More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bamb_5910 on replicon NC_008392
Organism: Burkholderia ambifaria AMMD



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008392  Bamb_5910  LuxR family transcriptional regulator  100 
 
 
237 aa  493  1e-138  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0531603  decreased coverage  0.00148471 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2729  ATP-dependent transcription regulator LuxR  52.12 
 
 
241 aa  256  1e-67  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0930619  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0641  ATP-dependent transcription regulator LuxR  52.12 
 
 
241 aa  256  1e-67  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0312274  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2371  ATP-dependent transcription regulator LuxR  52.12 
 
 
241 aa  256  1e-67  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.440892  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2672  ATP-dependent transcription regulator LuxR  52.12 
 
 
241 aa  256  1e-67  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2915  ATP-dependent transcription regulator LuxR  52.12 
 
 
237 aa  256  2e-67  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.454836  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1817  ATP-dependent transcription regulator LuxR  52.54 
 
 
241 aa  256  2e-67  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.985291  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1686  ATP-dependent transcription regulator LuxR  52.12 
 
 
237 aa  256  2e-67  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0643903  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2798  ATP-dependent transcription regulator LuxR  52.12 
 
 
237 aa  256  2e-67  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.675669  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS01929  transcriptional activator of quorum sensing autoinducer synthesis transcription regulator protein  46.22 
 
 
248 aa  226  3e-58  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.746701 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1997  autoinducer-binding transcriptional regulator, LuxR family  41.95 
 
 
237 aa  204  1e-51  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.448669  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1664  transcriptional regulator, LuxR family  41.95 
 
 
237 aa  204  1e-51  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal  0.888844 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0963  transcriptional regulator, LuxR family  38.63 
 
 
237 aa  197  1e-49  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.27907  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5809  transcriptional regulator, LuxR family  41.1 
 
 
235 aa  191  1e-47  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.962539  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1345  N-acyl homoserine lactone transcriptional regulator  38.2 
 
 
239 aa  181  7e-45  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0962  autoinducer-binding transcriptional regulator BpsR  38.2 
 
 
239 aa  181  7e-45  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1295  autoinducer-binding transcriptional regulator BpsR  38.2 
 
 
239 aa  181  7e-45  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.312538  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2485  BpsR  38.2 
 
 
239 aa  181  7e-45  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1223  autoinducer-binding transcriptional regulator BpsR  38.2 
 
 
239 aa  181  7e-45  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0607  autoinducer-binding transcriptional regulator BpsR  38.2 
 
 
239 aa  181  7e-45  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.83559  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0329  autoinducer-binding transcriptional regulator BpsR  38.2 
 
 
239 aa  181  7e-45  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1510  ATP-dependent transcription regulator LuxR  38.2 
 
 
239 aa  181  9e-45  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.08907  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4116  LuxR family transcriptional regulator  38.94 
 
 
239 aa  175  6e-43  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0201758  hitchhiker  0.00877352 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4581  LuxR family transcriptional regulator  38.5 
 
 
239 aa  171  7e-42  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  hitchhiker  1.41763e-06  hitchhiker  8.9809e-06 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5699  LuxR family transcriptional regulator  36.44 
 
 
239 aa  171  9e-42  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.0607724 
 
 
-
 
NC_003295  RSc3287  transcriptional activator SOLR transcription regulator protein  35.59 
 
 
236 aa  171  1e-41  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.840181  normal 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1652  ATP-dependent transcription regulator LuxR  37.29 
 
 
234 aa  168  6e-41  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.643432  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1231  ATP-dependent transcription regulator LuxR  37.71 
 
 
234 aa  168  6e-41  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.681253  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0142  N-acyl-homoserine lactone dependent regulatory protein  37.29 
 
 
234 aa  168  6e-41  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0163426  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1570  ATP-dependent transcription regulator LuxR  37.29 
 
 
236 aa  168  6e-41  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.778317  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3971  LuxR family transcriptional regulator  39.21 
 
 
239 aa  168  7e-41  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  hitchhiker  0.000126265  normal  0.0321799 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1052  LuxR family transcriptional regulator  38.33 
 
 
239 aa  166  3e-40  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  4.45716e-09  normal  0.182523 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5576  LuxR family transcriptional regulator  37.61 
 
 
239 aa  166  4e-40  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  hitchhiker  1.2464e-05  normal  0.015154 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3643  LuxR family transcriptional regulator  37.61 
 
 
239 aa  166  4e-40  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  hitchhiker  0.00106494  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4724  LuxR family transcriptional regulator  37.61 
 
 
239 aa  166  4e-40  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.000522863  hitchhiker  0.00659366 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0183  LuxR family transcriptional regulator  38.05 
 
 
235 aa  163  2e-39  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.0816251  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_39980  putative transcriptional regulator  35.45 
 
 
237 aa  163  2e-39  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004310  BR0190  LuxR family transcriptional regulator  38.05 
 
 
235 aa  163  2e-39  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.195449  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3386  putative transcriptional regulator  35.45 
 
 
237 aa  159  2e-38  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.247592  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0198  autoinducer-binding domain-containing protein  34.48 
 
 
235 aa  150  2e-35  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  decreased coverage  1.29067e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3180  LuxR family transcriptional regulator  38.54 
 
 
237 aa  146  2e-34  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.100011 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4980  LuxR family transcriptional regulator  38.54 
 
 
237 aa  146  2e-34  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4299  LuxR family transcriptional regulator  38.54 
 
 
237 aa  146  2e-34  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.190696 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6040  LuxR family transcriptional regulator  37.1 
 
 
228 aa  145  7e-34  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.917081 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5810  LuxR family transcriptional regulator  37.1 
 
 
228 aa  145  7e-34  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.809704  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2015  DNA-binding transcriptional activator SdiA  33.76 
 
 
240 aa  143  2e-33  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  2.84169e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1723  DNA-binding transcriptional activator SdiA  33.76 
 
 
240 aa  143  2e-33  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.00781439  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2150  DNA-binding transcriptional activator SdiA  33.76 
 
 
240 aa  143  3e-33  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000560081  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1044  DNA-binding transcriptional activator SdiA  33.76 
 
 
240 aa  143  3e-33  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.000369866  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1266  DNA-binding transcriptional activator SdiA  33.33 
 
 
240 aa  141  8e-33  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.00315864  hitchhiker  0.00193945 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2690  DNA-binding transcriptional activator SdiA  32.91 
 
 
240 aa  140  1e-32  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.0029365  normal  0.0383701 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1730  transcriptional regulator, LuxR family  32.91 
 
 
240 aa  140  2e-32  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  5.57622e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0791  LuxR family transcriptional regulator  31.78 
 
 
236 aa  136  3e-31  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0904596  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_19120  transcriptional regulator RhlR  33.48 
 
 
241 aa  133  3e-30  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.420854  normal  0.170234 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2503  DNA-binding transcriptional activator SdiA  30.47 
 
 
240 aa  131  8e-30  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.000339648  normal  0.514976 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1649  transcriptional regulator RhlR  33.78 
 
 
224 aa  129  4e-29  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.458186  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4641  LuxR family transcriptional regulator  29.49 
 
 
235 aa  127  2e-28  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.226579  normal 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1681  ATP-dependent transcription regulator LuxR  32.92 
 
 
238 aa  126  3e-28  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4509  autoinducer-binding domain-containing protein  29.06 
 
 
235 aa  125  4e-28  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4647  LuxR family transcriptional regulator  29.06 
 
 
279 aa  123  2e-27  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1293  DNA-binding transcriptional activator SdiA  29.49 
 
 
240 aa  122  4e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.746399  hitchhiker  2.02879e-05 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1170  DNA-binding transcriptional activator SdiA  29.49 
 
 
240 aa  122  4e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0141324  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2106  DNA-binding transcriptional activator SdiA  29.49 
 
 
240 aa  122  4e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.010871 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2112  DNA-binding transcriptional activator SdiA  29.49 
 
 
240 aa  122  4e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.722664  hitchhiker  5.95752e-14 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2165  DNA-binding transcriptional activator SdiA  29.49 
 
 
240 aa  122  4e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0921825  hitchhiker  2.0452e-07 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2417  LuxR family transcriptional regulator  34.04 
 
 
244 aa  116  2e-25  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2087  ATP-dependent transcription regulator LuxR  33.48 
 
 
425 aa  108  8e-23  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.417065  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0444  ATP-dependent transcription regulator LuxR  33.33 
 
 
238 aa  108  1e-22  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.853961  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0542  ATP-dependent transcription regulator LuxR  33.33 
 
 
238 aa  108  1e-22  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0854  ATP-dependent transcription regulator LuxR  33.33 
 
 
238 aa  108  1e-22  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.777865  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_2171  ATP-dependent transcription regulator LuxR  33.33 
 
 
238 aa  108  1e-22  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0944598  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1443  ATP-dependent transcription regulator LuxR  33.33 
 
 
238 aa  108  1e-22  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1833  LuxR family transcriptional regulator  30.88 
 
 
238 aa  107  2e-22  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.873673  normal 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1863  ATP-dependent transcription regulator LuxR  32.61 
 
 
394 aa  106  4e-22  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  hitchhiker  0.00465528  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4277  transcriptional regulator, LuxR family  34.05 
 
 
234 aa  101  1e-20  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.343912 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0610  LuxR family transcriptional regulator  33.91 
 
 
234 aa  101  1e-20  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.317613 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4889  LuxR family transcriptional regulator  27.43 
 
 
235 aa  99.8  4e-20  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.672367  normal 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0965  transcriptional activator protein LuxR  26.72 
 
 
248 aa  97.1  2e-19  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.266935  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4439  LuxR family transcriptional regulator  32.6 
 
 
234 aa  94.4  1e-18  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3810  LuxR family transcriptional regulator  32.02 
 
 
242 aa  91.7  1e-17  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0418  LuxR family transcriptional regulator  36.06 
 
 
242 aa  90.1  3e-17  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3796  LuxR family transcriptional regulator  27.27 
 
 
237 aa  89  6e-17  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00301827 
 
 
-
 
NC_010514  Mrad2831_6378  LuxR family transcriptional regulator  33.7 
 
 
248 aa  87.8  1e-16  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3898  transcriptional regulator LasR  27.07 
 
 
239 aa  88.2  1e-16  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.219668  n/a   
 
 
-
 
NC_010517  Mrad2831_6408  LuxR family transcriptional regulator  33.7 
 
 
248 aa  87.8  1e-16  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_45960  transcriptional regulator LasR  27.07 
 
 
239 aa  87  2e-16  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0127  transcriptional regulator, LuxR family  25.47 
 
 
236 aa  85.5  7e-16  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5040  LuxR family transcriptional regulator  26.81 
 
 
229 aa  84.7  1e-15  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.350334  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0323  transcriptional regulator, LuxR family  34.41 
 
 
243 aa  84.7  1e-15  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0460  transcriptional regulator, LuxR family  31.35 
 
 
253 aa  84.7  1e-15  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.343765 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5725  DNA-binding HTH domain-containing protein  28.11 
 
 
307 aa  84  2e-15  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  unclonable  0.000726612  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5762  LuxR family transcriptional regulator  29.24 
 
 
242 aa  83.6  2e-15  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.225342  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1513  LuxR family transcriptional regulator  34.57 
 
 
246 aa  83.2  3e-15  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  4.93267e-08  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1442  transcriptional regulator, LuxR family  25.63 
 
 
245 aa  82.8  4e-15  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.600459  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0402  regulatory protein, LuxR  34.62 
 
 
242 aa  82.4  6e-15  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2928  transcriptional regulator, LuxR family  29.22 
 
 
241 aa  81.3  1e-14  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.258432  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3863  transcriptional regulator PsyR  27.05 
 
 
247 aa  81.6  1e-14  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.831721  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1836  transcriptional regulator, LuxR family  26.26 
 
 
245 aa  81.3  1e-14  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.28867  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0359  LuxR family transcriptional regulator  33.51 
 
 
248 aa  79.7  3e-14  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.870907  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1758  autoinducer-binding domain-containing protein  29.65 
 
 
233 aa  79.3  4e-14  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>