102 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bamb_4606 on replicon NC_008391
Organism: Burkholderia ambifaria AMMD



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008391  Bamb_4606  cytochrome c, class I  100 
 
 
309 aa  630  1e-180  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  decreased coverage  0.000163718  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0408  cytochrome c, class I  86.26 
 
 
313 aa  520  1e-146  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0193  cytochrome c, class I  63.64 
 
 
327 aa  363  2e-99  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1476  cytochrome c class I  54.55 
 
 
317 aa  329  4e-89  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.993128  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0128  putative cytochrome C  57.53 
 
 
352 aa  321  8e-87  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.0408235  normal  0.127267 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4236  cytochrome c class I  56.36 
 
 
343 aa  316  3e-85  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  hitchhiker  0.00185461  normal  0.468789 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2757  hypothetical protein  53.68 
 
 
291 aa  315  5e-85  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0570414  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_32540  hypothetical protein  53.66 
 
 
293 aa  310  2e-83  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.277482 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0786  cytochrome c, class I  50.69 
 
 
310 aa  303  2e-81  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  hitchhiker  0.00021722  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3191  cytochrome c class I  48.81 
 
 
304 aa  291  7e-78  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3822  cytochrome c family protein  47.46 
 
 
304 aa  288  8e-77  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.445859  normal  0.312064 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1948  cytochrome c, class I  47.24 
 
 
304 aa  287  2e-76  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.510162  normal  0.709424 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3537  cytochrome c class I  47.59 
 
 
304 aa  286  3e-76  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.429309  normal  0.0523965 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4047  cytochrome c family protein  46.67 
 
 
351 aa  285  7e-76  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3431  cytochrome c, class I  47.44 
 
 
351 aa  283  2e-75  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.237323  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0520  cytochrome c, class I  47.12 
 
 
351 aa  281  9e-75  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.271919  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3606  cytochrome c family protein  47.44 
 
 
352 aa  280  3e-74  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0522212  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0527  cytochrome c family protein  46.64 
 
 
352 aa  278  8e-74  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  decreased coverage  0.000661478  normal  0.247272 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0544  cytochrome c class I  42.82 
 
 
355 aa  277  1e-73  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0624  cytochrome c, class I  43.4 
 
 
355 aa  275  6e-73  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  5.03789e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0568  cytochrome c class I  42.52 
 
 
355 aa  275  9e-73  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2378  cytochrome c, class I  50 
 
 
282 aa  272  4e-72  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  6.43985e-07  hitchhiker  2.02689e-05 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0573  cytochrome c class I  44.87 
 
 
355 aa  272  6e-72  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3545  cytochrome c family protein  42.18 
 
 
372 aa  271  1e-71  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0524  cytochrome c, class I  44.77 
 
 
353 aa  261  1e-68  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1309  diheme-containing SoxA-like protein  41 
 
 
346 aa  258  8e-68  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003030  cytochrome c family protein  42.19 
 
 
350 aa  249  6e-65  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1184  cytochrome c, class I  42.81 
 
 
337 aa  236  3e-61  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2236  cytochrome c, class I  41.13 
 
 
327 aa  178  1e-43  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal  0.472913 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5347  putative cytochrome c  41.7 
 
 
272 aa  176  4e-43  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.118303  normal 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0259  cytochrome c class I  38.11 
 
 
331 aa  176  5e-43  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0327  cytochrome c class I  42.8 
 
 
269 aa  176  6e-43  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1943  c-type cytochrome  38.89 
 
 
327 aa  174  2e-42  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013732  Slin_6947  cytochrome c class I  37.85 
 
 
358 aa  166  3e-40  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2825  cytochrome c, class I  39.74 
 
 
329 aa  166  5e-40  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.137044  hitchhiker  0.000380249 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4873  cytochrome c class I  36.6 
 
 
306 aa  164  2e-39  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1092  cytochrome c class I  36.92 
 
 
333 aa  157  2e-37  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1415  cytochrome c, class I  36.29 
 
 
708 aa  157  3e-37  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.526567  normal 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0320  cytochrome c family protein  37.07 
 
 
369 aa  155  1e-36  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0353  cytochrome c family protein  37.07 
 
 
357 aa  154  2e-36  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.131783  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_60490  putative cytochrome c  38.66 
 
 
675 aa  153  3e-36  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00637068  normal  0.0584653 
 
 
-
 
NC_007971  Rmet_5989  Cytochrome c  38.98 
 
 
773 aa  153  3e-36  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.278439 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5211  putative cytochrome c  39.55 
 
 
675 aa  152  6e-36  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  hitchhiker  0.0072933  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0804  cytochrome c family protein  38.27 
 
 
721 aa  151  1e-35  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2492  cytochrome c, class I  37.5 
 
 
698 aa  150  2e-35  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.00140351  normal  0.928162 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2348  cytochrome c family protein  38.27 
 
 
694 aa  151  2e-35  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.903737  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2484  cytochrome c family protein  37.86 
 
 
721 aa  149  8e-35  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0635463  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2599  cytochrome c family protein  32.93 
 
 
306 aa  147  3e-34  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.349522  normal  0.253602 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2499  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  35.17 
 
 
726 aa  146  5e-34  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.345014  normal  0.965839 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2155  cytochrome c, class I  38.2 
 
 
728 aa  146  5e-34  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0817  cytochrome c, class I  34.75 
 
 
669 aa  146  5e-34  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.04472  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2608  cytochrome c class I  36.13 
 
 
361 aa  145  6e-34  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_2105  cytochrome c, class I  34.16 
 
 
315 aa  145  8e-34  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3370  cytochrome c, class I  38.5 
 
 
691 aa  143  3e-33  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.384758  normal  0.0138407 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0286  OmpA/MotB  34.19 
 
 
329 aa  144  3e-33  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  0.251246  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2214  Gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  35.54 
 
 
689 aa  142  9e-33  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.143053  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2072  cytochrome c, class I  39.5 
 
 
712 aa  139  5e-32  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.901126 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1071  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  34.38 
 
 
699 aa  138  9e-32  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1278  cytochrome c, class I  36.1 
 
 
407 aa  135  1e-30  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.0536255  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2583  cytochrome c class I  35.46 
 
 
407 aa  133  4e-30  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.333903  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2490  cytochrome c class I  36.36 
 
 
343 aa  132  6e-30  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.0103358 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1496  cytochrome c class I  33.68 
 
 
308 aa  129  5e-29  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.377921  normal  0.883223 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1441  putative cytochrome c  31.41 
 
 
311 aa  129  8e-29  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.668743  normal  0.951652 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2387  hypothetical protein  36.74 
 
 
671 aa  128  1e-28  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  normal  0.0416918 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0690  cytochrome c class I  33.2 
 
 
303 aa  122  9e-27  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1188  cytochrome c, class I  46.96 
 
 
139 aa  98.6  1e-19  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS03090  putative cytochrome C signal peptide protein  29.03 
 
 
363 aa  96.3  6e-19  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.649207  normal  0.393052 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2708  cytochrome c, class I  31.01 
 
 
343 aa  94.7  1e-18  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.993605  normal  0.111519 
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0885  cytochrome C  34.38 
 
 
181 aa  91.7  1e-17  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4179  cytochrome c, class I  28.24 
 
 
347 aa  86.7  5e-16  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.402721  normal  0.434422 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0653  cytochrome c  46.23 
 
 
130 aa  82.4  9e-15  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.963006  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_0051  cytochrome c family protein  24.89 
 
 
347 aa  68.6  1e-10  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0075  cytochrome c family protein  24.89 
 
 
347 aa  68.6  1e-10  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  0.667536  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE0036  cytochrome c family protein  24.89 
 
 
347 aa  68.2  2e-10  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.170219  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0884  cytochrome c family protein, degenerate  39 
 
 
125 aa  64.7  2e-09  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1187  cytochrome C  48.33 
 
 
79 aa  61.2  2e-08  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1149  Pyrrolo-quinoline quinone  31.85 
 
 
678 aa  47.8  0.0002  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.261687  normal  0.842615 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0853  hypothetical protein  30.48 
 
 
277 aa  47.8  0.0003  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  decreased coverage  0.00963426  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5923  cytochrome c oxidase, cbb3-type, subunit III  32.59 
 
 
293 aa  47.4  0.0003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.123388  normal  0.389873 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4115  hypothetical protein  46.15 
 
 
394 aa  47  0.0004  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.675645  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1400  cytochrome c, class I  32.69 
 
 
421 aa  47  0.0004  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4148  cytochrome c, class I  45.28 
 
 
393 aa  47  0.0004  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.782083  normal  0.108785 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4251  hypothetical protein  46.15 
 
 
394 aa  47  0.0004  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0931386  normal  0.175621 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3266  cytochrome c class I  43.4 
 
 
394 aa  46.2  0.0007  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0855  hypothetical protein  28 
 
 
280 aa  45.8  0.0009  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.102489  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4159  putative sulfur oxidation protein (SoxA); cytochrome c precursor  25.42 
 
 
288 aa  45.4  0.001  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3675  cytochrome c, class I  44.23 
 
 
393 aa  45.1  0.001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.924475 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0049  cytochrome c, class I:Iron permease FTR1  37.63 
 
 
632 aa  44.7  0.002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3252  hypothetical protein  25.95 
 
 
275 aa  45.1  0.002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3637  iron permease FTR1  52.78 
 
 
664 aa  44.3  0.003  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.489611 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3420  hypothetical protein  32.73 
 
 
291 aa  43.9  0.003  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1563  cytochrome c-like protein  29.03 
 
 
145 aa  44.3  0.003  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2877  cytochrome c family protein  31.63 
 
 
430 aa  43.9  0.003  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014213  Mesil_3453  diheme cytochrome SoxA (sulfur oxidation)  28.86 
 
 
259 aa  43.5  0.004  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4339  cytochrome c, class I  41.82 
 
 
393 aa  43.1  0.005  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0205  cytochrome c class I  33.33 
 
 
647 aa  43.5  0.005  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.844315 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1874  cytochrome c class I  31.03 
 
 
220 aa  43.1  0.006  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.0991365  normal 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2838  quinoprotein glucose dehydrogenase  33.75 
 
 
126 aa  43.1  0.006  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.158282  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1760  hypothetical protein  30.33 
 
 
394 aa  42.7  0.007  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00200685 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3036  cytochrome c family protein  34.41 
 
 
265 aa  42.7  0.008  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>