More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bamb_5374 on replicon NC_008391
Organism: Burkholderia ambifaria AMMD



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010552  BamMC406_3539  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  99.62 
 
 
264 aa  514  1.0000000000000001e-145  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.447694  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5374  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  100 
 
 
264 aa  514  1.0000000000000001e-145  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.628457 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5060  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  97.73 
 
 
264 aa  507  1e-143  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.183233 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4730  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  97.73 
 
 
264 aa  505  9.999999999999999e-143  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.293753  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3633  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  97.73 
 
 
264 aa  505  9.999999999999999e-143  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.332864 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6628  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  90.91 
 
 
264 aa  476  1e-133  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.381273  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4429  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  90.15 
 
 
264 aa  468  1.0000000000000001e-131  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.186422  normal  0.676109 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0748  polyamine/opine/phosphonate ABC transporter inner membrane protein  89.39 
 
 
264 aa  466  9.999999999999999e-131  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.467059  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3945  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  70.45 
 
 
264 aa  372  1e-102  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.334886  normal  0.870267 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2522  ABC transporter, permease protein  67.42 
 
 
264 aa  369  1e-101  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2333  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  67.42 
 
 
264 aa  369  1e-101  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.161709  normal  0.782854 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0306  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  67.42 
 
 
264 aa  368  1e-101  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0887  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  68.06 
 
 
263 aa  363  1e-99  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0756  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  68.56 
 
 
264 aa  362  2e-99  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.533361  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4437  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  63.88 
 
 
264 aa  354  6.999999999999999e-97  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3207  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  66.67 
 
 
264 aa  345  5e-94  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6500  ABC transporter permease  67.18 
 
 
264 aa  333  2e-90  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.537768  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0203  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  56.49 
 
 
265 aa  298  7e-80  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.973641  normal  0.52762 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2708  ABC transporter membrane spanning protein (polyamine)  56.44 
 
 
264 aa  292  3e-78  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.319241  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1834  ABC transporter, permease protein  55.51 
 
 
269 aa  292  5e-78  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.632575 
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8304  ABC transporter  52.87 
 
 
265 aa  282  5.000000000000001e-75  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0178234  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4377  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  53.21 
 
 
265 aa  281  7.000000000000001e-75  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1894  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  53.61 
 
 
265 aa  274  1.0000000000000001e-72  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.00977235  normal  0.387076 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2705  spermidine/putrescine ABC transporter inner membrane protein  53.61 
 
 
265 aa  274  1.0000000000000001e-72  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.628706  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6540  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  52.47 
 
 
270 aa  266  2e-70  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.199847 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4417  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  50.76 
 
 
268 aa  264  1e-69  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.303148  normal 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6002  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  54.37 
 
 
265 aa  257  1e-67  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.176391  normal 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_7052  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  54.37 
 
 
265 aa  255  5e-67  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.34418 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2579  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.44 
 
 
277 aa  184  2.0000000000000003e-45  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.715101  normal 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_5050  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.18 
 
 
262 aa  177  1e-43  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4153  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.5 
 
 
263 aa  177  1e-43  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.829399  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3393  ABC opine/polyamine transporter, inner membrane subunit  39.67 
 
 
264 aa  177  2e-43  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.381224  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3039  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.67 
 
 
264 aa  177  2e-43  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.645477  normal 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1479  ABC transporter, permease protein  34.27 
 
 
260 aa  174  9.999999999999999e-43  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.0195961  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1236  ABC spermidine/putrescine transporter, inner membrane subunit  36.99 
 
 
267 aa  169  4e-41  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.362839  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0427  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.92 
 
 
274 aa  164  1.0000000000000001e-39  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3230  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.89 
 
 
272 aa  164  1.0000000000000001e-39  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0569  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.09 
 
 
268 aa  163  3e-39  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0474626  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2045  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  35.89 
 
 
275 aa  162  5.0000000000000005e-39  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.586316  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4679  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.46 
 
 
287 aa  162  7e-39  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4000  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37 
 
 
275 aa  160  2e-38  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.360042  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3746  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.19 
 
 
268 aa  156  3e-37  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.475602  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2374  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.8 
 
 
270 aa  156  4e-37  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0445  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.66 
 
 
275 aa  155  6e-37  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.355956 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0786  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.17 
 
 
265 aa  155  6e-37  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1923  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.17 
 
 
262 aa  153  2e-36  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.438917 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3109  spermidine/putrescine ABC transporter permease  33.48 
 
 
282 aa  154  2e-36  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0859  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.04 
 
 
268 aa  153  2e-36  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7801  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.59 
 
 
284 aa  154  2e-36  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.109099  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1338  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.48 
 
 
282 aa  154  2e-36  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1221  spermidine/putrescine ABC transporter, permease protein  33.48 
 
 
282 aa  154  2e-36  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8169  ABC transporter membrane spanning protein  41.38 
 
 
260 aa  153  2.9999999999999998e-36  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.165008  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7195  ABC transporter permease  36.36 
 
 
271 aa  152  4e-36  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0414  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.48 
 
 
275 aa  152  5.9999999999999996e-36  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.958357  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0448  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.4 
 
 
275 aa  152  7e-36  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4788  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.32 
 
 
275 aa  152  7e-36  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.776443 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0448  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.48 
 
 
275 aa  152  7e-36  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.439073 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5122  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  35.48 
 
 
274 aa  152  8e-36  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.026759  normal  0.638371 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2420  putative ABC spermidine/putrescine transporter permease protein  35.34 
 
 
281 aa  152  8e-36  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.814446  normal 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3639  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.15 
 
 
268 aa  151  8.999999999999999e-36  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.344703 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4699  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.07 
 
 
272 aa  150  3e-35  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.607966  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0498  putative sperimidine/putrescine ABC transporter (permease protein)  37.02 
 
 
265 aa  148  7e-35  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.986757  normal  0.371454 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4203  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.02 
 
 
284 aa  148  8e-35  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2228  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.47 
 
 
272 aa  147  1.0000000000000001e-34  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3518  ABC polyamine/opine transporter, inner membrane subunit  42.27 
 
 
261 aa  147  2.0000000000000003e-34  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.336262  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1647  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.71 
 
 
262 aa  146  3e-34  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.29435 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2541  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.19 
 
 
272 aa  146  3e-34  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.180027  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3236  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.94 
 
 
262 aa  146  3e-34  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0387101  normal  0.554966 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2915  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.17 
 
 
267 aa  146  3e-34  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4602  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.82 
 
 
591 aa  145  4.0000000000000006e-34  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.621124  normal 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3163  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.27 
 
 
261 aa  145  5e-34  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.610891  normal  0.0260594 
 
 
-
 
NC_013923  Nmag_3864  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.11 
 
 
279 aa  145  6e-34  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.623194  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3243  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  33.46 
 
 
269 aa  145  7.0000000000000006e-34  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.796458 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1871  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.92 
 
 
278 aa  145  8.000000000000001e-34  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4042  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.93 
 
 
278 aa  144  1e-33  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2380  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.19 
 
 
279 aa  144  2e-33  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.576146  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4294  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.33 
 
 
279 aa  143  2e-33  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.144254  normal 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6036  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.5 
 
 
280 aa  142  4e-33  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.475506  normal  0.0258331 
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8149  ABC transporter  33.47 
 
 
266 aa  142  4e-33  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.828592  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3472  ABC spermidine/putrescine transporter, innermembrane subunit  35.93 
 
 
275 aa  142  5e-33  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.84629 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7601  ABC transporter membrane spanning protein  35.29 
 
 
273 aa  142  5e-33  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6381  ornithine carbamoyltransferase  36.93 
 
 
258 aa  142  7e-33  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.970819 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2367  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.79 
 
 
597 aa  142  8e-33  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_07900  putative permease of ABC transporter  35.55 
 
 
276 aa  142  8e-33  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00280578 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4045  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.98 
 
 
274 aa  141  9e-33  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.329946  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1008  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  33.2 
 
 
273 aa  141  9.999999999999999e-33  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.507644  normal  0.428884 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2916  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.44 
 
 
274 aa  141  9.999999999999999e-33  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0565  polyamine ABC transporter, permease protein  36.49 
 
 
273 aa  140  1.9999999999999998e-32  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.903035  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4637  Ornithine carbamoyltransferase  36.82 
 
 
266 aa  140  1.9999999999999998e-32  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.476846  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0750  ABC transporter permease  35.07 
 
 
276 aa  140  1.9999999999999998e-32  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4612  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  36.49 
 
 
273 aa  139  3e-32  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.950111 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1203  ornithine carbamoyltransferase  29.51 
 
 
266 aa  140  3e-32  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1250  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.76 
 
 
272 aa  139  3.9999999999999997e-32  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1788  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.32 
 
 
275 aa  139  4.999999999999999e-32  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0709875  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2399  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  35.05 
 
 
271 aa  138  7e-32  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  decreased coverage  0.00651767  normal  0.388943 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0533  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.68 
 
 
302 aa  138  7.999999999999999e-32  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1886  ABC polyamine/opine transporter, inner membrane subunit  32.68 
 
 
302 aa  138  7.999999999999999e-32  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.0261044  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003666  probable permease of ABC transporter  32.4 
 
 
282 aa  138  8.999999999999999e-32  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1400  spermidine/putrescine ABC transporter, permease protein  29.1 
 
 
266 aa  137  1e-31  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1201  spermidine/putrescine ABC transporter permease  29.1 
 
 
266 aa  137  1e-31  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.440242  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>