More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bamb_4354 on replicon NC_008391
Organism: Burkholderia ambifaria AMMD



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008391  Bamb_4354  RpiR family transcriptional regulator  100 
 
 		 286 aa  573  1.0000000000000001e-163  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.339513  unclonable  0.00000424592 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4871  RpiR family transcriptional regulator  100 
 
 		 286 aa  573  1.0000000000000001e-163  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.211871  hitchhiker  0.00000205236 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5365  RpiR family transcriptional regulator  98.25 
 
 		 286 aa  567  1e-161  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  hitchhiker  0.00401037  normal  0.0909381 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0770  RpiR family transcriptional regulator  98.25 
 
 		 286 aa  567  1e-161  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0666696  hitchhiker  0.00646712 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3445  RpiR family transcriptional regulator  98.25 
 
 		 286 aa  566  1e-160  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.149889  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4922  RpiR family transcriptional regulator  98.25 
 
 		 286 aa  566  1e-160  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.00820717  normal  0.0573558 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3693  RpiR family transcriptional regulator  92.66 
 
 		 286 aa  533  1e-150  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  hitchhiker  0.00637499  normal  0.371267 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0831  hypothetical protein  88.46 
 
 		 286 aa  487  1e-137  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.111957  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2209  putative DNA-binding protein  88.46 
 
 		 286 aa  487  1e-137  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  hitchhiker  0.00094108  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1569  RpiR family phosphosugar-binding transcriptional regulator  88.46 
 
 		 286 aa  487  1e-137  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  hitchhiker  0.00731797  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1764  SIS domain-containing protein  89.47 
 
 		 286 aa  490  1e-137  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  hitchhiker  0.000384783  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0867  RpiR family phosphosugar-binding transcriptional regulator  88.46 
 
 		 286 aa  487  1e-137  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.574279  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0959  RpiR family phosphosugar-binding transcriptional regulator  88.46 
 
 		 286 aa  487  1e-137  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  hitchhiker  0.00212362  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0051  RpiR family phosphosugar-binding transcriptional regulator  88.11 
 
 		 286 aa  486  1e-136  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  hitchhiker  0.0000270259  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1140  RpiR family transcriptional regulator  72.63 
 
 		 284 aa  417  1e-116  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.545053  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5218  RpiR family transcriptional regulator  75.44 
 
 		 286 aa  419  1e-116  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.398124 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5469  transcriptional regulator, RpiR family  72.98 
 
 		 284 aa  405  1.0000000000000001e-112  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0397  sugar isomerase (SIS)  54.26 
 
 		 297 aa  298  9e-80  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0343  RpiR family transcriptional regulator  51.59 
 
 		 298 aa  284  1.0000000000000001e-75  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3603  transcriptional regulator, RpiR family  48.91 
 
 		 288 aa  256  3e-67  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0193834  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2796  RpiR family transcriptional regulator  45.88 
 
 		 292 aa  213  1.9999999999999998e-54  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.33776 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4614  transcriptional regulator, RpiR family  37.1 
 
 		 296 aa  154  2e-36  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.427157  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3346  transcriptional regulator, RpiR family  34.86 
 
 		 302 aa  142  9e-33  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3669  transcriptional regulator, RpiR family  34.86 
 
 		 302 aa  141  9.999999999999999e-33  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4736  RpiR family transcriptional regulator  35.92 
 
 		 296 aa  138  8.999999999999999e-32  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.275124  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3855  RpiR family transcriptional regulator  35.13 
 
 		 296 aa  138  1e-31  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.673784 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3797  RpiR family transcriptional regulator  32.53 
 
 		 305 aa  130  2.0000000000000002e-29  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.0556618 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0081  hypothetical protein  34.28 
 
 		 300 aa  128  1.0000000000000001e-28  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0407866  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2002  RpiR family transcriptional regulator  34.67 
 
 		 301 aa  121  9.999999999999999e-27  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1333  transcriptional regulator, RpiR family  28 
 
 		 285 aa  120  1.9999999999999998e-26  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2602  RpiR family transcriptional regulator  30.11 
 
 		 285 aa  120  3e-26  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.345507 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1042  RpiR family transcriptional regulator  33.58 
 
 		 301 aa  118  9.999999999999999e-26  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2978  RpiR family transcriptional regulator  29.14 
 
 		 284 aa  118  9.999999999999999e-26  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3287  RpiR family transcriptional regulator  29.07 
 
 		 292 aa  117  1.9999999999999998e-25  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.210197 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3004  transcriptional regulator, RpiR family  28.36 
 
 		 285 aa  117  3e-25  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1878  RpiR family transcriptional regulator  28.52 
 
 		 284 aa  116  5e-25  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00289496 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3051  RpiR family transcriptional regulator  28.52 
 
 		 284 aa  116  5e-25  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1659  RpiR family transcriptional regulator  30.04 
 
 		 293 aa  115  1.0000000000000001e-24  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.153361  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1835  SIS domain-containing protein  30.04 
 
 		 303 aa  115  1.0000000000000001e-24  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1448  RpiR family transcriptional regulator  30.04 
 
 		 293 aa  115  1.0000000000000001e-24  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0730  RpiR family transcriptional regulator  30.04 
 
 		 293 aa  115  1.0000000000000001e-24  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1681  RpiR family transcriptional regulator  30.04 
 
 		 293 aa  115  1.0000000000000001e-24  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.738925  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3344  transcriptional regulator, RpiR family  27.57 
 
 		 285 aa  114  1.0000000000000001e-24  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0432  RpiR family transcriptional regulator  30.04 
 
 		 293 aa  115  1.0000000000000001e-24  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.292279  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0917  SIS domain-containing protein  30.04 
 
 		 375 aa  114  2.0000000000000002e-24  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.920257  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2643  SIS domain-containing protein  30.42 
 
 		 293 aa  114  2.0000000000000002e-24  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.574546  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0304  transcriptional regulator  27.27 
 
 		 280 aa  112  5e-24  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1589  RpiR family transcriptional regulator  27.14 
 
 		 286 aa  112  5e-24  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1596  RpiR family transcriptional regulator  29.46 
 
 		 293 aa  111  1.0000000000000001e-23  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2805  transcriptional regulator, RpiR family  30.5 
 
 		 293 aa  111  2.0000000000000002e-23  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.531351  normal  0.354275 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4661  RpiR family transcriptional regulator  26.82 
 
 		 278 aa  110  3e-23  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1253  RpiR family transcriptional regulator  26.86 
 
 		 295 aa  109  4.0000000000000004e-23  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0224504  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_49920  Sugar isomerase (SIS)  27.97 
 
 		 310 aa  109  5e-23  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4698  transcriptional regulator, RpiR family  26.62 
 
 		 277 aa  108  1e-22  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_50020  Sugar isomerase (SIS)  27.59 
 
 		 309 aa  108  1e-22  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1330  RpiR family transcriptional regulator  29.92 
 
 		 278 aa  107  3e-22  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.646985  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3501  transcriptional regulator, RpiR family  27.38 
 
 		 302 aa  105  9e-22  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.671277  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3275  helix-turn-helix protein RpiR:sugar isomerase (SIS)  25.79 
 
 		 287 aa  104  1e-21  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0499663  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_23580  transcriptional regulator  32.54 
 
 		 310 aa  104  1e-21  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.539281 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3609  RpiR family transcriptional regulator  28.42 
 
 		 304 aa  104  1e-21  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.252965  normal  0.0456005 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1590  RpiR family transcriptional regulator  27.46 
 
 		 287 aa  104  2e-21  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4368  RpiR family transcriptional regulator  26.69 
 
 		 334 aa  102  7e-21  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.832437  normal  0.141218 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3563  RpiR family transcriptional regulator  27.91 
 
 		 284 aa  102  1e-20  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.123663 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0175  RpiR family transcriptional regulator  31.52 
 
 		 300 aa  101  1e-20  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6307  hypothetical protein  31.85 
 
 		 285 aa  101  2e-20  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.677226  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2833  RpiR family transcriptional regulator  30.42 
 
 		 311 aa  100  3e-20  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_72650  hypothetical protein  31.85 
 
 		 285 aa  100  3e-20  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2326  RpiR family transcriptional regulator  31.94 
 
 		 314 aa  100  4e-20  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3689  hypothetical protein  29.48 
 
 		 309 aa  98.6  1e-19  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.494088 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_1414  hypothetical protein  29.48 
 
 		 286 aa  97.8  2e-19  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.983802  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3484  RpiR family transcriptional regulator  29.48 
 
 		 286 aa  97.8  2e-19  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0949  RpiR family transcriptional regulator  27.73 
 
 		 319 aa  97.8  2e-19  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.53677  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1431  RpiR family transcriptional regulator  27.73 
 
 		 319 aa  97.8  2e-19  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.51372  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1884  RpiR family transcriptional regulator  26.87 
 
 		 315 aa  97.1  3e-19  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0567682 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1350  RpiR family transcriptional regulator  26.49 
 
 		 294 aa  97.1  3e-19  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.14159  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2033  transcriptional regulator, RpiR family  28.62 
 
 		 290 aa  96.7  4e-19  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.418875  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4575  RpiR family transcriptional regulator  26.12 
 
 		 319 aa  96.7  4e-19  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1321  transcriptional regulator, RpiR family  27.44 
 
 		 287 aa  96.3  5e-19  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0986  RpiR family transcriptional regulator  30.04 
 
 		 299 aa  95.5  8e-19  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.34008 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1311  RpiR family transcriptional regulator  26.12 
 
 		 294 aa  95.9  8e-19  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.753859  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1409  RpiR family transcriptional regulator  27.34 
 
 		 294 aa  95.1  1e-18  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1249  hypothetical protein  26.94 
 
 		 302 aa  93.6  3e-18  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.378006  normal  1 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3546  RpiR family transcriptional regulator  29.18 
 
 		 280 aa  90.1  4e-17  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3702  RpiR family transcriptional regulator  27.62 
 
 		 307 aa  87.8  2e-16  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1734  transcriptional regulator, RpiR family  25.55 
 
 		 297 aa  86.3  5e-16  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1136  transcriptional regulator, RpiR family  28.08 
 
 		 291 aa  85.9  7e-16  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.902832 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0706  RpiR family transcriptional regulator  26.48 
 
 		 299 aa  85.5  9e-16  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0983  transcriptional regulator, RpiR family  28.08 
 
 		 291 aa  85.5  9e-16  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.723673  normal  0.847459 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1338  RpiR family transcriptional regulator  25.98 
 
 		 291 aa  84.7  0.000000000000001  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.298228  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1149  RpiR family transcriptional regulator  25.98 
 
 		 291 aa  84.7  0.000000000000001  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.0445331  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3836  RpiR family transcriptional regulator  27.45 
 
 		 277 aa  81.6  0.00000000000001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1089  RpiR family transcriptional regulator  29.41 
 
 		 309 aa  81.3  0.00000000000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.937606  normal  0.197064 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0584  transcriptional regulator, RpiR family  26.19 
 
 		 288 aa  80.5  0.00000000000003  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3695  RpiR family transcriptional regulator  28.63 
 
 		 326 aa  79.3  0.00000000000007  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0160312  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1915  RpiR family transcriptional regulator  30.51 
 
 		 289 aa  77.8  0.0000000000002  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00818484 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1033  RpiR family transcriptional regulator  31.01 
 
 		 305 aa  78.2  0.0000000000002  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3122  RpiR family transcriptional regulator  25.21 
 
 		 282 aa  77.8  0.0000000000002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0075  transcriptional regulator RpiR family  28.5 
 
 		 277 aa  77  0.0000000000003  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2059  RpiR family transcriptional regulator  29.81 
 
 		 284 aa  77.4  0.0000000000003  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2412  transcriptional regulator, RpiR family  26.69 
 
 		 285 aa  76.3  0.0000000000006  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>