More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bamb_5040 on replicon NC_008391
Organism: Burkholderia ambifaria AMMD



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008391  Bamb_5040  LuxR family transcriptional regulator  100 
 
 
229 aa  476  1e-133  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.350334  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4439  LuxR family transcriptional regulator  32.89 
 
 
234 aa  116  3e-25  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_45960  transcriptional regulator LasR  31.88 
 
 
239 aa  111  7.000000000000001e-24  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0610  LuxR family transcriptional regulator  33.33 
 
 
234 aa  111  8.000000000000001e-24  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.317613 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3898  transcriptional regulator LasR  31.4 
 
 
239 aa  111  1.0000000000000001e-23  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.219668  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2417  LuxR family transcriptional regulator  31.06 
 
 
244 aa  110  2.0000000000000002e-23  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4277  transcriptional regulator, LuxR family  31.73 
 
 
234 aa  110  2.0000000000000002e-23  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.343912 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2087  ATP-dependent transcription regulator LuxR  31.47 
 
 
425 aa  107  1e-22  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.417065  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1443  ATP-dependent transcription regulator LuxR  30.9 
 
 
238 aa  107  2e-22  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_2171  ATP-dependent transcription regulator LuxR  30.9 
 
 
238 aa  107  2e-22  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0944598  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0854  ATP-dependent transcription regulator LuxR  30.9 
 
 
238 aa  107  2e-22  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.777865  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0542  ATP-dependent transcription regulator LuxR  30.9 
 
 
238 aa  107  2e-22  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0444  ATP-dependent transcription regulator LuxR  30.9 
 
 
238 aa  107  2e-22  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.853961  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1863  ATP-dependent transcription regulator LuxR  31.03 
 
 
394 aa  106  3e-22  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  hitchhiker  0.00465528  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3810  LuxR family transcriptional regulator  34.11 
 
 
242 aa  105  5e-22  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1997  autoinducer-binding transcriptional regulator, LuxR family  30.09 
 
 
237 aa  99  6e-20  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.448669  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1664  transcriptional regulator, LuxR family  30.09 
 
 
237 aa  99  6e-20  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal  0.888844 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1513  LuxR family transcriptional regulator  28.94 
 
 
246 aa  98.6  7e-20  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000000493267  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3386  putative transcriptional regulator  29.39 
 
 
237 aa  98.6  8e-20  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.247592  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0190  LuxR family transcriptional regulator  31.33 
 
 
235 aa  97.8  1e-19  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.195449  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0460  transcriptional regulator, LuxR family  32.98 
 
 
253 aa  96.3  3e-19  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.343765 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0183  LuxR family transcriptional regulator  30.9 
 
 
235 aa  96.7  3e-19  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.0816251  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0198  autoinducer-binding domain-containing protein  29.87 
 
 
235 aa  96.7  3e-19  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  decreased coverage  0.00000129067  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_39980  putative transcriptional regulator  28.89 
 
 
237 aa  95.9  5e-19  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1766  transcriptional regulator, LuxR family  29.72 
 
 
244 aa  95.1  8e-19  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.182775  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS01929  transcriptional activator of quorum sensing autoinducer synthesis transcription regulator protein  28.64 
 
 
248 aa  94.4  1e-18  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.746701 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5809  transcriptional regulator, LuxR family  28.43 
 
 
235 aa  93.2  3e-18  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.962539  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6040  LuxR family transcriptional regulator  29.15 
 
 
228 aa  92.4  5e-18  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.917081 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5810  LuxR family transcriptional regulator  29.15 
 
 
228 aa  92.4  5e-18  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.809704  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3863  transcriptional regulator PsyR  30.41 
 
 
247 aa  92.4  6e-18  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.831721  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0965  transcriptional activator protein LuxR  25.11 
 
 
248 aa  92  6e-18  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.266935  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0359  LuxR family transcriptional regulator  29.02 
 
 
248 aa  92.4  6e-18  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.870907  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4647  LuxR family transcriptional regulator  30.77 
 
 
279 aa  91.7  1e-17  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010517  Mrad2831_6408  LuxR family transcriptional regulator  31.75 
 
 
248 aa  91.3  1e-17  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3395  LuxR family transcriptional regulator  28.7 
 
 
260 aa  90.9  1e-17  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010514  Mrad2831_6378  LuxR family transcriptional regulator  31.75 
 
 
248 aa  91.3  1e-17  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5725  DNA-binding HTH domain-containing protein  28.64 
 
 
307 aa  90.5  2e-17  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  unclonable  0.000726612  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc3287  transcriptional activator SOLR transcription regulator protein  26.67 
 
 
236 aa  89.4  4e-17  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.840181  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3112  regulatory protein, LuxR  26.72 
 
 
250 aa  89.4  4e-17  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1003  transcriptional regulator, LuxR family  29.6 
 
 
245 aa  89.4  4e-17  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.383688  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1649  transcriptional regulator RhlR  29.61 
 
 
224 aa  88.6  8e-17  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.458186  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_19120  transcriptional regulator RhlR  29.61 
 
 
241 aa  88.6  8e-17  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.420854  normal  0.170234 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1622  LuxR transcriptional regulator  32.81 
 
 
247 aa  87.8  1e-16  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.831315  normal  0.816592 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2015  DNA-binding transcriptional activator SdiA  31.72 
 
 
240 aa  88.2  1e-16  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.0000284169  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1723  DNA-binding transcriptional activator SdiA  31.72 
 
 
240 aa  88.2  1e-16  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.00781439  normal 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1730  transcriptional regulator, LuxR family  31.18 
 
 
240 aa  87  2e-16  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000000557622  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1266  DNA-binding transcriptional activator SdiA  31.18 
 
 
240 aa  87.4  2e-16  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.00315864  hitchhiker  0.00193945 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2690  DNA-binding transcriptional activator SdiA  31.18 
 
 
240 aa  87  2e-16  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.0029365  normal  0.0383701 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0805  LuxR family transcriptional regulator  30.56 
 
 
230 aa  86.3  3e-16  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.565309  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0418  LuxR family transcriptional regulator  27.49 
 
 
242 aa  86.7  3e-16  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4279  LuxR family transcriptional regulator  30.13 
 
 
321 aa  86.7  3e-16  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.189781  normal  0.0123236 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0627  LuxR family transcriptional regulator  27.54 
 
 
241 aa  85.5  6e-16  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.253164  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4509  autoinducer-binding domain-containing protein  30.22 
 
 
235 aa  85.1  9e-16  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0791  LuxR family transcriptional regulator  30.94 
 
 
236 aa  84  0.000000000000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0904596  normal 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1576  LuxR family transcriptional regulator  30 
 
 
230 aa  84.3  0.000000000000002  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.893939  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0702  autoinducer-binding transcriptional regulator BmpR  30 
 
 
230 aa  84.3  0.000000000000002  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.669136  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0617  LuxR family transcriptional regulator  30 
 
 
230 aa  84.3  0.000000000000002  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0241474  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5029  transcriptional regulator, LuxR family  29.9 
 
 
243 aa  84.3  0.000000000000002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.771298  normal  0.575652 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2128  autoinducer-binding transcriptional regulator BmpR  30 
 
 
230 aa  84.3  0.000000000000002  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.423434  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2215  autoinducer-binding transcriptional regulator BmpR  30 
 
 
230 aa  84.3  0.000000000000002  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.311283  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_2024  ATP-dependent transcription regulator LuxR  30 
 
 
230 aa  84.3  0.000000000000002  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.896026  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0963  transcriptional regulator, LuxR family  23.38 
 
 
237 aa  83.6  0.000000000000003  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.27907  n/a   
 
 
-
 
NC_011991  Avi_9665  two-component transcriptional regulator LuxR family  28.02 
 
 
240 aa  83.2  0.000000000000003  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.024682  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2150  DNA-binding transcriptional activator SdiA  30.11 
 
 
240 aa  83.6  0.000000000000003  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000560081  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1044  DNA-binding transcriptional activator SdiA  30.11 
 
 
240 aa  83.6  0.000000000000003  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.000369866  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3796  LuxR family transcriptional regulator  28.27 
 
 
237 aa  83.2  0.000000000000003  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00301827 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4641  LuxR family transcriptional regulator  30.22 
 
 
235 aa  82.8  0.000000000000004  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.226579  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4114  putative transcriptional activator  28.09 
 
 
213 aa  82.8  0.000000000000004  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.605496  normal  0.314154 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1231  ATP-dependent transcription regulator LuxR  27.18 
 
 
234 aa  82.4  0.000000000000005  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.681253  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5462  LuxR family transcriptional regulator  27.88 
 
 
245 aa  81.6  0.000000000000009  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.191354 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0402  regulatory protein, LuxR  26.67 
 
 
242 aa  81.6  0.000000000000009  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2330  transcriptional regulator, LuxR family  28.18 
 
 
240 aa  80.9  0.00000000000001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.20021  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1836  transcriptional regulator, LuxR family  24.58 
 
 
245 aa  81.3  0.00000000000001  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.28867  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0958  transcriptional activator protein LuxR  28.18 
 
 
247 aa  81.3  0.00000000000001  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0323  transcriptional regulator, LuxR family  28.1 
 
 
243 aa  80.9  0.00000000000002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4514  autoinducer-binding domain-containing protein  29.7 
 
 
243 aa  80.5  0.00000000000002  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.447162  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4977  transcriptional regulator, LuxR family  29.7 
 
 
243 aa  80.1  0.00000000000002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.637652  normal  0.142556 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3840  transcriptional regulator, LuxR family  26.18 
 
 
251 aa  79.7  0.00000000000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1817  ATP-dependent transcription regulator LuxR  26.49 
 
 
241 aa  79.3  0.00000000000004  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.985291  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2174  regulatory protein, LuxR  28.64 
 
 
240 aa  79.3  0.00000000000004  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.795683 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1815  putative transcriptional regulator  29.3 
 
 
265 aa  79.3  0.00000000000004  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.319475  normal  0.33301 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5910  LuxR family transcriptional regulator  28.23 
 
 
237 aa  79.7  0.00000000000004  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0531603  decreased coverage  0.00148471 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3321  LuxR family transcriptional regulator  30.05 
 
 
240 aa  79  0.00000000000005  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.214587 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4299  LuxR family transcriptional regulator  26.79 
 
 
237 aa  79  0.00000000000006  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.190696 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4980  LuxR family transcriptional regulator  26.79 
 
 
237 aa  79  0.00000000000006  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3180  LuxR family transcriptional regulator  26.79 
 
 
237 aa  79  0.00000000000006  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.100011 
 
 
-
 
NC_006348  BMA0641  ATP-dependent transcription regulator LuxR  26.49 
 
 
241 aa  78.6  0.00000000000007  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0312274  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2798  ATP-dependent transcription regulator LuxR  26.49 
 
 
237 aa  78.6  0.00000000000007  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.675669  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2672  ATP-dependent transcription regulator LuxR  26.49 
 
 
241 aa  78.6  0.00000000000007  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2729  ATP-dependent transcription regulator LuxR  26.49 
 
 
241 aa  78.6  0.00000000000007  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0930619  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1686  ATP-dependent transcription regulator LuxR  26.49 
 
 
237 aa  78.6  0.00000000000007  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0643903  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2915  ATP-dependent transcription regulator LuxR  26.49 
 
 
237 aa  78.6  0.00000000000007  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.454836  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2371  ATP-dependent transcription regulator LuxR  26.49 
 
 
241 aa  78.6  0.00000000000007  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.440892  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2503  DNA-binding transcriptional activator SdiA  29.95 
 
 
240 aa  78.6  0.00000000000008  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.000339648  normal  0.514976 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1293  DNA-binding transcriptional activator SdiA  30.93 
 
 
240 aa  78.6  0.00000000000009  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.746399  hitchhiker  0.0000202879 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2106  DNA-binding transcriptional activator SdiA  30.93 
 
 
240 aa  78.6  0.00000000000009  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.010871 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1652  ATP-dependent transcription regulator LuxR  26.7 
 
 
234 aa  77.8  0.0000000000001  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.643432  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0142  N-acyl-homoserine lactone dependent regulatory protein  26.7 
 
 
234 aa  77.8  0.0000000000001  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0163426  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2112  DNA-binding transcriptional activator SdiA  30.93 
 
 
240 aa  77.8  0.0000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.722664  hitchhiker  0.0000000000000595752 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4116  LuxR family transcriptional regulator  27.75 
 
 
239 aa  78.2  0.0000000000001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0201758  hitchhiker  0.00877352 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>