More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bamb_4664 on replicon NC_008391
Organism: Burkholderia ambifaria AMMD



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008391  Bamb_4664  shikimate 5-dehydrogenase  100 
 
 
284 aa  572  1e-162  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.589898  normal  0.583924 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5192  shikimate 5-dehydrogenase  98.24 
 
 
284 aa  565  1e-160  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.746305 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0345  shikimate 5-dehydrogenase  95.42 
 
 
284 aa  493  1e-138  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.916967  normal  0.720007 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3064  shikimate 5-dehydrogenase  93.66 
 
 
284 aa  489  1e-137  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5303  shikimate 5-dehydrogenase  93.66 
 
 
284 aa  489  1e-137  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.0352079 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4965  shikimate 5-dehydrogenase  93.66 
 
 
284 aa  489  1e-137  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.0261415 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3420  shikimate 5-dehydrogenase  91.35 
 
 
289 aa  460  1e-128  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0516943  normal  0.167185 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_2208  shikimate 5-dehydrogenase  79.58 
 
 
284 aa  402  1e-111  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0893  shikimate 5-dehydrogenase  79.58 
 
 
284 aa  402  1e-111  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.171328  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1754  shikimate 5-dehydrogenase  79.58 
 
 
284 aa  402  1e-111  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.198827  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0850  shikimate 5-dehydrogenase  79.23 
 
 
284 aa  400  1e-110  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0580  shikimate 5-dehydrogenase  79.23 
 
 
284 aa  399  1e-110  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1897  shikimate 5-dehydrogenase  79.23 
 
 
284 aa  399  1e-110  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4569  shikimate 5-dehydrogenase  75.36 
 
 
304 aa  399  1e-110  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.988976  normal 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0483  shikimate 5-dehydrogenase  79.58 
 
 
284 aa  400  1e-110  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2057  shikimate 5-dehydrogenase  79.58 
 
 
284 aa  393  1e-108  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0884  shikimate 5-dehydrogenase  73.57 
 
 
296 aa  372  1e-102  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0118  shikimate 5-dehydrogenase  65.6 
 
 
291 aa  330  2e-89  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.758312  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4903  shikimate 5-dehydrogenase  61.7 
 
 
284 aa  328  7e-89  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003296  RSp1398  shikimate 5-dehydrogenase  69.18 
 
 
315 aa  325  5e-88  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  hitchhiker  0.000150041  normal  0.643629 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_38080  shikimate 5-dehydrogenase  66.06 
 
 
284 aa  321  9e-87  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.797056  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2132  shikimate 5-dehydrogenase  61.07 
 
 
284 aa  314  1e-84  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.123171  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2348  shikimate 5-dehydrogenase, putative  60.65 
 
 
284 aa  308  6e-83  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.43472  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1912  shikimate 5-dehydrogenase  59.22 
 
 
282 aa  305  8e-82  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.820542  normal  0.253219 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5698  shikimate 5-dehydrogenase  59.35 
 
 
299 aa  304  1e-81  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.341043  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2406  shikimate 5-dehydrogenase  59.43 
 
 
282 aa  302  4e-81  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_03020  shikimate 5-dehydrogenase  60.99 
 
 
284 aa  301  1e-80  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000201937 
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2374  shikimate 5-dehydrogenase  59.93 
 
 
289 aa  300  2e-80  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2247  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  60.56 
 
 
292 aa  299  3e-80  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.261853  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0329  shikimate 5-dehydrogenase  60.87 
 
 
278 aa  299  3e-80  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.24235  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3289  shikimate 5-dehydrogenase  59.07 
 
 
282 aa  298  6e-80  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.618073 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2040  shikimate 5-dehydrogenase  58.36 
 
 
282 aa  296  2e-79  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.842464 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3465  shikimate 5-dehydrogenase  56.38 
 
 
286 aa  288  5e-77  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.259749  normal 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5454  shikimate 5-dehydrogenase  58.01 
 
 
289 aa  287  1e-76  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.558316  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3856  shikimate 5-dehydrogenase  58.01 
 
 
293 aa  281  1e-74  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_4080  shikimate 5-dehydrogenase  57.3 
 
 
293 aa  278  8e-74  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5094  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain-containing protein  53.69 
 
 
310 aa  269  3e-71  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal  0.0348844 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4426  shikimate 5-dehydrogenase  55.6 
 
 
289 aa  268  9e-71  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5913  shikimate 5-dehydrogenase  52.38 
 
 
304 aa  232  5e-60  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.705052  decreased coverage  0.00175054 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1590  shikimate 5-dehydrogenase  49.25 
 
 
276 aa  214  2e-54  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.494855  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6119  shikimate 5-dehydrogenase  42.65 
 
 
293 aa  196  3e-49  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.288801 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4753  shikimate 5-dehydrogenase  40.43 
 
 
285 aa  176  4e-43  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.236468  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3919  shikimate dehydrogenase substrate binding subunit  35.71 
 
 
289 aa  166  4e-40  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.509677  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0120  shikimate 5-dehydrogenase  42.91 
 
 
296 aa  165  8e-40  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.115547  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0293  shikimate dehydrogenase  37.37 
 
 
288 aa  156  4e-37  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0450  shikimate 5-dehydrogenase  31.65 
 
 
278 aa  149  6e-35  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  0.0121036  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3109  shikimate 5-dehydrogenase  36.84 
 
 
286 aa  143  3e-33  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0183  shikimate 5-dehydrogenase  30.07 
 
 
280 aa  138  9e-32  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0743  shikimate 5-dehydrogenase  31.65 
 
 
280 aa  138  1e-31  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.738673  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0524  shikimate 5-dehydrogenase  32.86 
 
 
290 aa  135  6e-31  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2671  shikimate 5-dehydrogenase  35.79 
 
 
279 aa  135  6e-31  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.134722  normal  0.358722 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4454  shikimate 5-dehydrogenase  34.17 
 
 
277 aa  135  7e-31  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.809096  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4415  shikimate 5-dehydrogenase  33.21 
 
 
277 aa  134  1e-30  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3572  shikimate 5-dehydrogenase  35.16 
 
 
284 aa  134  1e-30  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.162128  normal 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4467  shikimate 5-dehydrogenase  33.69 
 
 
277 aa  134  3e-30  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00323757  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1719  shikimate 5-dehydrogenase  30.36 
 
 
279 aa  133  4e-30  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.049913  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2860  shikimate 5-dehydrogenase  33.21 
 
 
276 aa  133  4e-30  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.928598  normal  0.516476 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4185  shikimate 5-dehydrogenase  34.31 
 
 
277 aa  133  4e-30  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.263341  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2226  shikimate 5-dehydrogenase  38.57 
 
 
269 aa  132  5e-30  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.584439  normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2895  shikimate 5-dehydrogenase  36.4 
 
 
279 aa  131  1e-29  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0777149  normal 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_05960  shikimate 5-dehydrogenase  32.61 
 
 
289 aa  131  1e-29  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0693  shikimate 5-dehydrogenase  31.32 
 
 
271 aa  131  2e-29  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.324204  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1234  shikimate 5-dehydrogenase  36.4 
 
 
279 aa  130  3e-29  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0693  shikimate 5-dehydrogenase  31.1 
 
 
271 aa  130  3e-29  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.0110194  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0923  shikimate dehydrogenase  36.23 
 
 
280 aa  129  6e-29  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0663  shikimate 5-dehydrogenase  29.63 
 
 
294 aa  129  6e-29  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1653  shikimate 5-dehydrogenase  30.94 
 
 
268 aa  127  1e-28  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_12500  shikimate 5-dehydrogenase  32.86 
 
 
292 aa  128  1e-28  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4080  shikimate 5-dehydrogenase  32.5 
 
 
277 aa  128  1e-28  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1688  shikimate 5-dehydrogenase  30.94 
 
 
268 aa  127  1e-28  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.8714  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1774  shikimate 5-dehydrogenase  32.99 
 
 
293 aa  128  1e-28  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4561  shikimate 5-dehydrogenase  34.05 
 
 
308 aa  127  2e-28  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.120804  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4232  shikimate 5-dehydrogenase  32.62 
 
 
277 aa  127  3e-28  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4070  shikimate 5-dehydrogenase  32.62 
 
 
277 aa  127  3e-28  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.000710125  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4356  shikimate 5-dehydrogenase  32.62 
 
 
277 aa  127  3e-28  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  0.110727 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1503  shikimate 5-dehydrogenase  29.02 
 
 
284 aa  126  4e-28  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0783  shikimate 5-dehydrogenase  33.81 
 
 
277 aa  126  4e-28  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.000231913  hitchhiker  4.96147e-05 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0708  shikimate dehydrogenase  32.86 
 
 
295 aa  125  1e-27  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0483  shikimate 5-dehydrogenase  36.04 
 
 
296 aa  123  3e-27  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3060  shikimate 5-dehydrogenase  33.33 
 
 
277 aa  123  4e-27  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.445957  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0465  shikimate 5-dehydrogenase  31.75 
 
 
286 aa  121  1e-26  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3450  shikimate 5-dehydrogenase  34.46 
 
 
278 aa  120  2e-26  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2066  shikimate 5-dehydrogenase  33.58 
 
 
283 aa  120  2e-26  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0196  shikimate 5-dehydrogenase  34.52 
 
 
278 aa  120  2e-26  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0253  shikimate 5-dehydrogenase  28.28 
 
 
284 aa  120  4e-26  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  0.624987  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1303  shikimate 5-dehydrogenase  26.28 
 
 
279 aa  119  5e-26  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00894856  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_408  shikimate 5-dehydrogenase  31.25 
 
 
286 aa  119  5e-26  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1908  quinate/shikimate dehydrogenase  31.11 
 
 
288 aa  119  6e-26  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2408  quinate/shikimate dehydrogenase  30.74 
 
 
288 aa  119  8e-26  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal  0.419065 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1504  quinate/shikimate dehydrogenase  30.74 
 
 
288 aa  118  8e-26  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0010931 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1773  quinate/shikimate dehydrogenase  30.74 
 
 
288 aa  118  1e-25  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1950  Quinate/shikimate dehydrogenase  30.74 
 
 
288 aa  118  1e-25  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.210326  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1895  quinate/shikimate dehydrogenase  30.74 
 
 
288 aa  118  1e-25  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1939  quinate/shikimate dehydrogenase  30.74 
 
 
288 aa  118  1e-25  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000737953 
 
 
-
 
NC_002976  SERP1163  shikimate 5-dehydrogenase  29.48 
 
 
269 aa  118  1e-25  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.33376  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1345  quinate/shikimate 5-dehydrogenase  32.62 
 
 
287 aa  118  1e-25  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.786263  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_06560  shikimate 5-dehydrogenase  32.59 
 
 
291 aa  118  1e-25  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01661  quinate/shikimate 5-dehydrogenase, NAD(P)-binding  30.74 
 
 
288 aa  118  1e-25  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01650  hypothetical protein  30.74 
 
 
288 aa  118  1e-25  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0442  shikimate 5-dehydrogenase  30.51 
 
 
286 aa  117  2e-25  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  0.437298  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>