More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bamb_5420 on replicon NC_008391
Organism: Burkholderia ambifaria AMMD



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007005  Psyr_3769  TonB-dependent siderophore receptor  52.16 
 
 
724 aa  689  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.503702  normal  0.128914 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5036  TonB-dependent siderophore receptor  89.5 
 
 
751 aa  1327  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.549683 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2436  TonB-dependent siderophore receptor  93.54 
 
 
743 aa  1383  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.849974  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1460  TonB-dependent siderophore receptor  48.72 
 
 
712 aa  640  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0192209  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4689  TonB-dependent siderophore receptor  93 
 
 
743 aa  1365  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.141202  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3848  TonB-dependent siderophore receptor  93.54 
 
 
743 aa  1373  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.617009 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1610  TonB-dependent siderophore receptor, putative  51.29 
 
 
724 aa  677  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.317263  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1424  TonB-dependent siderophore receptor  49.85 
 
 
710 aa  660  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.550485 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3674  TonB-dependent siderophore receptor  93 
 
 
743 aa  1365  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.450242  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1847  TonB-dependent siderophore receptor  49.12 
 
 
729 aa  652  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.343723  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3864  TonB-dependent siderophore receptor  49.12 
 
 
710 aa  653  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0182976  normal  0.0196444 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3576  TonB-dependent siderophore receptor  97.71 
 
 
743 aa  1428  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.0391438 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5420  TonB-dependent siderophore receptor  100 
 
 
743 aa  1505  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  decreased coverage  0.00589363  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0150  TonB-dependent siderophore receptor  46.39 
 
 
729 aa  631  1e-179  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02690  TonB-dependent outer membrane Receptor  47.84 
 
 
704 aa  597  1e-169  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1993  TonB-dependent siderophore receptor  38.23 
 
 
719 aa  444  1e-123  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.811377  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0800  putative ferrisiderophore receptor signal peptide protein  34.24 
 
 
705 aa  337  6e-91  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1495  TonB-dependent siderophore receptor, putative  32.62 
 
 
711 aa  328  2e-88  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.454643 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2394  TonB-dependent siderophore receptor  32.1 
 
 
729 aa  328  2e-88  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0747  TonB-dependent siderophore receptor  33.38 
 
 
702 aa  310  8e-83  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.429786 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0817  TonB-dependent siderophore receptor  33.38 
 
 
702 aa  307  4e-82  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.682704 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0715  TonB-dependent siderophore receptor  31.86 
 
 
698 aa  296  1e-78  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.133381 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5029  TonB-dependent siderophore receptor  31.42 
 
 
708 aa  275  2e-72  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3345  TonB-dependent siderophore receptor  32.93 
 
 
738 aa  266  1e-69  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2864  TonB-dependent siderophore receptor  32.05 
 
 
707 aa  266  1e-69  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0225  TonB-dependent siderophore receptor  31.91 
 
 
707 aa  265  3e-69  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0243  TonB-dependent siderophore receptor  31.91 
 
 
707 aa  264  4e-69  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1104  TonB-dependent siderophore receptor  29.34 
 
 
728 aa  261  3e-68  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0413225  normal  0.151659 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4499  TonB-dependent siderophore receptor  28.88 
 
 
706 aa  246  1e-63  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.883355  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3686  TonB-dependent siderophore receptor  32.26 
 
 
754 aa  243  7e-63  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0746  TonB-dependent siderophore receptor  26.89 
 
 
774 aa  242  1e-62  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.612883  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5451  TonB-dependent siderophore receptor  30.73 
 
 
823 aa  242  1e-62  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.877438 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0972  TonB-dependent siderophore receptor  31.2 
 
 
762 aa  243  1e-62  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.804591  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2237  TonB-dependent siderophore receptor  30.81 
 
 
777 aa  241  4e-62  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0531  TonB-dependent siderophore receptor  27.74 
 
 
727 aa  239  1e-61  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.45334 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0859  TonB-dependent siderophore receptor  27.49 
 
 
716 aa  238  2e-61  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.308459  normal  0.654986 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1110  TonB-dependent siderophore receptor  29.77 
 
 
768 aa  238  2e-61  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4079  TonB-dependent siderophore receptor  27.3 
 
 
727 aa  239  2e-61  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4497  ferric siderophore receptor protein (TonB-dependent siderophore receptor)  29.65 
 
 
744 aa  235  2e-60  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00504252  normal  0.0702404 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0366  TonB-dependent siderophore receptor  27.79 
 
 
750 aa  234  6e-60  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.167728  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1736  TonB-dependent receptor protein  31.26 
 
 
737 aa  233  8e-60  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  decreased coverage  0.00567556  normal 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5891  TonB-dependent siderophore receptor  29.15 
 
 
772 aa  232  2e-59  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2186  TonB-dependent siderophore receptor  29.15 
 
 
772 aa  232  2e-59  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0434  TonB-dependent siderophore receptor  30.49 
 
 
753 aa  227  8e-58  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1088  TonB-dependent siderophore receptor  29.6 
 
 
737 aa  225  2e-57  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_39890  TonB-dependent siderophore receptor  28.08 
 
 
708 aa  225  3e-57  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.596471  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1819  TonB-dependent siderophore receptor  30.48 
 
 
742 aa  224  6e-57  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.258829  decreased coverage  0.00296293 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_26410  TonB-dependent siderophore receptor  27.72 
 
 
742 aa  223  7e-57  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3692  TonB-dependent siderophore receptor  28.53 
 
 
685 aa  223  7e-57  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.235893  normal  0.294422 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3084  TonB-dependent siderophore receptor  29.69 
 
 
819 aa  222  2e-56  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3544  TonB-dependent siderophore receptor  27.2 
 
 
727 aa  222  2e-56  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3471  TonB-dependent siderophore receptor  29.57 
 
 
728 aa  222  2e-56  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5515  TonB-dependent siderophore receptor  28.51 
 
 
726 aa  222  2e-56  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2068  TonB-dependent siderophore receptor  30.38 
 
 
729 aa  221  5e-56  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.839532  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2781  TonB-dependent siderophore receptor  29.67 
 
 
805 aa  220  7e-56  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.150566  normal  0.217763 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_39820  putative tonB-dependent receptor protein  30.82 
 
 
804 aa  220  8e-56  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2582  TonB-dependent siderophore receptor  28.67 
 
 
802 aa  219  1e-55  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.431715  normal  0.0101305 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1108  TonB-dependent siderophore receptor  28.67 
 
 
761 aa  218  4e-55  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.441045 
 
 
-
 
NC_003296  RS00871  ferric siderophore receptor protein  30.43 
 
 
746 aa  217  6e-55  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.619675  normal  0.877748 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3225  TonB-dependent siderophore receptor  27.4 
 
 
715 aa  214  4e-54  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.251172  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3374  putative tonB-dependent receptor protein  30.68 
 
 
804 aa  214  4e-54  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.128787  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3029  TonB-dependent siderophore receptor  26.08 
 
 
718 aa  214  4e-54  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3385  TonB-dependent siderophore receptor  27.37 
 
 
730 aa  214  4e-54  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3358  TonB-dependent siderophore receptor  29.44 
 
 
808 aa  212  2e-53  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.260724  normal  0.726447 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3327  TonB-dependent siderophore receptor  30.15 
 
 
804 aa  211  3e-53  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.218834 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1878  TonB-dependent siderophore receptor  29.31 
 
 
722 aa  211  3e-53  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4236  TonB-dependent siderophore receptor  27.16 
 
 
710 aa  211  3e-53  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  decreased coverage  6.95536e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6693  TonB-dependent siderophore receptor  26.57 
 
 
726 aa  210  7e-53  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.907714  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3719  TonB-dependent siderophore receptor  28.7 
 
 
753 aa  209  1e-52  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.525992  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3798  TonB-dependent siderophore receptor  28.07 
 
 
809 aa  209  2e-52  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.448814 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3575  TonB-dependent siderophore receptor  28.98 
 
 
801 aa  208  3e-52  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2196  TonB-dependent siderophore receptor  28.85 
 
 
801 aa  205  3e-51  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.614035  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3905  TonB-dependent siderophore receptor  29.63 
 
 
731 aa  205  3e-51  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4496  ferric siderophore receptor protein  29.1 
 
 
804 aa  204  4e-51  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.131724 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4079  TonB-dependent siderophore receptor  29.83 
 
 
729 aa  204  6e-51  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.502501  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4406  TonB-dependent siderophore receptor  29.83 
 
 
709 aa  203  8e-51  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.684267  normal  0.0387925 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1500  TonB-dependent siderophore receptor  28.41 
 
 
755 aa  203  9e-51  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  3.56406e-06  normal  0.318798 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1183  TonB-dependent siderophore receptor  25.5 
 
 
757 aa  203  9e-51  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4894  TonB-dependent siderophore receptor  27.61 
 
 
714 aa  202  2e-50  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.142345  normal  0.811526 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3462  TonB-dependent siderophore receptor  27.95 
 
 
728 aa  202  3e-50  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1028  TonB-dependent siderophore receptor  29 
 
 
718 aa  201  3e-50  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.289591  normal  0.407367 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2339  TonB-dependent siderophore receptor  28.67 
 
 
800 aa  201  4e-50  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6957  TonB-dependent siderophore receptor  29.84 
 
 
749 aa  199  1e-49  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4403  TonB-dependent siderophore receptor  29.83 
 
 
773 aa  199  1e-49  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.109366 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0946  TonB-dependent siderophore receptor  29 
 
 
715 aa  198  4e-49  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1714  TonB-dependent siderophore receptor  26.97 
 
 
729 aa  197  5e-49  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.666149  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3841  TonB-dependent siderophore receptor  27 
 
 
712 aa  196  1e-48  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  2.49714e-05  hitchhiker  0.000312087 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2123  TonB-dependent siderophore receptor  29.42 
 
 
725 aa  195  2e-48  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0825  TonB-dependent siderophore receptor  27.33 
 
 
759 aa  196  2e-48  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  decreased coverage  0.000404003  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2064  TonB-dependent siderophore receptor  27.95 
 
 
734 aa  196  2e-48  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  hitchhiker  4.30928e-13 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0629  putative ferric siderophore receptor protein  29.59 
 
 
700 aa  196  2e-48  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.466758  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4128  TonB-dependent siderophore receptor  26.48 
 
 
811 aa  196  2e-48  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3243  TonB-dependent siderophore receptor  27.02 
 
 
728 aa  194  6e-48  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.181533  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4483  TonB-dependent siderophore receptor  27.58 
 
 
712 aa  192  2e-47  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  1.88322e-05  hitchhiker  1.71512e-05 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2294  TonB-dependent siderophore receptor  29.46 
 
 
773 aa  192  2e-47  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.542737 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0174  TonB-dependent siderophore receptor  26.08 
 
 
772 aa  192  2e-47  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal  0.191382 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3864  TonB-dependent siderophore receptor  26.89 
 
 
811 aa  191  3e-47  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.952597 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2620  TonB-dependent siderophore receptor  28.4 
 
 
770 aa  191  4e-47  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.526793  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1003  TonB-dependent siderophore receptor  28.05 
 
 
758 aa  191  4e-47  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02105  hypothetical protein  29.09 
 
 
730 aa  190  9e-47  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>