151 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bamb_5084 on replicon NC_008391
Organism: Burkholderia ambifaria AMMD



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010623  Bphy_3658  DNA polymerase II  74.49 
 
 		 792 aa  1233    Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0583295  normal  0.426144 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3628  DNA polymerase II  68.19 
 
 		 788 aa  1078    Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4331  DNA polymerase II  91.16 
 
 		 794 aa  1486    Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.333031 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00062  DNA polymerase II  65.31 
 
 		 783 aa  1058    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3539  DNA-directed DNA polymerase  65.31 
 
 		 783 aa  1057    Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4655  DNA polymerase II  74.34 
 
 		 791 aa  1239    Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.230041  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6015  DNA polymerase II  56.91 
 
 		 795 aa  905    Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0109  DNA polymerase II  64.29 
 
 		 783 aa  1037    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.455197  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2393  DNA polymerase II  68.58 
 
 		 786 aa  1109    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2273  DNA polymerase II  45.96 
 
 		 818 aa  691    Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1820  DNA polymerase II  45.61 
 
 		 808 aa  663    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2621  DNA polymerase II  69.85 
 
 		 787 aa  1157    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  decreased coverage  0.00407821  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3546  DNA polymerase II  70.13 
 
 		 789 aa  1147    Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2724  DNA polymerase II  45.15 
 
 		 809 aa  654    Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  0.0000453184  hitchhiker  0.0000581945 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003097  DNA polymerase II  51.7 
 
 		 787 aa  791    Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.000122511  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2361  DNA polymerase II  70.23 
 
 		 787 aa  1162    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.168731  normal  0.46504 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4584  DNA polymerase II  69.43 
 
 		 788 aa  1129    Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.657494  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3734  DNA polymerase II  70.94 
 
 		 787 aa  1171    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3002  DNA polymerase II  91.29 
 
 		 793 aa  1483    Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.789945  normal  0.339701 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2142  DNA polymerase II  50.25 
 
 		 789 aa  778    Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.249301  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3085  DNA polymerase II  44.35 
 
 		 807 aa  667    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000404512  hitchhiker  0.0000370941 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1511  DNA polymerase II  48.67 
 
 		 794 aa  726    Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000196312 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0929  DNA polymerase II  74.46 
 
 		 816 aa  1238    Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.193818  normal  0.499363 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1645  DNA polymerase II  70.1 
 
 		 789 aa  1138    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0528782  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5012  DNA polymerase II  90.66 
 
 		 794 aa  1479    Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3630  DNA polymerase II  46.59 
 
 		 786 aa  715    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2469  DNA polymerase II  45.74 
 
 		 810 aa  667    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00196726  hitchhiker  0.000569309 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2537  DNA polymerase II  45.61 
 
 		 810 aa  661    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.132688  unclonable  0.0000408112 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5084  DNA polymerase II  100 
 
 		 788 aa  1612    Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_40120  DNA polymerase II  71.88 
 
 		 787 aa  1147    Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5848  DNA polymerase II  90.66 
 
 		 794 aa  1479    Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.595461  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2629  DNA polymerase II  45.66 
 
 		 810 aa  664    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0639534  hitchhiker  0.0000529366 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0103  DNA polymerase II  64.16 
 
 		 783 aa  1035    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.249231 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3819  DNA polymerase II  66.67 
 
 		 788 aa  1077    Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1250  DNA polymerase II  46.29 
 
 		 801 aa  656    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0167112  hitchhiker  0.000178487 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1857  DNA polymerase II  49.75 
 
 		 809 aa  769    Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.885669  normal  0.10624 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1999  DNA polymerase II  69.34 
 
 		 786 aa  1125    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.449398  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0052  DNA polymerase II  65.18 
 
 		 783 aa  1056    Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3597  DNA polymerase II  65.31 
 
 		 783 aa  1057    Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  unclonable  0.0000000326268 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1630  DNA polymerase II  44.9 
 
 		 809 aa  649    Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00018706  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00061  hypothetical protein  65.31 
 
 		 783 aa  1058    Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1903  DNA polymerase II  67.68 
 
 		 786 aa  1101    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.856945 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0065  DNA polymerase II  65.05 
 
 		 783 aa  1053    Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0062  DNA polymerase II  65.43 
 
 		 783 aa  1060    Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0283986  normal  0.967142 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0104  DNA polymerase II  64.29 
 
 		 783 aa  1038    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0102  DNA polymerase II  64.29 
 
 		 783 aa  1036    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0607  DNA polymerase II  63.96 
 
 		 820 aa  1018    Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.427603  normal  0.519282 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1514  DNA polymerase II  44.75 
 
 		 797 aa  655    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.000185404  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3572  DNA polymerase II  72.7 
 
 		 786 aa  1151    Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.252391 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0831  DNA polymerase II  53.46 
 
 		 787 aa  804    Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.0134615  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0570  DNA polymerase II  67.09 
 
 		 790 aa  1077    Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3302  DNA polymerase II  68.58 
 
 		 786 aa  1111    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.0835238 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3400  DNA polymerase II  71.95 
 
 		 788 aa  1153    Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1619  DNA polymerase II  44.78 
 
 		 809 aa  648    Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00000233393  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3418  DNA polymerase II  70 
 
 		 789 aa  1146    Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3234  DNA polymerase II  97.72 
 
 		 788 aa  1578    Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.642975 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02749  DNA polymerase II  50.56 
 
 		 816 aa  779    Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0064  DNA polymerase II  65.31 
 
 		 783 aa  1056    Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.406876  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0062  DNA polymerase II  65.43 
 
 		 783 aa  1058    Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00931565  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1567  DNA polymerase II  44.07 
 
 		 793 aa  650    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.000253112  hitchhiker  0.0000162261 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0731  DNA polymerase II  70.32 
 
 		 787 aa  1146    Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.13833  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2655  DNA polymerase II  46.89 
 
 		 799 aa  687    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.697172  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1653  DNA polymerase II  44.78 
 
 		 809 aa  651    Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.112928  normal  0.0896662 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0609  DNA polymerase II  68.02 
 
 		 790 aa  1072    Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.231029  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5258  DNA polymerase II  90.11 
 
 		 791 aa  1465    Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.946105  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2947  DNA polymerase II  70.13 
 
 		 789 aa  1148    Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.670904 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2482  DNA polymerase II  44.11 
 
 		 795 aa  632  1e-180  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.205655  hitchhiker  0.00219855 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01452  DNA polymerase II  43.11 
 
 		 790 aa  630  1e-179  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2428  DNA polymerase II  40.78 
 
 		 821 aa  611  1e-173  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.124227  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2629  DNA polymerase II  42.3 
 
 		 792 aa  610  1e-173  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.085046  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2210  DNA polymerase II  41.35 
 
 		 782 aa  549  1e-155  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.40989 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4180  DNA polymerase II  62.02 
 
 		 270 aa  340  9e-92  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.461299  normal  1 
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_1049  DNA polymerase II  28.41 
 
 		 783 aa  176  9.999999999999999e-43  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  0.0144376 
 
 
-
 
NC_009376  Pars_1884  DNA polymerase II  27.29 
 
 		 786 aa  170  1e-40  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  0.115615  normal  1 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_1316  DNA-directed DNA polymerase  26.27 
 
 		 784 aa  170  1e-40  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  0.198282  n/a   
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_0961  DNA polymerase II  27.29 
 
 		 785 aa  169  2e-40  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_1320  DNA polymerase II  27.33 
 
 		 784 aa  168  2.9999999999999998e-40  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  1  normal  0.4978 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4181  DNA polymerase II  51.98 
 
 		 211 aa  168  4e-40  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.554718  normal  0.912153 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1108  DNA polymerase B region  26.72 
 
 		 821 aa  168  4e-40  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.42537  normal  0.497226 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1740  DNA polymerase B region  29.38 
 
 		 795 aa  167  8e-40  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.883106  normal  1 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0616  hypothetical protein  27.77 
 
 		 796 aa  166  1.0000000000000001e-39  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0798  DNA polymerase B region  28.13 
 
 		 812 aa  166  2.0000000000000002e-39  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.189737  n/a   
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1342  DNA polymerase Pol2  27.36 
 
 		 781 aa  155  2e-36  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  unclonable  0.0000000227387  normal  0.522725 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1156  DNA polymerase B region  27.4 
 
 		 818 aa  153  2e-35  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.809491  normal  1 
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0393  DNA polymerase II  25.72 
 
 		 794 aa  149  2.0000000000000003e-34  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_0375  DNA polymerase B region  26.72 
 
 		 1353 aa  146  1e-33  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_0177  DNA polymerase B region  23.64 
 
 		 929 aa  144  4e-33  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009440  Msed_2154  DNA polymerase II  24.96 
 
 		 783 aa  141  4.999999999999999e-32  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  hitchhiker  0.00000768017  hitchhiker  0.000641936 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_1499  DNA-directed DNA polymerase  26.21 
 
 		 912 aa  138  4e-31  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_1367  DNA polymerase Pol2  23.19 
 
 		 810 aa  136  1.9999999999999998e-30  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  0.815142  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0530  DNA polymerase Pol2  21.74 
 
 		 781 aa  133  1.0000000000000001e-29  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1258  replicative DNA polymerase I  23.05 
 
 		 780 aa  132  2.0000000000000002e-29  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1378  DNA polymerase Pol2  21.63 
 
 		 780 aa  130  1.0000000000000001e-28  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  1  hitchhiker  0.00266736 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1397  DNA polymerase Pol2  24.55 
 
 		 941 aa  129  2.0000000000000002e-28  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.61356  n/a   
 
 
-
 
NC_009356  OSTLU_44713  predicted protein  27.36 
 
 		 982 aa  128  5e-28  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1777  replicative DNA polymerase I  25.53 
 
 		 932 aa  127  9e-28  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.227569  normal  1 
 
 
-
 
NC_009362  OSTLU_297  predicted protein  25.28 
 
 		 990 aa  126  1e-27  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.0400359  normal  0.313206 
 
 
-
 
BN001301  ANIA_10755  catalytic subunit of the DNA polymerase alpha-primase complex (Eurofung)  26.38 
 
 		 1459 aa  126  2e-27  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009047  PICST_63206  DNA polymerase delta catalytic subunit (DNA polymerase III)  25.11 
 
 		 1070 aa  123  1.9999999999999998e-26  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  1  normal  0.442314 
 
 
-
 
NC_011680  PHATRDRAFT_54677  DNA polymerase delta  24.47 
 
 		 1087 aa  122  1.9999999999999998e-26  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>