200 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bamb_4918 on replicon NC_008391
Organism: Burkholderia ambifaria AMMD



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008391  Bamb_4918  SMP-30/gluconolaconase/LRE domain-containing protein  100 
 
 
299 aa  600  1.0000000000000001e-171  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.117058  normal  0.866361 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0048  L-arabinonolactonase  87.04 
 
 
300 aa  524  1e-148  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.21615  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5221  SMP-30/gluconolaconase/LRE-like region  86.71 
 
 
300 aa  520  1e-146  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5638  SMP-30/gluconolaconase/LRE domain-containing protein  86.71 
 
 
300 aa  520  1e-146  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.700082  normal  0.0168857 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4591  SMP-30/gluconolaconase/LRE domain-containing protein  87.16 
 
 
300 aa  517  1.0000000000000001e-145  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00253275 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3209  SMP-30/gluconolaconase/LRE domain-containing protein  84.3 
 
 
301 aa  498  1e-140  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.0193044 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5473  SMP-30/gluconolaconase/LRE domain-containing protein  87.92 
 
 
299 aa  495  1e-139  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.0410042 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0622  senescence marker protein-30 family protein  73.04 
 
 
311 aa  407  1.0000000000000001e-112  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.389128  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0845  senescence marker protein-30 family protein  73.04 
 
 
311 aa  407  1.0000000000000001e-112  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1143  gluconolactonase  73.04 
 
 
311 aa  405  1.0000000000000001e-112  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.68325  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1810  senescence marker protein-30 family protein  73.04 
 
 
311 aa  407  1.0000000000000001e-112  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1058  senescence marker protein-30 family protein  72.7 
 
 
311 aa  404  1e-111  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2356  senescence marker protein-30 family protein  72.35 
 
 
311 aa  400  9.999999999999999e-111  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1625  senescence marker protein-30 family protein  72.6 
 
 
310 aa  399  9.999999999999999e-111  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3407  SMP-30/Gluconolaconase/LRE domain protein  63.01 
 
 
300 aa  343  1e-93  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.13947  normal  0.0742686 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2611  SMP-30/gluconolaconase/LRE domain-containing protein  60.2 
 
 
309 aa  339  2.9999999999999998e-92  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.170386 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0550  L-arabinonolactonase  66.43 
 
 
304 aa  337  1.9999999999999998e-91  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.621286  normal  0.431982 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2994  SMP-30/Gluconolaconase/LRE domain protein  51.18 
 
 
304 aa  263  3e-69  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.412095  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2584  SMP-30/Gluconolaconase/LRE domain protein  50.17 
 
 
304 aa  261  8e-69  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2755  hypothetical protein  52.36 
 
 
303 aa  253  2.0000000000000002e-66  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.334703  normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00122  regucalcin  40.27 
 
 
303 aa  196  6e-49  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.235017  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3664  SMP-30/gluconolaconase/LRE domain-containing protein  37.68 
 
 
304 aa  157  3e-37  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  decreased coverage  0.0000466286  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2046  SMP-30/gluconolaconase/LRE domain-containing protein  35.64 
 
 
302 aa  156  5.0000000000000005e-37  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00681526  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2014  SMP-30/gluconolaconase/LRE domain-containing protein  32.53 
 
 
289 aa  155  6e-37  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.169753  normal 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6939  gluconolactonase  36.49 
 
 
308 aa  155  6e-37  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.000441161  normal  0.601759 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3531  SMP-30/gluconolaconase/LRE-like region  35.74 
 
 
309 aa  152  5e-36  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2649  regucalcin family protein  33.22 
 
 
300 aa  152  8.999999999999999e-36  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00899995  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2681  SMP-30/gluconolaconase/LRE domain-containing protein  35.05 
 
 
574 aa  151  1e-35  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2373  regucalcin-like protein  32.42 
 
 
303 aa  148  1.0000000000000001e-34  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2566  regucalcin family protein  32.08 
 
 
300 aa  147  2.0000000000000003e-34  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2339  regucalcin-like protein  32.42 
 
 
300 aa  146  4.0000000000000006e-34  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2759  regucalcin family protein  31.4 
 
 
300 aa  144  1e-33  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000000386621 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1987  SMP-30/CGR1 family protein  31.69 
 
 
288 aa  144  1e-33  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0015  gluconolactonase  31.69 
 
 
288 aa  144  1e-33  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2611  regucalcin family protein  31.36 
 
 
300 aa  141  9.999999999999999e-33  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.00251849  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2143  hypothetical protein  35.23 
 
 
291 aa  141  9.999999999999999e-33  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2088  hypothetical protein  32.51 
 
 
300 aa  138  8.999999999999999e-32  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000545594 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2186  senescence marker protein-30 (SMP-30)  37.15 
 
 
292 aa  137  2e-31  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2162  SMP-30/Gluconolaconase/LRE domain protein  32.14 
 
 
330 aa  137  3.0000000000000003e-31  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.15283  hitchhiker  0.000142623 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1974  SMP-30/gluconolaconase/LRE domain-containing protein  32.21 
 
 
302 aa  135  8e-31  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.18647  hitchhiker  0.00196761 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1323  SMP-30/gluconolaconase/LRE domain-containing protein  36.62 
 
 
287 aa  135  8e-31  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.198758  normal  0.707681 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2001  SMP-30/gluconolaconase/LRE domain-containing protein  32.21 
 
 
302 aa  134  1.9999999999999998e-30  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00903181  hitchhiker  0.0000000314659 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1813  SMP-30/Gluconolaconase/LRE domain protein  32.11 
 
 
293 aa  132  5e-30  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal  0.869871 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4190  SMP-30/Gluconolaconase/LRE domain protein  34.18 
 
 
301 aa  132  6e-30  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4078  SMP-30/Gluconolaconase/LRE domain protein  34.18 
 
 
301 aa  132  6e-30  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.62753  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0398  SMP-30/Gluconolaconase/LRE domain protein  36.24 
 
 
302 aa  132  6.999999999999999e-30  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal  0.993472 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0063  SMP-30/Gluconolaconase/LRE domain protein  31.14 
 
 
292 aa  130  2.0000000000000002e-29  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0453  gluconolactonase  34.38 
 
 
289 aa  130  2.0000000000000002e-29  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1727  gluconolactonase  35 
 
 
296 aa  130  3e-29  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.392106  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2370  senescence marker protein-30 (SMP-30)  34.45 
 
 
290 aa  129  4.0000000000000003e-29  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0343069  normal  0.816592 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2637  senescence marker protein-30 family protein  35.03 
 
 
290 aa  129  5.0000000000000004e-29  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0164591  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4002  SMP-30/gluconolaconase/LRE domain-containing protein  33.33 
 
 
293 aa  129  8.000000000000001e-29  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.846723 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1362  Xylono-1,4-lactonase  34.66 
 
 
294 aa  129  8.000000000000001e-29  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2314  SMP-30/Gluconolaconase/LRE domain protein  29.17 
 
 
295 aa  128  1.0000000000000001e-28  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.122885  normal  0.0745328 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2670  SMP-30/gluconolaconase/LRE domain-containing protein  31.36 
 
 
574 aa  127  2.0000000000000002e-28  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.142476  normal 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3586  SMP-30/gluconolaconase/LRE domain-containing protein  34.29 
 
 
569 aa  127  3e-28  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.63579  normal 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3297  response regulator receiver protein  35.13 
 
 
279 aa  126  5e-28  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.402229  normal  0.818338 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2591  gluconolactonase  36.98 
 
 
312 aa  125  6e-28  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  decreased coverage  0.000189317  normal  0.0284024 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2536  SMP-30/gluconolaconase/LRE domain-containing protein  31.01 
 
 
346 aa  125  6e-28  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2750  SMP-30/gluconolaconase/LRE domain-containing protein  38 
 
 
280 aa  125  1e-27  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3831  senescence marker protein-30 (SMP-30)  36.64 
 
 
283 aa  124  2e-27  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.209779  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1240  SMP-30/Gluconolaconase/LRE domain protein  34.36 
 
 
286 aa  124  2e-27  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.138164 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1529  SMP-30/gluconolaconase/LRE domain-containing protein  30.5 
 
 
292 aa  124  2e-27  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.24531 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3180  SMP-30/gluconolaconase/LRE domain protein  30.66 
 
 
346 aa  123  3e-27  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5506  SMP-30/Gluconolaconase/LRE domain protein  33.1 
 
 
293 aa  120  1.9999999999999998e-26  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2084  SMP-30/gluconolaconase/LRE domain-containing protein  33.95 
 
 
300 aa  119  4.9999999999999996e-26  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.206563  normal  0.0169669 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2337  SMP-30/gluconolaconase/LRE domain-containing protein  29.47 
 
 
289 aa  119  4.9999999999999996e-26  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.992536  normal  0.0209348 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1040  SMP-30/Gluconolaconase/LRE domain protein  33.45 
 
 
312 aa  119  6e-26  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.367735  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1799  gluconolactonase  34.47 
 
 
309 aa  119  7e-26  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.328228  hitchhiker  0.000281102 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0500  SMP-30/Gluconolaconase/LRE domain protein  33.33 
 
 
295 aa  118  9.999999999999999e-26  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.922972 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4867  SMP-30/Gluconolaconase/LRE domain protein  33.22 
 
 
309 aa  118  9.999999999999999e-26  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0126426  normal  0.175747 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0543  SMP-30/Gluconolaconase/LRE domain protein  33.21 
 
 
295 aa  118  9.999999999999999e-26  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_0519  SMP-30/Gluconolaconase/LRE domain protein  28.22 
 
 
285 aa  117  1.9999999999999998e-25  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  0.530056  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0183  SMP-30/Gluconolaconase/LRE domain protein  32.57 
 
 
316 aa  117  1.9999999999999998e-25  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.0284148  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0435  SMP-30/gluconolaconase/LRE domain-containing protein  31.52 
 
 
294 aa  117  3e-25  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.369431 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0165  gluconolactonase  32.24 
 
 
316 aa  116  5e-25  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5842  SMP-30/gluconolaconase/LRE domain-containing protein  29.37 
 
 
311 aa  115  6e-25  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5252  SMP-30/Gluconolaconase/LRE domain protein  29.33 
 
 
281 aa  115  1.0000000000000001e-24  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009367  OSTLU_41751  predicted protein  33.92 
 
 
328 aa  115  1.0000000000000001e-24  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  hitchhiker  0.0000000044531  hitchhiker  0.0048622 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0514  SMP-30/gluconolaconase/LRE domain-containing protein  31.4 
 
 
294 aa  114  2.0000000000000002e-24  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3214  gluconolactonase  32.02 
 
 
290 aa  114  2.0000000000000002e-24  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1592  SMP-30/gluconolaconase/LRE domain-containing protein  33.11 
 
 
300 aa  114  2.0000000000000002e-24  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6028  transcriptional regulator, IclR family  31.14 
 
 
546 aa  113  3e-24  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0187184  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4143  gluconolactonase  32.45 
 
 
291 aa  113  3e-24  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.670498  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0916  calcium-binding protein regucalcin  34.74 
 
 
293 aa  113  3e-24  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.722719  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_3160  senescence marker protein-30 (SMP-30)  33.68 
 
 
289 aa  113  4.0000000000000004e-24  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0279  gluconolactonase  34.13 
 
 
295 aa  113  5e-24  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.27578  normal  0.327592 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_0075  SMP-30/gluconolaconase/LRE domain-containing protein  34.36 
 
 
289 aa  111  1.0000000000000001e-23  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  normal  0.72815 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0016  SMP-30/Gluconolaconase/LRE domain protein  32.06 
 
 
294 aa  110  2.0000000000000002e-23  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.726882 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2259  gluconolactonase  32.46 
 
 
315 aa  110  2.0000000000000002e-23  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0162749  unclonable  0.0000000178231 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4446  SMP-30/Gluconolaconase/LRE domain protein  30.42 
 
 
300 aa  110  3e-23  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0439453  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_51450  gluconolactonase  33.9 
 
 
284 aa  110  3e-23  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4580  SMP-30/Gluconolaconase/LRE domain protein  30.42 
 
 
300 aa  110  3e-23  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.738583 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3696  SMP-30/gluconolaconase/LRE domain-containing protein  32.98 
 
 
296 aa  110  4.0000000000000004e-23  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3588  SMP-30/gluconolaconase/LRE-like region  30.25 
 
 
292 aa  109  5e-23  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0015  SMP-30/gluconolaconase/LRE domain-containing protein  31.12 
 
 
294 aa  108  8.000000000000001e-23  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0747  senescence marker protein-30 (SMP-30)  31.12 
 
 
284 aa  108  1e-22  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013745  Htur_4476  SMP-30/Gluconolaconase/LRE domain protein  33.08 
 
 
290 aa  108  1e-22  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  0.0784664  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0014  SMP-30/Gluconolaconase/LRE domain protein  29.79 
 
 
294 aa  107  2e-22  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3491  SMP-30/gluconolaconase/LRE-like region  32.4 
 
 
281 aa  107  2e-22  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>