More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bamb_5162 on replicon NC_008391
Organism: Burkholderia ambifaria AMMD



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008391  Bamb_5162  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 291 aa  584  1e-166  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3317  LysR family transcriptional regulator  99.66 
 
 		 291 aa  582  1.0000000000000001e-165  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.176434 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4134  LysR family transcriptional regulator  97.59 
 
 		 291 aa  574  1.0000000000000001e-163  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.949354 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5203  LysR family transcriptional regulator  97.59 
 
 		 291 aa  576  1.0000000000000001e-163  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.715781  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4785  LysR family transcriptional regulator  97.59 
 
 		 291 aa  574  1.0000000000000001e-163  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.285424  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3382  LysR family transcriptional regulator  97.59 
 
 		 291 aa  574  1.0000000000000001e-163  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2821  LysR family transcriptional regulator  97.25 
 
 		 291 aa  573  1.0000000000000001e-162  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0683  LysR family transcriptional regulator  73.85 
 
 		 283 aa  446  1.0000000000000001e-124  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4357  transcriptional regulator, LysR family  73.85 
 
 		 283 aa  446  1.0000000000000001e-124  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1608  LysR family transcriptional regulator  68.79 
 
 		 287 aa  417  9.999999999999999e-116  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1806  LysR family transcriptional regulator  69.96 
 
 		 284 aa  408  1e-113  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.712022 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1492  transcriptional regulator, LysR family  69.81 
 
 		 271 aa  395  1e-109  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.403981  hitchhiker  0.0000917621 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4219  LysR family transcriptional regulator  63.48 
 
 		 283 aa  365  1e-100  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6632  LysR family transcriptional regulator  63.57 
 
 		 282 aa  364  1e-100  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.994606 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5787  LysR family transcriptional regulator  62.86 
 
 		 282 aa  361  7.0000000000000005e-99  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6152  LysR family transcriptional regulator  62.86 
 
 		 282 aa  361  7.0000000000000005e-99  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.824926  normal  0.461056 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6037  LysR family transcriptional regulator  62.99 
 
 		 283 aa  359  3e-98  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5807  LysR family transcriptional regulator  62.99 
 
 		 283 aa  358  5e-98  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7706  LysR family transcriptional regulator  63.08 
 
 		 283 aa  355  5e-97  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.364073  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1838  LysR family transcriptional regulator  50.36 
 
 		 296 aa  295  7e-79  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.8381  normal  0.487096 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4825  transcriptional regulator, LysR family  49.47 
 
 		 293 aa  295  8e-79  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0864247  normal  0.0253512 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5091  LysR family transcriptional regulator  50.18 
 
 		 295 aa  294  1e-78  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.0219442 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1863  LysR family transcriptional regulator  42.7 
 
 		 283 aa  204  1e-51  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0321846  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0615  transcription regulator protein  44.11 
 
 		 289 aa  204  1e-51  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.528971 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3851  LysR family transcriptional regulator  42.7 
 
 		 283 aa  204  1e-51  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.522354  normal  0.130982 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1473  LysR family transcriptional regulator  42.2 
 
 		 283 aa  203  3e-51  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.551192  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3916  LysR family transcriptional regulator  41.75 
 
 		 300 aa  202  7e-51  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0255667  normal  0.120293 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1438  LysR family transcriptional regulator  41.99 
 
 		 283 aa  200  1.9999999999999998e-50  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.371072  normal  0.234333 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5304  transcriptional regulator, LysR family  41.94 
 
 		 289 aa  200  3e-50  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_27280  LysR family transcriptional regulator  41.99 
 
 		 284 aa  199  3.9999999999999996e-50  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2309  putative transcriptional regulator  41.99 
 
 		 284 aa  199  6e-50  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2133  LysR family transcriptional regulator  40.57 
 
 		 284 aa  192  4e-48  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  decreased coverage  0.00732746  normal  0.30911 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1273  transcriptional regulator, LysR family  37.19 
 
 		 309 aa  185  7e-46  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.0230632  normal  0.266535 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2141  transcriptional regulator, LysR family  39.21 
 
 		 299 aa  185  8e-46  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.882286  normal  0.197682 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2385  transcriptional regulator, LysR family  39.21 
 
 		 313 aa  184  1.0000000000000001e-45  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0284947  hitchhiker  0.00966213 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3993  LysR family transcriptional regulator  38.79 
 
 		 296 aa  184  2.0000000000000003e-45  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00243747  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1788  LysR family transcriptional regulator  42.13 
 
 		 298 aa  184  2.0000000000000003e-45  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00324618 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0765  LysR family transcriptional regulator  39.29 
 
 		 322 aa  183  3e-45  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.144728  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2995  LysR family transcriptional regulator  39.07 
 
 		 321 aa  182  5.0000000000000004e-45  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3624  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  38.85 
 
 		 296 aa  182  6e-45  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  hitchhiker  0.00214713  normal  0.293437 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1770  transcriptional regulator, LysR family  37.23 
 
 		 284 aa  179  4e-44  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4653  LysR family transcriptional regulator  40 
 
 		 317 aa  175  8e-43  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.519057 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1867  LysR family transcriptional regulator  37.88 
 
 		 306 aa  174  9.999999999999999e-43  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1913  LysR family transcriptional regulator  34.39 
 
 		 290 aa  173  2.9999999999999996e-42  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.980095  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1479  LysR family transcriptional regulator  36.4 
 
 		 294 aa  173  2.9999999999999996e-42  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0277632  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1300  LysR family transcriptional regulator  38.34 
 
 		 299 aa  172  3.9999999999999995e-42  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.841181  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4222  transcriptional regulator, LysR family  38.87 
 
 		 293 aa  170  2e-41  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0525  LysR family transcriptional regulator  37.1 
 
 		 316 aa  168  8e-41  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1278  LysR family transcriptional regulator  38.14 
 
 		 316 aa  167  2e-40  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4450  LysR family transcriptional regulator  35.53 
 
 		 283 aa  166  4e-40  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2879  LysR family transcriptional regulator  38.76 
 
 		 284 aa  166  5.9999999999999996e-40  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.624518 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2586  transcriptional regulator LysR family  37.41 
 
 		 324 aa  166  5.9999999999999996e-40  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4935  LysR family transcriptional regulator  37.31 
 
 		 285 aa  165  6.9999999999999995e-40  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.929926  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2951  transcriptional regulator, LysR family  33.33 
 
 		 304 aa  165  6.9999999999999995e-40  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0384  LysR family transcriptional regulator  37.65 
 
 		 316 aa  163  3e-39  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4417  LysR family transcriptional regulator  36.94 
 
 		 294 aa  163  3e-39  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.0255776 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1467  LysR family transcriptional regulator  36.4 
 
 		 285 aa  162  5.0000000000000005e-39  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.398942 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3829  LysR family transcriptional regulator  36.84 
 
 		 289 aa  162  6e-39  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.19019  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2477  LysR family transcriptional regulator  38.93 
 
 		 290 aa  162  8.000000000000001e-39  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2839  LysR family transcriptional regulator  32.26 
 
 		 304 aa  160  2e-38  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1319  transcriptional regulator, LysR family  36.14 
 
 		 299 aa  160  3e-38  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.232258  normal  0.131151 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0795  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  36.23 
 
 		 291 aa  160  3e-38  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2647  LysR family transcriptional regulator  36.43 
 
 		 326 aa  159  6e-38  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.865704  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5283  LysR family transcriptional regulator  38.19 
 
 		 285 aa  159  7e-38  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.287276  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0301  LysR family transcriptional regulator  37.63 
 
 		 294 aa  158  9e-38  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0482  transcriptional regulator, LysR family  34.9 
 
 		 322 aa  158  1e-37  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0438  transcriptional regulator, LysR family  34.9 
 
 		 322 aa  158  1e-37  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2045  transcriptional regulator, LysR family  35.64 
 
 		 285 aa  157  1e-37  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000182672 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3081  LysR family transcriptional regulator  36.26 
 
 		 323 aa  157  2e-37  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3363  LysR family transcriptional regulator  37.8 
 
 		 294 aa  157  2e-37  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.443471  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5004  LysR family transcriptional regulator  37.8 
 
 		 294 aa  157  2e-37  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.492991  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3396  LysR family transcriptional regulator  34.74 
 
 		 290 aa  157  2e-37  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.356453  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0666  LysR family transcriptional regulator  37.45 
 
 		 294 aa  156  4e-37  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.659834  normal  0.452137 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4012  transcriptional regulator, LysR family  35.11 
 
 		 285 aa  155  6e-37  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.0664049 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0095  LysR family transcriptional regulator  34.73 
 
 		 291 aa  154  2e-36  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0183  LysR family transcriptional regulator  36.92 
 
 		 319 aa  154  2e-36  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6020  LysR family transcriptional regulator  38.1 
 
 		 279 aa  153  2.9999999999999998e-36  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0301148 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2674  LysR family transcriptional regulator  36.09 
 
 		 294 aa  153  2.9999999999999998e-36  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7267  transcriptional regulator, LysR family  38.16 
 
 		 290 aa  153  2.9999999999999998e-36  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0185  LysR family transcriptional regulator  39.85 
 
 		 299 aa  152  5e-36  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA3040  LysR family transcriptional regulator  37.92 
 
 		 282 aa  152  8.999999999999999e-36  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.165856  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0535  LysR family transcriptional regulator  37.92 
 
 		 286 aa  152  8.999999999999999e-36  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.605661  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0618  LysR family transcriptional regulator  37.92 
 
 		 286 aa  152  8.999999999999999e-36  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1252  LysR family transcriptional regulator  37.92 
 
 		 286 aa  152  8.999999999999999e-36  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1478  LysR family transcriptional regulator  37.92 
 
 		 286 aa  152  8.999999999999999e-36  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1578  LysR family transcriptional regulator  37.92 
 
 		 367 aa  151  1e-35  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.170227  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1448  LysR family transcriptional regulator  37.92 
 
 		 321 aa  151  1e-35  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.427766  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2806  LysR family transcriptional regulator  37.55 
 
 		 286 aa  151  1e-35  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.469753  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1911  LysR family transcriptional regulator  34.55 
 
 		 305 aa  151  1e-35  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3585  transcriptional regulator, LysR family  34.97 
 
 		 298 aa  151  1e-35  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.0651173 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5774  transcriptional regulator LysR family  37.25 
 
 		 332 aa  150  2e-35  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1238  LysR family transcriptional regulator  37.69 
 
 		 282 aa  150  2e-35  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.804975  normal  0.249608 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1266  LysR family transcriptional regulator  37.69 
 
 		 328 aa  150  3e-35  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.496224  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1647  LysR family transcriptional regulator  38.87 
 
 		 289 aa  150  3e-35  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2053  LysR family transcriptional regulator  37.69 
 
 		 282 aa  149  4e-35  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0785  LysR family transcriptional regulator  37.31 
 
 		 282 aa  148  9e-35  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1156  LysR family transcriptional regulator  36.94 
 
 		 282 aa  148  1.0000000000000001e-34  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.243733 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4409  LysR family transcriptional regulator  37.31 
 
 		 282 aa  148  1.0000000000000001e-34  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2713  LysR family transcriptional regulator  33.81 
 
 		 281 aa  147  2.0000000000000003e-34  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0696841  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1144  LysR family transcriptional regulator  36.94 
 
 		 282 aa  147  2.0000000000000003e-34  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>