More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bamb_4936 on replicon NC_008391
Organism: Burkholderia ambifaria AMMD



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010086  Bmul_3191  2-nitropropane dioxygenase NPD  85.89 
 
 
492 aa  757    Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.269993 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4936  2-nitropropane dioxygenase, NPD  100 
 
 
492 aa  966    Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.121654 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3841  2-nitropropane dioxygenase, NPD  61.09 
 
 
506 aa  524  1e-147  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.278341  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3114  2-nitropropane dioxygenase NPD  60.46 
 
 
492 aa  521  1e-146  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6053  2-nitropropane dioxygenase NPD  54.18 
 
 
341 aa  295  1e-78  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.146292 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0035  hypothetical protein  81.97 
 
 
167 aa  201  1.9999999999999998e-50  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2965  2-nitropropane dioxygenase NPD  38.1 
 
 
338 aa  200  6e-50  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.752049  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_7089  2-nitropropane dioxygenase NPD  35.9 
 
 
329 aa  175  1.9999999999999998e-42  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6379  2-nitropropane dioxygenase NPD  59.02 
 
 
277 aa  172  1e-41  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.228941  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1141  2-nitropropane dioxygenase, NPD  38.79 
 
 
338 aa  167  5e-40  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.487634  normal  0.166905 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0758  2-nitropropane dioxygenase NPD  35.44 
 
 
331 aa  158  2e-37  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1358  enoyl-(acyl-carrier-protein) reductase II  33.02 
 
 
316 aa  159  2e-37  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.0000252963  normal  0.0405419 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1852  2-nitropropane dioxygenase-like protein  34.6 
 
 
317 aa  156  9e-37  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.00272263  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7147  2-nitropropane dioxygenase, NPD  32.43 
 
 
360 aa  154  5e-36  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0690438  normal 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1099  enoyl-(acyl-carrier-protein) reductase II  35.8 
 
 
326 aa  145  2e-33  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  unclonable  0.00000000664093  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2452  2-nitropropane dioxygenase NPD  35.74 
 
 
345 aa  144  3e-33  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0612  2-nitropropane dioxygenase NPD  38.39 
 
 
323 aa  144  4e-33  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  decreased coverage  0.000000694328  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1035  2-nitropropane dioxygenase NPD  32.59 
 
 
317 aa  142  1.9999999999999998e-32  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.0997484  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1483  2-nitropropane dioxygenase, NPD  33.64 
 
 
335 aa  140  7e-32  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3758  2-nitropropane dioxygenase NPD  38.63 
 
 
334 aa  139  7.999999999999999e-32  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1419  nitropropane dioxygenase  29.51 
 
 
363 aa  139  7.999999999999999e-32  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6828  2-nitropropane dioxygenase NPD  32.42 
 
 
325 aa  139  1e-31  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.670939  normal 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_10270  enoyl-(acyl-carrier-protein) reductase II  36.04 
 
 
320 aa  138  2e-31  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.0212117  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0922  2-nitropropane dioxygenase, NPD  34.15 
 
 
319 aa  138  3.0000000000000003e-31  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1587  2-nitropropane dioxygenase, NPD  30.86 
 
 
309 aa  136  7.000000000000001e-31  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  hitchhiker  0.00000431839  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2074  2-nitropropane dioxygenase, NPD  31.48 
 
 
315 aa  136  7.000000000000001e-31  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000655776  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1725  2-nitropropane dioxygenase, NPD  31.6 
 
 
313 aa  136  8e-31  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.0000021316  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1401  2-nitropropane dioxygenase NPD  39.29 
 
 
324 aa  135  9.999999999999999e-31  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1008  2-nitropropane dioxygenase, NPD  35.87 
 
 
323 aa  135  1.9999999999999998e-30  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3013  2-nitropropane dioxygenase NPD  33.13 
 
 
324 aa  135  1.9999999999999998e-30  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.95223  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6901  2-nitropropane dioxygenase NPD  32.73 
 
 
328 aa  134  3e-30  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3732  2-nitropropane dioxygenase, NPD  33.13 
 
 
324 aa  134  3.9999999999999996e-30  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1178  enoyl-(acyl-carrier-protein) reductase II  32.21 
 
 
316 aa  134  5e-30  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  unclonable  0.00000000736816  hitchhiker  0.00901561 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1075  2-nitropropane dioxygenase, NPD  34.14 
 
 
328 aa  133  6.999999999999999e-30  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.192705  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3924  nitropropane dioxygenase  28.69 
 
 
363 aa  133  7.999999999999999e-30  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0946  2-nitropropane dioxygenase, NPD  41.53 
 
 
313 aa  133  7.999999999999999e-30  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.00349563  normal 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0311  dioxygenase  36.8 
 
 
321 aa  133  9e-30  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3819  enoyl-(acyl-carrier-protein) reductase II  34.68 
 
 
315 aa  132  1.0000000000000001e-29  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000661973  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1257  2-nitropropane dioxygenase (nitroalkane oxidase)  27.87 
 
 
364 aa  132  2.0000000000000002e-29  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_4186  2-nitropropane dioxygenase NPD  33.02 
 
 
329 aa  132  2.0000000000000002e-29  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.330981  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3433  2-nitropropane dioxygenase, NPD  32.4 
 
 
331 aa  132  2.0000000000000002e-29  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.995497  normal  0.0477625 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_28800  2-nitropropane dioxygenase-like enzyme  33.03 
 
 
324 aa  130  5.0000000000000004e-29  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal  0.135482 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1290  2-nitropropane dioxygenase NPD  27.6 
 
 
378 aa  130  6e-29  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.62886  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1088  2-nitropropane dioxygenase NPD  28.49 
 
 
363 aa  129  8.000000000000001e-29  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1255  2-nitropropane dioxygenase (nitroalkane oxidase)  27.87 
 
 
364 aa  129  1.0000000000000001e-28  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1457  2-nitropropane dioxygenase  27.6 
 
 
365 aa  129  1.0000000000000001e-28  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  0.907571 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1483  2-nitropropane dioxygenase  27.87 
 
 
364 aa  129  2.0000000000000002e-28  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010333  Caul_5309  2-nitropropane dioxygenase NPD  30.71 
 
 
380 aa  129  2.0000000000000002e-28  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.1832 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_3001  2-nitropropane dioxygenase, NPD  33.03 
 
 
328 aa  129  2.0000000000000002e-28  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.152083  normal 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0919  2-nitropropane dioxygenase, NPD  30.74 
 
 
355 aa  128  2.0000000000000002e-28  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3976  2-nitropropane dioxygenase, NPD  33.63 
 
 
341 aa  128  2.0000000000000002e-28  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.753497  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2021  2-nitropropane dioxygenase, NPD  31.25 
 
 
331 aa  129  2.0000000000000002e-28  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.01256  normal  0.586253 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0580  2-nitropropane dioxygenase NPD  32.59 
 
 
312 aa  129  2.0000000000000002e-28  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0937  2-nitropropane dioxygenase NPD  30.74 
 
 
355 aa  128  2.0000000000000002e-28  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1283  2-nitropropane dioxygenase  27.32 
 
 
364 aa  127  3e-28  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1526  2-nitropropane dioxygenase NPD  37.66 
 
 
355 aa  128  3e-28  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.172251  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1385  2-nitropropane dioxygenase  27.32 
 
 
364 aa  127  3e-28  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_3073  2-nitropropane dioxygenase, NPD  30.72 
 
 
327 aa  128  3e-28  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.479839  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0126  enoyl-(acyl-carrier-protein) reductase II  33.23 
 
 
314 aa  127  4.0000000000000003e-28  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.0317277  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0128  2-nitropropane dioxygenase, NPD  33.23 
 
 
314 aa  127  4.0000000000000003e-28  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.0565011  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2147  2-nitropropane dioxygenase NPD  30.79 
 
 
354 aa  127  4.0000000000000003e-28  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5534  2-nitropropane dioxygenase NPD  35.51 
 
 
323 aa  127  4.0000000000000003e-28  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1526  2-nitropropane dioxygenase  27.87 
 
 
364 aa  127  5e-28  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2942  2-nitropropane dioxygenase NPD  33.43 
 
 
350 aa  127  6e-28  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1248  2-nitropropane dioxygenase, NPD  30.93 
 
 
326 aa  127  6e-28  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.955135  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1554  2-nitropropane dioxygenase, NPD  37.5 
 
 
324 aa  126  7e-28  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.510846  normal  0.493902 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1638  2-nitropropane dioxygenase, NPD  30.93 
 
 
326 aa  126  7e-28  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.397206  normal  0.560122 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_7295  2-nitropropane dioxygenase NPD  39.38 
 
 
311 aa  126  8.000000000000001e-28  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3609  2-nitropropane dioxygenase, NPD  37.05 
 
 
323 aa  126  9e-28  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3068  2-nitropropane dioxygenase, NPD  38.31 
 
 
323 aa  125  2e-27  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0899956  normal 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0964  2-nitropropane dioxygenase NPD  36.68 
 
 
319 aa  125  2e-27  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.0729206  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3202  oxidoreductase, 2-nitropropane dioxygenase family  37.11 
 
 
323 aa  124  3e-27  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.306208  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2858  2-nitropropane dioxygenase NPD  33.02 
 
 
316 aa  124  3e-27  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4414  2-nitropropane dioxygenase NPD  40 
 
 
321 aa  124  4e-27  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5434  2-nitropropane dioxygenase NPD  33.75 
 
 
323 aa  124  4e-27  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.295794  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1435  2-nitropropane dioxygenase, NPD  43 
 
 
362 aa  124  5e-27  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.212936  normal 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3672  2-nitropropane dioxygenase  38.43 
 
 
311 aa  123  7e-27  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1989  2-nitropropane dioxygenase NPD  32.2 
 
 
325 aa  122  9.999999999999999e-27  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  normal  0.563999 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0640  2-nitropropane dioxygenase, NPD  33.03 
 
 
316 aa  122  1.9999999999999998e-26  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  hitchhiker  0.0000697959  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4296  2-nitropropane dioxygenase, NPD  29.79 
 
 
332 aa  121  3e-26  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.458916  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4067  2-nitropropane dioxygenase, NPD  29.79 
 
 
332 aa  121  3e-26  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4142  2-nitropropane dioxygenase, NPD  29.79 
 
 
332 aa  121  3e-26  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.480237  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2151  2-nitropropane dioxygenase NPD  29.69 
 
 
332 aa  120  3.9999999999999996e-26  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.64006  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3158  hypothetical protein  51.54 
 
 
163 aa  120  7e-26  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.616867  normal  0.429528 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2356  2-nitropropane dioxygenase NPD  39.5 
 
 
386 aa  120  7e-26  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal  0.0726815 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5355  2-nitropropane dioxygenase NPD  37 
 
 
328 aa  120  7.999999999999999e-26  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.660089  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0363  2-nitropropane dioxygenase NPD  30.63 
 
 
325 aa  119  9.999999999999999e-26  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1855  2-nitropropane dioxygenase, NPD  37.72 
 
 
327 aa  119  9.999999999999999e-26  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.798128  n/a   
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6053  2-nitropropane dioxygenase, NPD  32.34 
 
 
335 aa  119  1.9999999999999998e-25  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.483236  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2031  2-nitropropane dioxygenase, NPD  30.54 
 
 
342 aa  118  3e-25  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008532  STER_0431  trans-2-enoyl-ACP reductase II  30.58 
 
 
321 aa  118  3e-25  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1854  hypothetical protein  34.03 
 
 
316 aa  117  5e-25  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.0198092  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG0346  enoyl-(acyl-carrier-protein) reductase II  35.75 
 
 
319 aa  117  6e-25  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.182837  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3574  2-nitropropane dioxygenase, NPD  30.43 
 
 
331 aa  116  8.999999999999998e-25  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  decreased coverage  0.0000000129826  normal 
 
 
-
 
NC_002950  PG1416  enoyl-(acyl-carrier-protein) reductase II  38.05 
 
 
313 aa  116  1.0000000000000001e-24  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  0.578712 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0826  2-nitropropane dioxygenase NPD  29.48 
 
 
332 aa  115  1.0000000000000001e-24  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.289165  normal  0.500407 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3833  2-nitropropane dioxygenase, NPD  32.11 
 
 
324 aa  115  2.0000000000000002e-24  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1222  2-nitropropane dioxygenase, NPD  34.07 
 
 
305 aa  115  2.0000000000000002e-24  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal  0.925622 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1839  2-nitropropane dioxygenase NPD  33.94 
 
 
319 aa  115  2.0000000000000002e-24  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5269  2-nitropropane dioxygenase, NPD  38.2 
 
 
356 aa  114  3e-24  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.353912 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>