More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bamb_5019 on replicon NC_008391
Organism: Burkholderia ambifaria AMMD



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008835  BMA10229_1485  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  81.07 
 
 		 452 aa  687    Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0058  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  81.07 
 
 		 452 aa  687    Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.593603  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4459  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  81.25 
 
 		 476 aa  689    Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.484308 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3160  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  97.83 
 
 		 457 aa  835    Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0048  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  81.07 
 
 		 452 aa  687    Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0056  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  81.07 
 
 		 452 aa  687    Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0457569  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1555  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  80.85 
 
 		 452 aa  686    Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3127  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  95.87 
 
 		 457 aa  830    Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4475  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  98.89 
 
 		 452 aa  869    Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5286  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  93.33 
 
 		 451 aa  776    Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.335784  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0048  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  82.85 
 
 		 465 aa  689    Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0645  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  78.57 
 
 		 459 aa  666    Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0741414 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0069  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  81.07 
 
 		 452 aa  686    Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.675451  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5111  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  97.77 
 
 		 406 aa  733    Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5019  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  100 
 
 		 460 aa  904    Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.646656  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4314  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  79.24 
 
 		 459 aa  663    Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.417348  normal  0.728676 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1202  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  81.07 
 
 		 452 aa  687    Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5748  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  98.22 
 
 		 452 aa  863    Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.955684  normal  0.122503 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5023  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  59.68 
 
 		 462 aa  461  9.999999999999999e-129  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.261629  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4015  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  57.99 
 
 		 490 aa  454  1.0000000000000001e-126  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0773124  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2125  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  54.27 
 
 		 453 aa  445  1e-123  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.101059  normal  0.398562 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2456  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  59.27 
 
 		 453 aa  443  1e-123  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.786558  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2341  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  53.49 
 
 		 453 aa  441  9.999999999999999e-123  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1379  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  54.06 
 
 		 450 aa  424  1e-117  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.449914  normal  0.617034 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4344  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  54.06 
 
 		 450 aa  425  1e-117  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.339693  normal  0.0393048 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2063  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  59.27 
 
 		 453 aa  417  9.999999999999999e-116  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.146832  normal  0.884924 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1019  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  53.6 
 
 		 450 aa  416  9.999999999999999e-116  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00531997 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1273  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  52.9 
 
 		 454 aa  414  1e-114  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.281218  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2251  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  59.4 
 
 		 453 aa  407  1.0000000000000001e-112  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  decreased coverage  0.001838  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_02830  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  57.37 
 
 		 459 aa  407  1.0000000000000001e-112  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00289129 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_38190  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  54.05 
 
 		 450 aa  408  1.0000000000000001e-112  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.569484  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0316  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  57.6 
 
 		 459 aa  404  1e-111  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4435  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  53.69 
 
 		 450 aa  397  1e-109  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.115184  normal  0.0129696 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2505  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  53.3 
 
 		 452 aa  394  1e-108  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02908  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  52.13 
 
 		 450 aa  367  1e-100  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4409  fumarate lyase  46.67 
 
 		 446 aa  367  1e-100  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.816365 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4598  fumarate lyase  46 
 
 		 458 aa  350  4e-95  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.604906  normal  0.691601 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2418  fumarate lyase  44.93 
 
 		 448 aa  348  1e-94  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.259458 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2745  fumarate lyase  45.73 
 
 		 473 aa  347  2e-94  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.632463  normal  0.0578708 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4557  fumarate lyase  42.66 
 
 		 449 aa  346  6e-94  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1536  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  45.58 
 
 		 438 aa  342  5.999999999999999e-93  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0157227  normal  0.182398 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1439  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  46.36 
 
 		 460 aa  342  1e-92  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.535279 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3487  fumarate lyase  41.96 
 
 		 450 aa  338  8e-92  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1483  fumarate lyase  44.29 
 
 		 450 aa  337  1.9999999999999998e-91  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.151746  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3811  fumarate lyase  42.19 
 
 		 449 aa  335  9e-91  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.647921  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0757  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  45.96 
 
 		 457 aa  332  9e-90  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.3705  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0014  fumarate lyase  44.16 
 
 		 450 aa  330  2e-89  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  unclonable  0.000000353189  n/a   
 
 
-
 
BN001302  ANIA_04011  conserved hypothetical protein  41.03 
 
 		 476 aa  318  1e-85  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.981247  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7931  3-carboxy-cis,cis-muconate cyclo-isomerase  49.77 
 
 		 452 aa  318  1e-85  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.46399  normal  0.48372 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3622  fumarate lyase  42.33 
 
 		 456 aa  318  2e-85  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0741551  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_21250  adenylosuccinate lyase  42.96 
 
 		 452 aa  307  2.0000000000000002e-82  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0991556  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1072  adenylosuccinate lyase  46.45 
 
 		 455 aa  305  1.0000000000000001e-81  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0215  adenylosuccinate lyase  38.48 
 
 		 454 aa  288  1e-76  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.314002  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1579  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  46.1 
 
 		 448 aa  282  9e-75  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.13236  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3997  adenylosuccinate lyase  38.02 
 
 		 454 aa  282  9e-75  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  hitchhiker  0.00709346  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4374  adenylosuccinate lyase  37.41 
 
 		 451 aa  280  5e-74  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  hitchhiker  6.25048e-22 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4188  adenylosuccinate lyase  38.02 
 
 		 454 aa  280  5e-74  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0170  adenylosuccinate lyase  38.25 
 
 		 454 aa  279  6e-74  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  decreased coverage  0.00265741  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1657  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  45.27 
 
 		 404 aa  272  9e-72  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.919998 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1855  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  43.26 
 
 		 419 aa  265  1e-69  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.354329  normal  0.137347 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_18830  adenylosuccinate lyase  38.88 
 
 		 477 aa  258  2e-67  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.0801563 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_13030  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  44.63 
 
 		 462 aa  256  8e-67  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1630  adenylosuccinate lyase  39.55 
 
 		 477 aa  254  2.0000000000000002e-66  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1631  adenylosuccinate lyase  37.41 
 
 		 483 aa  253  3e-66  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2695  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  40.98 
 
 		 453 aa  253  4.0000000000000004e-66  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.0450627  normal  0.5058 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3324  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  44.44 
 
 		 402 aa  248  1e-64  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_18850  adenylosuccinate lyase  36.72 
 
 		 483 aa  248  2e-64  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.110706 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0005  adenylosuccinate lyase  36.93 
 
 		 454 aa  246  4.9999999999999997e-64  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1906  putative lyase  34.45 
 
 		 445 aa  244  1.9999999999999999e-63  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0280  adenylosuccinate lyase  36.3 
 
 		 454 aa  244  3e-63  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3210  adenylosuccinate lyase  36.55 
 
 		 452 aa  239  5e-62  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.127423  normal  1 
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1393  adenylosuccinate lyase  36.64 
 
 		 455 aa  239  9e-62  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  hitchhiker  0.00268576  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1055  fumarate lyase  38.33 
 
 		 488 aa  239  9e-62  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.0660253 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2958  adenylosuccinate lyase  38 
 
 		 471 aa  238  2e-61  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.121926  hitchhiker  0.00625137 
 
 
-
 
NC_003912  CJE1582  adenylosuccinate lyase  36.28 
 
 		 455 aa  237  3e-61  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3852  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  48.38 
 
 		 384 aa  236  8e-61  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0767232  normal  0.573525 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2084  fumarate lyase  43.03 
 
 		 451 aa  235  1.0000000000000001e-60  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.252524  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0298  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  38.37 
 
 		 444 aa  235  1.0000000000000001e-60  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4654  fumarate lyase  43.52 
 
 		 451 aa  234  2.0000000000000002e-60  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.179746  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4654  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  41.26 
 
 		 464 aa  226  5.0000000000000005e-58  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.0817649  n/a   
 
 
-
 
NC_008697  Noca_4837  fumarate lyase  36.53 
 
 		 450 aa  224  3e-57  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.616525  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2833  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  44.04 
 
 		 464 aa  220  3.9999999999999997e-56  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.23357  normal  1 
 
 
-
 
NC_008697  Noca_4818  fumarate lyase  34.83 
 
 		 451 aa  211  2e-53  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.327057  normal  1 
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2385  fumarate lyase  41.31 
 
 		 463 aa  211  2e-53  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.72571  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1160  adenylosuccinate lyase  35.03 
 
 		 446 aa  210  4e-53  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009717  Xaut_5054  fumarate lyase  34.66 
 
 		 456 aa  210  4e-53  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0605282  normal  0.269052 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2457  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  44.02 
 
 		 383 aa  207  3e-52  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.00336692  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1121  adenylosuccinate lyase  33.79 
 
 		 447 aa  202  8e-51  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0673  adenylosuccinate lyase  33.56 
 
 		 448 aa  199  1.0000000000000001e-49  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2324  fumarate lyase  35.64 
 
 		 500 aa  197  3e-49  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.387168  normal  1 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0824  adenylosuccinate lyase  31.65 
 
 		 446 aa  196  8.000000000000001e-49  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  0.116488 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0910  fumarate lyase  39.44 
 
 		 458 aa  196  9e-49  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0986  adenylosuccinate lyase  31.81 
 
 		 448 aa  195  2e-48  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  hitchhiker  0.00836427  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0794  adenylosuccinate lyase  31.81 
 
 		 449 aa  193  4e-48  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.652976  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1218  adenylosuccinate lyase  37.54 
 
 		 445 aa  191  2.9999999999999997e-47  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0216  adenylosuccinate lyase  32.49 
 
 		 449 aa  190  4e-47  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  1  normal  0.595584 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1648  adenylosuccinate lyase  30.19 
 
 		 431 aa  189  9e-47  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1684  adenylosuccinate lyase  32.49 
 
 		 449 aa  189  1e-46  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.29073  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0294  adenylosuccinate lyase  31.81 
 
 		 449 aa  188  2e-46  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  0.437352  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0455  Adenylosuccinate lyase  30.8 
 
 		 430 aa  182  1e-44  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.547071  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>