40 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bamb_5902 on replicon NC_008392
Organism: Burkholderia ambifaria AMMD



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010557  BamMC406_5679  Rossmann fold nucleotide-binding protein-like protein  100 
 
 
186 aa  370  1e-102  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  decreased coverage  9.03991e-07  normal  0.0372691 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5902  Rossmann fold nucleotide-binding protein-like protein  100 
 
 
186 aa  370  1e-102  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  decreased coverage  0.000787864  hitchhiker  0.00615481 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7577  Rossmann fold nucleotide-binding protein-like  60.69 
 
 
199 aa  212  3e-54  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6105  Rossmann fold nucleotide-binding protein-like protein  57.58 
 
 
201 aa  202  3e-51  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5741  Rossmann fold nucleotide-binding protein-like  57.58 
 
 
201 aa  202  3e-51  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6587  Rossmann fold nucleotide-binding protein-like protein  58.02 
 
 
175 aa  198  4e-50  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.237459  normal  0.0554296 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1458  Rossmann fold nucleotide-binding protein  36.81 
 
 
165 aa  66.2  3e-10  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2145  Rossmann fold nucleotide-binding protein  36.97 
 
 
161 aa  60.5  1e-08  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3460  MCP1; molybdenum cofactor carrier protein  37.32 
 
 
163 aa  58.5  5e-08  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2644  P450 cytochrome, putative  37.32 
 
 
163 aa  58.5  5e-08  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_1012  hypothetical protein  28.3 
 
 
157 aa  56.2  2e-07  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.535443  normal  0.791776 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4521  P450 cytochrome, putative  37.76 
 
 
165 aa  53.9  1e-06  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.136581 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2411  hypothetical protein  31.33 
 
 
176 aa  52.8  3e-06  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal  0.19576 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1549  P450 cytochrome, putative  35.42 
 
 
161 aa  51.6  7e-06  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.30378  normal 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_1965  hypothetical protein  32.03 
 
 
148 aa  49.3  4e-05  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.31453  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0569  Rossmann fold nucleotide-binding protein-like protein  28.78 
 
 
162 aa  47.4  0.0001  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  hitchhiker  0.00359855  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1584  hypothetical protein  32.41 
 
 
162 aa  47.4  0.0001  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.0315966  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0411  hypothetical protein  30.77 
 
 
157 aa  47  0.0002  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal  0.556194 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_0814  hypothetical protein  28.35 
 
 
146 aa  46.6  0.0002  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  normal  0.47066 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0796  hypothetical protein  31.43 
 
 
155 aa  46.6  0.0002  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2390  hypothetical protein  29.19 
 
 
245 aa  45.8  0.0003  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.311617  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0153  hypothetical protein  31.68 
 
 
156 aa  45.8  0.0003  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  normal  0.0307047 
 
 
-
 
NC_002936  DET0594  hypothetical protein  29.3 
 
 
159 aa  45.8  0.0004  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.797474  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0934  hypothetical protein  31.43 
 
 
184 aa  45.8  0.0004  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_3727  hypothetical protein  28.06 
 
 
154 aa  45.1  0.0005  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_534  hypothetical protein  26.63 
 
 
162 aa  45.1  0.0006  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_1975  hypothetical protein  28.06 
 
 
149 aa  44.7  0.0007  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0297  hypothetical protein  28.48 
 
 
240 aa  44.3  0.001  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1241  Rossmann fold nucleotide-binding protein  28.79 
 
 
198 aa  43.9  0.001  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1763  hypothetical protein  33.62 
 
 
197 aa  43.1  0.002  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.398121  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1959  hypothetical protein  33.62 
 
 
197 aa  43.1  0.002  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_1207  hypothetical protein  31.15 
 
 
197 aa  43.1  0.002  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2925  hypothetical protein  30.53 
 
 
182 aa  43.1  0.002  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.221472  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0547  acyl-CoA synthetase  29.66 
 
 
199 aa  42.7  0.003  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  normal  0.157303 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0404  hypothetical protein  29.5 
 
 
160 aa  42.4  0.003  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6911  hypothetical protein  26.15 
 
 
261 aa  42.4  0.004  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.135288  normal  0.167118 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0593  hypothetical protein  25.76 
 
 
174 aa  42.4  0.004  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0727  hypothetical protein  28.14 
 
 
247 aa  42  0.005  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2479  hypothetical protein  28.57 
 
 
158 aa  41.6  0.006  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1849  hypothetical protein  31.79 
 
 
245 aa  41.2  0.008  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>