More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bamb_5908 on replicon NC_008392
Organism: Burkholderia ambifaria AMMD



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008392  Bamb_5908  porin  100 
 
 
357 aa  709  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.359102  decreased coverage  0.00179215 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5685  porin  98.32 
 
 
357 aa  699  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.523942  normal  0.0446871 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6317  outer membrane protein, (porin)  56.72 
 
 
358 aa  367  1e-100  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2878  porin  55.52 
 
 
358 aa  357  2e-97  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.636826 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3015  porin  55.22 
 
 
358 aa  356  3e-97  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2963  porin  55.26 
 
 
358 aa  356  4e-97  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2354  porin  55.56 
 
 
358 aa  355  7e-97  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.296881  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2988  porin  55.56 
 
 
358 aa  355  7e-97  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2968  porin  55.56 
 
 
358 aa  355  7e-97  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0305  outer membrane porin  54.73 
 
 
358 aa  353  3e-96  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.460177  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0343  outer membrane porin  54.05 
 
 
358 aa  343  2e-93  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0534  putative outer membrane porin protein precursor  53.75 
 
 
387 aa  341  1e-92  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0511105  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0355  outer membrane porin  53.75 
 
 
358 aa  341  1e-92  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.17583  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0429  porin Gram-negative type  52.87 
 
 
361 aa  339  4e-92  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.568653 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4279  OmpC family outer membrane porin  51.36 
 
 
361 aa  333  3e-90  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.115808 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0154  porin  50 
 
 
367 aa  327  2e-88  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.167447  normal  0.122543 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1469  outer membrane protein (porin)-like  49 
 
 
360 aa  323  3e-87  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.00910235  normal  0.207544 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0804  OmpC family outer membrane porin  46.78 
 
 
363 aa  307  2e-82  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.554989  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1939  porin Gram-negative type  50.15 
 
 
356 aa  304  1e-81  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.173023  normal  0.0269425 
 
 
-
 
NC_003296  RS00714  porin precursor transmembrane protein  50.45 
 
 
351 aa  302  6e-81  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  decreased coverage  0.000654265  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0880  porin  49.12 
 
 
361 aa  302  7e-81  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0359628  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2262  porin Gram-negative type  49.24 
 
 
356 aa  300  2e-80  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.865753  normal 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4796  porin Gram-negative type  48.95 
 
 
352 aa  300  3e-80  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.0944571 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3719  porin Gram-negative type  48.95 
 
 
352 aa  300  3e-80  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0865217  normal  0.777538 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2439  porin  43.53 
 
 
359 aa  282  8e-75  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3020  outer membrane protein (porin)  42.14 
 
 
365 aa  243  4e-63  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.377594 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4258  porin  42.98 
 
 
344 aa  238  1e-61  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0937831  hitchhiker  0.000204948 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0153  porin Gram-negative type  41.46 
 
 
344 aa  233  6e-60  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0438  OmpC family outer membrane porin  40.56 
 
 
344 aa  228  1e-58  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.513218  normal  0.842946 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3229  porin  39.11 
 
 
357 aa  214  1e-54  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.484687 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4931  porin  39.11 
 
 
357 aa  214  1e-54  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6266  porin  39.58 
 
 
357 aa  209  8e-53  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1564  porin  39.58 
 
 
357 aa  209  8e-53  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.247151  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6742  porin  39.29 
 
 
357 aa  207  2e-52  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5435  porin precursor transmembrane protein  44.88 
 
 
332 aa  206  7e-52  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2452  porin Gram-negative type  39.94 
 
 
340 aa  200  3e-50  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1795  porin  39.44 
 
 
362 aa  197  2e-49  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1479  porin Gram-negative type  38.18 
 
 
341 aa  192  8e-48  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1125  porin  37.46 
 
 
341 aa  186  8e-46  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2920  porin  36.04 
 
 
342 aa  181  2e-44  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.281008 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7659  outer membrane protein (porin)  38.97 
 
 
340 aa  179  9e-44  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.24829  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0650  porin  34.68 
 
 
369 aa  124  2e-27  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  unclonable  3.49197e-07  normal  0.162286 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0649  porin  31.87 
 
 
344 aa  124  4e-27  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  hitchhiker  0.000220947  normal  0.240142 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1041  OmpC family outer membrane porin  34.52 
 
 
358 aa  122  1e-26  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  decreased coverage  0.000439487  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3532  porin  33.43 
 
 
350 aa  119  9e-26  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.869887 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2582  porin  34.47 
 
 
400 aa  114  2e-24  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3194  porin  34.92 
 
 
380 aa  113  5e-24  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.809666  normal 
 
 
-
 
NC_003296  RS05376  porin signal peptide protein  32.54 
 
 
368 aa  112  9e-24  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.0326647 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2708  porin  34.21 
 
 
400 aa  110  3e-23  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1102  outer membrane protein (porin)  32.57 
 
 
359 aa  110  3e-23  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.243207 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0527  porin  32.72 
 
 
352 aa  110  4e-23  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  hitchhiker  0.0023989  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0148  outer membrane protein (porin)  33.75 
 
 
350 aa  110  4e-23  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.268856 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0768  OmpC family outer membrane porin  34.25 
 
 
393 aa  110  4e-23  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7084  outer membrane protein (porin)  32.85 
 
 
394 aa  110  5e-23  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5510  porin  33.13 
 
 
350 aa  109  9e-23  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5351  porin  33.13 
 
 
350 aa  109  9e-23  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0528  porin  30.72 
 
 
338 aa  108  1e-22  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  unclonable  4.23032e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2270  outer membrane porin OpcP  32.35 
 
 
386 aa  108  1e-22  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.272228  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1266  porin  31.39 
 
 
386 aa  108  1e-22  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.162269 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1240  porin  31.39 
 
 
386 aa  108  1e-22  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.382217  n/a   
 
 
-
 
NC_007971  Rmet_5974  porin OmpC  33.44 
 
 
355 aa  107  2e-22  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0182107  normal  0.0474626 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4571  porin  33.23 
 
 
359 aa  107  2e-22  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.442786  hitchhiker  3.61687e-05 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0477  porin  33.62 
 
 
385 aa  108  2e-22  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4327  porin  32.48 
 
 
380 aa  107  2e-22  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.872591 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4106  porin  33.23 
 
 
359 aa  108  2e-22  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.437968  normal  0.0586067 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4039  porin  32.57 
 
 
379 aa  108  2e-22  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0993774  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1937  porin  31.12 
 
 
386 aa  107  2e-22  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.0139631 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0452  porin  33.62 
 
 
385 aa  107  2e-22  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.14543  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1756  porin Gram-negative type  33.44 
 
 
355 aa  107  2e-22  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.448713 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3742  porin  33.24 
 
 
380 aa  107  4e-22  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.40751  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3117  porin  31.79 
 
 
360 aa  107  4e-22  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.482889  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4712  porin  32.75 
 
 
359 aa  107  4e-22  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.875326  normal  0.163784 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4762  porin  33.44 
 
 
350 aa  107  4e-22  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.821427  normal  0.658294 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3655  porin  32.75 
 
 
359 aa  107  4e-22  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.228307  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0370  OmpC family outer membrane porin  30.64 
 
 
389 aa  106  5e-22  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.166204  normal 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1728  porin  32.67 
 
 
363 aa  106  8e-22  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5588  porin  32.39 
 
 
359 aa  105  1e-21  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00406297 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4740  porin Gram-negative type  32.93 
 
 
390 aa  105  1e-21  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.146924  normal  0.780423 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2933  putative porin signal peptide protein  34.92 
 
 
379 aa  105  1e-21  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6067  porin  32.65 
 
 
362 aa  105  1e-21  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0168259  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4216  porin  33.43 
 
 
380 aa  105  1e-21  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.951814  normal  0.390513 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6618  porin Gram-negative type  32.51 
 
 
350 aa  105  1e-21  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2273  outer membrane porin protein  32.39 
 
 
449 aa  105  1e-21  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0875  porin  31.22 
 
 
386 aa  104  2e-21  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0947  outer membrane porin  32.39 
 
 
363 aa  105  2e-21  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.651765  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3536  outer membrane porin  32.85 
 
 
386 aa  104  2e-21  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1237  porin  32.85 
 
 
394 aa  104  2e-21  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1342  putative outer membrane porin  32.85 
 
 
386 aa  104  2e-21  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6595  porin  32.85 
 
 
394 aa  104  2e-21  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.924404  normal  0.0790344 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0109  putative outer membrane porin  32.39 
 
 
363 aa  105  2e-21  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5679  porin Gram-negative type  31.55 
 
 
361 aa  105  2e-21  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.841044 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1032  outer membrane porin  32.39 
 
 
363 aa  105  2e-21  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1505  putative outer membrane porin  32.39 
 
 
363 aa  105  2e-21  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0794813  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1338  porin  31.22 
 
 
386 aa  105  2e-21  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.490298  normal  0.0334295 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5359  porin  31.56 
 
 
376 aa  105  2e-21  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.292845  normal  0.581333 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3798  porin  33.14 
 
 
375 aa  105  2e-21  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.0973702 
 
 
-
 
NC_006348  BMA2562  outer membrane porin, putative  32.85 
 
 
386 aa  104  2e-21  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.98462  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4500  outer membrane protein, (porin)  30.66 
 
 
386 aa  104  2e-21  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.048827  normal 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3561  outer membrane porin  32.85 
 
 
386 aa  104  2e-21  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1131  porin  32.39 
 
 
363 aa  105  2e-21  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>