220 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bamb_5588 on replicon NC_008392
Organism: Burkholderia ambifaria AMMD



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008392  Bamb_5588  endonuclease/exonuclease/phosphatase  100 
 
 
269 aa  536  1e-151  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.15644  normal 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6314  endonuclease/exonuclease/phosphatase  98.14 
 
 
269 aa  525  1e-148  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.0901897 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6090  endonuclease/exonuclease/phosphatase  86.69 
 
 
258 aa  433  1e-120  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.18128  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1328  endonuclease/exonuclease/phosphatase  87.55 
 
 
263 aa  428  1e-119  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.42531  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6501  endonuclease/exonuclease/phosphatase  87.55 
 
 
263 aa  428  1e-119  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.126817  normal 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5493  endonuclease/exonuclease/phosphatase  79.64 
 
 
278 aa  399  9.999999999999999e-111  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.306278  hitchhiker  0.00234729 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1972  metal-dependent hydrolase  79.49 
 
 
338 aa  346  2e-94  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1880  endonuclease/exonuclease/phosphatase family protein  79.49 
 
 
338 aa  347  2e-94  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.850381  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0408  putative endonuclease/exonuclease/phosphatase family protein  79.49 
 
 
1153 aa  343  2e-93  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.352854  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5411  endonuclease/exonuclease/phosphatase  66.23 
 
 
250 aa  287  1e-76  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.746518 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3204  endonuclease/exonuclease/phosphatase  48.33 
 
 
259 aa  191  1e-47  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1473  hypothetical protein  49.56 
 
 
273 aa  187  2e-46  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.257293  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1524  endonuclease/exonuclease/phosphatase  44.39 
 
 
228 aa  174  9.999999999999999e-43  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0239  endonuclease/exonuclease/phosphatase  41.35 
 
 
258 aa  172  5.999999999999999e-42  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.577245  normal  0.289646 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2132  endonuclease/exonuclease/phosphatase  44 
 
 
226 aa  161  1e-38  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2520  endonuclease/exonuclease/phosphatase  39.73 
 
 
232 aa  143  3e-33  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_4026  endonuclease/exonuclease/phosphatase  36.6 
 
 
265 aa  140  1.9999999999999998e-32  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0201  endonuclease/exonuclease/phosphatase  40 
 
 
264 aa  137  2e-31  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1140  endonuclease/exonuclease/phosphatase  38.39 
 
 
231 aa  136  4e-31  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3930  Endonuclease/exonuclease/phosphatase  37.4 
 
 
247 aa  135  5e-31  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.0720293 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2670  endonuclease/exonuclease/phosphatase  38.49 
 
 
260 aa  125  5e-28  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.246537  normal  0.0515035 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0472  hypothetical protein  38.43 
 
 
240 aa  118  9e-26  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2124  endonuclease/exonuclease/phosphatase  38.43 
 
 
240 aa  118  9e-26  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.908976 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1324  endonuclease/exonuclease/phosphatase  37.76 
 
 
285 aa  117  1.9999999999999998e-25  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0807274  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2394  endonuclease/exonuclease/phosphatase  37.89 
 
 
240 aa  117  1.9999999999999998e-25  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0672115  normal  0.448912 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3731  endonuclease/exonuclease/phosphatase  31.67 
 
 
243 aa  115  6e-25  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2679  endonuclease/exonuclease/phosphatase  40.5 
 
 
282 aa  115  6.9999999999999995e-25  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4697  Endonuclease/exonuclease/phosphatase  34.51 
 
 
328 aa  115  1.0000000000000001e-24  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2772  Endonuclease/exonuclease/phosphatase  40.17 
 
 
261 aa  114  2.0000000000000002e-24  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.472556  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1422  endonuclease/exonuclease/phosphatase  36.02 
 
 
235 aa  114  2.0000000000000002e-24  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal  0.329688 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2865  Endonuclease/exonuclease/phosphatase  40.17 
 
 
261 aa  114  2.0000000000000002e-24  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA1059  endonuclease/exonuclease/phosphatase family protein  37.08 
 
 
285 aa  113  3e-24  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0432754  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2363  endonuclease/exonuclease/phosphatase  36.44 
 
 
255 aa  113  3e-24  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4328  endonuclease/exonuclease/phosphatase  34.51 
 
 
328 aa  113  3e-24  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.215897  normal 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0997  endonuclease/exonuclease/phosphatase family protein  37.29 
 
 
285 aa  112  6e-24  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1916  endonuclease/exonuclease/phosphatase  35.84 
 
 
230 aa  110  2.0000000000000002e-23  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1188  Endonuclease/exonuclease/phosphatase  33.33 
 
 
837 aa  109  5e-23  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4845  Endonuclease/exonuclease/phosphatase  34.47 
 
 
283 aa  109  6e-23  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.346949  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0870  endonuclease/exonuclease/phosphatase  38.53 
 
 
287 aa  108  7.000000000000001e-23  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.282627  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01462  Endonuclease/exonuclease/phosphatase  30.67 
 
 
233 aa  108  1e-22  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2325  endonuclease/exonuclease/phosphatase  36.64 
 
 
231 aa  108  1e-22  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal  0.415298 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4045  endonuclease/exonuclease/phosphatase  34.75 
 
 
242 aa  108  1e-22  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0496  endonuclease/exonuclease/phosphatase  37.08 
 
 
246 aa  107  2e-22  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2216  Endonuclease/exonuclease/phosphatase  34.71 
 
 
243 aa  106  5e-22  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.0194229  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0846  endonuclease/exonuclease/phosphatase  35.25 
 
 
292 aa  105  8e-22  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0791  endonuclease/exonuclease/phosphatase  35.86 
 
 
808 aa  103  3e-21  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.548418  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1072  hypothetical protein  34.07 
 
 
270 aa  101  1e-20  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.348031  normal  0.384131 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6773  Endonuclease/exonuclease/phosphatase  34.31 
 
 
271 aa  99  7e-20  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.67063  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0692  endonuclease/exonuclease/phosphatase  34.45 
 
 
245 aa  99  7e-20  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.221154  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2380  endonuclease/exonuclease/phosphatase  31.05 
 
 
251 aa  97.1  3e-19  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal  0.835809 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5005  hypothetical protein  31.3 
 
 
245 aa  96.3  4e-19  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0003  endonuclease/exonuclease/phosphatase family protein  33.77 
 
 
299 aa  96.7  4e-19  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0900  endonuclease/exonuclease/phosphatase  36.08 
 
 
257 aa  95.5  9e-19  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.987325  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2799  endonuclease/exonuclease/phosphatase  32.3 
 
 
244 aa  95.1  1e-18  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1327  endonuclease/exonuclease/phosphatase  32.22 
 
 
245 aa  93.6  3e-18  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.51669  hitchhiker  0.00270426 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5868  Endonuclease/exonuclease/phosphatase  33.91 
 
 
271 aa  93.2  4e-18  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.432007  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0383  endonuclease/exonuclease/phosphatase  29.67 
 
 
266 aa  92.8  5e-18  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0606  endonuclease/exonuclease/phosphatase  32.26 
 
 
250 aa  92.4  7e-18  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.374942  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0359  Endonuclease/exonuclease/phosphatase  32.52 
 
 
248 aa  90.9  2e-17  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3760  Endonuclease/exonuclease/phosphatase  31.28 
 
 
249 aa  90.9  2e-17  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3633  endonuclease/exonuclease/phosphatase  30.43 
 
 
252 aa  90.9  2e-17  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0240015  normal 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5127  Endonuclease/exonuclease/phosphatase  31.82 
 
 
242 aa  90.1  3e-17  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.336729  normal  0.0539363 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0344  Endonuclease/exonuclease/phosphatase  32.52 
 
 
248 aa  90.5  3e-17  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5423  Endonuclease/exonuclease/phosphatase  32.37 
 
 
242 aa  89.7  4e-17  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.313531  hitchhiker  0.0062358 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0806  Endonuclease/exonuclease/phosphatase  29.34 
 
 
255 aa  89.7  4e-17  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.636912  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0877  endonuclease/exonuclease/phosphatase  29.34 
 
 
255 aa  89.7  4e-17  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.23458  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3653  Endonuclease/exonuclease/phosphatase  30.45 
 
 
249 aa  89.7  4e-17  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.477132  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0442  endonuclease/exonuclease/phosphatase  31.44 
 
 
262 aa  88.6  9e-17  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0420  endonuclease/exonuclease/phosphatase  34.76 
 
 
236 aa  88.6  1e-16  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4059  endonuclease/exonuclease/phosphatase  36.96 
 
 
260 aa  88.6  1e-16  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.67832 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5450  endonuclease/exonuclease/phosphatase  29.96 
 
 
257 aa  88.2  1e-16  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0469  hypothetical protein  30.65 
 
 
248 aa  87.8  2e-16  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.744864  normal 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3253  Endonuclease/exonuclease/phosphatase  28.63 
 
 
253 aa  87.8  2e-16  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.378001  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4016  endonuclease/exonuclease/phosphatase  30.89 
 
 
276 aa  86.7  3e-16  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000734924 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5307  Endonuclease/exonuclease/phosphatase  33.74 
 
 
244 aa  87  3e-16  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3513  Endonuclease/exonuclease/phosphatase  30.34 
 
 
236 aa  87  3e-16  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.00703913  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3278  endonuclease/exonuclease/phosphatase  30.18 
 
 
261 aa  86.3  5e-16  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2515  Endonuclease/exonuclease/phosphatase  30.88 
 
 
256 aa  86.3  5e-16  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.764021  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4120  Endonuclease/exonuclease/phosphatase  33.33 
 
 
250 aa  85.9  6e-16  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3642  Endonuclease/exonuclease/phosphatase  30.8 
 
 
249 aa  84  0.000000000000002  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.748827  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1343  Endonuclease/exonuclease/phosphatase  36.82 
 
 
279 aa  84.3  0.000000000000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.591358  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3767  endonuclease/exonuclease/phosphatase  30.74 
 
 
252 aa  83.6  0.000000000000003  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.0769557 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_21370  Endonuclease/exonuclease/phosphatase  30.83 
 
 
281 aa  83.6  0.000000000000003  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1514  Endonuclease/exonuclease/phosphatase  31.45 
 
 
246 aa  82.8  0.000000000000005  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.126297 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_36680  hypothetical protein  33.02 
 
 
245 aa  82.8  0.000000000000005  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.21271  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1281  endonuclease/exonuclease/phosphatase  32.14 
 
 
253 aa  82.4  0.000000000000006  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2877  hypothetical protein  35.04 
 
 
277 aa  81.6  0.00000000000001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.375079  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2727  Endonuclease/exonuclease/phosphatase  31.45 
 
 
246 aa  81.6  0.00000000000001  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.216689  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0008  hypothetical protein  34.05 
 
 
244 aa  81.3  0.00000000000002  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.0000000326697  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0854  endonuclease/exonuclease/phosphatase family protein  30.84 
 
 
253 aa  81.3  0.00000000000002  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2562  endonuclease/exonuclease/phosphatase family protein  30.84 
 
 
253 aa  81.3  0.00000000000002  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00757  predicted DNase  30.84 
 
 
253 aa  80.5  0.00000000000003  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2852  Endonuclease/exonuclease/phosphatase  30.84 
 
 
253 aa  80.5  0.00000000000003  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.350943  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3265  endonuclease/exonuclease/phosphatase  31.02 
 
 
257 aa  80.5  0.00000000000003  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.585826  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0938  endonuclease/exonuclease/phosphatase family protein  30.84 
 
 
253 aa  80.5  0.00000000000003  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1299  endonuclease/exonuclease/phosphatase  32.64 
 
 
252 aa  80.1  0.00000000000003  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0844  endonuclease/exonuclease/phosphatase family protein  30.84 
 
 
253 aa  80.5  0.00000000000003  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00774  hypothetical protein  30.84 
 
 
253 aa  80.5  0.00000000000003  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0813  endonuclease/exonuclease/phosphatase family protein  30.84 
 
 
253 aa  80.5  0.00000000000003  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0192282  normal  0.85473 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3150  hypothetical protein  32.86 
 
 
245 aa  80.1  0.00000000000003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.610238  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>