More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bamb_4605 on replicon NC_008391
Organism: Burkholderia ambifaria AMMD



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008391  Bamb_4605  cytochrome c, class I  100 
 
 
228 aa  451  1e-126  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  decreased coverage  0.0013993  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0409  cytochrome c, class I  85.53 
 
 
267 aa  338  6e-92  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4237  cytochrome c class I  55.32 
 
 
262 aa  182  5e-45  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  decreased coverage  0.00192123  normal  0.323742 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3192  cytochrome c class I  50.54 
 
 
216 aa  171  1e-41  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1947  cytochrome c, class I  49.3 
 
 
216 aa  164  7e-40  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.457627  normal  0.677602 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3823  cytochrome c-type protein  49.3 
 
 
217 aa  164  1e-39  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.479711 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0194  cytochrome c, class I  47.59 
 
 
220 aa  160  2e-38  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3538  cytochrome c class I  46.7 
 
 
216 aa  158  5e-38  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.250632  normal  0.0110108 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0129  cytochrome c-type protein  48.35 
 
 
213 aa  154  9e-37  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.19667  normal  0.20244 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0787  cytochrome c family protein  41.05 
 
 
237 aa  150  2e-35  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  hitchhiker  0.000887671  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_32530  putative cytochrome c  44.85 
 
 
217 aa  148  8e-35  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.274349 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2756  putative cytochrome c  44.85 
 
 
217 aa  147  1e-34  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.170388  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0159  cytochrome c, class I  45.88 
 
 
256 aa  142  6e-33  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1477  cytochrome c class I  46.47 
 
 
226 aa  140  2e-32  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.911342  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003031  cytochrome c4  42.86 
 
 
203 aa  134  1e-30  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009956  Dshi_3894  cytochrome c553-like protein  40.82 
 
 
271 aa  134  1e-30  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.299257 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1185  cytochrome c, class I  42.13 
 
 
215 aa  132  5e-30  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0623  cytochrome c family protein  40.61 
 
 
208 aa  132  6e-30  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  decreased coverage  0.000405798  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2865  cytochrome c, class I  45.93 
 
 
207 aa  130  2e-29  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.240799  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0567  cytochrome c family protein  42.6 
 
 
208 aa  130  2e-29  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3769  cytochrome c family protein  42.01 
 
 
208 aa  128  7e-29  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0572  cytochrome c family protein  42.01 
 
 
208 aa  128  7e-29  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3607  cytochrome c family protein  43.53 
 
 
208 aa  128  7e-29  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0102183  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3147  cytochrome c, class I  42.86 
 
 
219 aa  127  1e-28  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0519  cytochrome c family protein  42.35 
 
 
208 aa  126  2e-28  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.135917  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0543  cytochrome c family protein  42.01 
 
 
208 aa  127  2e-28  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4048  cytochrome c family protein  42.11 
 
 
208 aa  127  2e-28  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0528  cytochrome c family protein  41.18 
 
 
204 aa  121  7e-27  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  decreased coverage  0.000129168  normal  0.22493 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3284  cytochrome c, class I  40.21 
 
 
219 aa  119  6e-26  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2377  cytochrome c, class I  41.3 
 
 
224 aa  119  6e-26  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  1.76036e-06  hitchhiker  2.15746e-05 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0542  putative cytochrome c  38.73 
 
 
208 aa  117  2e-25  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3546  cytochrome c family protein  41.04 
 
 
210 aa  117  2e-25  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0187  cytochrome c oxidase  41.32 
 
 
208 aa  117  2e-25  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.0207051  normal  0.526918 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0523  cytochrome c family protein  40.7 
 
 
199 aa  115  8e-25  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1422  cytochrome c class I  39.55 
 
 
222 aa  114  1e-24  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0085  cytochrome c553-like protein  38.86 
 
 
246 aa  114  1e-24  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0624  cytochrome c, class I  40.4 
 
 
211 aa  111  7e-24  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2878  cytochrome c4, putative  40.12 
 
 
238 aa  110  1e-23  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1349  putative cytochrome c  39.53 
 
 
236 aa  109  4e-23  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.708882  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1355  putative cytochrome c  39.53 
 
 
236 aa  109  4e-23  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.711869  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1488  cytochrome c  39.53 
 
 
238 aa  109  4e-23  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.308857  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0651  putative periplasmic cytochrome c  36.67 
 
 
243 aa  108  5e-23  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.471094  normal  0.667908 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0082  cytochrome c class I  36.51 
 
 
238 aa  108  6e-23  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000520703 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0283  cytochrome c family protein  39.41 
 
 
318 aa  108  7e-23  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4074  putative periplasmic cytochrome c protein  42.29 
 
 
257 aa  108  7e-23  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.84128 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2593  cytochrome c, class I  42.2 
 
 
229 aa  108  8e-23  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.412189  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2721  cytochrome c, class I  42.2 
 
 
229 aa  108  8e-23  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4653  putative cytochrome c  40.22 
 
 
243 aa  107  1e-22  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2668  cytochrome c, class I  37.95 
 
 
254 aa  107  1e-22  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0754  putative cytochrome c  40.23 
 
 
240 aa  108  1e-22  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.161807  normal  0.0258714 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2057  cytochrome c, class I  37.95 
 
 
254 aa  107  1e-22  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.380399  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0429  cytochrome c class I  35.71 
 
 
239 aa  107  1e-22  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.149382  normal  0.809488 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5765  cytochrome c4, putative  40.22 
 
 
235 aa  108  1e-22  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.524274  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3138  cytochrome c, class I  36.19 
 
 
205 aa  107  2e-22  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2697  cytochrome c, class I  41.62 
 
 
236 aa  107  2e-22  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3308  cytochrome c class I  36.19 
 
 
243 aa  106  3e-22  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0629  cytochrome c, class I  42.2 
 
 
236 aa  106  3e-22  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001915  cytochrome c4  38.07 
 
 
205 aa  106  3e-22  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.352914  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0281  cytochrome c class I  41.03 
 
 
217 aa  106  4e-22  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.174718  normal  0.337626 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0626  putative periplasmic cytochrome c protein  41.14 
 
 
237 aa  105  5e-22  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0822145  normal  0.288207 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0552  cytochrome c, class I  33.96 
 
 
209 aa  105  6e-22  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0351  putative periplasmic cytochrome c protein  38.6 
 
 
240 aa  105  7e-22  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0916  cytochrome c  35.27 
 
 
253 aa  104  1e-21  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.422985  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0210  cytochrome c, class I  36.09 
 
 
200 aa  104  1e-21  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.478667  normal 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0737  putative cytochrome  35.27 
 
 
253 aa  104  1e-21  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1399  cytochrome c553-like  41.86 
 
 
203 aa  104  1e-21  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.994918 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00575  cytochrome c553  37.5 
 
 
205 aa  104  1e-21  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0250  cytochrome c4, putative  35.27 
 
 
253 aa  104  1e-21  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.603849  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2462  putative cytochrome c4  35.75 
 
 
249 aa  103  2e-21  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2381  putative cytochrome c4  35.75 
 
 
249 aa  103  2e-21  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.336933  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0750  putative cytochrome  35.27 
 
 
249 aa  103  2e-21  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3432  cytochrome c family protein  41.62 
 
 
208 aa  103  2e-21  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.402335  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1283  putative cytochrome c  40.7 
 
 
261 aa  103  2e-21  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.558146  normal 
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_8113  putative cytochrome c4  38.24 
 
 
235 aa  102  4e-21  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3388  cytochrome c553-like protein  34.46 
 
 
283 aa  102  4e-21  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.485669  normal  0.152505 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2696  putative cytochrome c4  37.93 
 
 
234 aa  102  4e-21  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2853  cytochrome c, class I  36.9 
 
 
205 aa  102  4e-21  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.530376  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5996  cytochrome c, class I  39.08 
 
 
236 aa  102  7e-21  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.203421 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2095  putative cytochrome c  40.35 
 
 
284 aa  100  1e-20  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.737605  normal  0.709755 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0609  cytochrome c4, putative  33.64 
 
 
253 aa  101  1e-20  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0299  cytochrome c, class I  39.49 
 
 
217 aa  100  2e-20  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.194352  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2406  cytochrome c4  37.5 
 
 
223 aa  100  2e-20  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0308  cytochrome c class I  39.49 
 
 
217 aa  100  2e-20  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.618372  normal  0.165447 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0621  cytochrome c class I  36.55 
 
 
269 aa  100  2e-20  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.0823 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2603  cytochrome c family protein  39.29 
 
 
202 aa  99.8  3e-20  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.44743  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4079  putative cytochrome c, class I  37.44 
 
 
269 aa  100  3e-20  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1310  diheme-containing protein c4  34.27 
 
 
210 aa  100  3e-20  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0432  cytochrome c  37.64 
 
 
205 aa  99.4  4e-20  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.660944  normal  0.289813 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4347  cytochrome c class I  36.96 
 
 
207 aa  99  6e-20  Shewanella baltica OS185  Bacteria  decreased coverage  4.02028e-10  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0051  cytochrome c class I  36.96 
 
 
207 aa  99  6e-20  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00284279  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4292  cytochrome c class I  36.96 
 
 
207 aa  99  6e-20  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  1.36847e-08  unclonable  5.12206e-12 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2566  putative cytochrome c  38.82 
 
 
228 aa  99  6e-20  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00458345 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4487  cytochrome c class I  36.96 
 
 
207 aa  99  6e-20  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.000352733  normal  0.0165724 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0013  cytochrome c, class I  33.65 
 
 
229 aa  98.6  7e-20  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.741785  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2987  oxidoreductase cytochrome C-type signal peptide protein  37.37 
 
 
219 aa  98.6  8e-20  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0229  cytochrome c  35.87 
 
 
205 aa  97.8  1e-19  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.779368  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3448  putative cytochrome c  35.88 
 
 
257 aa  97.8  1e-19  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.582918  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_72460  cytochrome c4 precursor  37.43 
 
 
201 aa  97.4  1e-19  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.462993  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3265  cytochrome c class I  38.74 
 
 
219 aa  97.8  1e-19  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.838246  normal  0.141063 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3999  cytochrome c, class I  37.5 
 
 
207 aa  96.7  2e-19  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.898029  normal  0.022349 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>