More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bamb_5359 on replicon NC_008391
Organism: Burkholderia ambifaria AMMD



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010552  BamMC406_3529  porin  97.07 
 
 		 376 aa  684    Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.327335 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5359  porin  100 
 
 		 376 aa  751    Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.292845  normal  0.581333 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3623  porin  93.09 
 
 		 372 aa  656    Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.21195  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2492  outer membrane protein (porin)  90.96 
 
 		 372 aa  638    Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0279095  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3897  porin  93.62 
 
 		 372 aa  664    Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.239452 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5070  porin  93.02 
 
 		 372 aa  588  1e-167  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.189644 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0333  outer membrane porin, putative  76.74 
 
 		 365 aa  526  1e-148  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.277065  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0155  porin  50 
 
 		 370 aa  293  4e-78  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4522  porin  38.46 
 
 		 359 aa  196  6e-49  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.243199  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4787  porin  35.09 
 
 		 357 aa  149  7e-35  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0681178  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4384  outer membrane protein, (porin)  32.61 
 
 		 356 aa  130  4.0000000000000003e-29  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0374  OmpC family outer membrane porin  34.66 
 
 		 382 aa  129  7.000000000000001e-29  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.299269  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2739  OmpC family outer membrane porin  35.09 
 
 		 364 aa  128  1.0000000000000001e-28  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0788528 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3786  putative outer membrane porin  33.89 
 
 		 391 aa  128  1.0000000000000001e-28  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012849  Rpic12D_5115  porin Gram-negative type  32.84 
 
 		 335 aa  126  6e-28  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.0274682 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1141  porin  32.87 
 
 		 327 aa  126  8.000000000000001e-28  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.259275 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2270  outer membrane porin OpcP  35.77 
 
 		 386 aa  125  1e-27  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.272228  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0528  porin  33.14 
 
 		 338 aa  125  1e-27  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  unclonable  0.000000423032  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0702  outer membrane porin OpcP  33.53 
 
 		 523 aa  124  3e-27  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.259508  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5676  porin  33.14 
 
 		 389 aa  124  3e-27  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.919602 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4834  putative outer membrane pore protein (gram-negative type)  32.97 
 
 		 353 aa  124  4e-27  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.000215004  normal  0.0137442 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1728  porin  32.51 
 
 		 363 aa  123  5e-27  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2273  outer membrane porin protein  31.77 
 
 		 449 aa  122  7e-27  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1032  outer membrane porin  31.77 
 
 		 363 aa  122  9e-27  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0947  outer membrane porin  31.77 
 
 		 363 aa  122  9e-27  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.651765  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1222  porin  32.22 
 
 		 356 aa  122  9.999999999999999e-27  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1131  porin  32.62 
 
 		 363 aa  121  1.9999999999999998e-26  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1505  putative outer membrane porin  32.62 
 
 		 363 aa  121  1.9999999999999998e-26  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0794813  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0109  putative outer membrane porin  32.62 
 
 		 363 aa  121  1.9999999999999998e-26  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0154  porin  30.57 
 
 		 367 aa  120  3e-26  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.167447  normal  0.122543 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6101  porin Gram-negative type  39.01 
 
 		 406 aa  120  3e-26  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.353681  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6666  outer membrane protein (porin)  29.76 
 
 		 373 aa  120  3.9999999999999996e-26  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.16051  normal  0.0897495 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3740  porin  32.85 
 
 		 389 aa  120  3.9999999999999996e-26  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1041  OmpC family outer membrane porin  31.1 
 
 		 358 aa  120  3.9999999999999996e-26  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  decreased coverage  0.000439487  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0769  porin  32.5 
 
 		 356 aa  120  3.9999999999999996e-26  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.8463  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4328  porin  32.96 
 
 		 391 aa  120  3.9999999999999996e-26  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.428613  normal  0.0399975 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4628  porin  32.85 
 
 		 389 aa  120  3.9999999999999996e-26  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1250  porin  32.5 
 
 		 356 aa  120  3.9999999999999996e-26  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.341565  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3117  porin  31.52 
 
 		 360 aa  119  6e-26  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.482889  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4825  porin  31.98 
 
 		 383 aa  119  7e-26  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0552625  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4363  porin  31.36 
 
 		 392 aa  119  7e-26  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.357316  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1012  OmpC family outer membrane porin  31.79 
 
 		 375 aa  119  7e-26  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000562807  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1770  outer membrane protein (porin)  30.93 
 
 		 363 aa  119  9e-26  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.170315  normal  0.0138453 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5679  porin Gram-negative type  30.88 
 
 		 361 aa  118  9.999999999999999e-26  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.841044 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2059  porin Gram-negative type  33.7 
 
 		 351 aa  119  9.999999999999999e-26  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.806422 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0370  OmpC family outer membrane porin  42.86 
 
 		 389 aa  117  1.9999999999999998e-25  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.166204  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4600  porin  33.23 
 
 		 386 aa  117  3e-25  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.447707  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1357  porin  31.68 
 
 		 386 aa  117  3e-25  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0495362  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7084  outer membrane protein (porin)  32.11 
 
 		 394 aa  117  3e-25  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0875  porin  31.68 
 
 		 386 aa  117  3e-25  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5351  porin  30.81 
 
 		 350 aa  117  3.9999999999999997e-25  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5510  porin  30.81 
 
 		 350 aa  117  3.9999999999999997e-25  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6199  porin  32.58 
 
 		 394 aa  116  5e-25  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.687747  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1237  porin  32.58 
 
 		 394 aa  116  6e-25  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4137  porin  31.11 
 
 		 363 aa  116  6e-25  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0387994  normal  0.314302 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2277  outer membrane porin  34.27 
 
 		 384 aa  116  6e-25  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0768  OmpC family outer membrane porin  31.38 
 
 		 393 aa  116  6e-25  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6595  porin  32.58 
 
 		 394 aa  116  6e-25  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.924404  normal  0.0790344 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0745  outer membrane porin  34.15 
 
 		 430 aa  116  6.9999999999999995e-25  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.812329  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5460  porin  33.99 
 
 		 382 aa  116  6.9999999999999995e-25  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.376591 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4500  outer membrane protein, (porin)  30.96 
 
 		 386 aa  116  6.9999999999999995e-25  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.048827  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2846  outer membrane protein (porin)  31.68 
 
 		 383 aa  116  6.9999999999999995e-25  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.42536 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4204  porin  37.04 
 
 		 471 aa  116  6.9999999999999995e-25  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.152026  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1338  porin  31.59 
 
 		 386 aa  116  6.9999999999999995e-25  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.490298  normal  0.0334295 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2416  outer membrane porin  34.15 
 
 		 430 aa  116  6.9999999999999995e-25  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.163493  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2100  porin  30.17 
 
 		 367 aa  116  7.999999999999999e-25  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1674  putative outer membrane porin  34.15 
 
 		 411 aa  116  7.999999999999999e-25  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.264148  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0054  outer membrane protein (porin)  33.33 
 
 		 382 aa  116  7.999999999999999e-25  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.914863  normal  1 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1882  putative outer membrane porin  34.27 
 
 		 384 aa  115  8.999999999999998e-25  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.400971  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1698  putative outer membrane porin  34.27 
 
 		 384 aa  115  8.999999999999998e-25  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0554  putative outer membrane porin  34.27 
 
 		 384 aa  115  8.999999999999998e-25  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.830781  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1546  outer membrane protein (porin)  39.57 
 
 		 403 aa  115  8.999999999999998e-25  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.836623 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1157  porin  33.43 
 
 		 379 aa  115  8.999999999999998e-25  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3359  porin  33.52 
 
 		 394 aa  115  1.0000000000000001e-24  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  decreased coverage  0.00120299  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4157  porin  33.71 
 
 		 395 aa  115  1.0000000000000001e-24  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.142098  decreased coverage  0.00226863 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0683  porin  31.74 
 
 		 374 aa  115  1.0000000000000001e-24  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.925989  normal  0.138138 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2847  porin  32.02 
 
 		 389 aa  115  1.0000000000000001e-24  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2365  porin  31.7 
 
 		 379 aa  115  1.0000000000000001e-24  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.130283  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2783  porin Gram-negative type  30.9 
 
 		 354 aa  115  1.0000000000000001e-24  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0106499  normal  0.0987784 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5966  porin  38.39 
 
 		 380 aa  115  1.0000000000000001e-24  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.084261 
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7493  porin  34.2 
 
 		 383 aa  115  1.0000000000000001e-24  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0254041  normal  1 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1072  outer membrane porin  31.7 
 
 		 379 aa  115  1.0000000000000001e-24  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.645195  n/a   
 
 
-
 
NC_012855  Rpic12D_4962  porin Gram-negative type  30.9 
 
 		 354 aa  115  1.0000000000000001e-24  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0589815  normal  0.0680007 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2361  OmpC family outer membrane porin  33.06 
 
 		 349 aa  115  1.0000000000000001e-24  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.149156  normal  0.52718 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1240  porin  31.25 
 
 		 386 aa  114  2.0000000000000002e-24  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.382217  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4209  porin  33.71 
 
 		 395 aa  114  2.0000000000000002e-24  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0172598  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3663  porin  31.01 
 
 		 363 aa  114  2.0000000000000002e-24  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.107889  normal  0.482694 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4912  porin  33.71 
 
 		 382 aa  115  2.0000000000000002e-24  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.203081  normal  0.725846 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6531  porin Gram-negative type  39.62 
 
 		 395 aa  115  2.0000000000000002e-24  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.158369  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0305  outer membrane porin  31.97 
 
 		 358 aa  114  2.0000000000000002e-24  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.460177  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1266  porin  31.25 
 
 		 386 aa  114  2.0000000000000002e-24  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.162269 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0477  porin  32.39 
 
 		 385 aa  114  3e-24  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1989  porin Gram-negative type  40.93 
 
 		 385 aa  114  3e-24  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.508045 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0650  porin  32.59 
 
 		 369 aa  114  3e-24  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  unclonable  0.000000349197  normal  0.162286 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0534  putative outer membrane porin protein precursor  31.45 
 
 		 387 aa  114  4.0000000000000004e-24  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0511105  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3374  porin  32.43 
 
 		 385 aa  114  4.0000000000000004e-24  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1228  OmpC family outer membrane porin  29.13 
 
 		 387 aa  113  4.0000000000000004e-24  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.208027 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2227  porin Gram-negative type  36.36 
 
 		 387 aa  113  4.0000000000000004e-24  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0459424  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0452  porin  32.11 
 
 		 385 aa  113  5e-24  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.14543  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4385  porin  33.53 
 
 		 385 aa  113  5e-24  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.375427  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>