  49.43 
 
 
296 aa  219  5e-56  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1590  shikimate 5-dehydrogenase  50.56 
 
 
276 aa  217  2e-55  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.494855  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RSp1398  shikimate 5-dehydrogenase  53.68 
 
 
315 aa  214  2e-54  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  hitchhiker  0.000150041  normal  0.643629 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5698  shikimate 5-dehydrogenase  48.36 
 
 
299 aa  210  2e-53  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.341043  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3465  shikimate 5-dehydrogenase  45.71 
 
 
286 aa  204  2e-51  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.259749  normal 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5454  shikimate 5-dehydrogenase  46.15 
 
 
289 aa  201  1e-50  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.558316  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2247  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  51.64 
 
 
292 aa  198  7e-50  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.261853  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3856  shikimate 5-dehydrogenase  48.2 
 
 
293 aa  198  9e-50  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5094  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain-containing protein  48.12 
 
 
310 aa  197  2e-49  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal  0.0348844 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4426  shikimate 5-dehydrogenase  45.42 
 
 
289 aa  196  5e-49  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_4080  shikimate 5-dehydrogenase  47.62 
 
 
293 aa  193  4e-48  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6119  shikimate 5-dehydrogenase  47.49 
 
 
293 aa  185  1e-45  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.288801 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4753  shikimate 5-dehydrogenase  46.76 
 
 
285 aa  177  2e-43  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.236468  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0120  shikimate 5-dehydrogenase  43.7 
 
 
296 aa  155  7e-37  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.115547  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0293  shikimate dehydrogenase  37.41 
 
 
288 aa  147  3e-34  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3919  shikimate dehydrogenase substrate binding subunit  33.33 
 
 
289 aa  144  2e-33  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.509677  normal 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1653  shikimate 5-dehydrogenase  30.86 
 
 
268 aa  137  2e-31  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1688  shikimate 5-dehydrogenase  30.86 
 
 
268 aa  137  2e-31  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.8714  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2895  shikimate 5-dehydrogenase  38.81 
 
 
279 aa  137  2e-31  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0777149  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1234  shikimate 5-dehydrogenase  38.81 
 
 
279 aa  137  3e-31  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_05960  shikimate 5-dehydrogenase  32.88 
 
 
289 aa  136  5e-31  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP1163  shikimate 5-dehydrogenase  28.25 
 
 
269 aa  135  6e-31  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.33376  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3572  shikimate 5-dehydrogenase  36.59 
 
 
284 aa  135  7e-31  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.162128  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2671  shikimate 5-dehydrogenase  38.43 
 
 
279 aa  134  2e-30  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.134722  normal  0.358722 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2860  shikimate 5-dehydrogenase  34.59 
 
 
276 aa  134  2e-30  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.928598  normal  0.516476 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0993  shikimate 5-dehydrogenase  37.5 
 
 
276 aa  134  2e-30  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0183  shikimate 5-dehydrogenase  31.05 
 
 
280 aa  133  3e-30  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0743  shikimate 5-dehydrogenase  29.68 
 
 
280 aa  133  3e-30  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.738673  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0450  shikimate 5-dehydrogenase  28.62 
 
 
278 aa  133  3e-30  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  0.0121036  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1819  shikimate 5-dehydrogenase  41.18 
 
 
271 aa  134  3e-30  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.302994  normal  0.244145 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0708  shikimate dehydrogenase  37.41 
 
 
295 aa  133  4e-30  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1303  shikimate 5-dehydrogenase  30.53 
 
 
279 aa  133  4e-30  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00894856  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4185  shikimate 5-dehydrogenase  34.66 
 
 
277 aa  132  7e-30  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.263341  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4080  shikimate 5-dehydrogenase  33.46 
 
 
277 aa  131  1e-29  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1719  shikimate 5-dehydrogenase  30.69 
 
 
279 aa  130  2e-29  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.049913  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0524  shikimate 5-dehydrogenase  33.79 
 
 
290 aa  131  2e-29  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4561  shikimate 5-dehydrogenase  33.46 
 
 
308 aa  130  2e-29  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.120804  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4070  shikimate 5-dehydrogenase  33.46 
 
 
277 aa  130  2e-29  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.000710125  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_06560  shikimate 5-dehydrogenase  33.68 
 
 
291 aa  131  2e-29  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0663  shikimate 5-dehydrogenase  31.69 
 
 
294 aa  130  3e-29  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2226  shikimate 5-dehydrogenase  38.6 
 
 
269 aa  130  3e-29  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.584439  normal 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4356  shikimate 5-dehydrogenase  33.46 
 
 
277 aa  130  3e-29  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  0.110727 
 
 
-
 
NC_005945  BAS4232  shikimate 5-dehydrogenase  33.46 
 
 
277 aa  130  4e-29  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0854  shikimate dehydrogenase  31.11 
 
 
298 aa  129  6e-29  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4415  shikimate 5-dehydrogenase  33.94 
 
 
277 aa  129  6e-29  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0148  shikimate 5-dehydrogenase  38.66 
 
 
297 aa  129  8e-29  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0783  shikimate 5-dehydrogenase  33.33 
 
 
277 aa  127  2e-28  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.000231913  hitchhiker  4.96147e-05 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1797  shikimate 5-dehydrogenase  35.66 
 
 
295 aa  127  2e-28  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.910555  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0196  shikimate 5-dehydrogenase  38.11 
 
 
278 aa  128  2e-28  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3450  shikimate 5-dehydrogenase  36.84 
 
 
278 aa  127  3e-28  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2458  shikimate 5-dehydrogenase  33.58 
 
 
277 aa  126  4e-28  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  1.34489e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2830  shikimate dehydrogenase  37.04 
 
 
289 aa  126  5e-28  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.0523448 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1503  shikimate 5-dehydrogenase  34.08 
 
 
284 aa  126  6e-28  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4454  shikimate 5-dehydrogenase  32.96 
 
 
277 aa  126  6e-28  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.809096  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4467  shikimate 5-dehydrogenase  32.35 
 
 
277 aa  125  7e-28  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00323757  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0253  shikimate 5-dehydrogenase  28.52 
 
 
284 aa  125  9e-28  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  0.624987  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3919  shikimate 5-dehydrogenase  35.94 
 
 
283 aa  125  1e-27  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3060  shikimate 5-dehydrogenase  33.21 
 
 
277 aa  125  1e-27  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.445957  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3537  shikimate 5-dehydrogenase  34.3 
 
 
295 aa  122  9e-27  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.784567  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0693  shikimate 5-dehydrogenase  29.92 
 
 
271 aa  121  1e-26  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.324204  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1345  quinate/shikimate 5-dehydrogenase  34.69 
 
 
287 aa  121  2e-26  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.786263  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1302  shikimate 5-dehydrogenase  36.36 
 
 
280 aa  120  2e-26  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.516899 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0693  shikimate 5-dehydrogenase  29.43 
 
 
271 aa  121  2e-26  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.0110194  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1809  shikimate dehydrogenase  35.74 
 
 
280 aa  120  3e-26  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2746  shikimate 5-dehydrogenase  33.45 
 
 
288 aa  120  4e-26  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.0290691  normal  0.306598 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0923  shikimate dehydrogenase  33.7 
 
 
280 aa  119  7e-26  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3109  shikimate 5-dehydrogenase  34.48 
 
 
286 aa  119  7e-26  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_2790  shikimate 5-dehydrogenase  38.1 
 
 
280 aa  119  8e-26  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_06730  shikimate 5-dehydrogenase  29.17 
 
 
244 aa  119  8e-26  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_12500  shikimate 5-dehydrogenase  32.73 
 
 
292 aa  118  1e-25  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4803  shikimate 5-dehydrogenase  35.98 
 
 
278 aa  118  1e-25  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.742777  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>