More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bamb_5058 on replicon NC_008391
Organism: Burkholderia ambifaria AMMD



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010002  Daci_2953  TonB-dependent siderophore receptor  56.3 
 
 
792 aa  749  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2878  TonB-dependent siderophore receptor  75 
 
 
707 aa  1114  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5058  TonB-dependent siderophore receptor  100 
 
 
715 aa  1467  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  decreased coverage  0.00424318  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3203  TonB-dependent siderophore receptor  97.69 
 
 
694 aa  1360  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2303  TonB-dependent siderophore receptor  46.42 
 
 
710 aa  604  1e-171  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.470584  normal  0.447365 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3980  TonB-dependent siderophore receptor  48.7 
 
 
719 aa  604  1e-171  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.348977  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3612  TonB-dependent siderophore receptor  45.86 
 
 
770 aa  600  1e-170  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.565753  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3109  TonB-dependent siderophore receptor  45.86 
 
 
710 aa  599  1e-170  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003296  RS02469  ferrisiderophore receptor protein  47.07 
 
 
695 aa  577  1e-163  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4376  TonB-dependent siderophore receptor  47.08 
 
 
706 aa  574  1e-162  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.0886158 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4266  TonB-dependent siderophore receptor  47.08 
 
 
706 aa  574  1e-162  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.569556  normal  0.280378 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3465  TonB-dependent siderophore receptor  44.99 
 
 
757 aa  559  1e-158  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4056  TonB-dependent siderophore receptor  44.71 
 
 
709 aa  558  1e-157  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1523  TonB-dependent siderophore receptor  35.2 
 
 
727 aa  370  1e-101  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.249023  normal  0.758259 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1260  TonB-dependent siderophore receptor  35.57 
 
 
755 aa  355  2e-96  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0283  TonB-dependent siderophore receptor  33.76 
 
 
689 aa  348  1e-94  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0293  TonB-dependent siderophore receptor  33.09 
 
 
700 aa  344  4e-93  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.810589 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3077  TonB-dependent siderophore receptor  32.73 
 
 
753 aa  339  1e-91  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0267  TonB-dependent siderophore receptor  33.97 
 
 
689 aa  338  2e-91  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.0216741 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_3802  TonB-dependent siderophore receptor  32.67 
 
 
742 aa  337  3e-91  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.799699  normal  0.136718 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3915  TonB-dependent siderophore receptor  32.67 
 
 
742 aa  337  3e-91  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0293  TonB-dependent siderophore receptor  33.67 
 
 
698 aa  331  2e-89  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5373  TonB-dependent siderophore receptor  29.84 
 
 
745 aa  318  3e-85  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.834495  normal  0.604125 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7101  TonB-dependent siderophore receptor  30.42 
 
 
732 aa  317  7e-85  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0218  TonB-dependent siderophore receptor  31.47 
 
 
732 aa  315  1e-84  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2053  TonB-dependent siderophore receptor  33.84 
 
 
719 aa  313  1e-83  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4395  TonB-dependent siderophore receptor  34.16 
 
 
756 aa  311  4e-83  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.421557 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2282  TonB-dependent siderophore receptor  33.8 
 
 
724 aa  305  2e-81  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.217728  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2005  TonB-dependent siderophore receptor  33.84 
 
 
724 aa  304  4e-81  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.22147  normal  0.931942 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2876  TonB-dependent siderophore receptor  30.43 
 
 
751 aa  303  6e-81  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1961  TonB-dependent siderophore receptor  34.85 
 
 
705 aa  301  2e-80  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.353089 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4026  TonB-dependent siderophore receptor  33.85 
 
 
755 aa  301  3e-80  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.865466  normal  0.196913 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3574  TonB-dependent siderophore receptor  30.07 
 
 
734 aa  298  3e-79  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.647008 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1629  TonB-dependent siderophore receptor  32.97 
 
 
712 aa  297  5e-79  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00385709 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_3280  TonB-dependent siderophore receptor  33.86 
 
 
707 aa  295  2e-78  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0713327  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3638  TonB-dependent siderophore receptor  32.31 
 
 
821 aa  293  6e-78  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2091  TonB-dependent siderophore receptor  32.65 
 
 
735 aa  291  4e-77  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.761777  normal  0.724468 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2662  TonB system receptor  33.64 
 
 
680 aa  290  5e-77  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.0618091  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4786  TonB-dependent siderophore receptor  31.55 
 
 
712 aa  290  7e-77  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.789588  normal  0.608467 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5005  TonB-dependent siderophore receptor  30.04 
 
 
736 aa  289  1e-76  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1175  TonB-dependent siderophore receptor  32.44 
 
 
749 aa  287  6e-76  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4480  TonB-dependent siderophore receptor  30.23 
 
 
734 aa  286  7e-76  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.938344  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0805  TonB-dependent siderophore receptor  32.32 
 
 
731 aa  284  3e-75  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5128  TonB-dependent receptor  30.23 
 
 
766 aa  283  1e-74  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.497755  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3292  TonB-dependent siderophore receptor  32.02 
 
 
771 aa  281  3e-74  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_63960  putative uter membrane protein precursor  30.47 
 
 
708 aa  279  1e-73  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5556  outer membrane protein  30.01 
 
 
703 aa  279  1e-73  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.459514  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1655  TonB-dependent siderophore receptor  33.04 
 
 
656 aa  278  2e-73  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1569  TonB-dependent receptor  31.32 
 
 
767 aa  278  4e-73  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.428413 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3297  TonB-dependent siderophore receptor  31.67 
 
 
733 aa  276  7e-73  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.14113 
 
 
-
 
NC_007410  Ava_B0150  TonB-dependent siderophore receptor  30.14 
 
 
843 aa  275  1e-72  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.13947  n/a   
 
 
-
 
NC_007410  Ava_B0217  TonB-dependent siderophore receptor  29.96 
 
 
850 aa  275  2e-72  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4617  TonB-dependent siderophore receptor  29.92 
 
 
741 aa  275  2e-72  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.131344  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_58570  putative outer membrane ferric siderophore receptor  30.59 
 
 
753 aa  275  2e-72  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.21459  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4068  putative TonB-dependent receptor  32.14 
 
 
733 aa  275  3e-72  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_47140  putative TonB-dependent receptor  32.37 
 
 
732 aa  274  5e-72  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3135  TonB-dependent siderophore receptor  31.33 
 
 
734 aa  270  7e-71  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_51930  TonB-dependent siderophore receptor  30.52 
 
 
709 aa  270  8e-71  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.179519  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2414  TonB-dependent siderophore receptor  31.76 
 
 
817 aa  270  9e-71  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal  0.281451 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1987  TonB-dependent siderophore receptor  27.93 
 
 
769 aa  269  1e-70  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2076  TonB-dependent siderophore receptor  31.29 
 
 
743 aa  269  1e-70  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007412  Ava_C0010  TonB-dependent siderophore receptor  28.47 
 
 
864 aa  267  6e-70  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.144404  decreased coverage  0.00213669 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001067  ferric siderophore receptor PsuA  31.25 
 
 
678 aa  266  7e-70  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2419  TonB-dependent siderophore receptor  30.34 
 
 
696 aa  266  1e-69  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.56644  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2558  TonB-dependent siderophore receptor  30.32 
 
 
760 aa  266  1e-69  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.897783  normal  0.0361628 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3082  TonB-dependent siderophore receptor  29.44 
 
 
825 aa  265  2e-69  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.213327  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_12430  TonB-dependent siderophore receptor  29.43 
 
 
753 aa  265  2e-69  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.396509  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1055  TonB-dependent siderophore receptor  29.17 
 
 
720 aa  265  2e-69  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3047  TonB-dependent siderophore receptor  29.22 
 
 
737 aa  264  4e-69  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.773185  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3325  outer membrane ferric siderophore receptor, putative  29.88 
 
 
696 aa  264  4e-69  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.54373 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1362  TonB-dependent siderophore receptor  30.81 
 
 
732 aa  263  7e-69  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.619941  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2399  TonB-dependent siderophore receptor  31.95 
 
 
726 aa  263  9e-69  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3039  TonB-dependent siderophore receptor  29.22 
 
 
825 aa  261  3e-68  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3085  TonB-dependent siderophore receptor  29.1 
 
 
767 aa  261  3e-68  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.432475  normal  0.216415 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2122  TonB-dependent siderophore receptor  31.95 
 
 
726 aa  261  3e-68  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.892393  normal  0.0378186 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2944  TonB-dependent siderophore receptor  33.28 
 
 
733 aa  258  3e-67  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2439  TonB-dependent siderophore receptor  29.53 
 
 
860 aa  257  4e-67  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  hitchhiker  2.75089e-07 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4659  TonB-dependent siderophore receptor  30 
 
 
747 aa  257  4e-67  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007410  Ava_B0148  TonB-dependent siderophore receptor  29.31 
 
 
862 aa  257  5e-67  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.732956  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1202  TonB-dependent siderophore receptor  29.93 
 
 
714 aa  257  5e-67  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.534631  normal  0.117708 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4597  TonB-dependent siderophore receptor  32.24 
 
 
725 aa  254  3e-66  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.832775 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0874  TonB-dependent siderophore receptor  29.48 
 
 
701 aa  254  4e-66  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.831709  normal 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0723  TonB-dependent siderophore receptor  29.26 
 
 
740 aa  250  8e-65  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0469238  normal  0.27958 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2318  TonB-dependent siderophore receptor  28.32 
 
 
724 aa  249  9e-65  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  3.56836e-06  hitchhiker  0.000261806 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4103  TonB-dependent siderophore receptor  30.28 
 
 
710 aa  248  2e-64  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.615047  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_10440  TonB-dependent siderophore receptor  30.71 
 
 
810 aa  248  3e-64  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0438512  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3526  TonB-dependent siderophore receptor  29.58 
 
 
722 aa  248  3e-64  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5130  TonB-dependent siderophore receptor  32.67 
 
 
725 aa  248  3e-64  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.944622  normal 
 
 
-
 
NC_011738  PCC7424_5758  TonB-dependent siderophore receptor  29.4 
 
 
815 aa  247  6e-64  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3724  TonB-dependent receptor for iron transport  30.37 
 
 
765 aa  247  7e-64  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5579  TonB-dependent siderophore receptor  26.97 
 
 
812 aa  246  1e-63  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.761851 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0108  TonB-dependent siderophore receptor  29.89 
 
 
759 aa  245  2e-63  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0837  TonB-dependent siderophore receptor  29.15 
 
 
759 aa  245  2e-63  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.213171  normal  0.109269 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1141  TonB-dependent siderophore receptor  29.41 
 
 
736 aa  244  4e-63  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1826  TonB-dependent siderophore receptor  29.05 
 
 
779 aa  243  6e-63  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.605271  normal  0.34402 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3200  TonB-dependent siderophore receptor  30.82 
 
 
701 aa  243  8e-63  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.611474  normal  0.133436 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6070  TonB-dependent siderophore receptor  30.77 
 
 
738 aa  243  1e-62  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.537532  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2859  TonB-dependent siderophore receptor  31.59 
 
 
733 aa  243  1e-62  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.335633 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2996  TonB-dependent siderophore receptor  32.09 
 
 
733 aa  242  2e-62  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.18602  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3155  outer membrane ferric siderophore receptor, putative  27.98 
 
 
709 aa  242  2e-62  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.990361 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>